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Software plegamiento Proteínas consumo energético
Ep545: 11F; Dinosaurios; Sag A*; Genes y Psiquiatría; AlphaGenome; ADN Origami
12 de febrero de 20266 momentos
Con
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Francis Villatoro plantea la cuestión del impacto medioambiental de los estudios sobre plegamiento de proteínas y análisis genómico, señalando el alto consumo energético de estos softwares.
…viendo qué cosas tiene desreguladas. Eso es lo que cuando habla de microbiota, Silvana habla de disbiosis, ese patofenotipo específico de ese paciente, tratar de entenderlo; ahora mismo no lo entendemos y lo mismo lo que es patofenomónico. Una pregunta. ¿qué impacto en sostenibilidad tienen estos estudios? Porque esto quemará mucho, ¿no? ¿De máquina te refiere? Sí, esto crea mucha máquina, o sea, ese tipo de software están consumiendo una barbaridad, yo no lo pone, eso no se pone en un artículo, eso no se declara públicamente, pero están consumiendo una barbaridad, ¿vale? O sea, no digo que no se tenga que hacer, digo que estaría bien también tenerlo en cuenta para utilizar las herramientas que necesitamos en cada momento, ¿no? Sí, O sea, uno de los negocios de Google es vender TPUs, vender horas de cómputo con este tipo de procesadores tensoriales que se usan en inteligencia artificial y obviamente para sostener eso pues va a tener que poner una pequeña central nuclear de fisión al…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro lamenta que el artículo reciente no haya traído consigo un descubrimiento significativo, a diferencia de otros casos donde se ha utilizado software para resolver problemas complejos como el plegado de proteínas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #11software para el planteamiento de proteínasplegado de proteínas más difícilartículo sin descubrimiento significativo…validar: es en un trozo muy concreto de ADN se comprueba lo que dan todas las herramientas actualmente disponibles y se comprueba que Alpha Genome da prácticamente el mismo resultado, con lo que podemos confiar en el resultado y aporta muy poquito más nuevo. Esa es la pena; es decir, este artículo no nos viene acompañado de un descubrimiento. No es como: tengo un software para el planteamiento de proteínas, voy a plegar la proteína más difícil de plegar. Aquí tenéis una estructura; esto es súper difícil, pero bueno, aquí todo tenéis. A ver si es bueno o es malo; aquí lo que Se ha querido es validar la metodología y lo que para mí me parece interesante, más interesante de este artículo es lo que promete. Lo que promete es que DigMind se lo está tomando en serio y va a seguir trabajando en esto. Y cuando tengamos una ventana que…
Francis Villatoro explica cómo una herramienta de software está simplificando el trabajo de los bioquímicos jóvenes al eliminar la necesidad de evaluar múltiples programas para obtener resultados.
Habla: Francis VillatoroSignificado #14software para bioquímicos jóvenesevaluación de software doctoralresultados agregados por softwareutilidad doctoral y 14 software…pues puede ahí dejar sus comentarios, preguntarle al equipo de desarrollo por dudas, etc. y te lees un poco, es larguísimo, yo me he leído unos poquitos, te lo lees y ves que la gente tiene mucha ilusión y muchas ganas de utilizar este tipo de herramientas Y le está ahorrando muchas cosas porque, ¿que un bioquímico joven en su utilidad doctoral tenga que estudiarse 14 software para poder evaluar cuál es el mejor para él? Y resulta que al final se decide por cinco de ellos y obtiene resultados que después tiene que agregar con su propia inteligencia. Y ahora se encuentra con un único software que le sirve por los 14 y que le da la información ya agregada, pues eso es una maravilla porque te ahorra muchísimo trabajo, ¿no? Entonces, el impacto que va a tener esto no sabemos cuál va a ser; yo no soy capaz de poner la mano en el fuego y decir: Alfa Genome versión 3 va a ser tan revolucionado como Alfa Fold, pero lo mismo sí, o lo mismo no. Pero en cualquier caso es un trabajo muy…
Francis Villatoro reflexiona sobre la rapidez con la que se ha avanzado en el plegamiento de proteínas, comparando su propia previsión inicial con la realidad superada.
Habla: Francis VillatoroSignificado #3 · Palabras #2validación técnica plegamiento automático proteínasprotein data bank como objetivoplegamiento automático prácticamente todas proteínasplegado de proteínas superadorecursos computacionales para proteínassesgo conservador en francis villatoro…Enormemente alto comparado con los demás, ¿no? Obtenías una, no recuerdo si era ochenta y tantos por ciento cuando los demás se quedaban en el veinte por ciento o algo así, ¿no? Y ya estaban utilizando técnicas de inteligencia artificial muchos de ellos, ¿no? fue un artículo que sí, que de verdad era básicamente de validación, pero claro, era una visión diferente, porque en aquel momento ellos estaban diciéndote esta técnica la vamos a planteárnosla en serio, vamos a tratar de conseguir obtener el plegamiento automático de prácticamente todas las proteínas conocidas. Eso lo dijeron, lo decían en ese artículo. Su objetivo era que en el Protein Data Bank, en el base de datos de proteínas, tratar de que todas las proteínas, y yo en su momento recuerdo cuando lo Hablé en Coffee Break y dije: bueno, pero esto será despacito, irá un poquito a poco. Lo que nadie se pudo imaginar es que en un año y medio se comieran 200.000 proteínas; es decir, los recursos computacionales que implicaba aplicar ese software a eso eran una cosa absolutamente, en aquel momento no era concebible. Lo mismo me está ocurriendo ahora mismo, tengo un sesgo hacia el conservadurismo y a pensar que no puede haber un salto tan grande. Pero ya veremos, si esto lo logran a genoma completo, a ADN completo, puede ser absolutamente revolucionario o no, pero se intuye que ahí va a haber mucha información que va a ayudar a muchísimas cosas, sobre todo en medicina personalizada, que yo le pueda…
Francis Villatoro plantea la cuestión del impacto medioambiental de los estudios sobre plegamiento de proteínas y análisis genómico, señalando el alto consumo energético de estos softwares.
