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Alberto ApariciBorja TosarGastón GiribetFrancis VillatoroHéctor SocasJuan Carlos Gildegradación química nucleótidos altera adnexceso citosinas indicador antigüedad adnartículos cráneo proteómica y adnanálisis proteico antiguo complementa adndesaminaciones indican degradación proteínas antiguasgrupos amina desaparecen con el tiempoADNAlberto ApariciScienceCellFu XiaomeiChiang YiPavocráneo de HarbinADN nuclearADN mitocondrialChinaFrancis VillatoroDenisovanosHomo longiHarbinDalíMelanesiaThe Man From EarthAvi LoebFrancisHomo SapiensNeandertalesAbraham LoebHéctor SocasYi Chiangcráneo Longhi
Artículos cráneo proteómica y ADN
Con
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Alberto Aparici explica cómo la degradación química de los nucleótidos puede alterar la composición del ADN antiguo, llevando a un exceso de citosinas como indicador de antigüedad.
…que sacas de ese poquito de sarro que hay en el diente, el 90% es contaminación moderna solo una cantidad muy pequeñita es antiguo y para identificar que sea antiguo pues hay una serie de marcadores, por ejemplo en el ADN la adenina se convierte en citosina. si no recuerdo mal Hay una serie de cambios químicos que ocurren simplemente porque los nucleótidos se degradan químicamente y hacen que un nucleótido que debería ser de un tipo se convierta en un nucleótido de otro tipo Entonces si tú ves un exceso de citosinas en el ADN, tienes un cierto argumento en favor de que ese ADN es más antiguo y por lo tanto no es contaminación con este cráneo se han publicado dos artículos, uno es sobre ADN, que es de lo que estoy hablando todo el rato, y hay otro que es sobre proteómica se han sacado también proteínas antiguas de ese pedazo de sarro y se han analizado y en las proteínas ocurre lo mismo se producen una serie de desaminaciones, desaparecen ciertos grupos amina cuando las proteínas pasan mucho tiempo y se van degradando y eso te permite saber que las proteínas que estás sacando de ahí son proteínas antiguas o por lo menos tienen una alta probabilidad de ser proteínas antiguas en ese sentido. O sea que hay toda una serie de tests que Tú tienes que hacer para no estar analizando ADN, ¿qué pasaba por ahí simplemente? Y esos tests se hacen; son tests muy severos y te suelen dejar con muy poquito del ADN que tú sacabas. Tú sacas una gran cantidad de ADN y al final igual te quedas con, me…
Significado #1 · Palabras #1
Alberto Aparici, posiblemente influenciado por las teorías de Avi Loeb, sugiere que el origen de los antepasados del individuo al que perteneció el cráneo de Harbin podría estar relacionado con Melanesia y la presencia de ADN Denisovano.
Habla: Alberto ApariciPalabras #7cráneo de harbin y contaminación adnthe man from earth y teorías loebedad cráneo harbin 146000 añosadn denisovano en cráneo harbinmelanesia y porcentaje nisovanoadn mitocondrial del abuelo harbinpelícula the man from earth 2007…ha estado décadas en la casa de una persona, es probable que contenga más contaminación moderna de la que nos gustaría. Cuando lo acaba de sacar de tierra, pues bueno, puede estar contaminado, pero mucho menos que si ha estado 50 años en casa de una persona. Y ahora hablaremos de eso a la hora de tratar de sacar ADN de aquí, que es la forma de identificarlo. Yo tengo una teoría: A ver, a mí me parece muy raro que ese cráneo de 146.000 años, después de haber pasado por todo lo que ha pasado, de estar en un pozo durante 100 años, de estar en la casa de un señor, se haya todavía podido rascar material para hacer un análisis de ADN. Yo creo que lo que han sacado es contaminación de ADN del abuelo; creo que el abuelo es una persona que llevaba 146 .000 años vagando por la tierra. No sé si han visto The Man From Earth, The Man From Earth, qué maravilla de película. Sí, sí, me encanta. Yo lo miraría, no sé, igual es que últimamente estoy leyendo demasiadas cosas de Loeb, pero es mi teoría. Yo creo que tiene sentido. Esta película, si no la han visto los oyentes, muy muy recomendable: The Man From Earth, creo que es del año 2007, muy muy bueno. A lo mejor el origen de los antepasados de este abuelo eran de esa zona de Melanesia en la que el porcentaje de nisovano es mucho más alto de lo habitual y también lo tenía en su ADN mitocondrial y ha acabado aquí en el cráneo. Bueno, ahora cuando os cuente de dónde se ha sacado el ADN creo que le daréis un poquito más de crédito a este asunto. Pero antes de eso quería contar solo una cosa más: cuando este cráneo se describe en el año 21, después de aparecer en el año 18, solo se describe morfológicamente porque no se consigue encontrar ningún tipo de material o, más bien, porque es más rápido hacer la descripción morfológica y dicen: bueno, vamos a esperar y vamos a hacer esto con tranquilidad porque este cráneo puede…
Alberto Aparici explica los intentos fallidos de extraer ADN del cráneo de Harbin, señalando que se han analizado huesos densos como los dientes y el hueso petroso.
