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Alberto ApariciBorja TosarGastón GiribetFrancis VillatoroHéctor SocasJuan Carlos Giladn nuclear homo longisecuenciación adn denisobanosvariabilidad humana moderno leandertalespuzzle adn referencia humanoadn mitocondrial cráneo homo longireconstrucción adn mitocondrial sarro dentalcobertura baja adn mitocondrial uno pocopaleogenoma cobertura ideal veinte treintaADN mitocondrialHomo longiADNAlberto ApariciMarisa CastiñeiraADN nuclearChinaFrancis VillatoroDenisovanosHéctor SocasHarbinNeandertalesFrancisHomo SapiensNatureNeandertalcráneo de HarbinMelanesiaThe Man From EarthAvi Loeb
Reconstrucción ADN mitocondrial sarro dental
Con
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Francis Villatoro describe el proceso de reconstrucción del ADN mitocondrial a partir del sarro encontrado en un diente del cráneo conocido como 'Homo longi', explicando las dificultades y la baja calidad de la cobertura obtenida.
…pura emoción. Aquí los Men in Black empiezan a trabajar porque iba a decir algo importante como que es extraterrestre, que es lo que dice David Loeb. El próximo artículo. Bueno, en principio de este sarro, de esto que han encontrado en el diente han hecho un Análisis de ADN buscando ADN nuclear porque el ADN nuclear es el más claro. El ADN nuclear es muchísimo más largo y, por tanto, aunque encuentres muchos trozos, puedes acoplarlo, puedes ajustarlo a un ADN de referencia, un ADN de referencia humano y ver las diferencias; y esas diferencias de un único nucleótido, etcétera, son las que marcan si estás en una especie o en otra, si están dentro de la variabilidad propia del humano moderno o si corresponden a algo parecido a las variantes que se han observado en leandertales o las que se han observado en denisobanos. Y no se encontró, no se logró aislar adecuadamente, o sea, no se logró secuenciar, en la palabra técnica, trozos suficientemente largos porque lo que hace es coger los trozos e irlos poniendo como en un puzzle. Yo tengo varias. Copias de una pequeña región y tengo trozos un poquito más grandes que esa región y los voy colocando como en vertical y voy pegándolos como si fueran piecitas de Lego que voy colocando con los colores adecuados. Entonces no se logró reconstruir ADN nuclear, pero se intentó reconstruir ADN mitocondrial y se logró reconstruir ADN mitocondrial. Es un ADN mitocondrial reconstruido muy mal, la verdad es que la cobertura es de uno y poco, o sea no llega a dos. En un estudio riguroso, paleogenómico, la cobertura, es decir, el número de copias que tengo de cada trocito en ADN mitocondrial tendría que ser del orden de 20, quizás 30, ¿vale? Eso es una calidad excelente, lo que tengo reconstruido de. Verdad es lo que es, una calidad fetén. 30 de cobertura 20, mira, pues está bien, pero no es lo... 10. Uy, estamos en el borde, pero cuando la cobertura es muy baja, como en este caso, hay que tener cuidado. Te paso a que continúes tú, Alberto. Sí, perdón,…
Significado #1 · Palabras #1
Alberto Aparici menciona un descubrimiento reciente relacionado con un individuo cuyo legado abarca 146.000 años, destacando la dificultad para determinar su sexo debido al tipo de ADN obtenido.
