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Alberto ApariciBorja TosarGastón GiribetFrancis VillatoroHéctor SocasJuan Carlos Gilextracción adn mitocondrial fragmentosfragmentos adn pares basesreconstrucción adn mitocondrial puzleadn mitocondrial homo sapienscráneo homo longi árbol evolutivoposición cráneo denisovanos tetrisdescubrimiento denisovano paleogenómicagenoma mitocondrial nature 2013artículo denisovano naturaleza polémicoSvante PääboDenisovanosNatureEspañaNeandertalADN mitocondrialFrancis VillatoroAlberto ApariciNeandertalesMarisa CastiñeiraADN nuclearChinaFrancisHomo SapiensHomo habilisAustralopithecusHomo longiTíbetMelanesiaIndonesiaNueva GuineaDenisobanosSiberiaCueva de DenisovaDenisova 2Denisova 8Denisova 20ADNTaiwán
Secuenciación genoma mitocondrial Denisovanos
Con
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Francis Villatoro hace un comentario histórico sobre el descubrimiento del primer Denisovano y la publicación en 2013 de un artículo en Nature relacionado con la secuenciación del genoma mitocondrial, que resultó ser polémico.
…caso eran unos 2.000 fragmentos o algo por el estilo. Estoy hablando de memoria, no estoy seguro. No, estoy viendo aquí 8.000 posiciones de nucleótidos. Por lo tanto, 8 .000 pares de bases en total del ADN que tú vas a analizar. Es muy poquito, en realidad. Desde luego, además que no crean los oyentes que lo que estamos sacando de aquí es el ADN de una mitocondria como quien tira de una cuerda y lo saca entero. No, no, tú lo que tienes es muchos trocitos muy chiquitines. Me parece que la media de cada trocito son 16 pares de bases o algo por el estilo. Son extremadamente pequeños y luego has de hacer una especie de trabajo de reconstruir como si fuera un puzle en Plan de bueno, el final de este trocito se parece al principio de este otro, con lo que igual los podemos poner juntos y comparando eso con el ADN mitocondrial que conoces de Homo Sapiens. Desde luego que es el mejor conocido de Neandertales; de Denisovanos pues puedes armar como una especie de Tetris en donde tienes todas estas cosas y eso ya te permite, digamos, analizar la posición del cráneo en el árbol familiar. Y esto es básicamente lo más importante. ¿Podemos hablar así, Francis? Yo quería hacer un pequeño comentario Que es un comentario de carácter histórico Tras el descubrimiento con Paleogenómica Por el grupo de Svante Pavo del primer Denisovano En 2010 se analizó obviamente restos de la cima de los huesos en España Y se publicó en el año 2013 en la revista Nature en diciembre de 2013, un artículo que al final resultó ser muy polémico, que era la primera secuenciación de genoma mitocondrial de un resto que se había identificado hasta aquel momento como neandertal y que resultó que se parecía más a los denisovanos. Se publicó en Nature en 2013 que había denisovanos en la cima de los huesos, en Burgos. Claro, esto fue una cosa polémica Eso nos…
Significado #4 · Palabras #1
Alberto Aparici plantea la posibilidad de hibridación entre humanos modernos y otras especies extintas como *Homo habilis* o incluso *Australopithecus*, basándose en el intercambio genético observado entre neandertales y denisovanos.
Habla: Alberto ApariciPalabras #11hibridación humanos modernos homo habilisgenes neandertales en genoma sapiensintercambio genético denisovanos y neandertales…que hasta que no pasen 30 millones de años puede haber intercambio genético entre dos ramas cercanas del árbol de la vida, o sea que imaginad: cuando estamos hablando de especies humanas, estamos hablando que Homo habilis tiene 2 millones y medio de años. Mucha gente piensa que, bueno, sabemos que los neandertales podrían hibridar con nosotros porque hay genes neandertales en nuestro genoma; los denisovanos también, también hay genes neandertales en el genoma de los sapiens, pero es que probablemente podríamos hibridar con Homo habilis; es que probablemente podríamos hibridar con Australopithecus sin ningún problema. entonces fíjate hasta qué punto es resbaladiza esa definición y ya te digo John se ha escrito mucho al respecto hay libros de biología especializados en cómo nombrar bien una especie yo nunca me he leído ninguno es una de las cosas que tengo en el debe pero…
Alberto Aparici explica cómo se determina la pertenencia de restos fósiles a una especie, utilizando técnicas como la paleoproteómica y el análisis de ADN para compararlos con muestras de neandertales, denisovanos y humanos.
Habla: Alberto ApariciSignificado #20paleoproteómica comparando proteínas denisovanosanálisis adn para identificar especies humanasrestos fósiles pertenencen a misma especie…una mandíbula en el Tíbet, apareció otra mandíbula en Taiwán, de hecho, más bien en el puente de tierra que hay entre Taiwán y China, creo que se descubrió porque se estaban haciendo unas obras o algo por el estilo ahí digamos bajo el agua y se descubrió. Esa mandíbula entonces, gracias a diversas técnicas, alguna vez por paleoproteómica, es decir, por analizar las proteínas que quedan ahí y compararlas con la de neandertales, denisobanos, humanos y tal, y otras veces por ADN cuando se ha podido sacar ADN, pues se ha comprobado que todos esos restos pertenecen a la misma especie entonces de una situación en el. Año 2010 en donde los denisobanos solo sabíamos que habían vivido en la Cueva de Denisova; que esto no lo he dicho, pero es donde se descubrieron los primeros restos. La Cueva de Denisova está básicamente en el centro de Asia. Si uno se imagina Rusia, Siberia…
Alberto Aparici explica que los denisovanos tienen una herencia genética más reducida en comparación con los neandertales, destacando su presencia en poblaciones como la del Tíbet y Melanesia.
Habla: Alberto ApariciPalabras #13herencia genética denisovanos poblaciones tibetgenoma denisovana islas melanesia indonesiaadaptaciones inmunes legado tibetano denisovanos…otro sitio. Y es verdad que los neandertales fueron una especie europea, pero a día de hoy sabemos que el genoma neandertal es más prevalente en Asia que en Europa. Pero tienen más del doble de ADN, digamos, en toda la costa pacífica de Asia que en Europa. Y en cuanto a los denisovanos, los denisovanos tienen una herencia genética más reducida. Ya os digo que se ha identificado en el Tíbet, relacionado con estos genes que tienen que ver con la altura. Y sobre todo en Melanesia y las islas Indonesia, Nueva Guinea, todas estas islas de ahí; ahí hay una herencia denisovana de alrededor del 5 % del genoma. Y parece estar relacionado con enfermedades de la zona, con adaptaciones inmunes y cosas así, aunque ese está menos claro que el legado tibetano. Entonces, dicho todo esto, ¿qué narices es lo que se ha descubierto? Bueno, lo que se ha descubierto es un cráneo que ya estaba descubierto, ¿vale? Es un cráneo que apareció en el año 2018 pero que no se describió hasta el año 2021. Se llama a menudo el cráneo de Harbin. Harbin es una ciudad en el nordeste de China, en…
Francis Villatoro describe el proceso de reconstrucción del ADN mitocondrial a partir del sarro encontrado en un diente del cráneo conocido como 'Homo longi', explicando las dificultades y la baja calidad de la cobertura obtenida.
Habla: Francis VillatoroSignificado #11adn nuclear homo longisecuenciación adn denisobanosvariabilidad humana moderno leandertalespuzzle adn referencia humanoadn mitocondrial cráneo homo longireconstrucción adn mitocondrial sarro dentalcobertura baja adn mitocondrial uno pocopaleogenoma cobertura ideal veinte treinta…pura emoción. Aquí los Men in Black empiezan a trabajar porque iba a decir algo importante como que es extraterrestre, que es lo que dice David Loeb. El próximo artículo. Bueno, en principio de este sarro, de esto que han encontrado en el diente han hecho un Análisis de ADN buscando ADN nuclear porque el ADN nuclear es el más claro. El ADN nuclear es muchísimo más largo y, por tanto, aunque encuentres muchos trozos, puedes acoplarlo, puedes ajustarlo a un ADN de referencia, un ADN de referencia humano y ver las diferencias; y esas diferencias de un único nucleótido, etcétera, son las que marcan si estás en una especie o en otra, si están dentro de la variabilidad propia del humano moderno o si corresponden a algo parecido a las variantes que se han observado en leandertales o las que se han observado en denisobanos. Y no se encontró, no se logró aislar adecuadamente, o sea, no se logró secuenciar, en la palabra técnica, trozos suficientemente largos porque lo que hace es coger los trozos e irlos poniendo como en un puzzle. Yo tengo varias. Copias de una pequeña región y tengo trozos un poquito más grandes que esa región y los voy colocando como en vertical y voy pegándolos como si fueran piecitas de Lego que voy colocando con los colores adecuados. Entonces no se logró reconstruir ADN nuclear, pero se intentó reconstruir ADN mitocondrial y se logró reconstruir ADN mitocondrial. Es un ADN mitocondrial reconstruido muy mal, la verdad es que la cobertura es de uno y poco, o sea no llega a dos. En un estudio riguroso, paleogenómico, la cobertura, es decir, el número de copias que tengo de cada trocito en ADN mitocondrial tendría que ser del orden de 20, quizás 30, ¿vale? Eso es una calidad excelente, lo que tengo reconstruido de. Verdad es lo que es, una calidad fetén. 30 de cobertura 20, mira, pues está bien, pero no es lo... 10. Uy, estamos en el borde, pero cuando la cobertura es muy baja, como en este caso, hay que tener cuidado. Te paso a que continúes tú, Alberto. Sí, perdón,…
Alberto Aparici explica por qué el ADN mitocondrial es la primera fuente de información obtenida al secuenciar genomas antiguos como los de neandertales y Denisovanos, debido a su abundancia en las células.
