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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetandamiajes de adn atrapadosestimulación del sistema inmunitariovehículos hechos en proteínasnuevas versiones sandamio de adn60 antígenos en origami de dnaespaciamiento entre antígenos y eficaciaandamios proteicos vs andamios de dnaluisa achaerandio estructura de andamioslinfocitos t cooperadores y reacción inmunitariacentros germinales y expansión celularmodificación andamio por autoresproteína padre en andamios de adnlinfocitos t activados por péptidosorigami de adn y respuesta inmunitariareacción inmunitaria con proteínas pequeñaslinfocitos Torigami de ADNLuisa AchaerandioADNsandamio de ADNlinfocitos T cooperadoresandamio de ADNFrancis VillatoroJosé EdelsteinIgnacio CrespoIsabel Corderolinfocitos Bandamios de ADN
Proteína padre en andamios de ADN
Ep545: 11F; Dinosaurios; Sag A*; Genes y Psiquiatría; AlphaGenome; ADN Origami
12 de febrero de 20269 momentos
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Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio modificaron la estructura de los andamios de ADN añadiendo una pequeña proteína llamada 'padre' para activar los linfocitos T.
…como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso inmunitario. Y eso también, un poco en principio, los desanima porque las proteínas, hay punto para las proteínas, pero para el constructo de ADN a las proteínas, a los vehículos que están hechos en proteínas, eso no le pasaba; no se quedaban paradas en los ganglios sino que llegaban hasta el final. Entonces ellos hacen un nuevo intento, dicen bueno pues vamos a modificar la estructura, vamos a modificarla de forma que no se nos quede atascada en los primeros pasos. Entonces hacen un nuevo intento haciendo nuevas versiones de sandamio de ADN, haciéndolo más espaciado y aumentaron también no solamente el número. Total de antígenos sino la densidad por superficie y luego dicen que eso fue un factor clave en que el sistema, y hago spoiler, funcionara; y es que antes habían puesto 60 antígenos muy separados en la estructura, en el origami, unidos al ADN y ahora utilizan esos 60 antígenos pero los ponen muy juntos y no saben o yo no lo he entendido bien en el artículo; no se sabe por qué cuando los ponen juntos funciona perfectamente pero si están separados no es eficaz. De todas formas bueno lo vuelven a intentar y aunque la cosa mejora cuando lo comparan con los andamios proteicos otra vez siguen ganando los andamios proteicos. Conseguimos ahora que no se atasquen pero seguimos sin obtener esa respuesta inmunitaria que se esperaba; ¿Qué seguía fallando? Bueno, pues ahora resulta que ya si parece que esos complejos avanzan más llegan hasta los centros germinales pero ahora resulta que otro punto clave para que se lleve a cabo esa reacción inmunitaria son los linfocitos T cooperadores Este tipo celular por lo visto no se activaba bien con el andamio de ADN y si lo hace con el de proteínas. Si no conseguimos activar a esos linfocitos T, el centro germinal no se expande bien y no se llevan a cabo el resto de reacciones que necesitamos. Por tanto, aquí ¿qué hacen los autores? Pues vuelven a hacer otra modificación sobre su andamio de ADN y esta vez le incluyen una pequeña proteína que la llaman padre, ahí ya no he averiguado, no he entrado a averiguar qué significa cada letra, pero bueno, como además me servía para la explicación, es un péstido muy chiquitito que se lo unen de forma complementaria a ese origami de ADN esa proteína parece ser que les va a ayudar a activar esos linfocitos T pero no va a producir esa reacción inmunitaria que si provocan las proteínas grandes de los vehículos de proteínas es decir, es el punto exacto, un poquito de proteína pero no lo suficiente como para dar una respuesta que no queremos y ahora con ese pequeño cambio si lo consiguen, ahora ven que perfectamente el origami entra, Llega donde tiene que llegar y activa a las células T cooperadoras foliculares, que era el punto clave en el que se había parado la versión anterior. Logran activar los linfocitos T, se activa el linaje que ellos querían de linfocitos B y bueno pues ya parece…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica cómo la adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T) forman cadenas de ADN, donde se almacena la información genética del organismo.