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Ignacio CrespoBorja TosarJosé EdelsteinIsabel CorderoFrancis VillatoroHéctor Socasintrogresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovanaintrogresión genética linaje fantasmagenoma sapiens poblaciones africanasintrogresiones detectadas genoma sapiensdivergencia de linajes sapiens africareencuentro linajes antes 60000 añosexodo africano hace 80000 añosespecies fantasmas linajes genéticosenergía fantasma campo fantasma físicosphantom amenaza fantasma películaghost especies fantasma ghostLa amenaza fantasmaHéctor SocasÁfrica subsaharianaIgnacio CrespoHeidelbergensisHomo sapiensFox P2Hominio fantasmaADN sapiensNeandertalÁfricaADNADN neandertalTraceAtapuercaHomo HelderbergensisHomo antecessorHomo afinis
Especies fantasmas linajes genéticos
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 20268 momentos
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Héctor Socas comenta sobre la denominación 'especies fantasmas' utilizada por los investigadores para referirse a linajes genéticos desconocidos.
…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en general, como del resto del mundo. Esto significa que probablemente fuera una introgresión previa al momento en el que abandonamos África; y esto les ayuda a acotarlo. Es el motivo por el que, en este caso, no solamente saben cuándo posiblemente ocurrió la divergencia entre los dos linajes que después se reencontraron, sino que pueden datar más o menos cuándo se reencontraron; y te dicen que tuvo que ser antes de hace 60.000-80.000 años, que es cuando ocurrió este éxodo. De esa forma lo acotan entre esos dos puntos; y te plantean que tal vez hace 80.000, hace 100.000 años ocurrió esa introgresión. Eso es un poco el resumen, yo creo que más o menos entendido pero abierto a preguntas. Yo quería decir que me hace mucha gracia el comentario que hiciste de que no se atreven a ponerle nombre y lo llaman especies fantasmas; es como muy de físico eso, de decir: tengo aquí algo que lo voy a llamar fantasma. Como la energía fantasma o el campo fantasma, phantom, bueno es diferente; los físicos hablamos de phantom, no de ghost; este phantom como el de la amenaza fantasma de la película, no, no, estos son ghosts, perdona, estos son especies fantasma pero ghost, bueno, nada, me parece un poco curioso. Yo, Ignacio, te voy a preguntar un poco si habían probado con alguna excepción un poquito más conocida por ver si el método funcionaba o no, pero os comentaba ahí un poco que habían ya probado con cosas. Han hecho simulaciones, han creado un modelo donde hay…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas explica cómo la definición tradicional de especie puede entrar en conflicto con el concepto de introgresión genética, especialmente para aquellos con cierta edad y educación escolar.
Habla: Héctor SocasSignificado #16introgresión genética homininosdefinición de especie nominalismoespecies y descendencia fértil colegio…una descendencia fértil, cosa que ocurre en algunas ocasiones, y por lo tanto, algunos de los genes de las dos especies pasan a sus descendientes, lógicamente. Imaginemos que esos descendientes... Te interrumpo, pero esto puede parecer sorprendente a muchos. Sobre todo a lo mejor que tenemos cierta edad y en el colegio nos explicaron que especies se definen como aquellas que pueden aparearse y tener descendencia fértil. Entonces, tú no estás hablando ahora de que eso ocurre entre dos especies diferentes y parece que eso es una contradicción con la definición de especies. Es que es una contradicción con esa definición de especie. Efectivamente, pero ahí tenemos un concepto que es el nominalismo. Has sido tú que has entrado ya con cuestiones de filosofías del principio, pero consiste en plantear que tal vez aquellas categorías del mundo natural que nosotros utilizamos e interpretamos…
