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Luisa AchaerandioBorja TosarFrancis VillatoroHéctor SocasMaría Ribesbioinformática para secuencias de arnsecuencia de aminoácidos en base de datoshomologías entre proteínas y viroidesartículo cel del 2024molécula de arn circular obeliscomuestras y análisis bioinformático obeliscoforma bastoncillo o varilla obeliscoluisa achaerandio nombra entidad biológicaCELARNLuisa AchaerandioFrancis VillatoroARN circularHéctor SocasCoffee Break: Señal y RuidoARN mensajero
Bioinformática para secuencias de ARN
Con
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Luisa Achaerandio explica cómo las técnicas de laboratorio para analizar biomoléculas deben complementarse con bioinformática para comparar secuencias de ARN o proteínas con bases de datos existentes.
…estaríamos extrayendo ARN, ¿vale?, ácido ribonucleico de ese microbioma humano en concreto de las heces y de la saliva. Y para ello necesitan muchas técnicas de laboratorio, entre las que se encuentran pues Northern Plot y técnicas muy concretas, ¿vale? entonces una vez que ya lo tienes digamos estas técnicas de laboratorio se tienen que complementar con técnicas de bioinformática que básicamente es trasladar esa secuencia de aminoácidos partimos de la ARN o de las proteínas que encontremos en una muestra y esa secuencia de aminoácidos hay que pasarla a una base de datos y compararla pues con secuencias anteriores que tenemos tanto de nucleótidos como de proteínas y en ese proceso de comparación se pueden establecer lo que se llaman homologías por ejemplo con las proteínas o secuencias parecidas y se puede digamos que sacar un parecido o una diferencia entre este viroide que te digo y lo que se ha descubierto nuevo y se establece como nuevo. De hecho, en el artículo del CEL del 2024, Es el artículo en el que se le llama por primera vez obelisco. Y tiene que ser muy emocionante, realmente, ponerle el proceso ahora mismo en vivo de ponerle el nombre a una entidad biológica que realmente es nueva, pero que necesita todo este proceso tan grande de utilizar las muestras, de obtener las muestras, de hacer un proceso de laboratorio, de utilizar la bioinformática; es un grupo muy grande y de luego obtener unos resultados que nos llevan a esta conclusión. Entonces, es importante decir que se le llama obelisco simplemente esto por la forma que tiene en sí esta molécula de ARN circular que si la pudierais ver en el artículo, lo mismo la podía haber llamado obelisco que se podía haber llamado bastoncillo o varilla porque realmente esa es la forma que puede evocar esta biomolécula orgánica. Con un poquito de imaginación, parece un telescopio. Sí, también es verdad. Algunos dirán que es un símbolo fálico, no sé qué Te iba a preguntar, Luisa, porque para mí me lo has explicado de forma muy básica para la gente que no sabe y me gustaría trasladar eso también a nuestros oyentes porque habrá algunos también que también…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas presenta a Luisa Achaerandio, una invitada al programa 'Coffee Break: Señal y Ruido', destacando su formación en fisioterapia, tecnología de la comunicación, bioestadística y bioinformática.
