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Analogía genoma bases lenguaje
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José Edelstein explica cómo Anastasia Bolovich y su grupo desarrollaron hace unos 15 años un lenguaje para calcular diagramas, comparándolo con la construcción de frases usando letras que recuerdan a las bases del genoma.
…que está ocurriendo de un modo distinto, según cómo lo cortes. Pero el diagrama es el mismo, tiene que darte lo mismo. Entonces ese tipo de simetrías son muy, muy buenas para... aparecen, a veces aparecen de manera incomprensible, una simetría que se usa acá. Hay un lenguaje también para este tipo de diagramas que fue desarrollado hace unos 15 años por el grupo de Anastasia Bolovich, que convierte el cálculo, lo traduce de alguna manera en la construcción de frases con letras que son como si fueran de hecho hacen la analogía al genoma porque son cuatro bases que tú las vas alternando y te dicen qué estás calculando y en un momento se dieron cuenta que da igual si calculas con las letras en un orden o al revés. Da lo mismo, pero es que puestas al revés, las mismas letras que correspondían a cuatro gluones que van a dos gluones, puestas al revés son dos gluones yendo a gluón y Higgs, por ejemplo Y entonces debe dar lo mismo esas dos amplitudes y la gente encontró, quizás estoy…
Significado #1 · Palabras #1
José Edelstein explica cómo Anastasia Bolovich y su grupo desarrollaron hace unos 15 años un lenguaje para calcular diagramas, comparándolo con la construcción de frases usando letras que recuerdan a las bases del genoma.
Habla: José EdelsteinSignificado #1 · Palabras #1lenguaje bolovich diagramas cálculoanalogía genoma bases lenguajecálculo reversible letras diagrama…que está ocurriendo de un modo distinto, según cómo lo cortes. Pero el diagrama es el mismo, tiene que darte lo mismo. Entonces ese tipo de simetrías son muy, muy buenas para... aparecen, a veces aparecen de manera incomprensible, una simetría que se usa acá. Hay un lenguaje también para este tipo de diagramas que fue desarrollado hace unos 15 años por el grupo de Anastasia Bolovich, que convierte el cálculo, lo traduce de alguna manera en la construcción de frases con letras que son como si fueran de hecho hacen la analogía al genoma porque son cuatro bases que tú las vas alternando y te dicen qué estás calculando y en un momento se dieron cuenta que da igual si calculas con las letras en un orden o al revés. Da lo mismo, pero es que puestas al revés, las mismas letras que correspondían a cuatro gluones que van a dos gluones, puestas al revés son dos gluones yendo a gluón y Higgs, por ejemplo Y entonces debe dar lo mismo esas dos amplitudes y la gente encontró, quizás estoy…
Ignacio Crespo explica cómo la combinación de ciertos sistemas podría ser útil para detectar y actuar sobre material genético, detallando el proceso de búsqueda de genes y su posterior transformación en proteínas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #10retrotranscriptasa busca genesgenes transformados en proteínasmaterial genético con retrotranscriptasaproteínas a partir de genes…distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno, estaríamos buscando los genes, pero esos genes podemos volverlos proteínas, podemos traducirlos en proteínas. La retrotranscriptasa lo que hace es, por lo contrario, la transcriptasa. En vez de convertir el ADN en ARN como intermediario para luego traducirlo en proteínas, la retrotranscriptasa convierte el ARN en ADN. Hace el inverso. Entonces esto era un poco lo que tenían en mente. Vamos a buscar estas características en nuestra enorme…
Ignacio Crespo explica cómo Antropic ha analizado una gran cantidad de retrotranscriptasas, agrupándolas en 'clústeres' para simplificar el análisis genético.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #20retrotranscriptasas analizadas antropicclústeres retrotranscriptasas análisis genéticogenomas emparentados clústeres brutamente…Vamos a buscar estas características en nuestra enorme base de datos. Y aquí viene otra de las críticas que han recibido, porque lo han hecho a lo bruto. Lo que han cogido es: deja de que busque los datos porque aquí son los típicos que hay que dar uno a uno. Vale, han cogido unos 200.000 clústeres de posibles retrotranscriptasas. Clúster significa que cuando tú analizas todos esos genomas no te quedas con cada uno de ellos individualmente; hay algunos que se parecen lo suficiente en algunas partes como para considerar que el gen está emparentado, por decirlo de esa manera, muy muy brutamente. Así que los tratas como un todo, como un clúster. Pues aún así tenían 200.000 distintos. Los clasificaron en 9 clases, muestrearon unas 11.000 ubicaciones dentro de ese genoma que eran relevantes y los dividieron en 3.564 familias, que es una barbaridad, con posibles compañeras, lo que decíamos, ¿no? no solo la retrotranscriptasa sino algún otro…
Ignacio Crespo explica los hallazgos concretos del análisis realizado por Antropic, detallando un sistema compuesto por tres componentes clave: una retrotranscriptasa con una cola larga, un gen compañero y repeticiones.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #19retrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasa…de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…