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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privadaespecialistas genómica colaboraron iniciativa públicainvestigación genes genomas iniciativa públicaproyecto genoma humano en españacarlos lopez jotín iniciativa públicacraig venter y el proyecto genomaavance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciaciónaprovechamiento del proyecto genoma humano públicoresquemor entre comunidades genómicastemor a publicación anticipada de venterpublicación del genoma humanofondo cósmico microondas como analogíaacuerdo iniciativa pública craig ventertécnicas shotgun y tecnología venterpublicación simultánea del genoma humanopremio nobel tras publicación genomaprotógeno humano resuelve enfermedades monogenéticasFrancis VillatoroCelera GenomicsCraig VenterProyecto Genoma HumanoChogánCollinsIniciativa PúblicaCarlos López JotínEspañapremio NobelFrancis CollinsCraig Venter InstituteIgnacioNIH (Institutos Nacionales de la Salud)hospitales Carlos IIIJames WatsonCraig Collins
Especialistas genómica colaboraron Iniciativa Pública
Con
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Francis Villatoro explica cómo la iniciativa pública del Proyecto Genoma Humano atrajo a casi todos los especialistas en genética y genómica de todo el mundo.
…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es una cosa absolutamente, o sea, había que estar ahí. Si tú querías ser persona que investiga en genes y en genomas, tenías que estar en la iniciativa pública, ¿no? Y hacer tu pequeño granito de arena, en España lo hizo muchísima gente, ¿no? Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido toda la comunidad pues entre todas las comunidades genómicos que se dedicaban al tema de genes humanos pues todos estaban así con un poquito con la mosca de la oreja, ¿no? Haría un cierto temor. ¿Y si él, que está haciendo esto, publica el genoma completo tres meses antes que nosotros? Entonces, ¿debe la iniciativa pública a hablar Collins con Venter? Y decirle, mira, señor, vamos a ponernos de acuerdo y lo publicamos en el mismo momento, ¿no? Claro, el problema que tenía publicar el genoma humano es que es como todo la... Tú ves el fondo cómico microondas y tienes una única imagen. Tú ves el genoma humano y tienes un único genoma humano. ¿Es correcto o no es correcto? Entonces se llegó a la conclusión de que, bueno, venga, vamos a ver aquí entre amigos, dado que nosotros hemos usado lo vuestro y vosotros, la iniciativa pública también llega a usar técnicas Chogán y tecnología bioinformática desarrollada por Venter, vamos a intentar publicarlo Más o menos en el mismo momento, ¿no? Entonces se publicaron de manera simultánea, ¿no? Y eso pues relajó un poco la atención, pero siempre ha quedado esa atención, ¿no? Una vez hecho esto, pues ya estaba, digamos, la antesala para el premio Nobel. Aquí estaba más claro que el agua. A nosotros nos vendieron que el protógeno humano iba a resolver el problema de todas las enfermedades de origen monogenético. Y vamos a saber perfectamente para cada enfermedad monogenética, debido a un único gen, cuál era este gen y vamos a descubrir, desvelar la función de la proteína correspondiente a ese gen o todas las proteínas correspondientes a ese gen, porque muchos genes…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro continúa explicando el contexto del Proyecto Genoma Humano, comparándolo con la técnica más innovadora desarrollada por Craig Venter para secuenciar genomas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #9proyecto genoma humano públicosecuenciación con técnica estándarsecuenciar hemophilus influenzae…decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran iniciativa, que es una iniciativa de principios de los 90, que era el Proyecto Genoma Humano, que desde la gran institución, el NIH, los Institutos Nacionales de Salud en Estados Unidos, que es la gran institución que financia la investigación biomédica, en España serían el Instituto, ¿cómo se llama? Los hospitales Carlos III, bueno, Carlos III, no me acuerdo de las siglas exactas, me acabo de olvidar. Este proyecto genoma humano proponía a nivel público secuenciar todo el genoma humano pero utilizando una técnica estándar, que es una técnica mucho más conservadora en la que secuencias grandes trozos primero; intentas localizar muy bien un trozo en un cromosoma, saber muy bien dónde está ese trozo, un trozo relativamente grande y ahora intentas secuenciar el trozo grande, lo que requiere una enorme cantidad, me aclara Ignacio, que son los institutos de salud Carlos III y si me permites hago otra aclaración porque cuando estabais hablando de hemófilos influenzae no quería interrumpir en ese. Momento, pero Héctor ha dicho el de la gripe; ojo, eso es el virus de la influenza. Estamos hablando aquí, aquí estamos hablando de una bacteria: bacterias respiratorias, sí.…