Habla: Alberto ApariciSignificado #2 · Palabras #2adn mitocondrial cráneo homo longimitocondrias como bacterias ancestralesrespiración celular y mitocondriasancestros unicelulares incorporaron bacteriasadn mitocondrial de denisovanossecuenciación genomas antiguos neandertalesabundancia adn mitocondrial en célulasadn mitocondrial denisovano 16500 basesadn nuclear humano 3200 millones basesdiferencia adn mitocondrial nuclear albertoadn mitocondrial un millón veces más cortoadn mitocondrial humano tiene 37 genesadn nuclear posee unos 21000 genespseudogenes en adn nuclear suman 30000adn basura función desconocidaadn mitocondrial más fácil encontrarreconstruir árbol genealógico humanoposición individuo en familia humanareiniciar archivos alberto aparicirelación denisova 2 con homo longidenisova 3 y 4 como primos lejanos…el ordenador en un momento dado. De hecho, yo me quedo escuchándoos a vosotros y vosotros decís: “Se ha quedado Alberto como congelado”, no sé cuántos, y yo no. Pero bueno, en fin. Tú seguís hablando ahí. Espero no haber metido la paz con lo que acabo. de comentar Seguro que no, te he convencido que no Bueno, la cosa que este sarro ha sido el único lugar donde se ha podido encontrar algo de ADN Y lógicamente cuando el ADN es muy escaso, lo que se ha encontrado es ADN mitocondrial Hay que pensar siempre, recordemos, las mitocondrias son esta parte de la célula donde ocurre la respiración y la mitocondria originalmente era una bacteria Es una bacteria que nuestros antepasados, nuestros tataratatarabuelos unicelulares, se incorporaron, digamos, esa bacteria al interior de las células Y en cada célula humana normalmente hay decenas, centenares, a Veces miles de mitocondrias. Entonces, copias del ADN de cada mitocondria hay muchísimas en cada célula. En cambio, copias del ADN de la célula, hay una en cada célula, con lo que cuando tienes escasez de ADN lo que encuentras primero siempre es el ADN mitocondrial. De hecho, cuando se empezaron a secuenciar los genomas de neandertales y todo esto también lo primero que se encontró es el ADN mitocondrial. Entonces, este ADN aunque es más corto y desde luego da poca información sobre el metabolismo digamos del Denisovano pues sí que permite saber cuál es su posición en el árbol familiar, Francis. Alberto, ¿qué significa más corto? Pues significa que el ADN mitocondrial, humano, neandertal, denisovano, son unos 16.500 bases. Exacto. Y el ADN nuclear, dividido en diferentes cromosomas, en el humano son 3.200 millones de bases. La diferencia entre 3.200 millones y 16.000 es lo que llama Alberto más corto Es concretamente casi un millón de veces más corto, de hecho, es extremadamente breve en comparación con el ADN nuclear, que es como se Llama el otro. El número de genes son 37 genes los que tiene el ADN mitocondrial humano y el ADN nuclear tiene unos 21.000 genes, más unos 30.000 pseudogenes, más una enorme cantidad de cosas aparte. Sí, exacto, este ADN que tradicionalmente se ha llamado ADN basura y que ahora ya no nos gusta mucho usar eso porque nos damos cuenta que muchas partes tienen alguna función, pero bueno, que la cuestión es que a cambio de ser muchísimo más corto hay muchísimas más copias con lo que Es mucho más fácil encontrar ADN mitocondrial que encontrar ADN nuclear, en ese sentido, y ese es el que se ha encontrado y es suficiente como para poder reconstruir la posición de este individuo en concreto dentro del árbol de la familia humana. Y