Habla: Héctor SocasPalabras #10fisioterapia luisa achaerandiotecnología de la comunicación achaerandiobioestadística bioinformática achaerandio…y también tenemos ahí iniciativas de micromecenazgo por si quieren apoyarnos en Patreon, Paypal o en iVoox; como digo, son iniciativas de micromecenazgo que van de un euro al mes a diez euros al mes. Vamos a empezar ya con la tertulia; empiezo con las Presentaciones y me hace mucha ilusión empezar con nuestra invitada de hoy que es Luisa Achaerandio, que estudió fisioterapia. También ha hecho máster en tecnología de la comunicación, ahora en bioestadística y bioinformática y nada, pues bienvenida a la tertulia, Luisa ¿cómo estás? Muchas gracias Héctor, un placer estar aquí. Bueno, por su apellido puede parecer que podría ser de Bilbao, pero ya se sabe que la gente de Bilbao nace y vive donde le da la gana y pues Luisa es un ser de Bilbao que decidió nacir en Málaga y vivir en Tenerife, o sea que ha hecho aquí el sota caballo y…
Luisa Achaerandio explica la necesidad de comprender el concepto de viroide para entender los nuevos agentes heredables de ARN recientemente descubiertos.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #16concepto viroide agentes heredables arnestructura arn escalón pequeñoagente infeccioso plantas viroidemacromolécula biológica ajuste fino…se han encontrado unos colonizadores que se parecen, B-Joid-like, se parecen a unas entidades, por así llamarlo, o como lo llaman en este artículo del CEL de 2024, lo llaman elementos heredables de ARN, agentes o elementos genéticos. ¿Esto qué significa? Pues a lo mejor hay que empezar por el concepto de viroide, que digamos es un escalón un poco más pequeño de estructura de ARN. Ya te digo, aquí me he encontrado yo que no sabía bien si empezar desde el principio a principio o simplemente pues centrarme en este punto de lo que era un viroide en sí. Un viroide básicamente es un agente infeccioso para plantas, como se puede entender generalmente ¿vale? Es como se le conoce de manera general y digamos que su forma y comportamiento se parece mucho a este nuevo agente heredable, pero no del todo. Esto digamos que es un ajuste fino a la hora de poder diferenciar un agente biológico de otro en realidad una macromolécula biológica o una biomolécula de otra ¿vale? Estamos hablando de un ajuste fino. ¿En qué se diferencian? Pues como os decía en el artículo del CEL se ve clarísimo. Es un ARN circular, básicamente, que yo tengo aquí un dibujito que se ve muy claro, donde la diferencia con un viroide es que tiene un Open Frame Read, que es básicamente un marco de lectura, es…
Luisa Achaerandio explica que identificar biomoléculas requiere herramientas como la bioinformática y el trabajo de laboratorio, reconociendo la mayor experiencia de Francis Villatoro en el tema.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #3 · Palabras #11bioinformática para biomoléculastrabajo de laboratorio con francis villatoromuestras para identificar biomoléculas…biomolécula que tenga ese open frame, ese marco de lectura abierto. No tiene esa capacidad de identificarse con unas proteínas concretas y pues eso básicamente es como una diferencia como muy fundamental, pero ¿por qué digo yo que hay que ir al ajuste fino? Porque esto no es posible identificarlo con nuestros ojos, no es lo mismo diferenciar un perro de un pollo, por así decirlo, si estamos hablando de seres, que una biomolécula de otra y para eso, pues que me corrija evidentemente Francis, que es el que sabe del tema muchísimo mejor que yo. Necesitamos la bioinformática y necesitamos el trabajo de laboratorio y evidentemente necesitamos una cantidad de muestras pues bastante. importantes que se pueden ver perfectamente en el artículo para poder extraer tanto el ADN, por así decirlo, en este caso estaríamos extrayendo ADN y tenemos que extraer, estaríamos extrayendo ARN, ¿vale?, ácido ribonucleico de ese microbioma humano en…