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #10adenina guanina citosina timinacadenas de adn con nucleótidosinformación genética del organismoproteínas traducidas desde el códigoadenina une siempre a timinacitosina se une a guaninasecuencia nucleótidos diseñada intencionadamente…indeterminada dependiendo del organismo y que está formado por un código de cuatro letras, pero son cuatro letras que simplemente en biología molecular representamos a cada una de esas moléculas como una letra, pero realmente son moléculas que están unidas. La adenina que se representa por la forma A, la guanina por la letra G, la citosina por la letra C y la timina por la letra T, entonces una cadena de ADN sería la combinación o el enlace o la conjunción de muchas estructuras de este tipo, por ejemplo A, T, C, G, G, C, T como queramos. Luego eso ahí es donde se guarda toda la información del organismo; está escrita en un código que luego lo van traduciendo hasta que da lugar a algo entendible para las células, como son las proteínas. Bueno, pues esos nucleótidos, esas A, C, G, T, están dispuestas en forma de cadena, pero tienen una característica y es que se unen unas a otras, pero no lo Hacen al azar, sino que la adenina, la A, se une siempre a la T, por una serie de enlaces de puentes de hidrógeno, y la citosina se une siempre a la guanina, y viceversa; cuando hay una guanina. De esta forma nosotros podemos hacer cadenas de ADN con una secuencia de nucleótidos con una digamos una secuencia determinada hecha y diseñada a propósito para, por ejemplo, voy a poner un ejemplo: si yo tengo una y luego introduzco seis o siete citosinas y ahora pongo una timina, yo sé que la adenina se va a unir a la timina y me va a formar un loop; simplemente habiendo un loop, habiendo hecho, digamos conscientemente, esa unión de esos nucleótidos en ese orden. Yo ya He conseguido hacer un loop, un lazo, si voy poniendo más nucleótidos, pues puedo hacer más lazos o puedo ir haciendo otras estructuras; es decir, puedo diseñar una figura geométrica con ADN únicamente combinando de forma adecuada esos nucleótidos, además eso…
Isabel Cordero explica por qué los autores proponen utilizar origami de ADN como vehículo para antígenos virales, destacando sus propiedades mínimamente inmunostimulantes y su capacidad para crear estructuras geométricas precisas.
Habla: Isabel CorderoPalabras #11origami de adn vehículo antígenos viralespropiedades mínimamente inmunostimulantes origami adnestructuras geométricas precisas con adn investigador…variable, que genere una respuesta, pero no contra el vehículo, solamente frente al antígeno. que sea además la respuesta deseada, que sea mayor y que no quede enmascarada por ningún otro mecanismo y aquí es donde a los autores se le ocurre utilizar un Origami de ADN. ¿Por qué? Porque los origamis de ADN se ha visto que son mínimamente inmunostimulantes y no generan ningún tipo de respuesta por parte del sistema inmunitario pudiendo funcionar perfectamente como un andamio o un vehículo inerte. Además, visto como ya hemos dicho en artículos de todos estos años, se puede hacer, o sea no es algo de ciencia ficción, podemos hacer estructuras geométricas con el ADN de tamaño, de espacios totalmente exactos y según quiera el investigador. Por tanto, si conseguimos esto, que digamos es factible técnicamente, podemos hacer la molécula de ADN, sabemos que cuando se hacen esas moléculas el sistema inmunitario no va a reaccionar frente a ese origami de ADN, pues bueno, pues simplemente tenemos que ponerle el antígeno y ver cómo funciona tanto en sistema sin vitro como luego en sistema sin vivo Por tanto los autores se…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #16 · Palabras #10software diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adn…Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Luisa Achaerandio explica que los autores del estudio lograron fabricar correctamente andamios de ADN, confirmando su estructura y estabilidad.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #2 · Palabras #5fitometría de flujo linfocitos blinfocitos c implicados procesoproducción de anticuerpos ratonesmicroscopía ganglios linfáticosinmunofluorescencia análisis ratonesandamios de adn con estructura eicosahedroestabilidad del adn en andamiosantígeno unido a adn según estudio…y posteriormente ya pasan a estudios en animales además en varios grupos de ratones a estos ratones se les inmuniza con una inyección subcutánea y bueno después se analiza como esos ratones en su sistema inmunológico Unitario ha reaccionado a esa estructura. A los ratones se hace también un montón de análisis desde fitometría de flujo para analizar los linfocitos B, los linfocitos C, que ya tenemos que también están implicados en el proceso, producción de anticuerpos, se hace también microscopía de los ganglios linfáticos, inmunofluorescencia, etc. Hacen muchos ensayos. para ir ya un poquito concretando cuáles son los resultados más novedosos que encuentran estos autores lo primero que resaltan y demuestran que pueden fabricar correctamente estos andamios de ADN que lo consiguen porque vieron que se desplegaron correctamente de hecho en el material suplementario se ven las figuras perfectamente que tienen la forma que ellos esperaban, únicos eicosahedro y que el antígeno está unido donde se tenía que unir y lo más importante que son estables porque eso también y luego lo dicen en discusión el ADN es más inestable y hay más probabilidades que se degrade que las proteínas pero en principio ellos dicen que aquí en su trabajo eso no ha sido un factor importante. La partícula por tanto está bien construida y en cultivos celulares parece que también reaccionan bien los linfocitos B y empiezan a producir señales frente a ese 9B en vehículo, pero cuando lo pasan a los ensayos sin vivo en ratones es donde empiezan a tener…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio modificaron la estructura de los andamios de ADN añadiendo una pequeña proteína llamada 'padre' para activar los linfocitos T.