Habla: Alberto ApariciSignificado #18 · Palabras #19adn mitocondrial sin sexolegado de 146000 años individuodescubrimiento reciente alberto aparici…este señor lo importante ya lo había hecho. Lo vamos a disfrutar nosotros que nos hemos quedado, ¿no? Él ya ha terminado su etapa, ¿no? Nosotros nos quedamos y lo disfrutamos y eso sí que es dejar un legado, ¿no? Eso... Tú te vas y te vas tranquilo, digamos. ¿Sabes quién dejó un legado de 146.000 años? Un señor... Un señor... Que nunca lo hubiese sospechado. Exacto, exacto. Bueno, vamos a empezar por: No sabemos si era señor o señora. Efectivamente, eso iba a decir yo; no está sexado, digamos, y de hecho estos trabajos, aunque han sacado ADN, como es ADN mitocondrial, no permite sexarlo, o sea que, bueno, ahora hablamos de todas estas cosas. Vamos a poner en contexto por qué a mí me parece que esta es Una noticia tan importante. Para mí el titular es: No ocurre todos los días que una especie humana que no sabías cómo era su cabeza, su cráneo, su cara de repente gana cara, ¿no? No ocurre todos los días y eso ha pasado hace apenas un mes y medio, un mes y un…
Alberto Aparici, posiblemente influenciado por las teorías de Avi Loeb, sugiere que el origen de los antepasados del individuo al que perteneció el cráneo de Harbin podría estar relacionado con Melanesia y la presencia de ADN Denisovano.
Habla: Alberto ApariciPalabras #20adn denisovano en cráneo harbinmelanesia y porcentaje nisovanoadn mitocondrial del abuelo harbinpelícula the man from earth 2007…por la tierra. No sé si han visto The Man From Earth, The Man From Earth, qué maravilla de película. Sí, sí, me encanta. Yo lo miraría, no sé, igual es que últimamente estoy leyendo demasiadas cosas de Loeb, pero es mi teoría. Yo creo que tiene sentido. Esta película, si no la han visto los oyentes, muy muy recomendable: The Man From Earth, creo que es del año 2007, muy muy bueno. A lo mejor el origen de los antepasados de este abuelo eran de esa zona de Melanesia en la que el porcentaje de nisovano es mucho más alto de lo habitual y también lo tenía en su ADN mitocondrial y ha acabado aquí en el cráneo. Bueno, ahora cuando os cuente de dónde se ha sacado el ADN creo que le daréis un poquito más de crédito a este asunto. Pero antes de eso quería contar solo una cosa más: cuando este cráneo se describe en el año 21, después de aparecer en el año 18, solo se describe morfológicamente porque no se consigue encontrar ningún tipo de material o, más bien, porque es más rápido hacer la descripción morfológica y dicen: bueno, vamos a esperar y vamos a hacer esto con tranquilidad porque este cráneo puede…
Alberto Aparici explica los intentos fallidos de extraer ADN del cráneo de Harbin, señalando que se han analizado huesos densos como los dientes y el hueso petroso.
Habla: Alberto ApariciSignificado #13adn del cráneo harbinhueso petroso extracción adndientes como fuente adn…Entonces, tenemos esta situación en la que este cráneo se pasa cuatro años sin poder ser atribuido a nadie. Es una especie humana nueva que, como solo tiene un resto, pues a lo mejor igual se queda en un cajón y nunca se identifica. Con nada se intenta extraer ADN del cráneo varias veces. Los mejores lugares para extraer ADN son los huesos más densos, porque están más estancamente cerrados; digamos, los dientes suelen ser un buen sitio para extraer ADN del interior del diente. También el hueso petroso o el peñasco, que es un hueso de la parte lateral del cráneo, que es literalmente el hueso más denso del cuerpo humano. Intentaron encontrar ADN ahí y no lo consiguieron; fracasaron en ese sentido y dijeron: parece que este cráneo se ha pasado tanto tiempo fuera que a lo mejor ya no le queda ADN de ningún tipo en ningún sitio. Y este es un cráneo peculiar porque tiene toda la Parte de arriba del cráneo pero no tiene la mandíbula inferior. La mandíbula inferior si estaba inicialmente se ha perdido y a lo mejor es que ni siquiera estaba. Y entonces en esa mandíbula superior le queda un diente, un único diente, uno solo. ¿Vale?…
Alberto Aparici describe un giro sorprendente en los intentos de investigación sobre el cráneo de Harbin: se decidió analizar el sarro presente en un diente para buscar ADN.
