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Fragmentos material genético Mojica
Con
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Francis Mojica recuerda cómo, al principio, el análisis genético era mucho más limitado y requería leer fragmentos uno a uno en un gel de electroforesis, incluso dictando los resultados a su alumno.
…en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno leyendo en tu gel de electroforesis cómo se habían ido desplazando los fragmentos de ese material genético y lo reconstruías. Y entonces se los estaba dictando su alumno. Le estaba diciendo, bueno, pues aquí guanina, timina, citoseína, un poco así de básico. Y Mojica dijo, te estás confundiendo, te estás repitiendo lo que ya has dicho, no puede ser. Y así es como se dieron cuenta. Es muy interesante comparar eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo continúa hablando sobre el investigador Francis Mójica, mencionando que Luis Montoliu, un amigo cercano y divulgador de su trabajo, lo llama así.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #2arqueas salinas santa polainvestigación francis mojica alicantedescubrimiento herramientas biológicas crisprinvestigador francis mójicaortografía mojica wikipediapronunciación valenciana mojicainvestigador francis mojicavirus salinas santa poladescubrimiento mojica 1993-2005edición genética charpentier doudnasecuencias genómicas cortes mutacionesbacterias arqueas edición sencillavariante zang edición genética…eso se encontró primeramente en microorganismos Lo mismo con, para poder hacer copias del ADN de la polimerasa, pues las termoestables se han encontrado también en microorganismos, en la termus acuaticus, luego CRISPR, lógicamente, es otro de esos casos. Recordemos rápidamente la historia para saber cuál es el contexto y por qué es tan importante que hayan utilizado este término, que hayan dicho, no, lo que hemos encontrado está a la altura de CRISPR. 1993, Francis Mójica, investigador de Alicante, encuentra en unas arqueas de las Salinas de Santa Pola, en Aloférax Mediterráneo, una especie... ¿Mójica o Mójica? Yo pensaba que era llano, llana la palabra, no sé. Yo siempre he dicho Mójica. Pues estaré equivocado yo, perdón. Pero no estoy seguro, ¿eh? O sea, quiero decir, yo ahora mismo que me has preguntado, ha colapsado toda mi experiencia al respecto. Voy a buscarlo. Diré, fíjate, deberías saber, a ver, Francis Mójica, sí, es Francis Mójica, con toda seguridad siempre le han llamado así. De hecho, una vez me invitaron al colegio de... En la Wikipedia está sin tilde, ¿eh? Ah, no, perdón, es que es la página en inglés, perdón. Vale, a ver, vamos a aclararlo antes de continuar. No, en español también aparece sin tilde. Se escribe sin tilde, pero no sé cómo se pronuncia en valenciano. Yo siempre he dicho Mojica, pues yo he cenado con él, le he llamado mal, clarísimo. Yo creo que Luis Montoliu, que es el más amiguete que tiene, el que más ha divulgado sus cosas, le llama Mojica. Pues ya está, pues Mojica, llevo años llamándole mal, pero en cualquier caso que es una eminencia y que lo que descubrió entre 1993 y 2005 fue un sistema, como decíamos en estas arqueas de las salinas de Santa Pola que les permitían identificar al virus que les estaba infectando a partir de un registro que se iban formando con las infecciones previas y cortarlo, romperle su material genético para que no pudiera continuar con la infección. Esto es muy interesante, pero se quedó ahí hasta que Emily Charpentier y Jennifer Doudna consiguieron llevarlo al mundo aplicado para poder editar genéticamente con estas herramientas, ya que eran. capaces de reconocer secuencias concretas genómicas y editar encima de ellas, cortar y por lo tanto no solamente retirar sino forzar mutaciones para que haya pequeños cambios o mezclarlo con otros fragmentos genéticos pues consiguieron aplicarlo a bacterias y arqueas, a una edición muy muy sencilla. Posteriormente Zang entró con una variante de lo que ellas Habían patentado que podía aplicarse a células como las nuestras, como las de las plantas, y esto fue una revolución porque las técnicas que había para edición genética previas cometían más errores, eran menos específicas. Esto se llevó un premio Nobel hace…
Ignacio Crespo explica cómo la combinación de ciertos sistemas podría ser útil para detectar y actuar sobre material genético, detallando el proceso de búsqueda de genes y su posterior transformación en proteínas.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #19retrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genes…distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme…
Ignacio Crespo continúa explicando el proceso de análisis genético realizado por Antropic, detallando cómo clasificaron las retrotranscriptasas y los fragmentos del genoma relacionados.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #17análisis genético antropic retrotranscriptasasfragmentos genoma cercano función proteínasgenoma relevante 3564 familias antropic…hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que…
Francis Mojica recuerda cómo, al principio, el análisis genético era mucho más limitado y requería leer fragmentos uno a uno en un gel de electroforesis, incluso dictando los resultados a su alumno.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1crispr y funciones delegadas a estudiantesartículo blog luis montoliuinteligencia artificial funciones estudiantesanálisis genético gel electroforesisfragmentos material genético mojicarepeticiones palindrómicas ordenadoresguanina timina citoseína alumno…en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno leyendo en tu gel de electroforesis cómo se habían ido desplazando los fragmentos de ese material genético y lo reconstruías. Y entonces se los estaba dictando su alumno. Le estaba diciendo, bueno, pues aquí guanina, timina, citoseína, un poco así de básico. Y Mojica dijo, te estás confundiendo, te estás repitiendo lo que ya has dicho, no puede ser. Y así es como se dieron cuenta. Es muy interesante comparar eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones…