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Borja TosarIgnacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetluca antepasado común vidaparálogos presentes en lucaárbol del gen a bacterias arqueasárboles filogenéticos convergiendo paralelomarcas especiación árbol filogenéticoLucaMoodygen Apanel AJuan Carlos GilParálogos UniversalesADNFrancis Villatoro4.000 millones de años
Árbol del gen A bacterias arqueas
Con
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Juan Carlos Gil explica cómo Moody y sus colaboradores utilizaron pares de parálogos presentes en Luca para datar a este último antepasado común de toda la vida.
…la hemoglobina. Pero es que se estima que el 70% de los genes codificantes, no del ADN mal llamado basura, el 70 % de los genes codificantes forman parte de alguna familia de parálogos en el ser humano. O sea que no es realmente algo así lateral o rarísimo. Pues para datar a Luca, para enraizar el árbol de la vida, Moody y colaboradores utilizaron 5 pares de parálogos que ya estaban presentes en Luca y que fueron obviamente posteriormente heredados por las dos primerísimas grandes linajes de la evolución, bacterias y arqueas. Así que podemos reconstruir el árbol del gen A hacia atrás que llega al gen A de Luca por dos caminos, bacterias y arqueas, y lo mismo para el otro gen B. Con lo cual tenemos dos árboles filogenéticos convergiendo en paralelo y como todos han evolucionado en el mismo contexto, en ellos quedan marcas de acontecimientos de especiación, lo que nos van poniendo mojones en la carretera, marcas de tiempo Bueno, pues con esos árboles hacia atrás y esas marcas de tiempo somos capaces de extrapolar. Es lo que hicieron Moody en colaboradores y llegaron a estos sorprendentes 4.200 millones de años. No he repasado si este estudio se ha revisado porque a mí me explota la…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil explica cómo Moody y sus colaboradores utilizaron pares de parálogos presentes en Luca para datar a este último antepasado común de toda la vida.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1luca antepasado común vidaparálogos presentes en lucaárbol del gen a bacterias arqueasárboles filogenéticos convergiendo paralelomarcas especiación árbol filogenético…la hemoglobina. Pero es que se estima que el 70% de los genes codificantes, no del ADN mal llamado basura, el 70 % de los genes codificantes forman parte de alguna familia de parálogos en el ser humano. O sea que no es realmente algo así lateral o rarísimo. Pues para datar a Luca, para enraizar el árbol de la vida, Moody y colaboradores utilizaron 5 pares de parálogos que ya estaban presentes en Luca y que fueron obviamente posteriormente heredados por las dos primerísimas grandes linajes de la evolución, bacterias y arqueas. Así que podemos reconstruir el árbol del gen A hacia atrás que llega al gen A de Luca por dos caminos, bacterias y arqueas, y lo mismo para el otro gen B. Con lo cual tenemos dos árboles filogenéticos convergiendo en paralelo y como todos han evolucionado en el mismo contexto, en ellos quedan marcas de acontecimientos de especiación, lo que nos van poniendo mojones en la carretera, marcas de tiempo Bueno, pues con esos árboles hacia atrás y esas marcas de tiempo somos capaces de extrapolar. Es lo que hicieron Moody en colaboradores y llegaron a estos sorprendentes 4.200 millones de años. No he repasado si este estudio se ha revisado porque a mí me explota la…
Juan Carlos Gil explica la transferencia horizontal de genes como un mecanismo fascinante que afecta principalmente a bacterias y arqueas, donde los genes pueden ser heredados de linajes no emparentados.