Ignacio Crespo explica un fenómeno relacionado con la reproducción entre especies diferentes, utilizando ejemplos como caballos y burras (mulas) o tigres y leones (ligres/tigones), para ilustrar cómo el ADN neandertal ha llegado hasta los humanos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #9adn neandertal en humanoshibridación caballo burra mulareproducción tigres leones ligresdescendencia sapiens y neandertales…Y por lo tanto las definiciones operacionales que se han dado de especie no han sido perfectas, nunca porque no pueden serlo. Y tenemos esa que es muy útil porque en realidad en términos generales es raro que dos especies distintas tengan descendencia fértil. ¿Qué suele ocurrir? Pues por ejemplo con el caballo y las burras que dan lugar a la mula o con el tigre y el león que da lugar al ligre o al tigón, y todos estos ejemplos suelen ser estériles. ¿Qué pasa? Que sabemos, como comentabas, porque ha salido en mil titulares que el ser humano tiene un porcentaje pequeño, un 1%, un 2%, 3% en algunas poblaciones de ADN neandertal. Eso significa que, vamos, a no ser que los neandertales hicieran ingeniería genética en algún momento, eso significa que ha habido sexo y que ese sexo ha dado lugar a descendientes de neandertales y sapiens que tenían la capacidad de reproducirse porque ha llegado hasta nosotros ese ADN. Así que, de facto, ya es evidente que la definición tiene problemas. ¿Qué pasa? Que hay algunos—esto es muy interesante—que plantean que tal vez debamos redefinir ese concepto de especie en el caso del Homo sapiens y considerar al Neandertal una subespecie…
Ignacio Crespo explica cómo los genes provenientes de especies de homininos desconocidos y los genes sapiens pueden coincidir en árboles genealógicos, planteando preguntas sobre cuándo divergieron sus caminos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #10coalescencia genética sapiens paleogenomasárbol genealógico del genoma ancestro comúngenes compartidos individuo abuelohistoria genealógica homininos sapiensgenes homininos desconocidos sapiensárbol genealógico antepasado comúncoalescencia gen héctórdivergencia caminos sapiens hominino…y de su tatarabuela; no puedes hacer eso, tienes que hacerlo con cada gen y esto es muy complicado. Es verdad que cuanto más próximos están los genes, más difícil es que la recombinación los haya mezclado, pero siguiendo estas reglas lo que podemos es Construir un montón de árboles genealógicos del genoma de estos sapiens y estos paleogenomas que tenemos en la muestra. Y de esa forma podemos ver hacia atrás, retrotrayéndonos en las ramas de ese árbol genealógico, cuándo coincidieron. Por ejemplo, en qué momento ese gen que tengo yo y el mismo gen en el mismo lugar que tiene mi primo partieron del mismo individuo y me remonto a mi abuelo de esa forma. Aquí estaba, tal y como lo tenemos nosotros, así que podemos ir reconstruyendo hacia atrás. Eso es lo que llaman coalescencia. Ese punto en el que tirando hacia atrás veo que coinciden exactamente. Y ellos plantean lo siguiente: si tenemos genes en nuestro genoma que provienen de otras especies de homininos, su historia genealógica estará muy separada de la nuestra. Esa coalescencia entre ese gen que tengo yo en una ubicación que proviene tal vez de un hominino desconocido y esa misma ubicación en, por ejemplo, en ti Héctor, que tal vez no tiene ese gen, que tiene un gen sapiens, ¿en qué momento coincidieron hacia atrás en ese árbol genealógico? ¿En qué momento empezaron a divergir su camino? Y supuestamente esas ramas tienen que ser muy largas, tan largas como que tiene que ser el último antepasado común de ese gen que no era ni sapiens ni de esa otra especie de hominino y por lo tanto se remonta decenas o cientos de miles de años. Es un poco la idea, ramas largas en ese árbol genealógico, es el primer paso. Y suman después otro, que es que precisamente sabiendo que actúa esa recombinación en el genoma, si consiguen encontrar, porque de nuevo comparan un montón de genomas sapiens actuales, si consiguen encontrar que esos fragmentos aparentemente antiguos son…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores rastrean la historia genética humana analizando árboles genealógicos del genoma para determinar cuándo genes compartidos provienen de un ancestro común.