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Prompt genérico retrotranscriptas genes
Con
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Ignacio Crespo explica que Antropic utilizó varias inteligencias artificiales como Opus, Mitos y Sonnet para diferentes tareas, además de herramientas especializadas en modelos genómicos como Evo2 y GLM2.
…este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para trabajar con modelos genómicos como puede ser Evo2, GLM2; era un ecosistema complejo. Hay que reconocer que eso está bien montado, es una arquitectura interesante que automatiza partes de ese flujo de trabajo, que parte de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica cómo Antropic ha acortado parte del proceso de investigación al combinar prompts generados por inteligencia artificial con experimentos físicos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #8inteligencia artificial bacteriófagospreprints sin revisión científica…ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para entender esa diferencia con el mundo del laboratorio húmedo donde hay que manipular físicamente objetos placas de petri microscopios pipetas hay un buen salto bueno pues lo que ha decidido es acortar parte del proceso. Ellos mismos han declarado que en estas investigaciones este preprint que han publicado, porque no ha pasado ningún tipo de revisión, que es de unas 40 páginas, es larguito. El humano solamente ha planteado el prompt y luego llevado a cabo experimentos físicos de lo que sugería la inteligencia artificial, que había detectado estos patrones en el genoma de unos bacteriófagos. Luego entraremos en este caso claro; esto ya corta un poquito la escala, sobre todo teniendo en cuenta que Precisamente Antropic está creando Laboratorios Uno, en concreto, que además se ha anunciado hace relativamente poco, con el propósito de que poco a poco se vuelvan totalmente autónomos. Ellos pretenden acortar totalmente ese gap, que incluso la labor física…
Ignacio Crespo explica cómo la combinación de ciertos sistemas podría ser útil para detectar y actuar sobre material genético, detallando el proceso de búsqueda de genes y su posterior transformación en proteínas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2francis rebotar guías filtrosinteligencias artificiales cribar datoscrítica antropic prompts no especificadosrevisión sistemática términos de búsquedainteligencia artificial complacer promptantropic busca genes metagenómicosretrotranscriptasa asociada proteínas efectobases de datos metagenómicas microorganismosretrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genesconversión arn en adn funcióncríticas búsqueda datos brutoretrotranscriptasas analizadas antropicclústeres retrotranscriptasas análisis genéticogenomas emparentados clústeres brutamenteanálisis genético antropic retrotranscriptasasfragmentos genoma cercano función proteínasgenoma relevante 3564 familias antropic…no entraría en conflicto con las farmacéuticas a las que evidentemente les interesaría vender sus productos, ya sean las inteligencias artificiales para procesar datos o estas encarnadas, podríamos decir, que sean capaces de manipular objetos en laboratorio. En este contexto, y todavía muy verdes en este proceso, han decidido mostrar qué es lo que pueden hacer y cuando vayamos avanzando diréis, ya, pero este proceso al final es cribar datos y encontrar patrones. Eso ya lo saben hacer las inteligencias artificiales; dale suficiente tiempo, dale suficiente capacidad de cómputo y yo puedo incluso programarlas para que me hagan esto y es así. El resultado que han obtenido se podría haber obtenido con métodos muchísimo más tradicionales. La diferencia que ellos alegan es que en este caso se han concatenado todos los procesos necesarios de esa búsqueda, revisión, ese tipo de interacciones que comentaba además Francis, de rebotar una guía con otra para ir filtrando los filtros y de esa manera han agilizado mucho el proceso; y además que la indicación que han dado no es ni siquiera una hipótesis concreta de qué tienen que buscar, sino un prompt muy genérico. Aquí viene mi primera crítica gorda, un prompt que no especifican literalmente. Para mí eso es un problema. En una revisión sistemática, por ejemplo, tienes que decir cuáles son tus términos de búsqueda exactamente y cómo has realizado la selección de los artículos, porque ese proceso es