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1andamiajes de adn atrapadosestimulación del sistema inmunitariovehículos hechos en proteínasnuevas versiones sandamio de adn60 antígenos en origami de dnaespaciamiento entre antígenos y eficaciaandamios proteicos vs andamios de dnaluisa achaerandio estructura de andamioslinfocitos t cooperadores y reacción inmunitariacentros germinales y expansión celularmodificación andamio por autoresproteína padre en andamios de adnlinfocitos t activados por péptidosorigami de adn y respuesta inmunitariareacción inmunitaria con proteínas pequeñas…como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso inmunitario. Y eso también, un poco en principio, los desanima porque las proteínas, hay punto para las proteínas, pero para el constructo de ADN a las proteínas, a los vehículos que están hechos en proteínas, eso no le pasaba; no se quedaban paradas en los ganglios sino que llegaban hasta el final. Entonces ellos hacen un nuevo intento, dicen bueno pues vamos a modificar la estructura, vamos a modificarla de forma que no se nos quede atascada en los primeros pasos. Entonces hacen un nuevo intento haciendo nuevas versiones de sandamio de ADN, haciéndolo más espaciado y aumentaron también no solamente el número. Total de antígenos sino la densidad por superficie y luego dicen que eso fue un factor clave en que el sistema, y hago spoiler, funcionara; y es que antes habían puesto 60 antígenos muy separados en la estructura, en el origami, unidos al ADN y ahora utilizan esos 60 antígenos pero los ponen muy juntos y no saben o yo no lo he entendido bien en el artículo; no se sabe por qué cuando los ponen juntos funciona perfectamente pero si están separados no es eficaz. De todas formas bueno lo vuelven a intentar y aunque la cosa mejora cuando lo comparan con los andamios proteicos otra vez siguen ganando los andamios proteicos. Conseguimos ahora que no se atasquen pero seguimos sin obtener esa respuesta inmunitaria que se esperaba; ¿Qué seguía fallando? Bueno, pues ahora resulta que ya si parece que esos complejos avanzan más llegan hasta los centros germinales pero ahora resulta que otro punto clave para que se lleve a cabo esa reacción inmunitaria son los linfocitos T cooperadores Este tipo celular por lo visto no se activaba bien con el andamio de ADN y si lo hace con el de proteínas. Si no conseguimos activar a esos linfocitos T, el centro germinal no se expande bien y no se llevan a cabo el resto de reacciones que necesitamos. Por tanto, aquí ¿qué hacen los autores? Pues vuelven a hacer otra modificación sobre su andamio de ADN y esta vez le incluyen una pequeña proteína que la llaman padre, ahí ya no he averiguado, no he entrado a averiguar qué significa cada letra, pero bueno, como además me servía para la explicación, es un péstido muy chiquitito que se lo unen de forma complementaria a ese origami de ADN esa proteína parece ser que les va a ayudar a activar esos linfocitos T pero no va a producir esa reacción inmunitaria que si provocan las proteínas grandes de los vehículos de proteínas es decir, es el punto exacto, un poquito de proteína pero no lo suficiente como para dar una respuesta que no queremos y ahora con ese pequeño cambio si lo consiguen, ahora ven que perfectamente el origami entra, Llega donde tiene que llegar y activa a las células T cooperadoras foliculares, que era el punto clave en el que se había parado la versión anterior. Logran activar los linfocitos T, se activa el linaje que ellos querían de linfocitos B y bueno pues ya parece…