Habla: Alberto ApariciSignificado #15 · Palabras #3adn del cráneo harbinhueso petroso extracción adndientes como fuente adncráneo de harbin sin mandíbula inferiordiente superior cráneo harbin…Entonces, tenemos esta situación en la que este cráneo se pasa cuatro años sin poder ser atribuido a nadie. Es una especie humana nueva que, como solo tiene un resto, pues a lo mejor igual se queda en un cajón y nunca se identifica. Con nada se intenta extraer ADN del cráneo varias veces. Los mejores lugares para extraer ADN son los huesos más densos, porque están más estancamente cerrados; digamos, los dientes suelen ser un buen sitio para extraer ADN del interior del diente. También el hueso petroso o el peñasco, que es un hueso de la parte lateral del cráneo, que es literalmente el hueso más denso del cuerpo humano. Intentaron encontrar ADN ahí y no lo consiguieron; fracasaron en ese sentido y dijeron: parece que este cráneo se ha pasado tanto tiempo fuera que a lo mejor ya no le queda ADN de ningún tipo en ningún sitio. Y este es un cráneo peculiar porque tiene toda la Parte de arriba del cráneo pero no tiene la mandíbula inferior. La mandíbula inferior si estaba inicialmente se ha perdido y a lo mejor es que ni siquiera estaba. Y entonces en esa mandíbula superior le queda un diente, un único diente, uno solo. ¿Vale? ¿Intentaron extraer ADN del diente? Tampoco, pero se dieron cuenta y aquí viene el giro que Me parece maravilloso y que te demuestra que uno tiene que perseverar todo lo que pueda. Decidieron probar suerte porque se dieron cuenta de que en el diente hay un poco de sarro. El sarro es una concreción mineral que tiene que ver con placa bacteriana unida…
Francis Villatoro describe el proceso de reconstrucción del ADN mitocondrial a partir del sarro encontrado en un diente del cráneo conocido como 'Homo longi', explicando las dificultades y la baja calidad de la cobertura obtenida.
