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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetsplicing de genes según francis villatorovariantes proteicas y transcriptos generadosfactores de transcripcion promotor identificadosFrancis Villatorolinfocitos BIgnacio CrespoVIHVRP01VIH1SIDAorigami de ADNIsabel CorderoADNLuisa AchaerandioJosé EdelsteinSNPSingle Nucleotid PolymorphinsNatureGWAS
Variantes proteicas y transcriptos generados
Con
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Francis Villatoro explica que utiliza diversas técnicas para analizar el splicing de genes y determinar qué variantes proteicas se producen, así como para identificar posibles sitios de acoplamiento de factores de transcripción.
…a todas las demás herramientas, con lo que cuando un bioquímico normalmente tenía que usar dos o tres herramientas, pues quiero ver en este: tengo un gen o un par de genes y quiero ver el entorno entre ellos, qué zonas son relevantes, regulatorias o no. Pues uso una técnica para ver el tema del splicing, para ver cómo qué tipo de variante de ese gen producen diferentes proteínas, qué tipo de transcriptos genero. Tengo otra técnica para ver, pues, posibles lugares donde se acoplan factores de transcripción de tipo promotor. O sea, tengo diferentes herramientas. Ahora, todas esas herramientas están en una única herramienta, la herramienta de alfa-ginome. O sea, eso facilita mucho la labor al biólogo bioquímico; pero es que además, con una ventana de un millón de bases y con una resolución de base a base. Entonces, el…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio explica conceptos genéticos clave para comprender los resultados de un estudio sobre alteraciones psiquiátricas publicado en Nature, incluyendo el concepto de locus genético y variantes SNP.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #16locus genético asociado a rasgosvariante snp single nucleotid polymorphinspleiotropía variante genética enfermedades…pues tenemos datos de GWAS de un millón de pacientes y de ese millón de pacientes digamos que aparecen estos 14 trastornos. Para poder entender un poquito cuáles son los resultados tengo que recordar algunas cositas genéticas, algunos datos genéticos. Algunos conceptos. El primero es el concepto de locus genético. Un locus es una localización muy concreta del genoma que está asociado a un rasgo. Se puede entender también como variante SNP, Single Nucleotid Polymorphins o simplemente SNP. Otro concepto importante para comprender bien el resultado que nos ofrece este estudio es el concepto de pleiotropía. Se entiende como pleiotropía como que es una variante genética que influye en varias enfermedades concretas. Es decir, tú tienes un SNIP, te pongo por ejemplo. El gen, o sea lo que es la variante del gen MC1R que a mí me encanta, ya sabéis, el receptor 1 de la melanocortina que puede ser, aparte de que es un SNIP, que está en un locus genético concreto, para los más curiosos se encuentra en la posición 89.920.138…
Francis Villatoro explica que utiliza diversas técnicas para analizar el splicing de genes y determinar qué variantes proteicas se producen, así como para identificar posibles sitios de acoplamiento de factores de transcripción.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1splicing de genes según francis villatorovariantes proteicas y transcriptos generadosfactores de transcripcion promotor identificados…a todas las demás herramientas, con lo que cuando un bioquímico normalmente tenía que usar dos o tres herramientas, pues quiero ver en este: tengo un gen o un par de genes y quiero ver el entorno entre ellos, qué zonas son relevantes, regulatorias o no. Pues uso una técnica para ver el tema del splicing, para ver cómo qué tipo de variante de ese gen producen diferentes proteínas, qué tipo de transcriptos genero. Tengo otra técnica para ver, pues, posibles lugares donde se acoplan factores de transcripción de tipo promotor. O sea, tengo diferentes herramientas. Ahora, todas esas herramientas están en una única herramienta, la herramienta de alfa-ginome. O sea, eso facilita mucho la labor al biólogo bioquímico; pero es que además, con una ventana de un millón de bases y con una resolución de base a base. Entonces, el…
Isabel Cordero continúa la discusión sobre las aplicaciones del origami de ADN, señalando que este método busca generar anticuerpos capaces de reconocer múltiples variantes de un virus.
Habla: Isabel CorderoPalabras #7origami de adn para anticuerposanticuerpos neutralizantes contra virusvacunología moderna y virus patógenosinvestigación sobre el virus vihvirus de la inmunodeficiencia humana 1981…con ADN y bueno, de forma controlada y por una serie de mecanismos se van abriendo y se va liberando el fármaco. Se utilizan también para hacer biosensores y para estudios de biología celular. La segunda pregunta es: ¿para qué queremos hacer origami de ADN? Ya sabemos para qué se está utilizando pero todavía podemos buscarle más aplicaciones. Por ejemplo en este artículo lo van a utilizar para avanzar en uno de los retos de la vacunología moderna como es la generación de anticuerpos ampliamente neutralizantes. Es decir, con los origamis de ADN queremos generar anticuerpos capaces de reconocer múltiples variantes de un mismo virus y esto es importantísimo porque hoy en día tenemos muchísimos virus muy patógenos que no tenemos ni un remedio, no tenemos un medicamento para curar la infección pero tampoco tenemos vacunas disponibles para protegernos frente a la infección y en concreto en este artículo quieren aplicarlo para el VIH que es un virus, el virus de la inmunodeficiencia humana que sabemos pues se describió en el 1981, ya llevamos pues casi 45 años investigando sobre él y bueno se va avanzando por supuesto pero sigue siendo pues una laguna en el conocimiento. Es un virus de ARN y bueno pues con una complejidad añadida. Como hemos dicho, los virus de ARN tienen unos sistemas de reparación; cuando ellos se van multiplicando, van haciendo copias de sí mismos, también de su material genético y ellos no tienen…
Isabel Cordero continúa la discusión sobre las aplicaciones del origami de ADN, explicando cómo el enfoque busca neutralizar variantes virales a través de proteínas que varían menos.
