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CRISPR
Con
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Ignacio Crespo compara la revolución genética actual con los avances en bioinformática, destacando el potencial de nuevos descubrimientos pero matizando un reciente anuncio de Antropic.
…genético para que no pudiera continuar con la infección. Esto es muy interesante, pero se quedó ahí hasta que Emily Charpentier y Jennifer Doudna consiguieron llevarlo al mundo aplicado para poder editar genéticamente con estas herramientas, ya que eran. capaces de reconocer secuencias concretas genómicas y editar encima de ellas, cortar y por lo tanto no solamente retirar sino forzar mutaciones para que haya pequeños cambios o mezclarlo con otros fragmentos genéticos pues consiguieron aplicarlo a bacterias y arqueas, a una edición muy muy sencilla. Posteriormente Zang entró con una variante de lo que ellas Habían patentado que podía aplicarse a células como las nuestras, como las de las plantas, y esto fue una revolución porque las técnicas que había para edición genética previas cometían más errores, eran menos específicas. Esto se llevó un premio Nobel hace unos años y está teniendo un predicamiento enorme, por ejemplo, en ingeniería genética para cultivo vegetal. Por no hablar de que ya se hacen experimentos en embriología, por supuesto, que luego no llegan a término en el caso de los humanos, pero que se hacen experimentos y todas las posibles aplicaciones que hay para enfermedades monogénicas que están causadas por un solo gen y que, por lo tanto, la edición genética. Crespo es la gran revolución genética de nuestra época junto con la bioinformática, podríamos decir. Son las dos grandes herramientas que hay. Así que encontrar algo de esta escala es para echarnos las manos a la cabeza. Y a Antropic le interesa, así que Antropic lo anunció así. Ahora bien, spoiler: no han encontrado eso. Todos los investigadores que están relacionados con CRISPR y que han podido opinar lo tienen claro, y es que no podemos afirmar tal cosa. Comparte algunas características pero no las suficientes para que consideremos primero que sea suficientemente cercano y desde luego que podamos aplicarlo tanto. No parece que sea tan personalizable para que nosotros le indiquemos dónde cortar y cómo cortar, que es al final lo que necesitamos en este tipo de herramientas. pero creo que es interesante que sigamos un poco el proceso porque aparte de esto lo que Antropica ha planteado es estamos intentando cada vez automatizar más la investigación ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para…
Significado #1
Ignacio Crespo menciona el anuncio de Antropic sobre la identificación autónoma de un sistema similar a CRISPR por parte de sus inteligencias artificiales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2 · Palabras #2antropic identifica sistema crisprcrispr sistema inmunitario adaptativobiotecnología busca herramientas vidaenzimas de restricción microorganismosadn polimerasa termoestable termus aquaticusarqueas salinas santa polainvestigación francis mojica alicantedescubrimiento herramientas biológicas crispr…y tiene sentido: o sea, es que no les podemos pedir otra cosa a las empresas que eso, es evidente, y han dado un paso que han vendido de esta forma. Hace apenas unos días, la semana pasada, que como no hicimos programa la misma semana, pues lo hemos traído a Esta Antropic anunció que sus inteligencias artificiales habían conseguido de forma casi autónoma identificar un sistema parecido a CRISPR. Recordemos que CRISPR es un sistema por el cual las arqueas son capaces de reconocer a los bacteriófagos, los virus que las infectan y atacarles. Una especie de sistema inmunitario adaptativo, pero mucho más sencillo. Que hayan descubierto algo parecido sería muy llamativo; sería muy revolucionario, entre otras cosas, porque en general, en este tipo de ciencias, en biotecnología, se está buscando constantemente herramientas en otras formas de vida que podamos llevar al laboratorio. Porque tenemos ahí una caja de herramientas que la evolución ha ido preparando, afinando y no tenemos por qué diseñarlas desde cero, es como si nacieran llaves inglesas, taladros, por ahí adelante y nosotros pudiéramos aplicarlos, por poner algunos casos, las enzimas de restricción que nos permiten cortar el ADN donde nos interesa y hacer ahí cosillas, eso se encontró primeramente en microorganismos Lo mismo con, para poder hacer copias del ADN de la polimerasa, pues las termoestables se han encontrado también en microorganismos, en la termus acuaticus, luego CRISPR, lógicamente, es otro de esos casos. Recordemos rápidamente la historia para saber cuál es el contexto y por qué es tan importante que hayan utilizado este término, que hayan dicho, no, lo que hemos encontrado está a la altura de CRISPR. 1993, Francis Mójica, investigador de Alicante, encuentra en unas arqueas de las Salinas de Santa Pola, en Aloférax Mediterráneo, una especie... ¿Mójica o Mójica? Yo pensaba que era llano, llana la palabra, no sé. Yo siempre he dicho Mójica. Pues estaré equivocado yo, perdón. Pero no estoy seguro, ¿eh? O sea, quiero decir, yo ahora mismo que me has preguntado, ha colapsado toda mi experiencia al…
Ignacio Crespo compara la revolución genética actual con los avances en bioinformática, destacando el potencial de nuevos descubrimientos pero matizando un reciente anuncio de Antropic.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1edición genética charpentier doudnasecuencias genómicas cortes mutacionesbacterias arqueas edición sencillavariante zang edición genéticacrispr charpentier doudnaedición genética células vegetalespremio nobel ingeniería genéticaexperimentos embriología humanarevolución genética con bioinformáticaanuncio antropic sin fundamentocrispr opinan investigadoresherramientas personalizables crispens…genético para que no pudiera continuar con la infección. Esto es muy interesante, pero se quedó ahí hasta que Emily Charpentier y Jennifer Doudna consiguieron llevarlo al mundo aplicado para poder editar genéticamente con estas herramientas, ya que eran. capaces de reconocer secuencias concretas genómicas y editar encima de ellas, cortar y por lo tanto no solamente retirar sino forzar mutaciones para que haya pequeños cambios o mezclarlo con otros fragmentos genéticos pues consiguieron aplicarlo a bacterias y arqueas, a una edición muy muy sencilla. Posteriormente Zang entró con una variante de lo que ellas Habían patentado que podía aplicarse a células como las nuestras, como las de las plantas, y esto fue una revolución porque las técnicas que había para edición genética previas cometían más errores, eran menos específicas. Esto se llevó un premio Nobel hace unos años y está teniendo un predicamiento enorme, por ejemplo, en ingeniería genética para cultivo vegetal. Por no hablar de que ya se hacen experimentos en embriología, por supuesto, que luego no llegan a término en el caso de los humanos, pero que se hacen experimentos y todas las posibles aplicaciones que hay para enfermedades monogénicas que están causadas por un solo gen y que, por lo tanto, la edición genética. Crespo es la gran revolución genética de nuestra época junto con la bioinformática, podríamos decir. Son las dos grandes herramientas que hay. Así que encontrar algo de esta escala es para echarnos las manos a la cabeza. Y a Antropic le interesa, así que Antropic lo anunció así. Ahora bien, spoiler: no han encontrado eso. Todos los investigadores que están relacionados con CRISPR y que han podido opinar lo tienen claro, y es que no podemos afirmar tal cosa. Comparte algunas características pero no las suficientes para que consideremos primero que sea suficientemente cercano y desde luego que podamos aplicarlo tanto. No parece que sea tan personalizable para que nosotros le indiquemos dónde cortar y cómo cortar, que es al final lo que necesitamos en este tipo de herramientas. pero creo que es interesante que sigamos un poco el proceso porque aparte de esto lo que Antropica ha planteado es estamos intentando cada vez automatizar más la investigación ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para…
Ignacio Crespo comenta sobre la forma en que Antropic comparte sus descubrimientos, destacando una reacción de entusiasmo por parte de la inteligencia artificial durante un proceso de filtrado masivo de datos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #20entusiasmo ia filtrado datosreacción inteligencia artificial rayproceso filtrado masivo datos antropicimitación emoción inteligencia artificial…me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de razonamientos que tiene, porque todavía son legibles en principio, se dio cuenta del detalle y ellos lo cuentan como si fuera maravilloso. Dicen que aquí la inteligencia artificial dijo, es espectacular, puedo ver a simple vista, que eso ya tiene su gracia, ¿no? Una repetición en tándem que es como CRISPR, puntos suspensivos, una repetición en tándem, ¿no? O sea, algo así dice, Repet the Ray, vamos a ver, es de todo, de todo, menos calmado, menos meditado este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para…
