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José EdelsteinIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarantropic busca genes metagenómicosretrotranscriptasa asociada proteínas efectobases de datos metagenómicas microorganismosretrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genesconversión arn en adn funcióncríticas búsqueda datos brutoretrotranscriptasas analizadas antropicclústeres retrotranscriptasas análisis genéticogenomas emparentados clústeres brutamenteanálisis genético antropic retrotranscriptasasfragmentos genoma cercano función proteínasgenoma relevante 3564 familias antropicanálisis genético antropic filtrosinteligencias artificiales harness trabajadoresproceso análisis menos diez casosAntropicIgnacio CrespoOpusMitosSonnetEvo2fago SA1StaphylococcusCRISPRADNARNGLM2COVIDLaboratorios Uno
Antropic busca genes metagenómicos
Con
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Ignacio Crespo explica cómo Antropic planea buscar herramientas en la naturaleza utilizando grandes bases de datos metagenómicas para identificar genes con efectos específicos.
…complacer la inteligencia artificial y eso es uno de los grandes problemas que tenemos pero bueno sabiendo que quieren buscar estas herramientas en la naturaleza y sabiendo qué es lo que tienen en mente y cómo quieren hacerlo pues ellos los que plantearon. Fue utilicemos grandes bases de datos metagenómicas; significa que no son bases de organismos concretos. Muchas veces son recogidas del ambiente, por lo tanto tienen ahí una representación de distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme base de datos. Y aquí viene otra de las críticas que han recibido, porque lo han hecho a lo bruto. Lo que han cogido es: deja de que busque los datos porque aquí son los típicos que hay que dar uno a uno. Vale, han cogido unos 200.000 clústeres de posibles retrotranscriptasas. Clúster significa que cuando tú analizas todos esos genomas no te quedas con cada uno de ellos individualmente; hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que llaman un harness, para actuar como trabajadores, como supervisores, otras que actuaban con una memoria. compartida de trabajo sobre la cual ir haciendo este cribado. Y se quedaron con este caso, se quedaron con uno que llamaba la atención y me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo menciona el anuncio de Antropic sobre la identificación autónoma de un sistema similar a CRISPR por parte de sus inteligencias artificiales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #5 · Palabras #11antropic identifica sistema crisprcrispr sistema inmunitario adaptativobiotecnología busca herramientas vida…y tiene sentido: o sea, es que no les podemos pedir otra cosa a las empresas que eso, es evidente, y han dado un paso que han vendido de esta forma. Hace apenas unos días, la semana pasada, que como no hicimos programa la misma semana, pues lo hemos traído a Esta Antropic anunció que sus inteligencias artificiales habían conseguido de forma casi autónoma identificar un sistema parecido a CRISPR. Recordemos que CRISPR es un sistema por el cual las arqueas son capaces de reconocer a los bacteriófagos, los virus que las infectan y atacarles. Una especie de sistema inmunitario adaptativo, pero mucho más sencillo. Que hayan descubierto algo parecido sería muy llamativo; sería muy revolucionario, entre otras cosas, porque en general, en este tipo de ciencias, en biotecnología, se está buscando constantemente herramientas en otras formas de vida que podamos llevar al laboratorio. Porque tenemos ahí una caja de herramientas que la evolución ha ido preparando, afinando y no tenemos por qué diseñarlas desde cero, es como si nacieran llaves inglesas, taladros, por ahí adelante y nosotros pudiéramos aplicarlos, por poner algunos casos, las…
Ignacio Crespo compara la revolución genética actual con los avances en bioinformática, destacando el potencial de nuevos descubrimientos pero matizando un reciente anuncio de Antropic.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #11revolución genética con bioinformáticaanuncio antropic sin fundamentocrispr opinan investigadoresherramientas personalizables crispens…por supuesto, que luego no llegan a término en el caso de los humanos, pero que se hacen experimentos y todas las posibles aplicaciones que hay para enfermedades monogénicas que están causadas por un solo gen y que, por lo tanto, la edición genética. Crespo es la gran revolución genética de nuestra época junto con la bioinformática, podríamos decir. Son las dos grandes herramientas que hay. Así que encontrar algo de esta escala es para echarnos las manos a la cabeza. Y a Antropic le interesa, así que Antropic lo anunció