Habla: Francis VillatoroSignificado #6 · Palabras #16adn nuclear homo longisecuenciación adn denisobanosvariabilidad humana moderno leandertalespuzzle adn referencia humanoadn mitocondrial cráneo homo longireconstrucción adn mitocondrial sarro dentalcobertura baja adn mitocondrial uno pocopaleogenoma cobertura ideal veinte treinta…pura emoción. Aquí los Men in Black empiezan a trabajar porque iba a decir algo importante como que es extraterrestre, que es lo que dice David Loeb. El próximo artículo. Bueno, en principio de este sarro, de esto que han encontrado en el diente han hecho un Análisis de ADN buscando ADN nuclear porque el ADN nuclear es el más claro. El ADN nuclear es muchísimo más largo y, por tanto, aunque encuentres muchos trozos, puedes acoplarlo, puedes ajustarlo a un ADN de referencia, un ADN de referencia humano y ver las diferencias; y esas diferencias de un único nucleótido, etcétera, son las que marcan si estás en una especie o en otra, si están dentro de la variabilidad propia del humano moderno o si corresponden a algo parecido a las variantes que se han observado en leandertales o las que se han observado en denisobanos. Y no se encontró, no se logró aislar adecuadamente, o sea, no se logró secuenciar, en la palabra técnica, trozos suficientemente largos porque lo que hace es coger los trozos e irlos poniendo como en un puzzle. Yo tengo varias. Copias de una pequeña región y tengo trozos un poquito más grandes que esa región y los voy colocando como en vertical y voy pegándolos como si fueran piecitas de Lego que voy colocando con los colores adecuados. Entonces no se logró reconstruir ADN nuclear, pero se intentó reconstruir ADN mitocondrial y se logró reconstruir ADN mitocondrial. Es un ADN mitocondrial reconstruido muy mal, la verdad es que la cobertura es de uno y poco, o sea no llega a dos. En un estudio riguroso, paleogenómico, la cobertura, es decir, el número de copias que tengo de cada trocito en ADN mitocondrial tendría que ser del orden de 20, quizás 30, ¿vale? Eso es una calidad excelente, lo que tengo reconstruido de. Verdad es lo que es, una calidad fetén. 30 de cobertura 20, mira, pues está bien, pero no es lo... 10. Uy, estamos en el borde, pero cuando la cobertura es muy baja, como en este caso, hay que tener cuidado. Te paso a que continúes tú, Alberto. Sí, perdón,…
Alberto Aparici explica que el sarro encontrado en un diente del cráneo 'Homo longi' ha sido la única fuente para obtener ADN.
Habla: Alberto ApariciSignificado #5 · Palabras #11adn mitocondrial cráneo homo longimitocondrias como bacterias ancestralesrespiración celular y mitocondriasancestros unicelulares incorporaron bacterias…el ordenador en un momento dado. De hecho, yo me quedo escuchándoos a vosotros y vosotros decís: “Se ha quedado Alberto como congelado”, no sé cuántos, y yo no. Pero bueno, en fin. Tú seguís hablando ahí. Espero no haber metido la paz con lo que acabo. de comentar Seguro que no, te he convencido que no Bueno, la cosa que este sarro ha sido el único lugar donde se ha podido encontrar algo de ADN Y lógicamente cuando el ADN es muy escaso, lo que se ha encontrado es ADN mitocondrial Hay que pensar siempre, recordemos, las mitocondrias son esta parte de la célula donde ocurre la respiración y la mitocondria originalmente era una bacteria Es una bacteria que nuestros antepasados, nuestros tataratatarabuelos unicelulares, se incorporaron, digamos, esa bacteria al interior de las células Y en cada célula humana normalmente hay decenas, centenares, a Veces miles de mitocondrias. Entonces, copias del ADN de cada mitocondria hay muchísimas en cada célula. En cambio, copias del ADN de la célula, hay una en cada célula, con lo que cuando tienes escasez de ADN lo que encuentras primero siempre es el ADN…
Alberto Aparici explica cómo la degradación química de los nucleótidos puede alterar la composición del ADN antiguo, llevando a un exceso de citosinas como indicador de antigüedad.
Habla: Alberto ApariciSignificado #1 · Palabras #1degradación química nucleótidos altera adnexceso citosinas indicador antigüedad adnartículos cráneo proteómica y adnanálisis proteico antiguo complementa adndesaminaciones indican degradación proteínas antiguasgrupos amina desaparecen con el tiempo…que sacas de ese poquito de sarro que hay en el diente, el 90% es contaminación moderna solo una cantidad muy pequeñita es antiguo y para identificar que sea antiguo pues hay una serie de marcadores, por ejemplo en el ADN la adenina se convierte en citosina. si no recuerdo mal Hay una serie de cambios químicos que ocurren simplemente porque los nucleótidos se degradan químicamente y hacen que un nucleótido que debería ser de un tipo se convierta en un nucleótido de otro tipo Entonces si tú ves un exceso de citosinas en el ADN, tienes un cierto argumento en favor de que ese ADN es más antiguo y por lo tanto no es contaminación con este cráneo se han publicado dos artículos, uno es sobre ADN, que es de lo que estoy hablando todo el rato, y hay otro que es sobre proteómica se han sacado también proteínas antiguas de ese pedazo de sarro y se han analizado y en las proteínas ocurre lo mismo se producen una serie de desaminaciones, desaparecen ciertos grupos amina cuando las proteínas pasan mucho tiempo y se van degradando y eso te permite saber que las proteínas que estás sacando de ahí son proteínas antiguas o por lo menos tienen una alta probabilidad de ser proteínas antiguas en ese sentido. O sea que hay toda una serie de tests que Tú tienes que hacer para no estar analizando ADN, ¿qué pasaba por ahí simplemente? Y esos tests se hacen; son tests muy severos y te suelen dejar con muy poquito del ADN que tú sacabas. Tú sacas una gran cantidad de ADN y al final igual te quedas con, me…
Alberto Aparici explica cómo se pueden comparar fragmentos de ADN mitocondrial obtenidos de diferentes especies, incluyendo Homo Sapiens y Neandertales, para determinar la posición del cráneo 'Homo longi' en el árbol evolutivo.