Ignacio Crespo compara la situación actual con el uso de CRISPR y menciona un artículo del blog de Luis Montoliu sobre funciones delegadas a estudiantes.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #9 · Palabras #4crispr y funciones delegadas a estudiantesartículo blog luis montoliuinteligencia artificial funciones estudiantes…en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno…
Ignacio Crespo explica cómo las repeticiones en tándem de CRISPR almacenan material genético para reconocer infecciones virales, comparándolo con un DNI para microorganismos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #17 · Palabras #14crpr repeticiones tándem material genéticoespaciadores crpr reconocimiento infecciones viralesdni microorganismo patógeno crpralteración espaciadores crpr reproducción microorganismos…eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones de estos virus que atacaban a los microorganismos. Los lo almacenaban ahí, quedaba fijo, era como el DNI del microorganismo patógeno. Y se quedaba. Esto es importante porque si después, con la reproducción de microorganismos que tienen sistemas CRISTER, generación tras generación, alteramos estos espaciadores, ya no coinciden. Como si yo voy cambiando los números de tu DNI generación tras generación, pues no van a coincidir para reconocer al individuo cuando pasemos dos, tres generaciones. Así que en este caso tenían que quedarse fijos. Esto veremos luego por qué es importante. Pero hay una diferencia que se subraya, y creo que la subrayan en el mismo paper; creo que incluso ahí ya lo decían, y es que son mucho más largas. Estos espaciadores que han encontrado son mucho más largos, lo cual no encaja del todo, y aquí viene la segunda…
Ignacio Crespo reflexiona sobre la naturaleza inesperada de un sistema genético descubierto por Antropic, comparándolo con una herramienta no identificada y planteando interrogantes sobre su función.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #16bacteriófago jumbo defensa desconocidaanalogías críspr bacterias arqueas…largos, lo cual no encaja del todo, y aquí viene la segunda parte: además son bastante más variables de lo que deberían. Deberían de quedarse estables si tienen realmente esa función; y nos interesa que tengan función porque si no, ¿de qué estamos hablando? No es la herramienta, no es la llave inglesa, el taladro que estábamos buscando. Es algo que vete tú a saber qué es. También podríamos plantear cómo utiliza un bacteriófago, un bacteriófago jumbo especialmente grande, un virus muy grande, este tipo de sistema para defenderse de qué exactamente; es algo que no está respondido. Las analogías que ponen de estos sistemas son siempre en bacterias o arqueas que precisamente los utilizan, como en el caso de CRISPR, para defenderse de virus. Así que hay incógnitas importantes en el aire. La longitud de los espaciadores, que cambien tanto, ¿para qué lo utiliza en este caso? Y luego que no hemos visto la función. Hemos visto una estructura que más o menos remeda. Y que sabemos que estadísticamente esa proteína, ese gen acompañante va junto con…
Ignacio Crespo menciona un artículo publicado por Antonio Martínez Ron en el diario, que resume las mismas conclusiones comentadas previamente por el New York Times sobre el anuncio de Antropic.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #15artículo antonio martínez ron diarioconclusiones antropic new york timesinvestigador conclusiones antropic…que estos son retrones y ya está y no tiene mucho más por mucho que le llaméis ART, que es como le han llamado a este sistema por Array Retro Transcriptase. Pero está la otra vuelta que recomiendo a todo el mundo que le eche un ojo porque además ayer por La noche Antonio Martínez Ron publicó en el diario un artículo que está muy bien. También resumiendo lo que ya el New York Times comentó prácticamente, creo que fue el día siguiente al anuncio de Antropic. Y es que hay un investigador, una vez más, que había llegado a estas conclusiones. Y además, sin tener que decir que esto era CRISPR ni nada parecido, es, mira, lo he encontrado; ya veremos cuándo publicamos. Y ese investigador, una vez más, es español. Estoy diciendo que se hicieron eco en The New York Times, ¿vale? Para intentar ponerlo un poco en contexto, no es, bueno, en cada país debe de haber alguien, por pura estadística, y justo yo estoy haciendo…