Francis Villatoro explica cómo la iniciativa pública del Proyecto Genoma Humano atrajo a casi todos los especialistas en genética y genómica de todo el mundo.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privadaespecialistas genómica colaboraron iniciativa públicainvestigación genes genomas iniciativa públicaproyecto genoma humano en españacarlos lopez jotín iniciativa públicacraig venter y el proyecto genomaavance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciaciónaprovechamiento del proyecto genoma humano públicoresquemor entre comunidades genómicastemor a publicación anticipada de venterpublicación del genoma humanofondo cósmico microondas como analogíaacuerdo iniciativa pública craig ventertécnicas shotgun y tecnología venterpublicación simultánea del genoma humanopremio nobel tras publicación genomaprotógeno humano resuelve enfermedades monogenéticas…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es una cosa absolutamente, o sea, había que estar ahí. Si tú querías ser persona que investiga en genes y en genomas, tenías que estar en la iniciativa pública, ¿no? Y hacer tu pequeño granito de arena, en España lo hizo muchísima gente, ¿no? Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido toda la comunidad pues entre todas las comunidades genómicos que se dedicaban al tema de genes humanos pues todos estaban así con un poquito con la mosca de la oreja, ¿no? Haría un cierto temor. ¿Y si él, que está haciendo esto, publica el genoma completo tres meses antes que nosotros? Entonces, ¿debe la iniciativa pública a hablar Collins con Venter? Y decirle, mira, señor, vamos a ponernos de acuerdo y lo publicamos en el mismo momento, ¿no? Claro, el problema que tenía publicar el genoma humano es que es como todo la... Tú ves el fondo cómico microondas y tienes una única imagen. Tú ves el genoma humano y tienes un único genoma humano. ¿Es correcto o no es correcto? Entonces se llegó a la conclusión de que, bueno, venga, vamos a ver aquí entre amigos, dado que nosotros hemos usado lo vuestro y vosotros, la iniciativa pública también llega a usar técnicas Chogán y tecnología bioinformática desarrollada por Venter, vamos a intentar publicarlo Más o menos en el mismo momento, ¿no? Entonces se publicaron de manera simultánea, ¿no? Y eso pues relajó un poco la atención, pero siempre ha quedado esa atención, ¿no? Una vez hecho esto, pues ya estaba, digamos, la antesala para el premio Nobel. Aquí estaba más claro que el agua. A nosotros nos vendieron que el protógeno humano iba a resolver el problema de todas las enfermedades de origen monogenético. Y vamos a saber perfectamente para cada enfermedad monogenética, debido a un único gen, cuál era este gen y vamos a descubrir, desvelar la función de la proteína correspondiente a ese gen o todas las proteínas correspondientes a ese gen, porque muchos genes…
Francis Villatoro explica que, a pesar de la secuenciación del genoma humano hace 25 años, la investigación sobre enfermedades genéticas aún está en sus primeras etapas y requiere décadas más de estudio.
Habla: Francis VillatoroSignificado #5 · Palabras #7genoma humano superó expectativassecuenciación completa del genoma humanoproblema tras secuenciación humanainvestigación enfermedades genéticas décadasgenoma humano hace 25 añosproyecto genoma humano iniciativa públicaversiones mejoradas del genoma humano…genes a principio pensó que eran 24.000 hoy día son unos 21.000 tenemos otras cosas los pseudogenes, pero además tenemos una enorme cantidad de estructuras que se heredan porque están en el ADN y que influyen en toda la regulación, en todos los mecanismos. Es decir, todo se convirtió extremadamente complicado. Cuando vimos el genoma completo vimos que este asunto era muy complicado y que lo que se esperaba era publicar el genoma humano completo y en pocos años, por les cinco años, por les diez años, íbamos a resolver el problema de las Enfermedades. Enfermedades de origen genético, pues lo que resulta 25 años más tarde es que todavía estamos en pañales y nos queda todavía muchas décadas de investigación para resolver ese problema. Entonces, pero claro, Collins y la gente de la iniciativa pública, pues tuvo que ir trabajando en vender eso y hacer cosas sobre el proyecto genoma humano, que se ha ido avanzando, se ha ido mejorando; había muchos problemas en ese, era un borrador, realmente era un borrador, no era una versión realmente definitiva. Ahora tenemos versiones mucho mejores, ¿no? Algunas publicadas recientemente. Pero ¿qué hizo Venter? Venter dijo, el premio Nobel me lo van a dar. Así que yo, a mí esto ya no me importa, me importa un comino. Yo voy a dedicar a otro tema. ¿Y cuál es el tema que a principios de los 2000 se puso de moda?…
Francis Villatoro continúa la discusión sobre los Premios Nobel en relación con el Proyecto Genoma Humano, mencionando a Watson y Collins como figuras clave.
Habla: Francis VillatoroSignificado #19watson y collins proyecto genomafigura controvertida de collinssegundo de collins…habría un tercero al que darle este premio Nobel. No, no, aquí en principio se le daría a los dos grandes jefes, lo que ha pasado a veces, y eso pasó con el proyecto de Supernova, por ejemplo, la energía oscura que a veces le damos al primero y al segundo. En el caso del protogenoma humano, el primero obviamente era Watson y el segundo era Collins. Watson ya no está, pues Collins, podríamos buscar el segundo de Collins. Yo creo que no; yo creo que al final, por todo el papel político y mediático que ha tenido Collins, es verdad que es una figura muy controvertida. Ignacio, por ejemplo, nos puede hacer algún comentario, si le apetece, sobre lo controvertida que es la figura de Collins, sobre todo en los últimos años. Pero ganó el premio Templeton, solo digo eso, para los que saben, ya saben por dónde van los tiros. Yo…