Búsqueda · 27 momentos en 12 episodios
Silvana TapiaLuisa AchaerandioJuan Carlos GilFrancis VillatoroBorja TosarHéctor Socassilvana tapia y criterios e colisecuenciación masiva identifica bacteriasSilvana TapiaE. coliJuan Carlos Gil
Secuenciación masiva genomas bacterianos
Con
0:000:301:001:302:002:303:003:17
Juan Carlos Gil pregunta a Silvana Tapia sobre los criterios para determinar cuándo una cepa de *E. coli* ha sufrido mutaciones significativas como para dejar de ser considerada la misma especie.
…estamos aquí todos juntos en tertulia y que, por supuesto, cualquiera se sienta libre de intervenir y aportar algo cuando consideren, ¿no? aunque en este caso la pregunta iba dirigida específicamente a Silvana pero que les animo a cualquier cosa que quieran. De hecho, yo quería preguntar a Silvana si hay un criterio para considerar que mi E. coli ya mutada o variada o estropeada ya no es E. coli, ¿que ha cambiado la especie? Pues ahora mismo, claro, además los criterios han ido cambiando porque bueno, conforme han ido evolucionando las tecnologías, sobre todo de secuenciación masiva, pues hoy en día prácticamente identificamos a las bacterias cogiendo su genoma y secuenciándolo y comparándolo con otros que han subido otros investigadores antes a ciertas bases de datos, pero antes. Y estoy diciendo hace muy poquitos años se hacía simplemente pues viendo cómo se comportaba esa bacteria. Si tú aislabas una bacteria en el laboratorio y tenía una serie de características o de propiedades, luego aislabas otra en otro entorno y tenía las…
Significado #1 · Palabras #4
Juan Carlos Gil pregunta a Silvana Tapia sobre los criterios para determinar cuándo una cepa de *E. coli* ha sufrido mutaciones significativas como para dejar de ser considerada la misma especie.
Habla: Silvana TapiaSignificado #1 · Palabras #4silvana tapia y criterios e colisecuenciación masiva identifica bacterias…estamos aquí todos juntos en tertulia y que, por supuesto, cualquiera se sienta libre de intervenir y aportar algo cuando consideren, ¿no? aunque en este caso la pregunta iba dirigida específicamente a Silvana pero que les animo a cualquier cosa que quieran. De hecho, yo quería preguntar a Silvana si hay un criterio para considerar que mi E. coli ya mutada o variada o estropeada ya no es E. coli, ¿que ha cambiado la especie? Pues ahora mismo, claro, además los criterios han ido cambiando porque bueno, conforme han ido evolucionando las tecnologías, sobre todo de secuenciación masiva, pues hoy en día prácticamente identificamos a las bacterias cogiendo su genoma y secuenciándolo y comparándolo con otros que han subido otros investigadores antes a ciertas bases de datos, pero antes. Y estoy diciendo hace muy poquitos años se hacía simplemente pues viendo cómo se comportaba esa bacteria. Si tú aislabas una bacteria en el laboratorio y tenía una serie de características o de propiedades, luego aislabas otra en otro entorno y tenía las…
Silvana Tapia explica cómo se determina cuándo una bacteria es considerada una especie nueva, basándose en la comparación de genomas.
Habla: Silvana TapiaSignificado #3fenotipo bacteriano como criteriotaxonomía bacteriana dando vuelcocriterios moleculares en bacteriasgenomas distintos con fenotipos similarescomparación de genomas bacterianosespecie nueva con diferencia del 3subespecies y cepas concretasbacterias aisladas de diferentes nichos…una serie de características o de propiedades, luego aislabas otra en otro entorno y tenía las mismas características que la primera, decías bueno pues es la misma especie. Y hoy en día por eso digo que la taxonomía bacteriana está cambiando totalmente porque ahora qué criterio utilizamos para decir que una bacteria es de la misma especie que la otra y hemos visto que por esas características que llamamos el fenotipo no nos sirve porque hay dos bacterias que pueden hacer lo mismo en una circunstancia pero luego tener genomas totalmente diferentes entonces ese criterio se está abandonando y la taxonomía bacteriana que es la que pone nombres a cada grupo bacteriano pues está dando pues un vuelco tremendo y no está cambiando toda la taxonomía y hoy en día pues se siguen criterios moleculares. Cuando una bacteria se comparan los genomas y son diferentes en un 3% de ese genoma, ya podemos considerar que estamos ante una especie nueva. Luego hay pequeñas particularidades dentro de ese porcentaje; bueno pues luego dependiendo de otros criterios se dice si es una subespecie o si es una cepa concreta. Cepas son pequeñas características, por ejemplo nosotros hemos aislado una misma bacteria pero de nichos o de entornos diferentes el simple hecho que una bacteria aguante en un nicho por ejemplo una temperatura y ahora yo la encuentro a otra temperatura totalmente diferente aunque yo sepa que es la misma especie digo que son dos cepas diferentes porque bueno pues tienen características particulares dentro de ese pequeño 3% que hace que un…
Juan Carlos Gil plantea la posibilidad de que una bacteria pueda tener un genoma diferente en un 3% y aún así pertenecer a distintas especies, sugiriendo que la clasificación bacteriana podría volverse no transitiva.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #17genoma bacteriano 3 diferenteclasificación bacteriana no transitivaespecies bacterianas y porcentajes de similitud…pero como digo eso está en constante cambio y más ahora pues con las técnicas moleculares que tenemos que son capaces de afinar muchísimo más. Bueno, pues total que es cuestión de sepas, para que lo sepa Iba a complicar un poco la situación, me ha recordado Los dados no transitivos. ¿Es posible que una bacteria tenga un genoma 3% diferente a otra? La primera con una tercera y la B y la C, que por casualidad no, quiero decir: ¿es no transitivo el hecho de pertenecer a distintas especies? De hecho, había un autor que dice que en el futuro seguramente no podamos asignar un solo nombre a una bacteria, sino que sea por distinto porcentaje debido al parecido que tenga con otras bacterias. Es decir, que a lo mejor no podemos decir en el futuro que tengamos una E. coli, sino una bacteria 50% E. coli, 50% Salmonella, por decir dos nombres así al azar. Hay autores que proponen eso, que no hay una especie como tal, sino que pueden ser mezclas; el…