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #6 · Palabras #3transferencia horizontal de genes bacteriasgenes plásmidos linajes no emparentadosadn circular bacterias y virustransferencia horizontal de genesgenes resistencia antibióticos bacteriaslinajes árboles selva monos…estaba presente en Luca. Segundo, lo que se llama divergencia de secuencia; claro, dos proteínas pudieron ser, han sido homólogas en el pasado, pero durante todo este tiempazo han ido evolucionando y ahora es que no hay forma ni de reconocer que viniesen de La misma y la tercera, súper chulo, la transferencia horizontal de genes, que es un mecanismo fascinante que no se suele contar en cursos de biología de introducción y que me gustaría tener eso en ella un pelín. Afecta sobre todo a bacterias y arqueas en los que los genes no se heredan únicamente entre antepasados a descendientes, sino que pueden recibirlos de otros linajes no emparentados por transferencia de plásmidos. En bacterias el ADN es circular y pequeñito, cuando se desmonta una bacteria puede que ese ADN quede por ahí y pueda ser ingerido por otra o incluso transportado por virus. Hay virus que pasan de un organismo a otro y se puede llevar un cachito de ADN con él. Se me ocurría que es parecido a los monos en la selva, ¿no? La mayor parte del tiempo lo pasan subiendo y bajando por su propio árbol, pero de repente uno valiente salta de una rama a otra, ¿no? Los árboles serían linajes y los monos saltarines, transferencia horizontal y es algo que ocurre a lo largo de toda la historia, sigue pasando hoy; esto no se ha acabado. Por ejemplo, con genes de resistencia antibióticos, un problema de primer orden que nos afecta y que las bacterias en particular luchan contra nosotros, haciendo esta transferencia horizontal que nos viene fatal. En general, la transferencia horizontal, como podéis imaginar, complica muchísimo la reconstrucción filogenética porque puede haber dos organismos que realmente sean muy alejados pero que en determinados genes nos parecen comunes, pero no porque fuesen…
Juan Carlos Gil describe cómo la transferencia horizontal de genes complica la reconstrucción filogenética a lo largo de miles de millones de años, generando un 'emborronamiento' en el árbol genealógico.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #9árbol genealógico emborronamiento 4000 millonesparálogos universales reconstrucción ramitasproteínas actuales secuencia estadística gil…porque puede haber dos organismos que realmente sean muy alejados pero que en determinados genes nos parecen comunes, pero no porque fuesen parálogos hace muchísimo tiempo sino porque se los han transferido hace 20 minutos en términos evolutivos, ¿vale? Así que esto produce un emborronamiento del árbol genealógico que, claro, a lo largo de 4.000 millones de años ponte tú a buscar; ese es el problema. Bueno, a pesar de todo este lío hemos conseguido identificar algunos parálogos universales y reconstruir estas pequeñas ramitas que se internan ligeramente en territorio preluca. ¿Y qué hacemos con ellos? Pues comparando las proteínas actuales podemos inferir estadísticamente la secuencia. De aminoácidos que tenían aquellas proteínas ancestrales y a partir de ahí a su vez podemos predecir su estructura tridimensional o la alfa-fold, intentar determinar o inferir qué función podían hacer e incluso en algunos casos podemos sintetizar, porque en…
Juan Carlos Gil describe una figura del libro 'Parálogos Universales' que muestra un esquema simplificado de la historia evolutiva, destacando los linajes de bacterias (azul), arqueas (naranja) y eucariotas (morado).
Habla: Juan Carlos GilSignificado #2 · Palabras #2árbol filogenético bacterias arqueas eucariotasduplicación ideal genes bacterias arqueaspanel a esquema simplificado historia evolutivapreluca conservación copias genes…el cuadrito de arriba es un esquema ultra simplificado de la historia. Está desde el pasado abajo hacia los linajes actuales arriba. Si la muestras exacto, muchas gracias. Los colores son azules bacterias, naranja arqueas y morado eucariotas; es la página 5. Ahí está ese figurón. Tres paneles A, B y C, el árbol vertical que os decía, súper simplificado, y abajo todo el árbol filogenético completo que sustenta el esquema de arriba; basta con mirar arriba, decía: azul, bacterias; naranja, arqueas; morado, eucariotas. Bueno, pues el caso: el panel A vemos que es un caso limpio de duplicación ideal, preluca, se conservan las copias de los dos genes, tanto en bacterias como en arqueas y por eso arriba hay cuatro pegotones, están pintados en forma de triángulos, cuatro dos a dos en arqueas y bacterias y dos colores correspondientes. Es el patrón que estamos hablando del principio, pero claro, no siempre se conserva el patrón perfecto. En el caso B, que es una familia de metiltransferasas de la RN, también sugiere una duplicación anterior a la copia, pero una de las copias se perdió. Arriba solo hay tres pirámides, tres grupos de genes. Esta pérdida ocurrió muy pronto; se ve abajo en el…
