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Secuencias genómicas ncbi sra
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Francis Villatoro explica dónde se pueden encontrar los datos y secuencias genómicas del estudio sobre domesticación felina, indicando que están disponibles en el proyecto PRJEB 81815 de la base de datos NCBI.
…porque de lo contrario un artículo que te parece que está cortado a mitad que cualquier Cualquier revisor les diría, pues vete a Egipto, vete a Egipto, saca unos genomas y me haces un artículo mejor, pero si no se lo han dicho, creo que es porque aportan muchísimos genomas de Europa y Anatolia que no estaban y eso de por sí ya es relevante Y Alberto, una preguntilla, ¿dice en algún lugar el artículo donde se pueden consultar esos genomas? Porque por ejemplo, he estado mirando en la base de datos Ensamble, o como se pronuncie, y básicamente simplemente está ensamblado un genoma de gato y es Avisinio, de Félix Catus. Pues la verdad es que te reconozco que no lo he mirado. Estoy ahora mirando los Materials and Methods a ver si sale en algún sitio donde pueden estar disponibles. Yo también lo estoy mirando. Ponen un enlace a las herramientas de secuenciación que han utilizado para tratar todo esto, pero no veo enlace a estas cosas. Por ejemplo, me resultaría precisamente eso, porque así ves o puedes dar la validación a la parte de conservación genética que has mirado, exactamente lo que has mirado, para sacar esas conclusiones. Claro, estoy ahora mirando en la web los suplementarios. Por lo cual, lo comentan al final, es que La parte de disponibilidad de datos y materiales, todos los genomas, todas las secuencias genómicas están en un proyecto el PRJEB 81815, que se encuentra en la base de datos de NCBI, en la SRA, en la Second Research Archive. Es decir, ellos tienen, digamos, la versión emborrador de todos esos genomas, la tienen en ese marco que es ese proyecto y ahora hay que hacer un proceso de filtrado y de recolocación de cada uno de los genomas en diferentes entradas en la base de datos de genomas y eso lo tendrán que hacer a posteriori. Supongo que lo harán en algún artículo específico, pero ese artículo lo han dejado solamente en ese proyecto. Entonces no lo vas a encontrar buscando por Félix Catus o por Félix Domesticus; lo tienes que encontrar buscando por ese proyecto de secuenciación. Ok, gracias. Vamos, un artículo muy interesante por lo que cuenta. Y por los agujeros que quedan, o sea, te permite un poco emitir hipótesis sobre lo que ha dicho Ignacio sobre la sociología de la ciencia, sobre cómo funciona esto y tal y cual. En cualquier caso, creo que es un buen artículo porque por lo menos aporta…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica dónde se pueden encontrar los datos y secuencias genómicas del estudio sobre domesticación felina, indicando que están disponibles en el proyecto PRJEB 81815 de la base de datos NCBI.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1genomas de gato en ensamblefelix catus en bases de datosbúsqueda de genomas anatoliaherramientas de secuenciación estudio científicoconservación genética y validación de datosweb suplementarios estudiogenomas felinos en prjeb 81815secuencias genómicas ncbi srafelix catus y felix domesticus…porque de lo contrario un artículo que te parece que está cortado a mitad que cualquier Cualquier revisor les diría, pues vete a Egipto, vete a Egipto, saca unos genomas y me haces un artículo mejor, pero si no se lo han dicho, creo que es porque aportan muchísimos genomas de Europa y Anatolia que no estaban y eso de por sí ya es relevante Y Alberto, una preguntilla, ¿dice en algún lugar el artículo donde se pueden consultar esos genomas? Porque por ejemplo, he estado mirando en la base de datos Ensamble, o como se pronuncie, y básicamente simplemente está ensamblado un genoma de gato y es Avisinio, de Félix Catus. Pues la verdad es que te reconozco que no lo he mirado. Estoy ahora mirando los Materials and Methods a ver si sale en algún sitio donde pueden estar disponibles. Yo también lo estoy mirando. Ponen un enlace a las herramientas de secuenciación que han utilizado para tratar todo esto, pero no veo enlace a estas cosas. Por ejemplo, me resultaría precisamente eso, porque así ves o puedes dar la validación a la parte de conservación genética que has mirado, exactamente lo que has mirado, para sacar esas conclusiones. Claro, estoy ahora mirando en la web los suplementarios. Por lo cual, lo comentan al final, es que La parte de disponibilidad de datos y materiales, todos los genomas, todas las secuencias genómicas están en un proyecto el PRJEB 81815, que se encuentra en la base de datos de NCBI, en la SRA, en la Second Research Archive. Es decir, ellos tienen, digamos, la versión emborrador de todos esos genomas, la tienen en ese marco que es ese proyecto y ahora hay que hacer un proceso de filtrado y de recolocación de cada uno de los genomas en diferentes entradas en la base de datos de genomas y eso lo tendrán que hacer a posteriori. Supongo que lo harán en algún artículo específico, pero ese artículo lo han dejado solamente en ese proyecto. Entonces no lo vas a encontrar buscando por Félix Catus o por Félix Domesticus; lo tienes que encontrar buscando por ese proyecto de secuenciación. Ok, gracias. Vamos, un artículo muy interesante por lo que cuenta. Y por los agujeros que quedan, o sea, te permite un poco emitir hipótesis sobre lo que ha dicho Ignacio sobre la sociología de la ciencia, sobre cómo funciona esto y tal y cual. En cualquier caso, creo que es un buen artículo porque por lo menos aporta…
Francis Villatoro explica que cada persona posee un haplotipo, que es una colección de variantes genéticas identificadas a través de secuenciaciones de genotipo amplio (GWAS). Se menciona que estas secuenciaciones suelen analizar alrededor de 8.5 millones de SNIPs.
Habla: Francis VillatoroSignificado #13haplotipo y variantes genéticassecuenciación de genotipo amplio gwas8500000 snips en secuenciaciónvariantes identificadas en aprotipo…las variantes genéticas; es decir, cambios en una única letra, un SNIP, un cambio de un único nucleótido, una delección, un borrado de alguna de esas letras, la adición, el añadido de alguna letra, hay muchas variantes que incluyen varios nucleótidos, etc. Todas estas variantes es lo que se llama el aprotipo, entonces cada persona tenemos un aprotipo que es un conjunto de variantes. En SNIP por ejemplo, quiero recordar que los números actuales son del orden de 8 millones y medio o así de los que están habitualmente cuando se hace un GWAS, una secuenciación de genotipo amplio, lo que se mira básicamente son esos SNIP y son de ese orden, del orden de 8 millones y medio de variantes que son las que se han habitualmente identificado y entonces te colocan en un aprotipo. Tú para esta variante la tienes o no la tienes y cuando en una variante, como hay cuatro letras que puedes poner en el ADN en un lugar, pues tienes una letra o tienes otra o tienes otra; tienes un nucleótido o tienes otro, entonces esto te identifica dentro de, digamos, de ese, entre comillas, haplotipo. Sí, pero eso tiene que estar dentro de una variante y como va en bloque, por eso se asocia a las derivas genéticas, porque tú solamente miras determinadas secuencias, por ejemplo, de la mitocondria y por eso dice: ah, pues es el haplotipo H1N1 o lo que sea.…