también importante. Si yo no conozco bien el prompt no tengo muy claro qué es lo que ha intentado complacer la inteligencia artificial y eso es uno de los grandes problemas que tenemos pero bueno sabiendo que quieren buscar estas herramientas en la naturaleza y sabiendo qué es lo que tienen en mente y cómo quieren hacerlo pues ellos los que plantearon. Fue utilicemos grandes bases de datos metagenómicas; significa que no son bases de organismos concretos. Muchas veces son recogidas del ambiente, por lo tanto tienen ahí una representación de distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme base de datos. Y aquí viene otra de las críticas que han recibido, porque lo han hecho a lo bruto. Lo que han cogido es: deja de que busque los datos porque aquí son los típicos que hay que dar uno a uno. Vale, han cogido unos 200.000 clústeres de posibles retrotranscriptasas. Clúster significa que cuando tú analizas todos esos genomas no te quedas con cada uno de ellos individualmente; hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que…
Ignacio Crespo explica que Antropic utilizó varias inteligencias artificiales como Opus, Mitos y Sonnet para diferentes tareas, además de herramientas especializadas en modelos genómicos como Evo2 y GLM2.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1antropic opus mitos sonnetevo2 glm2 modelos genómicosarquitectura automatiza flujo trabajo antropicprompt genérico retrotranscriptas genesretrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasa…este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para trabajar con modelos genómicos como puede ser Evo2, GLM2; era un ecosistema complejo. Hay que reconocer que eso está bien montado, es una arquitectura interesante que automatiza partes de ese flujo de trabajo, que parte de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Ignacio Crespo reflexiona sobre un sistema genético descubierto por Antropic, planteando dudas sobre su función y la interacción entre sus componentes.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #10sistema genético antropic funciónproteína gen acompañante retrotranscriptasaespaciadores longitud función desconocida…de qué exactamente; es algo que no está respondido. Las analogías que ponen de estos sistemas son siempre en bacterias o arqueas que precisamente los utilizan, como en el caso de CRISPR, para defenderse de virus. Así que hay incógnitas importantes en el aire. La longitud de los espaciadores, que cambien tanto, ¿para qué lo utiliza en este caso? Y luego que no hemos visto la función. Hemos visto una estructura que más o menos remeda. Y que sabemos que estadísticamente esa proteína, ese gen acompañante va junto con la retrotranscriptasa, pero no está claro cómo actúa en la urgencia una con la otra. Y además luego sí que vieron en húmedo, investigando ya con las manos en la masa, que la retrotranscriptasa se activaba. Se activaba cuando había infecciones; bueno, en concreto, cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus, bacterias en este caso. Entonces,…
Ignacio Crespo explica cómo las retrotranscriptasas funcionan como retrones, convirtiendo ARN en ADN para proteger a la bacteria de infecciones virales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #19retrotranscriptasas como retronesprotección bacteriana contra virusenzima proteína inactiva estímulosarn convertido en adn bacteria…cosas abiertas al respecto porque, como digo, no encuentran la función; no pueden confirmarla, ellos mismos insisten; solamente hemos encontrado esta estructura que más o menos se parece, y esto también es importante; no es algo único, es algo que conocemos. Estas retrotranscriptasas se comportan como retrones, que precisamente tienen esta actividad: convertir ARN, bueno, retrotranscribir ARN en ADN, asociarlo a una enzima, una proteína, mantenerlo inactivo y que ante determinados estímulos del entorno se active, pues por ejemplo para producir la muerte celular, en el caso de que la bacteria detecte que ha sido infectada con virus, quitarse de en medio y no darle la posibilidad al virus de que se replique e infecte a las que tiene alrededor. Así que ha habido muchas críticas diciendo también que esto no es nuevo, que estos son retrones y ya está y no tiene mucho más por mucho que le llaméis ART, que es como le han llamado a este sistema por Array Retro Transcriptase. Pero está la otra vuelta que…