Habla: Alberto ApariciSignificado #6 · Palabras #6sarro diente cráneo harbinadn en sarro bacterianoproteínas cuerpo segrega sarro…si estaba inicialmente se ha perdido y a lo mejor es que ni siquiera estaba. Y entonces en esa mandíbula superior le queda un diente, un único diente, uno solo. ¿Vale? ¿Intentaron extraer ADN del diente? Tampoco, pero se dieron cuenta y aquí viene el giro que Me parece maravilloso y que te demuestra que uno tiene que perseverar todo lo que pueda. Decidieron probar suerte porque se dieron cuenta de que en el diente hay un poco de sarro. El sarro es una concreción mineral que tiene que ver con placa bacteriana unida con saliva, unida con proteínas que el cuerpo segrega y que cuando aquello se queda digamos estratificado termina formando una capa mineral alrededor del diente. Y dijeron: bueno, en el sarro ha habido muchas cosas biológicas asquerosas; a lo mejor de aquí sale algo de ADN. Siempre cabe esperar que la mayor parte de ADN del sarro sea bacteriano, pero bueno, a lo mejor queda alguna cosa y probaron y salió alguna cosa. Héctor, ¿querías decir algo antes de? Que yo continúe. Sí, es que ha surgido otra tercera teoría sobre el origen del nombre Longis aquí en el chat de YouTube: nos la pone Tomás Vila, que dice que pensaba que lo llamaban así porque el dueño antes de entregarlo había estado varios años haciéndose…
Francis Villatoro describe el proceso de reconstrucción del ADN mitocondrial a partir del sarro encontrado en un diente del cráneo conocido como 'Homo longi', explicando las dificultades y la baja calidad de la cobertura obtenida.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1adn nuclear homo longisecuenciación adn denisobanosvariabilidad humana moderno leandertalespuzzle adn referencia humanoadn mitocondrial cráneo homo longireconstrucción adn mitocondrial sarro dentalcobertura baja adn mitocondrial uno pocopaleogenoma cobertura ideal veinte treinta…pura emoción. Aquí los Men in Black empiezan a trabajar porque iba a decir algo importante como que es extraterrestre, que es lo que dice David Loeb. El próximo artículo. Bueno, en principio de este sarro, de esto que han encontrado en el diente han hecho un Análisis de ADN buscando ADN nuclear porque el ADN nuclear es el más claro. El ADN nuclear es muchísimo más largo y, por tanto, aunque encuentres muchos trozos, puedes acoplarlo, puedes ajustarlo a un ADN de referencia, un ADN de referencia humano y ver las diferencias; y esas diferencias de un único nucleótido, etcétera, son las que marcan si estás en una especie o en otra, si están dentro de la variabilidad propia del humano moderno o si corresponden a algo parecido a las variantes que se han observado en leandertales o las que se han observado en denisobanos. Y no se encontró, no se logró aislar adecuadamente, o sea, no se logró secuenciar, en la palabra técnica, trozos suficientemente largos porque lo que hace es coger los trozos e irlos poniendo como en un puzzle. Yo tengo varias. Copias de una pequeña región y tengo trozos un poquito más grandes que esa región y los voy colocando como en vertical y voy pegándolos como si fueran piecitas de Lego que voy colocando con los colores adecuados. Entonces no se logró reconstruir ADN nuclear, pero se intentó reconstruir ADN mitocondrial y se logró reconstruir ADN mitocondrial. Es un ADN mitocondrial reconstruido muy mal, la verdad es que la cobertura es de uno y poco, o sea no llega a dos. En un estudio riguroso, paleogenómico, la cobertura, es decir, el número de copias que tengo de cada trocito en ADN mitocondrial tendría que ser del orden de 20, quizás 30, ¿vale? Eso es una calidad excelente, lo que tengo reconstruido de. Verdad es lo que es, una calidad fetén. 30 de cobertura 20, mira, pues está bien, pero no es lo... 10. Uy, estamos en el borde, pero cuando la cobertura es muy baja, como en este caso, hay que tener cuidado. Te paso a que continúes tú, Alberto. Sí, perdón,…
Alberto Aparici explica que el sarro encontrado en un diente del cráneo 'Homo longi' ha sido la única fuente para obtener ADN.