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #13 · Palabras #8introgresión genética homininossapiens de aquel momentogenes compartidos ancestro comúnlinajes se vuelven especies distintas…recientes; porque la recombinación es un proceso estocástico que va ocurriendo a lo largo del tiempo. Cuanto más fragmentado esté, más tiempo ha estado en el genoma sapiens, y por lo tanto, hace más tiempo que ocurrió esa introgresión, que es la vuelta. Es ir hacia atrás en las ramas del árbol genealógico para ver dónde tenéis ese antepasado común de cada uno de los genes, el momento en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas…
Ignacio Crespo explica cómo se han encontrado fragmentos de ADN de una especie hominina desconocida, a la que denomina 'especie fantasma', en regiones del genoma sapiens que antes se consideraban carentes de material genético neandertal.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3 · Palabras #6fragmentos adn sapiens hominino fantasmahominio fantasma heidelbergensis posibleárbol genealógico límite superior 420000 añosintrogresión genética homininos sapiensespecie fantasma fragmentos adngenes importantes incompatibles con la vidagenes neandertales incompatibilidad especiesrestos de especies genoma sapiensexpresión inmunitarias fragmentos problemáticoshallazgo restos regiones carentes neandertal…sus antepasados. Y a partir de eso dicen: vale, busquemos fragmentos en el ADN sapiens que puedan venir de especies anteriores a la división del neandertal. Vamos a poner esa cota por encima de 420.000 años en esas ramas largas que podamos hacer del árbol. genealógico. Y ahí es donde encuentran efectivamente ciertos fragmentos, un porcentaje no desdeñable, que puede venir de una especie desconocida, de una especie que ellos llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a nombrarla, sí que sospechan que puede ser Heidelbergensis o tal vez otro que conozcamos, pero no se atreven a ponerle un nombre. Y algo que es muy chulo, muy curioso, es que encuentran fragmentos de esta especie fantasma en lugares del genoma sapiens que creíamos que eran desiertos, desiertos neandertales. Me explico: si nosotros partimos de trabajos anteriores, vemos todo el genoma humano desplegado, el genoma sapiens desplegado, vemos que se concentran esos pequeños fragmentos neandertales que tenemos en determinados puntos del genoma y que hay otros donde por lo que sea no hay apenas rastro de esos neandertales. La explicación tradicional es que eran demasiado importantes esos genes como para toquetearlos a la ligera con lo que los neandertales traían, que cualquier introgresión ahí podía generar problemas incompatibles con la vida en los embriones y que por lo tanto limitó esa combinación posible. Pero claro, si ahora sí que encontramos restos de otras especies en esos aparentes desiertos, significa que tal vez no eran tan necesarios y simplemente había una incompatibilidad con los genes neandertales en ese caso. Además, lo encuentran esto en genes relacionados con expresión de cuestiones inmunitarias; vamos a dejarlo así un poco en el aire pero que es muy interesante porque sabemos que efectivamente son fragmentos que si tocamos a la ligera podemos tener problemas serios. Así que por ahí parece que encuentran algunos aspectos curiosos, pero lo llevan más allá. Ellos dicen: ¿qué pasaría si intentáramos buscar, tal vez, introgresión de otras especies desconocidas en el genoma de aquellos que ya tienen genes denisovanos? De esas poblaciones de Oceanía y de Asia que sabemos que tienen muestras de otra especie humana, que son esos…
Héctor Socas comenta sobre la denominación 'especies fantasmas' utilizada por los investigadores para referirse a linajes genéticos desconocidos.