aunque se me han cerrado los archivos porque he tenido que reiniciar, es claro que donde está más cerca es de los Denisobanos de Siberia, los denisobanos de la cueva de Denisova, si no recuerdo mal; espera, dejadme que lo abra y así os digo bien la posición en el árbol familiar de todo esto, pero ya solo con esa pequeña cantidad de ADN podemos más o menos identificar con qué humanos estaba más relacionado. Y efectivamente, lo que veo aquí es que está relacionado con Denisova 2, Denisova 8, Denisova 20, 19, mientras que Denisova 3 y 4, que son más recientes, están como primos; están un poquito más lejos en ese sentido. Con lo que esto confirma la posible datación de estos estratos del puente del río este, tal y cual Porque Denisova 8, Denisova 2, los que están más cerca de este, tienen edades de 190.000 años, 123.000 años, 180.000 años. Con lo que bueno, más o menos estamos…
Francis Villatoro hace un comentario histórico sobre el descubrimiento del primer Denisovano y la publicación en 2013 de un artículo en Nature relacionado con la secuenciación del genoma mitocondrial, que resultó ser polémico.
Habla: Francis VillatoroSignificado #4 · Palabras #1extracción adn mitocondrial fragmentosfragmentos adn pares basesreconstrucción adn mitocondrial puzleadn mitocondrial homo sapienscráneo homo longi árbol evolutivoposición cráneo denisovanos tetrisdescubrimiento denisovano paleogenómicagenoma mitocondrial nature 2013artículo denisovano naturaleza polémico…caso eran unos 2.000 fragmentos o algo por el estilo. Estoy hablando de memoria, no estoy seguro. No, estoy viendo aquí 8.000 posiciones de nucleótidos. Por lo tanto, 8 .000 pares de bases en total del ADN que tú vas a analizar. Es muy poquito, en realidad. Desde luego, además que no crean los oyentes que lo que estamos sacando de aquí es el ADN de una mitocondria como quien tira de una cuerda y lo saca entero. No, no, tú lo que tienes es muchos trocitos muy chiquitines. Me parece que la media de cada trocito son 16 pares de bases o algo por el estilo. Son extremadamente pequeños y luego has de hacer una especie de trabajo de reconstruir como si fuera un puzle en Plan de bueno, el final de este trocito se parece al principio de este otro, con lo que igual los podemos poner juntos y comparando eso con el ADN mitocondrial que conoces de Homo Sapiens. Desde luego que es el mejor conocido de Neandertales; de Denisovanos pues puedes armar como una especie de Tetris en donde tienes todas estas cosas y eso ya te permite, digamos, analizar la posición del cráneo en el árbol familiar. Y esto es básicamente lo más importante. ¿Podemos hablar así, Francis? Yo quería hacer un pequeño comentario Que es un comentario de carácter histórico Tras el descubrimiento con Paleogenómica Por el grupo de Svante Pavo del primer Denisovano En 2010 se analizó obviamente restos de la cima de los huesos en España Y se publicó en el año 2013 en la revista Nature en diciembre de 2013, un artículo que al final resultó ser muy polémico, que era la primera secuenciación de genoma mitocondrial de un resto que se había identificado hasta aquel momento como neandertal y que resultó que se parecía más a los denisovanos. Se publicó en Nature en 2013 que había denisovanos en la cima de los huesos, en Burgos. Claro, esto fue una cosa polémica Eso nos…
Francis Villatoro advierte sobre la necesidad de precaución al clasificar el cráneo como Denisovano basándose únicamente en datos de ADN mitocondrial.
