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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarmapa energíadensidad figura 3envolvente convexa estructuras hielodiferencia energía corte 18 mevestructuras prometedoras poda filtradomilielectrónvoltios en físicahuella estructural para eliminaciónhash entre parámetros estructuralesestructuras candidatas cilíndricasestructuras energéticamente relevantesciclo iterativo y nuevas estructuraspunto de decisión exploración convergidapotencial profundo describe estructuras inusualesred neuronal convergida y procesotécnica para elegir estructurasdft calcula potencial de estructuraDFTFrancisco QuitauraHéctor SocasJuan Carlos GilFrancis VillatoroNature Communicationfigura 4figura 3figura 1
Técnica para elegir estructuras
Con
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Juan Carlos Gil explica cómo se determina si la red neuronal ha convergido, verificando si el potencial profundo describe adecuadamente las estructuras inusuales generadas por el proceso.
…configuraciones lo más estables posibles. Y al final de esta etapa se hace una pequeña optimización geométrica para garantizar que cada estructura llega a eso, a un mínimo de energía al menos local. La tercera etapa, más allá de la derecha, se llama. Filtración o filtrado de estructuras, que es donde empieza la poda. Aquí nos llegan un montón de estructuras, nos queremos quedar con las prometedoras. Lo que se hace es que se coloca cada una de estas estructuras que llegan en un mapa de energía-densidad, como el de la figura 3, que también quiero comentar luego rápidamente, y se calcula con todas las estructuras la envolvente convexa, la zona donde las estructuras son más estables y solo se conservan; las otras se desechan, las que están en esa frontera o ligeramente por encima. Utilizan una diferencia de energía de corte de 18 mili -electrónvoltios por molécula de agua. Aquí hablamos de milielectrónvoltios, Héctor; no pongas esa cara, no de giga ni teraelectrónvoltios como habláis. A ver, de física de altas energías. Vale, luego también miran estructuras posiblemente duplicadas y desechan una de ellas, mediante lo que llaman una huella, una función de huella dactilar. Hacen una especie de hash entre parámetros estructurales y los que caen en el mismo cubo del hash, pues los desechan. Y tras esa criba solo sobreviven las estructuras candidatas realmente interesantes, que en la figura aparecen como un cilindro; representa una base de datos que está etiquetado: estructuras candidatas, Candidate Structures. Más abajo hay un primer punto de decisión donde se pregunta: ¿Esta exploración ha convergido ya? De tal forma que si siguen apareciendo a lo largo de los ciclos nuevas estructuras o estructuras energéticamente relevantes, pues la respuesta a esta pregunta es no y el ciclo sigue. Pero si en algún momento el método encuentra que ya ha convergido, pues se saldría por la esquina inferior derecha del diagrama que os cuento luego. Si no, sigue en el sentido horario hacia el siguiente punto de decisión. ¿Ha convergido la red neuronal? Donde aquí lo que hacen es comprobar si el potencial profundo que tenemos en estos momentos están describiendo bien las estructuras rarunas que van saliendo con el proceso. Se eligen unas cuantas de ellas, hay una técnica para elegirlas y se calcula su DFT, su estructura y su potencial, bien con un DFT bien hecho. Si el error del potencial profundo respecto del DFT-FETEN supera los 3 milielectronvoltios por molécula, entonces se cogen esas estructuras complicadas y se alimentan a la última fase del ciclo, el entrenamiento del potencial profundo que os mencionaba antes.…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil explica un método de predicción de estructuras cristalinas desarrollado por los autores del artículo, presentado como su principal contribución metodológica.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #17método predicción estructuras cristalinasfigura 1 artículo estructura cristalinaaportación metodológica autores artículo…hielo, del agua, podrían esconderse ahí? Y lo que hacen es una exploración exhaustiva de los polimorfos del hielo desde una hasta cien mil atmósferas. Ojo, que a esto lo llaman ellos presiones medias, o sea que hay todavía campo hacia arriba de la presión. Vale, pues para ello los autores ponen a punto un método de predicción de estructuras cristalinas que está descrito en la figura 1 del artículo y que es su principal aportación metodológica, y que os tengo que contar rápidamente: primero para que os fascinéis al menos una fracción de lo que lo he hecho yo y para que podáis entender. Lo que luego os cuento: Es un ciclo que en la figura va en el sentido de las agujas del reloj. Empieza arriba a la izquierda, en una caja que pone generación de estructuras, donde se usa un algoritmo evolutivo llamado OPSPEX para generar muchísimas…
