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José EdelsteinIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarretrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasaAntropicIgnacio CrespoOpusMitosSonnetEvo2CRISPRARNADNfago SA1StaphylococcusRepet the RayFrancis Mojica
Repeticiones antes retrotranscriptasa
Con
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Ignacio Crespo explica los hallazgos concretos del análisis realizado por Antropic, detallando un sistema compuesto por tres componentes clave: una retrotranscriptasa con una cola larga, un gen compañero y repeticiones.
…de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica cómo la combinación de ciertos sistemas podría ser útil para detectar y actuar sobre material genético, detallando el proceso de búsqueda de genes y su posterior transformación en proteínas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3antropic busca genes metagenómicosretrotranscriptasa asociada proteínas efectobases de datos metagenómicas microorganismosretrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genesconversión arn en adn funcióncríticas búsqueda datos brutoretrotranscriptasas analizadas antropicclústeres retrotranscriptasas análisis genéticogenomas emparentados clústeres brutamenteanálisis genético antropic retrotranscriptasasfragmentos genoma cercano función proteínasgenoma relevante 3564 familias antropic…complacer la inteligencia artificial y eso es uno de los grandes problemas que tenemos pero bueno sabiendo que quieren buscar estas herramientas en la naturaleza y sabiendo qué es lo que tienen en mente y cómo quieren hacerlo pues ellos los que plantearon. Fue utilicemos grandes bases de datos metagenómicas; significa que no son bases de organismos concretos. Muchas veces son recogidas del ambiente, por lo tanto tienen ahí una representación de distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme base de datos. Y aquí viene otra de las críticas que han recibido, porque lo han hecho a lo bruto. Lo que han cogido es: deja de que busque los datos porque aquí son los típicos que hay que dar uno a uno. Vale, han cogido unos 200.000 clústeres de posibles retrotranscriptasas. Clúster significa que cuando tú analizas todos esos genomas no te quedas con cada uno de ellos individualmente; hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que…
Ignacio Crespo comenta sobre la forma en que Antropic comparte sus descubrimientos, destacando una reacción de entusiasmo por parte de la inteligencia artificial durante un proceso de filtrado masivo de datos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #6entusiasmo ia filtrado datosreacción inteligencia artificial rayproceso filtrado masivo datos antropicimitación emoción inteligencia artificial…me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de razonamientos que tiene, porque todavía son legibles en principio, se dio cuenta del detalle y ellos lo cuentan como si fuera maravilloso. Dicen que aquí la inteligencia artificial dijo, es espectacular, puedo ver a simple vista, que eso ya tiene su gracia, ¿no? Una repetición en tándem que es como CRISPR, puntos suspensivos, una repetición en tándem, ¿no? O sea, algo así dice, Repet the Ray, vamos a ver, es de todo, de todo, menos calmado, menos meditado este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para…
Ignacio Crespo explica los hallazgos concretos del análisis realizado por Antropic, detallando un sistema compuesto por tres componentes clave: una retrotranscriptasa con una cola larga, un gen compañero y repeticiones.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1retrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasa…de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Ignacio Crespo explica cómo las repeticiones en tándem de CRISPR almacenan material genético para reconocer infecciones virales, comparándolo con un DNI para microorganismos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4 · Palabras #2análisis genético gel electroforesisfragmentos material genético mojicarepeticiones palindrómicas ordenadoresguanina timina citoseína alumnocrpr repeticiones tándem material genéticoespaciadores crpr reconocimiento infecciones viralesdni microorganismo patógeno crpralteración espaciadores crpr reproducción microorganismos…artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno leyendo en tu gel de electroforesis cómo se habían ido desplazando los fragmentos de ese material genético y lo reconstruías. Y entonces se los estaba dictando su alumno. Le estaba diciendo, bueno, pues aquí guanina, timina, citoseína, un poco así de básico. Y Mojica dijo, te estás confundiendo, te estás repitiendo lo que ya has dicho, no puede ser. Y así es como se dieron cuenta. Es muy interesante comparar eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones de estos virus que atacaban a los microorganismos. Los lo almacenaban ahí, quedaba fijo, era como el DNI del microorganismo patógeno. Y se quedaba. Esto es importante porque si después, con la reproducción de microorganismos que tienen sistemas CRISTER, generación tras generación, alteramos estos espaciadores, ya no coinciden. Como si yo voy cambiando los números de tu DNI generación tras generación, pues no van a coincidir para reconocer al individuo cuando pasemos dos, tres generaciones. Así que en este caso tenían que quedarse fijos. Esto veremos luego por qué es importante. Pero hay una diferencia que se subraya, y creo que la subrayan en el mismo paper; creo que incluso ahí ya lo decían, y es que son mucho más largas. Estos espaciadores que han encontrado son mucho más largos, lo cual no encaja del todo, y aquí viene la segunda…
Ignacio Crespo explica cómo las retrotranscriptasas funcionan como retrones, convirtiendo ARN en ADN para proteger a la bacteria de infecciones virales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2retrotranscriptasa activada por fago sa1infección de staphylococcus por fagosestructura conocida en infecciones bacterianasinvestigación retrotranscriptasa antropicretrotranscriptasas como retronesprotección bacteriana contra virusenzima proteína inactiva estímulosarn convertido en adn bacteria…Y luego que no hemos visto la función. Hemos visto una estructura que más o menos remeda. Y que sabemos que estadísticamente esa proteína, ese gen acompañante va junto con la retrotranscriptasa, pero no está claro cómo actúa en la urgencia una con la otra. Y además luego sí que vieron en húmedo, investigando ya con las manos en la masa, que la retrotranscriptasa se activaba. Se activaba cuando había infecciones; bueno, en concreto, cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus, bacterias en este caso. Entonces, sí, había una reacción aparentemente llamativa, pero estamos todavía muy en el inicio. Quedan muchas cosas abiertas al respecto porque, como digo, no encuentran la función; no pueden confirmarla, ellos mismos insisten; solamente hemos encontrado esta estructura que más o menos se parece, y esto también es importante; no es algo único, es algo que conocemos. Estas retrotranscriptasas se comportan como retrones, que precisamente tienen esta actividad: convertir ARN, bueno, retrotranscribir ARN en ADN, asociarlo a una enzima, una proteína, mantenerlo inactivo y que ante determinados estímulos del entorno se active, pues por ejemplo para producir la muerte celular, en el caso de que la bacteria detecte que ha sido infectada con virus, quitarse de en medio y no darle la posibilidad al virus de que se replique e infecte a las que tiene alrededor. Así que ha habido muchas críticas diciendo también que esto no es nuevo, que estos son retrones y ya está y no tiene mucho más por mucho que le llaméis ART, que es como le han llamado a este sistema por Array Retro Transcriptase. Pero está la otra vuelta que…