Juan Carlos Gil explica cómo la transferencia horizontal de genes permitió a algunas arqueas conservar información genética de un organismo pre-Luca que se extinguió, actuando como una 'pista' de su existencia.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #5 · Palabras #13arqueas conservan gen prelucatransferencia horizontal linaje anterior lucaextinción organismo linaje prelucagen sobrevivió a la extinción…muy rara de la serila RNT, ARN de transferencia sintetasa, la ser RS, que encontramos en algunas arqueas y si se ve en el detalle de abajo es muy extraño porque esta rama aparece muy pronto, muchísimo más atrás de donde esperaríamos y la interpretación es Esa, que estas arqueas recibieron el gen no mediante descendencia directa sino mediante transferencia horizontal de algo que había ahí de algún linaje anterior a Luca y que luego se extinguió y por tanto solo la vemos ahí. Así que, fijaos, la transferencia horizontal que antes definía como un problema, como un emborronamiento, como una puñeta, pues aquí hace justo lo contrario: ha conseguido conservar una pista de un bichito pre-Luca que ya no existe ni ha dejado otras señales más que esa sutil. El organismo se extinguió, su linaje se extinguió, pero uno de sus genes pudo sobrevivir. Es como si en el ajuar, como si en la herencia de Luca, una rama de otra familia hubiera donado algún elemento para la herencia, un linaje antiguo que después desapareció y solo ha quedado ahí un anillo. Como parte de la herencia de otra familia, bueno pues este es el resumen de lo que había y a partir de aquí los autores miran hacia el futuro. Con toda probabilidad, argumentan: vamos a tener, hay mogollón de rastros preluca que quedan por descubrir y como…
Francis Villatoro explica que la construcción de árboles filogenéticos es un proceso aleatorio y dependiente de los datos genéticos o fósiles seleccionados.
Habla: Francis VillatoroSignificado #4 · Palabras #8árboles filogenéticos proceso aleatoriogenes seleccionados distribución de árbolesexploración paleontológica caracteres huesosfilogenia molecular depende genes proteínasárboles filogenéticos información suplementariagenes proteínas árboles filogenéticoselección caracteres árboles filogenéticoscuestión estadística árboles filogenéticos…no son fenómenos objetivamente distintos. No hay una frontera donde se pase de micro a macro, es simplemente que la macro emerge de muchas micros cuando se acumulan durante muchísimo tiempo. Evolución atendida de forma micro, muchos linajes a la vez. La gracia es: tenemos que mirar señales genéticas distintas y nos queremos ir muy atrás en el tiempo, que estén muy bien conservadas. Y un punto clave que a veces se olvida: esto de los árboles filogenéticos es completamente una cosa torcástica y aleatoria. Depende de qué genes elijas, tienes una distribución de árboles diferente. Y esa distribución de árboles es evolutivamente significativa, semánticamente relevante a nivel evolutivo o no. Entonces tú tienes que elegir adecuadamente los genes o las proteínas o los caracteres de los huesos que has obtenido en una exploración paleontológica porque en función de los caracteres o de los genes o de las proteínas que tú elijas, los árboles son distintos y la filogenia molecular que reconstruyes es completamente distinta. ¿Es creíble o no es creíble? Y eso hace que muchos artículos de filogenia molecular te presentan en el paper principal uno o dos árboles y en la información suplementaria te presentan unos cientos de árboles. Luego han calculado decenas de miles de árboles. Realmente decidir qué árboles son los buenos y cuáles son malos es una cuestión puramente estadística y aplicar tu intuición y aplicar ciertas ideas y la clave es la buena elección de los caracteres, de los genes, de las proteínas que tú quieras usar para construir esos árboles Y por eso está creciendo de forma exponencialmente porque necesitas explorar tal cantidad de datos que son los últimos años empiezamos a acercarnos a la capacidad de cómputo necesaria Una pregunta de Spinn, en concreto…