Habla: Alberto ApariciPalabras #9adn mitocondrial homo sapienscráneo homo longi árbol evolutivoposición cráneo denisovanos tetris…No, no, tú lo que tienes es muchos trocitos muy chiquitines. Me parece que la media de cada trocito son 16 pares de bases o algo por el estilo. Son extremadamente pequeños y luego has de hacer una especie de trabajo de reconstruir como si fuera un puzle en Plan de bueno, el final de este trocito se parece al principio de este otro, con lo que igual los podemos poner juntos y comparando eso con el ADN mitocondrial que conoces de Homo Sapiens. Desde luego que es el mejor conocido de Neandertales; de Denisovanos pues puedes armar como una especie de Tetris en donde tienes todas estas cosas y eso ya te permite, digamos, analizar la posición del cráneo en el árbol familiar. Y esto es básicamente lo más importante. ¿Podemos hablar así, Francis? Yo quería hacer un pequeño comentario Que es un comentario de carácter histórico Tras el descubrimiento con Paleogenómica Por el grupo de Svante Pavo del primer Denisovano En 2010 se analizó obviamente restos de la cima de los huesos en España Y se publicó en…
Francis Villatoro advierte sobre la necesidad de precaución al clasificar el cráneo como Denisovano basándose únicamente en datos de ADN mitocondrial.
Habla: Francis VillatoroSignificado #3 · Palabras #4adn mitocondrial cráneo denisovanopaleogenómica adenisomano chinasecuenciar adn nuclear denisovanocráneo de harbin similar al cráneo daliadn del cráneo dali para información adicionalcueva dali en el sur de china…que haya identificaciones incorrectas, como pasó con la cima de los huesos, ese resto que se consideró ADN mitocondrial denisovano y que resultó ser un fósil neandertal; pues lo mismo en esta nueva identificación, tenemos que ser muy cautos en la parte. Paleogenómica. Hasta que no se puedan secuenciar trocitos de ADN nuclear o hasta que, de manera independiente de otro lugar, de este cráneo o de algún otro resto, no se logre secuenciar más ADN mitocondrial, debemos de poner en cuarentena que realmente por paleogenómica, por ADN mitocondrial, esto sea adenisomano. Sí, no es digamos firme en ese sentido. Hay opciones, porque los investigadores de China señalan que este cráneo de Harbin es morfológicamente similar a otro que es el cráneo de Dali, que es una cueva que ahora no recuerdo dónde está, yo creo que está en el sur de China. entonces ellos hipotetizan que podrían pertenecer a poblaciones emparentadas, de este cráneo de Dalí tampoco se ha podido sacar ADN pero si en algún momento se pudiera sacar de ahí, tendrías una segunda medida, digamos, de algo que podría tener que ver pero que no está claro que tenga que ver o sea que se va a seguir complicando el relato sin duda y vamos a ir averiguando más cosas pero esto que dices me parece importante a la Hora de no sobreestimar el descubrimiento, no solo porque podría ser equivocada la identificación genómica sino que, bueno, es muy goloso decir, bueno, bueno, ahora ya sabemos cómo eran los denisovanos. Los denisovanos tenían arcos supraciliares muy marcados…
Héctor Socas reflexiona sobre dos artículos científicos publicados en las revistas Science y Cell, destacando que la discusión se ha centrado principalmente en el análisis de ADN debido a su atractivo y potencial para generar debate.