Habla: Alberto ApariciSignificado #2 · Palabras #3adn mitocondrial cráneo homo longimitocondrias como bacterias ancestralesrespiración celular y mitocondriasancestros unicelulares incorporaron bacteriasadn mitocondrial de denisovanossecuenciación genomas antiguos neandertalesabundancia adn mitocondrial en célulasadn mitocondrial denisovano 16500 basesadn nuclear humano 3200 millones basesdiferencia adn mitocondrial nuclear albertoadn mitocondrial un millón veces más cortoadn mitocondrial humano tiene 37 genesadn nuclear posee unos 21000 genespseudogenes en adn nuclear suman 30000adn basura función desconocidaadn mitocondrial más fácil encontrarreconstruir árbol genealógico humanoposición individuo en familia humanareiniciar archivos alberto aparici…el ordenador en un momento dado. De hecho, yo me quedo escuchándoos a vosotros y vosotros decís: “Se ha quedado Alberto como congelado”, no sé cuántos, y yo no. Pero bueno, en fin. Tú seguís hablando ahí. Espero no haber metido la paz con lo que acabo. de comentar Seguro que no, te he convencido que no Bueno, la cosa que este sarro ha sido el único lugar donde se ha podido encontrar algo de ADN Y lógicamente cuando el ADN es muy escaso, lo que se ha encontrado es ADN mitocondrial Hay que pensar siempre, recordemos, las mitocondrias son esta parte de la célula donde ocurre la respiración y la mitocondria originalmente era una bacteria Es una bacteria que nuestros antepasados, nuestros tataratatarabuelos unicelulares, se incorporaron, digamos, esa bacteria al interior de las células Y en cada célula humana normalmente hay decenas, centenares, a Veces miles de mitocondrias. Entonces, copias del ADN de cada mitocondria hay muchísimas en cada célula. En cambio, copias del ADN de la célula, hay una en cada célula, con lo que cuando tienes escasez de ADN lo que encuentras primero siempre es el ADN mitocondrial. De hecho, cuando se empezaron a secuenciar los genomas de neandertales y todo esto también lo primero que se encontró es el ADN mitocondrial. Entonces, este ADN aunque es más corto y desde luego da poca información sobre el metabolismo digamos del Denisovano pues sí que permite saber cuál es su posición en el árbol familiar, Francis. Alberto, ¿qué significa más corto? Pues significa que el ADN mitocondrial, humano, neandertal, denisovano, son unos 16.500 bases. Exacto. Y el ADN nuclear, dividido en diferentes cromosomas, en el humano son 3.200 millones de bases. La diferencia entre 3.200 millones y 16.000 es lo que llama Alberto más corto Es concretamente casi un millón de veces más corto, de hecho, es extremadamente breve en comparación con el ADN nuclear, que es como se Llama el otro. El número de genes son 37 genes los que tiene el ADN mitocondrial humano y el ADN nuclear tiene unos 21.000 genes, más unos 30.000 pseudogenes, más una enorme cantidad de cosas aparte. Sí, exacto, este ADN que tradicionalmente se ha llamado ADN basura y que ahora ya no nos gusta mucho usar eso porque nos damos cuenta que muchas partes tienen alguna función, pero bueno, que la cuestión es que a cambio de ser muchísimo más corto hay muchísimas más copias con lo que Es mucho más fácil encontrar ADN mitocondrial que encontrar ADN nuclear, en ese sentido, y ese es el que se ha encontrado y es suficiente como para poder reconstruir la posición de este individuo en concreto dentro del árbol de la familia humana. Y aunque se me han cerrado los archivos porque he tenido que reiniciar, es claro que donde está más cerca es de los Denisobanos de Siberia, los denisobanos de la cueva de Denisova, si no recuerdo mal; espera, dejadme que lo abra y así os digo bien la posición en el árbol familiar de todo esto, pero ya solo con esa pequeña cantidad de ADN podemos más o menos identificar con…
Alberto Aparici advierte sobre la importancia de verificar la autenticidad del ADN antiguo extraído de muestras como el sarro dental, señalando que la mayoría del material genético obtenido es contaminación moderna.