así. Ahora bien, spoiler: no han encontrado eso. Todos los investigadores que están relacionados con CRISPR y que han podido opinar lo tienen claro, y es que no podemos afirmar tal cosa. Comparte algunas características pero no las suficientes para que consideremos primero que sea suficientemente cercano y desde luego que podamos aplicarlo tanto. No parece que sea tan personalizable para que nosotros le indiquemos dónde cortar y cómo cortar, que es al final lo que necesitamos en este tipo de herramientas. pero creo que es interesante que sigamos un poco el proceso porque aparte de esto lo que Antropica ha planteado es estamos intentando cada vez automatizar más la investigación ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para…
Ignacio Crespo explica cómo Antropic ha acortado parte del proceso de investigación al combinar prompts generados por inteligencia artificial con experimentos físicos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #19inteligencia artificial bacteriófagospreprints sin revisión científicaantropic crea laboratorios unoautomatización investigación científica antropiclaboratorio físico máquinas antropicproceso autónomo laboratorios uno…ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para entender esa diferencia con el mundo del laboratorio húmedo donde hay que manipular físicamente objetos placas de petri microscopios pipetas hay un buen salto bueno pues lo que ha decidido es acortar parte del proceso. Ellos mismos han declarado que en estas investigaciones este preprint que han publicado, porque no ha pasado ningún tipo de revisión, que es de unas 40 páginas, es larguito. El humano solamente ha planteado el prompt y luego llevado a cabo experimentos físicos de lo que sugería la inteligencia artificial, que había detectado estos patrones en el genoma de unos bacteriófagos. Luego entraremos en este caso claro; esto ya corta un poquito la escala, sobre todo teniendo en cuenta que Precisamente Antropic está creando Laboratorios Uno, en concreto, que además se ha anunciado hace relativamente poco, con el propósito de que poco a poco se vuelvan totalmente autónomos. Ellos pretenden acortar totalmente ese gap, que incluso la labor física la realicen máquinas. Están entrenando esto; no es nada del mundo, ya hay algunos procesos concretos que se pueden hacer así, que están implementados así en laboratorios y por supuesto esto llegará a farmacéuticas. Que por cierto, como detalle, hace unas semanas precisamente de Antropic venía este anuncio de en unos años podrían acabar con nosotros las inteligencias artificiales. Y la gente decía: bueno, pero que no tiene manitas, ¿no? ¿Qué va a hacer para sintetizar…
Ignacio Crespo comenta sobre un laboratorio de Antropic y su nivel de bioseguridad, explicando que este permite trabajar con microorganismos de bajo riesgo debido a la disponibilidad de tratamientos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #12laboratorio antropic nivel bioseguridad 2microorganismos bajo riesgo tratamientos disponiblesinfecciones menores laboratorio antropiclimitaciones antropic tuberculosis covidedición genética microorganismos manipulaciónbioseguridad laboratorio antropic…para sintetizar ahí el virus? Que a mí ya he dicho que no me preocupa ese futuro, me preocupa el presente sociopolítico que hay al respecto y la falta de legislación, pero que no es tan raro; que precisamente estamos yendo en la dirección de automatizar los laboratorios y ponerlos en sus manos. Habría que ver cómo funciona. De todos modos, este laboratorio de Antropic tiene un nivel de bioseguridad 2, que significa que no hay nada, ningún microorganismo con el que puedan trabajar que sea realmente peligroso, porque son infecciones menores para las cuales tenemos tratamiento. No vamos a ver nada raro. Y por poner un caso para hacernos una idea, simplemente de lo que estamos hablando, pues no pueden trabajar con tuberculosis, no pueden trabajar con COVID; es bastante, por ahora. Cabal eso sí que están buscando, estamos buscando edición genética, que igual en el momento en el que esto se desarrolle lo suficiente, me da igual qué tipo de microorganismo puedas estar manipulando, lo que me importa es la capacidad que tengas de manipular ese microorganismo. Entonces, con este contexto, recordemos que hay motivaciones. Finas no es empresas farmacéuticas en la producción. De hecho, insisten mucho que no quieren presentarse como una competencia para las farmacéuticas, sino que lo que ellos quieren es aplicar esta tecnología que podría ser más rápida, más eficiente y, por lo…