Habla: Héctor SocasSignificado #1 · Palabras #1introgresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovanaintrogresión genética linaje fantasmagenoma sapiens poblaciones africanasintrogresiones detectadas genoma sapiensdivergencia de linajes sapiens africareencuentro linajes antes 60000 añosexodo africano hace 80000 añosespecies fantasmas linajes genéticosenergía fantasma campo fantasma físicosphantom amenaza fantasma películaghost especies fantasma ghost…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en general, como del resto del mundo. Esto significa que probablemente fuera una introgresión previa al momento en el que abandonamos África; y esto les ayuda a acotarlo. Es el motivo por el que, en este caso, no solamente saben cuándo posiblemente ocurrió la divergencia entre los dos linajes que después se reencontraron, sino que pueden datar más o menos cuándo se reencontraron; y te dicen que tuvo que ser antes de hace 60.000-80.000 años, que es cuando ocurrió este éxodo. De esa forma lo acotan entre esos dos puntos; y te plantean que tal vez hace 80.000, hace 100.000 años ocurrió esa introgresión. Eso es un poco el resumen, yo creo que más o menos entendido pero abierto a preguntas. Yo quería decir que me hace mucha gracia el comentario que hiciste de que no se atreven a ponerle nombre y lo llaman especies fantasmas; es como muy de físico eso, de decir: tengo aquí algo que lo voy a llamar fantasma. Como la energía fantasma o el campo fantasma, phantom, bueno es diferente; los físicos hablamos de phantom, no de ghost; este phantom como el de la amenaza fantasma de la película, no, no, estos son ghosts, perdona, estos son especies fantasma pero ghost, bueno, nada, me parece un poco curioso. Yo, Ignacio, te voy a preguntar un poco si habían probado con alguna excepción un poquito más conocida por ver si el método funcionaba o no, pero os comentaba ahí un poco que habían ya probado con cosas. Han hecho simulaciones, han creado un modelo donde hay…
Ignacio Crespo menciona un hallazgo interesante relacionado con fragmentos del genoma de los sapiens que contienen restos de linajes arcaicos, específicamente en zonas asociadas al lenguaje como el gen Fox P2.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #7 · Palabras #3gen fox p2 y lenguaje sapienslinaje arcaico en genoma sapienscapacidades lingüísticas de otras especies…porque hay mucha información genética que nos apunta que es razonable hablar de una especie distinta y no sabemos cómo de fructíferos serán los encuentros sexuales en cuanto a la capacidad de reproducirse de la descendencia, pero bueno, está ahí. Hay una cosa que no añadí antes, que me pareció muy interesante, y es que esos fragmentos que encontraron del genoma de los sapiens, donde había restos de este linaje arcaico, bueno, el linaje fantasma, algunos de ellos se encontraban en zonas relacionadas con el lenguaje, como genes Fox P2, que precisamente se consideraba que estaban en el desierto sapiens por algo, porque tocarlos era quedarte sin lenguaje. Curioso porque esto puede significar que esas otras especies también tenían capacidades lingüísticas, no sé si comparables, pero más razonables de las que podíamos llegar a pensar. Así que, bueno, todo esto nos invita a replantearnos lo que decíamos antes: ¿Quiénes somos? ¿Qué implican estas divisiones entre especies? ¿Están bien situadas o no? Bueno, muy bien, pues interesante. Seguiremos con este debate. Yo creo que efectivamente, a medida que el humanismo se amplíe, iremos aboliendo estas diferencias y este racismo hacia los humanos que ya no existen. Este estudio recuerda mucho a ese estudio que…
Ignacio Crespo reflexiona sobre cómo el orgullo nacional puede influir en la clasificación de especies, utilizando Atapuerca como ejemplo y mencionando el Homo Helderbergensis.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #16orgullo nacional atapuercasesgo magnificar diferencias homo helderbergensisespecie subespecie comunidad científicapolémicas especies homininos…las que no sabemos que no sabemos. Es que es una cosa que viene en España, como estamos orgullosos de Atapuerca, que tiene el homo antecesor, el homo afinis y el homo no sé cuántos más; han encontrado varios. Justo eso iba a decir, sin poner el nombre de. Atapuerca, porque creo que es una cosa que encontramos más general en otros yacimientos por el mundo, pero hay ese otro factor a la hora de considerar que es una especie y que es una subespecie; y es el apuntarte el tanto, que todos estamos muy orgullosos y que es razonable. Ojo, no estoy diciendo que sea el caso del Homo Helderbergensis, no estoy diciendo eso, pero es verdad que hay un sesgo ahí para magnificar determinadas diferencias. Por eso está la comunidad y por eso recordemos que hay polémicas encendidas sobre qué se acaba aceptando como una especie o que no en el linaje de los homininos. No me resisto a sacar el comentario de Alicia Hurtado en el chat que dice que le preguntemos a Jordi Hurtado y nos dejemos de lío, que estaría por allí. Bueno, pues nada. También había otros comentarios antes que decían que si Hugh Grantman y uno de nuestros…