Habla: Isabel CorderoSignificado #9 · Palabras #10proteínas neutralizan variantes viraleslinaje celular raro en repertorio humanoanticuerpos interesantes enmascarados por linfocitos b…interesan estudiar y hacer vacunas sobre las regiones que no mutan y que no varían. No podemos estar constantemente haciendo vacunas frente a regiones que sabemos que van a variar mucho más rápidamente; siempre intentamos que esas vacunas generen anticuerpos. Frente a los trocitos, a esas proteínas que varían menos en este tipo de virus, y esto le permite neutralizar a cualquier variante del virus. Sin embargo, como todo, hay un inconveniente: y es que este linaje celular, el que produce este tipo de anticuerpos, es muy raro en el repertorio humano. Además está en pequeña cantidad y muchas veces cuando está presente, su actividad se ve enmascarada por la de otros linajes de linfocitos B, que son muchos más activos y empiezan a generar otro tipo de anticuerpos. Por tanto, los anticuerpos interesantes se quedan un poquito relegados y enmascarados con respecto al resto. Por tanto, necesitamos mecanismos que nos permitan, digamos, multiplicar o magnificar estos anticuerpos que son tan interesantes, sobre todo cuando ocurre la primera vacunación, que es donde necesitamos que haya mayor cantidad de estos anticuerpos para…
Ignacio Crespo explica que, aunque se han utilizado nanopartículas proteicas para transportar antígenos en vacunas, estos intentos no han sido completamente exitosos y es necesario seguir mejorando la tecnología.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #3anticuerpos ampliamente neutralizantes vihanticuerpo vrp01 contra vih1neutralización del 90 de cepas vih1autores estrategia producción anticuerpo vrp01nanopartículas proteicas anticuerposantígenos sistema inmunitario reaccionavehiculizar antígenos proteínasnanopartículas proteicas en vacunasganglios linfáticos y linfocitos banticuerpos generados por nanopartículas…vacunas, sobre todo para aquellas pues como he dicho en las que el virus varía mucho y bueno pues no podemos estar construyendo vacunas constantemente y a la misma velocidad que puede mutar el virus. Por tanto, el objetivo de estos autores es conseguir que El sistema inmunitario produzca esos anticuerpos ampliamente neutralizantes en concreto contra el VIH. Y, en concreto, digamos anticuerpos ampliamente neutralizantes es el nombre genérico. En concreto quieren que se produzca un anticuerpo que se llama VRP01. Es un anticuerpo humano muy potente y capaz de neutralizar aproximadamente el 90% de las cepas de VIH1, que es la variante que domina, la más importante que ha generado la pandemia de SIDA. Luego hay otras variantes pero son minoritarias, entonces estamos hablando que queremos, bueno que quieren los autores que ese anticuerpo que es el capaz de neutralizar al 90% de las partículas víricas sea el que más se produzca y para eso pues tienen que tener una estrategia. ¿En qué se basa esta estrategia? Bueno, pues en este caso mejorar todos los sistemas que existen hoy en día para generar esa producción de anticuerpos. ¿Esto no se ha intentado antes? Sí, se ha hecho. ¿Con qué estrategia? Bueno, pues se han intentado metiendo antígenos, es decir, esa partícula frente a la cual nuestro sistema inmunitario reacciona, reconoce y empieza a sintetizar anticuerpos, pero en este caso lo que se ha hecho hasta el momento es vehiculizarlo en nanopartículas proteicas. Eso es lo que existía hasta el momento. Bueno, había un problema, se ha intentado solucionar en trabajos anteriores vehiculizando esos antígenos en proteínas y estos autores han visto que eso no funcionaba, de hecho seguimos sin disponer. Ni siquiera de prototipos eficientes de vacunas y ellos han querido ir un paso más allá, mejorando esa tecnología de transporte. Esas nanopartículas proteicas iban bien, no es algo que digamos que no ha funcionado nunca, pero tiene una serie de fallos y bueno pues hay que seguir mejorando. Estas nanopartículas proteicas eran capaces de llegar a los ganglios linfáticos, interaccionar con los linajes apropiados de los linfocitos B y empezar a generar anticuerpos, pero hay un problema muy importante. Y es que el sistema inmunitario también producía anticuerpos sobre las proteínas que formaban la nanopartícula. Por tanto, el sistema inmunitario no solamente estaba generando anticuerpos frente al antígeno del virus, es lo que queremos destruir, sino que se…
Luisa Achaerandio y José Edelstein continúan la discusión sobre la evaluación de artículos científicos, comparando enfoques basados en estructuras de proteína con modificaciones posteriores basadas en ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #12estructura de proteína como basemodificaciones basadas en adnproteínas mejores que adnluisa achaerandio y jose edelstein…han hecho entre 17 personas, además con el mismo conocimiento, entonces bueno, eso ya puede chirriar. Claro, no, pero súper bonito y súper, lo que decían, ¿no? Como parecía que, ay, y me he encontrado la piedra, pero venga, vamos a levantarnos y a ver si... Además, ellos tenían como base la estructura de proteína; digamos que el vehículo de proteínas era como: esto es nuestra línea base y tenemos que ser mejor que eso. Entonces, cuando ellos hacían una modificación decían: no, las proteínas siguen siendo mejores, a ver qué es lo que pasa, qué puedo modificar para que sea mejor. Y vas leyendo el artículo y venga: punto para las proteínas, cero para el ADN. Otra vez, punto para las proteínas, cero para el ADN, hasta que ya consiguen sobrepasar las propiedades que da el vehículo proteico. Estaba pensando, creo que esto es la primera vez que pasa en Coffee Break, que hay un cambio de día durante la grabación. Yo…