Luisa Achaerandio explica cómo las técnicas de laboratorio para analizar biomoléculas deben complementarse con bioinformática para comparar secuencias de ARN o proteínas con bases de datos existentes.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1bioinformática para secuencias de arnsecuencia de aminoácidos en base de datoshomologías entre proteínas y viroidesartículo cel del 2024molécula de arn circular obeliscomuestras y análisis bioinformático obeliscoforma bastoncillo o varilla obeliscoluisa achaerandio nombra entidad biológica…estaríamos extrayendo ARN, ¿vale?, ácido ribonucleico de ese microbioma humano en concreto de las heces y de la saliva. Y para ello necesitan muchas técnicas de laboratorio, entre las que se encuentran pues Northern Plot y técnicas muy concretas, ¿vale? entonces una vez que ya lo tienes digamos estas técnicas de laboratorio se tienen que complementar con técnicas de bioinformática que básicamente es trasladar esa secuencia de aminoácidos partimos de la ARN o de las proteínas que encontremos en una muestra y esa secuencia de aminoácidos hay que pasarla a una base de datos y compararla pues con secuencias anteriores que tenemos tanto de nucleótidos como de proteínas y en ese proceso de comparación se pueden establecer lo que se llaman homologías por ejemplo con las proteínas o secuencias parecidas y se puede digamos que sacar un parecido o una diferencia entre este viroide que te digo y lo que se ha descubierto nuevo y se establece como nuevo. De hecho, en el artículo del CEL del 2024, Es el artículo en el que se le llama por primera vez obelisco. Y tiene que ser muy emocionante, realmente, ponerle el proceso ahora mismo en vivo de ponerle el nombre a una entidad biológica que realmente es nueva, pero que necesita todo este proceso tan grande de utilizar las muestras, de obtener las muestras, de hacer un proceso de laboratorio, de utilizar la bioinformática; es un grupo muy grande y de luego obtener unos resultados que nos llevan a esta conclusión. Entonces, es importante decir que se le llama obelisco simplemente esto por la forma que tiene en sí esta molécula de ARN circular que si la pudierais ver en el artículo, lo mismo la podía haber llamado obelisco que se podía haber llamado bastoncillo o varilla porque realmente esa es la forma que puede evocar esta biomolécula orgánica. Con un poquito de imaginación, parece un telescopio. Sí, también es verdad. Algunos dirán que es un símbolo fálico, no sé qué Te iba a preguntar, Luisa, porque para mí me lo has explicado de forma muy básica para la gente que no sabe y me gustaría trasladar eso también a nuestros oyentes porque habrá algunos también que también…
Luisa Achaerandio reflexiona sobre la existencia de entidades biológicas aún más simples que los virus, denominadas 'obeliscos', y recuerda cómo el descubrimiento de estas entidades amplió nuestra comprensión del mundo molecular.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #18obeliscos más simples que los virusentidades biológicas cadena de arndescubrimiento obeliscos mundo molecular…de la vida, o sea, que podamos llegar a extender un poquito más de lo que se puede interpretar como autonomía, ¿no? Como biomolécula, ¿no? Un poquito más, mucho más abajo del ADN. La vida más simple, ¿no?, que nos habían dicho que eran los virus cuando yo Iba al colegio, nos resulta que todavía hay cosas más simples, más básicas que los virus: que es una simple cadena que se replica de ARN, ¿no? Impresionante. Y fíjate cómo se ha abierto el espacio, que entre los virus y los viroides hemos encontrado precisamente esta entidad que se ha llamado obelisco, así es como lo Han denominado, Obelisque, así es como lo han denominado Obelisk, como SK, que si hubiera sido el revés, Obelix, como KS, podríamos preguntarnos por Asterix, que seguro está también por ahí. Bueno, vamos a hacer la pausita; ahora nos sigues contando cosas…
Luisa Achaerandio explica la naturaleza y características de los 'obeliscos', entidades biológicas descubiertas recientemente en bioquímica, destacando su estabilidad debido a su estructura circular de ARN.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #12árn circular cerrado covalentementeexonucleasas afectan al arn mensajeroestabilidad de los obeliscos luisa achaerandioácido ribonucleico estructura circular…y Luisa nos estaba contando esta fascinante historia de los viroides y los obeliscos, que es un descubrimiento reciente de la bioquímica y al contrario que los viroides, estos obeliscos sí que están además dentro del cuerpo humano, en nuestra microbiota. Exactamente, por ahí van los tiros entonces me gustaría recordar que un obelisco es un ARN es decir un ácido ribonucleico circular cerrado covalentemente es decir que al estar cerrado no le afectan unas enzimas que se llaman exonucleasas con lo cual lo hacen estable porque eso es uno de los problemas que tiene el ARN que por ejemplo el ARN mensajero determinados tipos de ARN que hay muchísimos Las vacunas de la COVID, ¿no? El RNA mensajero de las vacunas Exactamente, hay muchísimos, sí, y uno de los problemas que tenían era eso, que al ser moléculas abiertas y lineales, enseguida se degradaban y se veían afectadas por determinadas enzimas, por…