Juan Carlos Gil explica cómo se determina si la red neuronal ha convergido, verificando si el potencial profundo describe adecuadamente las estructuras inusuales generadas por el proceso.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1mapa energíadensidad figura 3envolvente convexa estructuras hielodiferencia energía corte 18 mevestructuras prometedoras poda filtradomilielectrónvoltios en físicahuella estructural para eliminaciónhash entre parámetros estructuralesestructuras candidatas cilíndricasestructuras energéticamente relevantesciclo iterativo y nuevas estructuraspunto de decisión exploración convergidapotencial profundo describe estructuras inusualesred neuronal convergida y procesotécnica para elegir estructurasdft calcula potencial de estructura…configuraciones lo más estables posibles. Y al final de esta etapa se hace una pequeña optimización geométrica para garantizar que cada estructura llega a eso, a un mínimo de energía al menos local. La tercera etapa, más allá de la derecha, se llama. Filtración o filtrado de estructuras, que es donde empieza la poda. Aquí nos llegan un montón de estructuras, nos queremos quedar con las prometedoras. Lo que se hace es que se coloca cada una de estas estructuras que llegan en un mapa de energía-densidad, como el de la figura 3, que también quiero comentar luego rápidamente, y se calcula con todas las estructuras la envolvente convexa, la zona donde las estructuras son más estables y solo se conservan; las otras se desechan, las que están en esa frontera o ligeramente por encima. Utilizan una diferencia de energía de corte de 18 mili -electrónvoltios por molécula de agua. Aquí hablamos de milielectrónvoltios, Héctor; no pongas esa cara, no de giga ni teraelectrónvoltios como habláis. A ver, de física de altas energías. Vale, luego también miran estructuras posiblemente duplicadas y desechan una de ellas, mediante lo que llaman una huella, una función de huella dactilar. Hacen una especie de hash entre parámetros estructurales y los que caen en el mismo cubo del hash, pues los desechan. Y tras esa criba solo sobreviven las estructuras candidatas realmente interesantes, que en la figura aparecen como un cilindro; representa una base de datos que está etiquetado: estructuras candidatas, Candidate Structures. Más abajo hay un primer punto de decisión donde se pregunta: ¿Esta exploración ha convergido ya? De tal forma que si siguen apareciendo a lo largo de los ciclos nuevas estructuras o estructuras energéticamente relevantes, pues la respuesta a esta pregunta es no y el ciclo sigue. Pero si en algún momento el método encuentra que ya ha convergido, pues se saldría por la esquina inferior derecha del diagrama que os cuento luego. Si no, sigue en el sentido horario hacia el siguiente punto de decisión. ¿Ha convergido la red neuronal? Donde aquí lo que hacen es comprobar si el potencial profundo que tenemos en estos momentos están describiendo bien las estructuras rarunas que van saliendo con el proceso. Se eligen unas cuantas de ellas, hay una técnica para elegirlas y se calcula su DFT, su estructura y su potencial, bien con un DFT bien hecho. Si el error del potencial profundo respecto del DFT-FETEN supera los 3 milielectronvoltios por molécula, entonces se cogen esas estructuras complicadas y se alimentan a la última fase del ciclo, el entrenamiento del potencial profundo que os mencionaba antes.…
Juan Carlos Gil describe un análisis exhaustivo de las estructuras de hielo generadas, utilizando un análisis de componentes principales para caracterizar estas estructuras.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #8análisis componentes principales red oxígenosestructuras de hielo y análisis de componentes principalesfigura 4 forma de cocodrilo…sea de color amarillo, sino porque los autores colorearon en los papers las zonas en los diagramas de Fasel y otras figuras de color amarillo; esa zona que no sabéis muy bien qué es, así que en el mundillo se ha quedado con el nombre de hielo amarillo. Vale. pues tenemos estas 34 hielos nuevos y 130.000 estructuras que podemos mirar Así que lo que hacen es escudriñarlas con toda intensidad mediante un análisis de componentes principales de la red de oxígenos Descubren eso, los componentes principales, las dos cosas más relevantes para caracterizar esas estructuras y el resultado es la figura 4, que ojo, según ellos tienen una intrigante, utilicen esta palabra, una intrigante forma de cocodrilo no sé si, bueno, no quiero poner la figura, siempre Me recuerda Héctor que esto es un podcast; yo no veo cocodrilo por ningún lado. Según ellos, el cocodrilo en la figura 4 tiene la cabeza en la parte baja izquierda y la cola arriba en el centro, que bueno, para mí es un poco pareidolia, pero por lo menos…
Héctor Socas describe un proyecto interdisciplinario que combina técnicas utilizadas para analizar la estructura a gran escala del universo con el estudio de la estructura cerebral.