Habla: Isabel CorderoSignificado #1 · Palabras #1software plegamiento proteínas consumo energéticoimpacto medioambiental análisis genómicoconsumo de máquina software científicodeclaración sostenibilidad estudios científicos…viendo qué cosas tiene desreguladas. Eso es lo que cuando habla de microbiota, Silvana habla de disbiosis, ese patofenotipo específico de ese paciente, tratar de entenderlo; ahora mismo no lo entendemos y lo mismo lo que es patofenomónico. Una pregunta. ¿qué impacto en sostenibilidad tienen estos estudios? Porque esto quemará mucho, ¿no? ¿De máquina te refiere? Sí, esto crea mucha máquina, o sea, ese tipo de software están consumiendo una barbaridad, yo no lo pone, eso no se pone en un artículo, eso no se declara públicamente, pero están consumiendo una barbaridad, ¿vale? O sea, no digo que no se tenga que hacer, digo que estaría bien también tenerlo en cuenta para utilizar las herramientas que necesitamos en cada momento, ¿no? Sí, O sea, uno de los negocios de Google es vender TPUs, vender horas de cómputo con este tipo de procesadores tensoriales que se usan en inteligencia artificial y obviamente para sostener eso pues va a tener que poner una pequeña central nuclear de fisión al…
Héctor Socas plantea la necesidad de aclarar a los oyentes sobre el consumo energético asociado a la inteligencia artificial, diferenciando entre el entrenamiento y el uso de redes neuronales.
Habla: Héctor SocasPalabras #18entrenamiento redes neuronales consumouso propagación directa redes neuronalesconsumo energético entrenamiento iaredes neuronales portátil…en una cierta herramienta y el profesor integra esa información, o sea, hay una serie de pequeños detalles que son de implementación y que me parecen menos relevantes que realmente el posible futuro y lo mucho que promete este tipo de tecnologías. Por cierto, Y este tema del consumo energético con la IA que se habla mucho, conviene ¿no sé si aclararle o recordarle a nuestros oyentes? ¿No sé si todos están al tanto?, que realmente hay dos pasos en el proceso de cuando usas redes neuronales: hay una parte que es el entrenamiento y otra parte que es el uso, la propagación directa, donde realmente está la parte gorda, la parte del procesamiento pesado, donde está el consumo; lo que hace nuestro dato sobre todo es el entrenamiento, es la parte que realmente consume mucho. Una vez que tienes una red neuronal entrenada, normalmente correrla es nada; de hecho, hay muchas que las puedes correr en un portátil de las que usamos habitualmente, que lo pesado realmente es entrenarla. Bueno, pasamos siempre. Recordemos que en este tipo de software que tienen una comunidad de usuarios enorme, cuando se ponen en producción y ahora se pondrá muy de moda, son decenas de miles de personas que quieren usarlos cada segundo del día ¿Vale? O sea,…
José Edelstein explica cómo la técnica de origami de ADN permite crear pequeñas estructuras geométricas para transportar moléculas, comparando este proceso con la forma en que las proteínas cumplen una función similar.
Habla: José EdelsteinSignificado #15origami de adn transporta moléculasproteínas como caballo de troyamoléculas y sistema inmunitario…un vehículo, una cosa sencillita, no tanto tienen las figuras geométricas, simplemente que sea capaz de llevar la molécula que tú quieras, con la liberación de medicamentos pues lo mismo simplemente a lo mejor con algo que logre encapsularlo es suficiente. Claro, la palabra origami hace referencia a algo mucho más grande; aquí simplemente estamos haciendo referencia a que podemos podemos hacer pequeñas estructuras geométricas que permitan cumplir el objetivo que queremos, que es que se lleven una, digamos, una molécula. Las proteínas lo hacen; lo único que tienen es inconveniente, que son reactivas y en el sistema inmunitario reacciona ante ellas. Es un caballo de Troya total. Sí, sí, claro. Yo también quería decir que en el Laboratorio hay un concepto de tasa, es decir, tú puedes hacer un intento, un ensayo, un trial, un ensayo, y en sílico y también a nivel celular, pero luego te sale una tasa, una tasa de efectividad con esos parámetros que tú has puesto, entre ellos está el…