Ignacio Crespo explica cómo Antropic planea buscar herramientas en la naturaleza utilizando grandes bases de datos metagenómicas para identificar genes con efectos específicos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1antropic busca genes metagenómicosretrotranscriptasa asociada proteínas efectobases de datos metagenómicas microorganismosretrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genesconversión arn en adn funcióncríticas búsqueda datos brutoretrotranscriptasas analizadas antropicclústeres retrotranscriptasas análisis genéticogenomas emparentados clústeres brutamenteanálisis genético antropic retrotranscriptasasfragmentos genoma cercano función proteínasgenoma relevante 3564 familias antropicanálisis genético antropic filtrosinteligencias artificiales harness trabajadoresproceso análisis menos diez casos…complacer la inteligencia artificial y eso es uno de los grandes problemas que tenemos pero bueno sabiendo que quieren buscar estas herramientas en la naturaleza y sabiendo qué es lo que tienen en mente y cómo quieren hacerlo pues ellos los que plantearon. Fue utilicemos grandes bases de datos metagenómicas; significa que no son bases de organismos concretos. Muchas veces son recogidas del ambiente, por lo tanto tienen ahí una representación de distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme base de datos. Y aquí viene otra de las críticas que han recibido, porque lo han hecho a lo bruto. Lo que han cogido es: deja de que busque los datos porque aquí son los típicos que hay que dar uno a uno. Vale, han cogido unos 200.000 clústeres de posibles retrotranscriptasas. Clúster significa que cuando tú analizas todos esos genomas no te quedas con cada uno de ellos individualmente; hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que llaman un harness, para actuar como trabajadores, como supervisores, otras que actuaban con una memoria. compartida de trabajo sobre la cual ir haciendo este cribado. Y se quedaron con este caso, se quedaron con uno que llamaba la atención y me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de…
Ignacio Crespo explica los hallazgos concretos del análisis realizado por Antropic, detallando un sistema compuesto por tres componentes clave: una retrotranscriptasa con una cola larga, un gen compañero y repeticiones.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #7 · Palabras #2antropic opus mitos sonnetevo2 glm2 modelos genómicosarquitectura automatiza flujo trabajo antropicprompt genérico retrotranscriptas genesretrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasa…este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para trabajar con modelos genómicos como puede ser Evo2, GLM2; era un ecosistema complejo. Hay que reconocer que eso está bien montado, es una arquitectura interesante que automatiza partes de ese flujo de trabajo, que parte de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Ignacio Crespo describe cómo Antropic observó que la retrotranscriptasa se activaba durante infecciones bacterianas específicas, concretamente cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3sistema genético antropic funciónproteína gen acompañante retrotranscriptasaespaciadores longitud función desconocidaretrotranscriptasa activada por fago sa1infección de staphylococcus por fagosestructura conocida en infecciones bacterianasinvestigación retrotranscriptasa antropic…de qué exactamente; es algo que no está respondido. Las analogías que ponen de estos sistemas son siempre en bacterias o arqueas que precisamente los utilizan, como en el caso de CRISPR, para defenderse de virus. Así que hay incógnitas importantes en el aire. La longitud de los espaciadores, que cambien tanto, ¿para qué lo utiliza en este caso? Y luego que no hemos visto la función. Hemos visto una estructura que más o menos remeda. Y que sabemos que estadísticamente esa proteína, ese gen acompañante va junto con la retrotranscriptasa, pero no está claro cómo actúa en la urgencia una con la otra. Y además luego sí que vieron en húmedo, investigando ya con las manos en la masa, que la retrotranscriptasa se activaba. Se activaba cuando había infecciones; bueno, en concreto, cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus, bacterias en este caso. Entonces, sí, había una reacción aparentemente llamativa, pero estamos todavía muy en el inicio. Quedan muchas cosas abiertas al respecto porque, como digo, no encuentran la función; no pueden confirmarla, ellos mismos insisten; solamente hemos encontrado esta estructura que más o menos se parece, y esto también es importante; no es algo único, es algo que conocemos. Estas retrotranscriptasas se comportan como retrones, que precisamente tienen esta actividad: convertir ARN, bueno, retrotranscribir ARN en ADN, asociarlo a una enzima, una proteína, mantenerlo inactivo y que ante determinados estímulos del entorno se active,…