Habla: Alberto ApariciSignificado #4 · Palabras #2adn antiguo sarro dentalcontaminación moderna adn dientesadenina citosina marcador adn…tiene sentido con los estratos para hacer todo este análisis. Eso no lo he contado porque tampoco quiero extenderme yo aquí y pasarme dos horas hablando de los denisovanos para compensar, pero para hacer todo este análisis uno tiene que estar seguro de que el ADN que está utilizando es ADN antiguo, cuidado porque de todo el ADN que sacas de ese poquito de sarro que hay en el diente, el 90% es contaminación moderna solo una cantidad muy pequeñita es antiguo y para identificar que sea antiguo pues hay una serie de marcadores, por ejemplo en el ADN la adenina se convierte en citosina. si no recuerdo mal Hay una serie de cambios químicos que ocurren simplemente porque los nucleótidos se degradan químicamente y hacen que un nucleótido que debería ser de un tipo se convierta en un nucleótido de otro tipo Entonces si tú ves un exceso de…
Alberto Aparici explica que la extracción de ADN mitocondrial no es un proceso sencillo, sino que se obtienen fragmentos muy pequeños.
Habla: Alberto ApariciSignificado #3 · Palabras #18extracción adn mitocondrial fragmentosfragmentos adn pares basesreconstrucción adn mitocondrial puzleadn mitocondrial homo sapienscráneo homo longi árbol evolutivoposición cráneo denisovanos tetris…caso eran unos 2.000 fragmentos o algo por el estilo. Estoy hablando de memoria, no estoy seguro. No, estoy viendo aquí 8.000 posiciones de nucleótidos. Por lo tanto, 8 .000 pares de bases en total del ADN que tú vas a analizar. Es muy poquito, en realidad. Desde luego, además que no crean los oyentes que lo que estamos sacando de aquí es el ADN de una mitocondria como quien tira de una cuerda y lo saca entero. No, no, tú lo que tienes es muchos trocitos muy chiquitines. Me parece que la media de cada trocito son 16 pares de bases o algo por el estilo. Son extremadamente pequeños y luego has de hacer una especie de trabajo de reconstruir como si fuera un puzle en Plan de bueno, el final de este trocito se parece al principio de este otro, con lo que igual los podemos poner juntos y comparando eso con el ADN mitocondrial que conoces de Homo Sapiens. Desde luego que es el mejor conocido de Neandertales; de Denisovanos pues puedes armar como una especie de Tetris en donde tienes todas estas cosas y eso ya te permite, digamos, analizar la posición del cráneo en el árbol familiar. Y esto es básicamente lo más importante. ¿Podemos hablar así, Francis? Yo quería hacer un pequeño comentario Que es un comentario de carácter histórico Tras el descubrimiento con Paleogenómica Por el grupo de Svante Pavo del primer Denisovano En 2010 se analizó obviamente restos de la cima de los huesos en España Y se publicó en…
Francis Villatoro advierte sobre la necesidad de precaución al clasificar el cráneo como Denisovano basándose únicamente en datos de ADN mitocondrial.