Habla: Francis VillatoroSignificado #6 · Palabras #4adn nuclear identificó restos neandertalessecuenciación adn mitocondrial de baja calidadidentificaciones incorrectas cima de los huesosresto inicialmente identificado como denisovanoadn mitocondrial cráneo denisovanopaleogenómica adenisomano chinasecuenciar adn nuclear denisovano…ya, este relato no tiene sentido Claro, esto lo había hecho el propio grupo de Esbante Pavo y por supuesto firmaban el artículo todos los famosos de España Carbonell, Bermúdez de Castro, Ursuaga, etc. Pero al año siguiente, no, perdón, hubo mucha polémica Y se publicó en 2016 en Nature, o sea, tres años más tarde, pero prácticamente al año siguiente ya se estaba bastante claro de que no era adenisovano. Se logró secuenciar un trozo de ADN nuclear, muy poquito, muy poquito ADN nuclear, pero lo suficiente como para identificar, fuera de toda duda, de que ese resto era neandertal. Es decir, el ADN mitocondrial cuando se secuencia con una calidad pobre, con una cobertura muy baja y como ha comentado Alberto, si tenemos 8.000 pares de bases de un ADN que solamente son 16.500, tenemos menos de la mitad de ese ADN mitocondrial. Entonces es muy posible que haya identificaciones incorrectas, como pasó con la cima de los huesos, ese resto que se consideró ADN mitocondrial denisovano y que resultó ser un fósil neandertal; pues lo mismo en esta nueva identificación, tenemos que ser muy cautos en la parte. Paleogenómica. Hasta que no se puedan secuenciar trocitos de ADN nuclear o hasta que, de manera independiente de otro lugar, de este cráneo o de algún otro resto, no se logre secuenciar más ADN mitocondrial, debemos de poner en cuarentena que realmente por paleogenómica, por ADN mitocondrial, esto sea adenisomano. Sí, no es digamos firme en ese sentido. Hay opciones, porque los investigadores de China señalan que este cráneo de Harbin es morfológicamente similar a otro que es el cráneo de Dali, que es una cueva que ahora no recuerdo dónde está, yo creo que está en el sur de China. entonces ellos hipotetizan que podrían pertenecer a poblaciones emparentadas, de este cráneo…
Francis Villatoro explica la cantidad de ADN mitocondrial necesaria para diferenciar especies como Neandertales y Denisovanos, señalando que incluso secuenciar la mitad podría ser suficiente según algunos investigadores.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #3adn mitocondrial especies marisa castiñeirasecuenciación genoma mitocondrial completoedad del mitocondrialdiferencias entre especies próximas edad metocondrialprecisión secuenciación par de bases posición 27base de datos diferenciación especiessecuenciación genoma mitocondrial denisovanosadn mitocondrial neandertal y denisovanosecuenciadores adn mitocondrial completo…Y qué bueno, el tema también de que sea cero el fuselaje, pues tendría algo que ver con la coloración esta que estamos observando. Yo creo que están ensayando para poner publicidad en la nave, pero es un primer… No lo descartes, no. Pregunta Marisa Castiñeira que qué o cuánto ADN mitocondrial se considera para determinar qué es una nueva especie, diferenciar dos especies parecidas ¿Cuánto ADN mitocondrial? Bueno, en principio el ADN mitocondrial lo habitual en el presente, es decir, si yo cojo dos especies de la naturaleza y estudio su ADN mitocondrial la edad del mitocondrial se secuencia perfectamente todas y cada una de las bases y lo tengo completo. Entonces puedo compararlo y puedo hacer cierta filogenia con muchas garantías. En la edad metocondrial hay diferencias entre especies próximas, pero como lo podemos secuenciar con una enorme cobertura, es decir, con una precisión que tiene una garantía absoluta de que el par de bases en la posición 27 son exactamente eso, pues podemos diferenciarlos con muy pocas diferencias; podemos ir directamente a la base de datos y encontrarlos. O sea, no es una cuestión de tipo necesito encontrar: ¿qué necesito encontrar? ¿El 90%? ¿El 80%? Bueno, para diferenciar especies depende del trozo de ADN mitocondrial. En el caso de diferenciar entre Neandertal y Denisovano, pues no sé ahora mismo cuál es el porcentaje concreto necesario para tener la garantía de que haya una diferencia clara, ¿no? Pero lo que sí es cierto es que secuenciando como la mitad, estos investigadores creen que sí es posible hacer la diferencia, pero hay artículos previos del pasado en los que se hizo algo parecido y no funcionó, entonces lo ideal sería poder secuenciar el ADN mitocondrial completo porque es muy pequeñito; es que 16.000, ahora mismo tenemos secuenciadores capaces de. secuenciar tiras completas de 16.000 bases, de pares de bases Pregunta Lorenzo Escartín, esta creo que puedo dar yo por lo menos una primera aproximación, pregunta si existe alguna idea sobre a qué escala se deberían buscar las ondas gravitacionales…