Habla: Héctor SocasPalabras #2estructura cerebral y distribución de galaxiastécnicas cosmológicas en el cerebroparámetros cuantitativos del universohector socas proyecto interdisciplinario…y volví para atrás porque digo: a ver si no estará nuestro amigo Francisco Quitaura metido en esto, pero no; resulta que no era de él. Pero es curioso porque Kitaura es un compañero del IAC, que lo hemos tenido en Coffee Break alguna vez, hablándonos de Trabajos que hace de cosmología y ahora tiene un proyecto que combina, o sea, que es sobre, bueno, es un híbrido un poco extraño, de estos que me gustan a mí, muy interdisciplinares donde combinan las técnicas que usan para analizar la estructura a gran escala del universo, cómo caracterizarla con parámetros cuantitativos para aplicarlas a la estructura del cerebro y poder sacar parámetros de cómo es la estructura del cerebro utilizando estas técnicas que se usan para, a partir de la distribución de galaxias ver cómo es la estructura de las galaxias. y es muy curioso y han sacado también trabajos muy interesantes y pensé que igual iba por ahí la cosa pero veo que no, es otro grupo que no tiene nada que ver pero que también tiene que ver con este tipo de análisis topológicos de la estructura del cerebro,…
Francis Villatoro critica un artículo científico, argumentando que se basa en técnicas de análisis matemático sin una interpretación clara y sobre métricas elegidas arbitrariamente.
Habla: Francis VillatoroPalabras #4métricas arbitrarias análisis matemáticoconectoma estructural complejidad extremaespacios bidimensionales simplificación arbitraria…17, sobre este tema y dicen, joder, exista, perdón, están diciendo cosas muy parecidas, ya han dicho otros. Para esta edad que ha sido estudiada con aquel artículo, están diciendo lo mismo que decían los otros, pero si los otros tenían mucha menos precisión. Entonces yo os digo: es un artículo bonito de ver, pero en el que estás construyendo una enorme montaña a partir de una serie de técnicas de análisis matemático que no sabes qué valor tienen, no tienes una capacidad interpretativa; lo dicen en varias ocasiones. No sabemos interpretar estos datos, son datos de extrema complejidad; es que el conectoma estructural es extremadamente complejo, tan complejo no es, pero quiero decirte: hay muchos estudios que lo estudian, entonces construyes sobre una serie de métricas elegidas de forma completamente arbitraria con técnicas de agregación, de simplificación de ese espacio multidimensional en un espacio tridimensional y en espacios bidimensionales que no son fácilmente justificables; yo meto estos resultados aquí y esos resultados y a ver qué me sale. Y lo que me sale es lo que comento. Y ya os digo: es un artículo que a mí me, digamos, me ha gustado porque me ha obligado a entender un poquito cómo funciona la MRI de difusión, a leerme unos cuantos artículos sobre ese tema, pero un artículo que me ha decepcionado porque no me creo…