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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgunADNFrancis VillatoroCraig VenterPCRCOVID-19Celera GenomicsProyecto Genoma HumanoCraig Venter InstituteIniciativa PúblicaAlphaFold 3
Shotgun para secuenciación de ADN
Con
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Francis Villatoro explica cómo Craig Venter desarrolló la tecnología de shotgun para secuenciación, comparándola con un disparo de perdigones en lugar de una bala.
…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la...…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter desarrolló la tecnología de shotgun para secuenciación, comparándola con un disparo de perdigones en lugar de una bala.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgun…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la...…
Francis Villatoro explica el problema inherente a la técnica shotgun para la secuenciación de genomas, específicamente en relación con las zonas repetitivas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #2shotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter se benefició de los avances publicados por la Iniciativa Pública del Proyecto Genoma Humano, aprovechando para colocar fragmentos de información y acelerar la secuenciación de genes.
Habla: Francis VillatoroSignificado #5avance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciación…Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido…
Juan Carlos Gil describe el uso de inteligencia artificial, específicamente AlphaFold 3, para generar modelos plausibles de fragmentos de proteínas en la seda de araña y verificar su compatibilidad con datos experimentales.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #20alphafold 3 para fragmentos de proteínamodelos plausibles seda de arañaláminas betas en proteínasresonancia magnética datos experimentalesarginina y tirosina cómplices…que les va a permitir reconstruir cómo se mueven las proteínas, ¿vale? Las proteínas individuales no se ven todavía y cómo, pues eso, cómo se forman interacciones entre ellas y cómo se desligan; y finalmente también utilizan, bueno que ya se empieza a. Ver bastante asunto de inteligencia artificial, en particular AlphaFold 3, la versión de AlphaFold que permite calcular docking y demás; y aquí la usan para generar modelos plausibles, no de toda la proteína sino de pequeños fragmentos para ver cómo se ensamblan varias cadenas, especialmente en regiones parcialmente ordenadas o en la frontera entre orden y desorden, las láminas betas y donde no existen estas láminas que os contaba antes. Y luego comprobar si las geometrías, para Alfafol de alguna forma válida, que las geometrías que proponen son compatibles con los datos experimentales; en particular de eso, de resonancia magnética. ¿Y con todo esto en la coctelera pues encuentran dos cómplices con las pistolas humeantes, los aminoácidos, arginina y tirosina? ¿Por qué? Pues porque entre ellos se produce un tipo de interacción específica que ya se conocía que se llama cation pi. Por un lado la arginina tiene una carga positiva, tiene un grupo que se llama guanidino y cuando se ioniza se forma el catión guanidinio positivo y…