Luisa Achaerandio explica cómo la utilización de andamios de proteínas para transportar antígenos provocaba la producción de anticuerpos no deseados, enmascarando los anticuerpos esperados.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #6 · Palabras #3anticuerpos no deseados en andamios proteínasorigami de adn actuando correctamenteproblemas con antígenos transportados…B por cada millón y después de utilizar este sistema eso incrementa absolutamente y ahí sí tienen una ventaja muchísimo mayor que cuando se utilizaba el andamiaje de proteínas aquí es cuando consiguen origami de ADN, un punto, andamiaje de proteínas, cero. Aquí es donde está el mayor cambio en cuanto a los distintos sistemas, y es que el portar el antígeno en ese vehículo de proteínas no solamente estimulaba el sistema inmunitario, se producían anticuerpos que no queríamos y enmascaraban a los que sí querían. Ahora, después de solventar todos los problemas y que ya el origami de ADN llegue a actuar donde tiene que. Llegar. Ahora sí, ellos encuentran una explosión de este linaje de linfocitos B y además también recuentan una gran cantidad de anticuerpos frente a ese antígeno que ellos estaban portando en ese origami de ADN. Por tanto, y además se hace un resumen muy…
Luisa Achaerandio discute una limitación del artículo científico sobre la activación de linfocitos T, mencionando la posible degradación del ADN utilizado.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #18 · Palabras #16degradación del adn en linfocitos tproteínas vs adn en vehículosorigami para antígenos complejos…que luego los linfocitos T colaboradores cooperativos se activen. Esto llega a los linfocitos B y al final el sistema funciona perfectamente. Así que ellos al final pues cierran el artículo y les ha quedado absolutamente redondo. Sin embargo, como en todo el artículo científico hay que ser también objetivo y ver las limitaciones del trabajo como he dicho una de las primeras limitaciones que ellos consideran aunque han hecho ensayos y parece que no ocurre es la degradación del ADN que es el ADN es mucho más sensible que las proteínas y por ahí puede ser otro punto para el vehículo de proteínas en vez de para el ADN pero en su trabajo parece ser que no hay degradación o por lo menos no tan alta como ellos esperaban y luego que también lo que estábamos diciendo que esto es complejo y que si nosotros queremos unir a ese origami antígenos más Complejos que el aumento en complejidad de la molécula que tenemos que diseñar de ADN se incrementa muchísimo; que ha funcionado este sistema simple para ese antígeno sencillo relativamente sencillo; que puede ser que la complejidad se haga muchísimo más…
Francis Villatoro reflexiona sobre una estrategia utilizada en un estudio experimental con origami de ADN para vacunas, donde inicialmente se introdujo una proteína en la estructura del ADN y posteriormente se comprendió su función para estimular linfocitos T.
Habla: Francis VillatoroSignificado #7 · Palabras #15proteína en estructura adn para vacunasestimulación de linfocitos t con proteínasmicroscopía crioelectrónica de estructurasmás de 25 técnicas diferentes utilizadas…claro, cuando ya ibas luego a los Resultados, ya la Discusión y es no esto fallaba y entonces hemos añadido esto. Esto ha fallado, hemos añadido esto. Pero claro, cuando yo leía antes el Material y Método, digo, pero si no quieren proteínas, ¿para qué meten? ahora una proteína en mitad de la estructura del ADN? Si precisamente lo que querían era que no hubiera proteínas. Luego ya entendí que claro, que era para estimular esos linfocitos T de alguna manera. Entonces bueno, ha sido ensayo y error, pero vamos, varias veces. Sí, las figuras más bonitas, que son figuras como que se ve con un microscopio, son de crío electromicroscopía Bueno, he contado el número de técnicas diferentes, pero si me pongo, yo creo que más de 25 técnicas han utilizado Sí, Sí, entre el diseño, bueno, no recuerdo si el antígeno lo han hecho ellos o no. Ponía que era de ingeniería de proteínas, pero no sé si era de ellos. Todos los ensayos en cultivo, en animales, todas las técnicas luego que se han estudiado para evaluar la…
Luisa Achaerandio y José Edelstein continúan la discusión sobre la evaluación de artículos científicos, comparando enfoques basados en estructuras de proteína con modificaciones posteriores basadas en ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #8 · Palabras #13estructura de proteína como basemodificaciones basadas en adnproteínas mejores que adnluisa achaerandio y jose edelstein…han hecho entre 17 personas, además con el mismo conocimiento, entonces bueno, eso ya puede chirriar. Claro, no, pero súper bonito y súper, lo que decían, ¿no? Como parecía que, ay, y me he encontrado la piedra, pero venga, vamos a levantarnos y a ver si... Además, ellos tenían como base la estructura de proteína; digamos que el vehículo de proteínas era como: esto es nuestra línea base y tenemos que ser mejor que eso. Entonces, cuando ellos hacían una modificación decían: no, las proteínas siguen siendo mejores, a ver qué es lo que pasa, qué puedo modificar para que sea mejor. Y vas leyendo el artículo y venga: punto para las proteínas, cero para el ADN. Otra vez, punto para las proteínas, cero para el ADN, hasta que ya consiguen sobrepasar las propiedades que da el vehículo proteico. Estaba pensando, creo que esto es la primera vez que pasa en Coffee Break, que hay un cambio de día durante la grabación. Yo…