Habla: Francis VillatoroSignificado #11 · Palabras #5adn nuclear identificó restos neandertalessecuenciación adn mitocondrial de baja calidadidentificaciones incorrectas cima de los huesosresto inicialmente identificado como denisovanoadn mitocondrial cráneo denisovanopaleogenómica adenisomano chinasecuenciar adn nuclear denisovano…ya, este relato no tiene sentido Claro, esto lo había hecho el propio grupo de Esbante Pavo y por supuesto firmaban el artículo todos los famosos de España Carbonell, Bermúdez de Castro, Ursuaga, etc. Pero al año siguiente, no, perdón, hubo mucha polémica Y se publicó en 2016 en Nature, o sea, tres años más tarde, pero prácticamente al año siguiente ya se estaba bastante claro de que no era adenisovano. Se logró secuenciar un trozo de ADN nuclear, muy poquito, muy poquito ADN nuclear, pero lo suficiente como para identificar, fuera de toda duda, de que ese resto era neandertal. Es decir, el ADN mitocondrial cuando se secuencia con una calidad pobre, con una cobertura muy baja y como ha comentado Alberto, si tenemos 8.000 pares de bases de un ADN que solamente son 16.500, tenemos menos de la mitad de ese ADN mitocondrial. Entonces es muy posible que haya identificaciones incorrectas, como pasó con la cima de los huesos, ese resto que se consideró ADN mitocondrial denisovano y que resultó ser un fósil neandertal; pues lo mismo en esta nueva identificación, tenemos que ser muy cautos en la parte. Paleogenómica. Hasta que no se puedan secuenciar trocitos de ADN nuclear o hasta que, de manera independiente de otro lugar, de este cráneo o de algún otro resto, no se logre secuenciar más ADN mitocondrial, debemos de poner en cuarentena que realmente por paleogenómica, por ADN mitocondrial, esto sea adenisomano. Sí, no es digamos firme en ese sentido. Hay opciones, porque los investigadores de China señalan que este cráneo de Harbin es morfológicamente similar a otro que es el cráneo de Dali, que es una cueva que ahora no recuerdo dónde está, yo creo que está en el sur de China. entonces ellos hipotetizan que podrían pertenecer a poblaciones emparentadas, de este cráneo…
Marisa Castiñeira pregunta sobre la cantidad de ADN mitocondrial necesaria para determinar si es una nueva especie o diferenciar dos especies similares.
Habla: Francis VillatoroSignificado #16 · Palabras #4adn mitocondrial especies marisa castiñeirasecuenciación genoma mitocondrial completoedad del mitocondrialdiferencias entre especies próximas edad metocondrialprecisión secuenciación par de bases posición 27base de datos diferenciación especiessecuenciación genoma mitocondrial denisovanosadn mitocondrial neandertal y denisovanosecuenciadores adn mitocondrial completo…Y qué bueno, el tema también de que sea cero el fuselaje, pues tendría algo que ver con la coloración esta que estamos observando. Yo creo que están ensayando para poner publicidad en la nave, pero es un primer… No lo descartes, no. Pregunta Marisa Castiñeira que qué o cuánto ADN mitocondrial se considera para determinar qué es una nueva especie, diferenciar dos especies parecidas ¿Cuánto ADN mitocondrial? Bueno, en principio el ADN mitocondrial lo habitual en el presente, es decir, si yo cojo dos especies de la naturaleza y estudio su ADN mitocondrial la edad del mitocondrial se secuencia perfectamente todas y cada una de las bases y lo tengo completo. Entonces puedo compararlo y puedo hacer cierta filogenia con muchas garantías. En la edad metocondrial hay diferencias entre especies próximas, pero como lo podemos secuenciar con una enorme cobertura, es decir, con una precisión que tiene una garantía absoluta de que el par de bases en la posición 27 son exactamente eso, pues podemos diferenciarlos con muy pocas diferencias; podemos ir directamente a la base de datos y encontrarlos. O sea, no es una cuestión de tipo necesito encontrar: ¿qué necesito encontrar? ¿El 90%? ¿El 80%? Bueno, para diferenciar especies depende del trozo de ADN mitocondrial. En el caso de diferenciar entre Neandertal y Denisovano, pues no sé ahora mismo cuál es el porcentaje concreto necesario para tener la garantía de que haya una diferencia clara, ¿no? Pero lo que sí es cierto es que secuenciando como la mitad, estos investigadores creen que sí es posible hacer la diferencia, pero hay artículos previos del pasado en los que se hizo algo parecido y no funcionó, entonces lo ideal sería poder secuenciar el ADN mitocondrial completo porque es muy pequeñito; es que 16.000, ahora mismo tenemos secuenciadores capaces de. secuenciar tiras completas de 16.000 bases, de pares de bases Pregunta Lorenzo Escartín, esta creo que puedo dar yo por lo menos una primera aproximación, pregunta si existe alguna idea sobre a qué escala se deberían buscar las ondas gravitacionales…