Habla: Héctor SocasSignificado #2análisis adn en revistas science celldebate generado por análisis adnatractivo del análisis adnanálisis de proteínas para clasificacióntécnicas diferentes llegan a conclusionesmucha gente en común análisis dnadudas sobre resultados análisis dnapaleoproteómica cráneo homo longimaterial limitado estudio paleogenómicaproteínas escasas análisis cell…¿no? Sobre cuántos seguros estamos de esta afirmación. Francis también planteaba esta investigación en la cual se concluía que había un Denisovano de vacaciones en España o algo así, bueno, en fin, estas cosas pueden pasar, pero recordemos que estamos. Hablando de dos papers diferentes que se publicaron, uno en Science y otro en la revista Cell, hemos estado hablando aquí sobre todo de la parte del análisis de ADN porque es lo más emocionante y lo que da más juego, pero también no recuerdo cuál era cuál; creo que el de Cell era el que hablaba del análisis. De ADN y el de Science hablaba de análisis de proteínas, que también es otro análisis que se ha hecho, que también arroja las mismas conclusiones, o sea que hay dos análisis diferentes que llegan a la misma conclusión. Dos análisis diferentes con dos técnicas diferentes, porque podría ser otro grupo analizando también el ADN, pero no, no son dos técnicas distintas y de hecho hay mucha gente en común en los dos análisis y en ambas con serias dudas sobre los resultados. No solo hay dudas sobre la paleogenómica, sino también hay dudas sobre la paleoproteómica. Ah, claro, claro. Bueno, pero eso es por el poquísimo material que se ha sacado, ¿no? Por lo escasísimo que se ha sacado. Estamos hablando de muchas proteínas, estamos hablando de muy poquitas proteínas. Entre los autores, por lo menos del de Cell, que es el que yo tengo acceso, porque no tengo acceso a Science. Destacaría Kiao Mei Fu, que es una mujer, una experta en paleontología, una figura muy relevante en el tema de paleontología asiática. Estaba el pavo este también, que hablaban de... Ya que estamos hablando de China, vamos a aprender cosas de China; la Q en…
Alberto Aparici señala que Fu Xiaomei también es la primera autora en un artículo sobre proteómica y menciona a Chiang Yi como autor común en ambos estudios, mientras que Pavo participa únicamente en el estudio de paleogenómica.
Habla: Alberto ApariciSignificado #16 · Palabras #2fu xiaomei primera autora proteómicachiang yi autor común dos estudiospavo participa estudio paleogenómicadescubridor cráneo longhi yi chiangreticencia artículo descubrimiento longhi…de años y por lo tanto es medicina o fisiología, pero vamos, su fisiología hace mucho tiempo que no está funcionando tampoco Es hermoso Es muy guay, a mí me flipa Si coges a alguien de hace 10.000 años y lo curas, eso es un novel de medicina total Clarísimo Tenemos que terminar aquí este primer bloque del programa. Déjame un apunte muy breve. Fu, Xiaomei Fu, es también la primera autora en el paper de proteómica. Hay mucha gente en común. Chiang Yi también está en los dos; es el último autor en ambos. Pero Pavo solo está en el de paleogenómica. Eso es: Pavo solo está en el de ADN. Claro, el pope del ADN. Yi Chiang creo que es el descubridor, entre comillas, del cráneo; el descubridor científico del cráneo. Y es quien le puso ese nombre de Longhi, o sea que es un poco, debe haberlo firmado con cierta reticencia o reluctantemente este artículo porque supongo que a él le hubiera gustado descubrir una nueva especie y de ahí lo de ir ya poniéndole. El nombre y aquí este artículo lo que dice es que bueno, que no, que no es otra especie y que por tanto no procede a haberle puesto nombre, ¿no? Ojo, ojo, si quieres hablamos de eso cuando volvamos de la pausa y así creamos un poquito de emoción. Venga, pues…