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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosardiagrama umap con 910 iteracionesmétodo umap para conectomas estructuralesajuste de parámetros en diagrama umapfrancis villatoro critica metodología umapUMAPFrancis VillatoroBorjaHéctor SocasUMAAP
Sesgos en la elección de diagramas UMAP
Con
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Francis Villatoro continúa criticando un artículo científico sobre conectomas estructurales, expresando su sorpresa ante la metodología utilizada para generar un diagrama UMAP.
…son. ¿Crees que hay como una nube muy grande de puntos con mucha variabilidad individual y tal y que eso se ajusta un poco al relato, a un cierto relato social, psicológico, de lo que entendemos, de lo que es la evolución de nuestra capacidad cognitiva? Y voy a más, Inri, en el artículo ponen un diagrama UMAP. El más me ha encantado el UMAP, porque es muy bonito, de gran belleza, pero dicen: hemos calculado como 900 y este es el mejor; este es el que mejor refleja lo que sabemos, ¿cómo? ¿910 es el mejor? O sea, ¿qué se ve en los otros? Pero no te lo comentan, entonces tú dices: pues pongo que estará en algún sitio por ahí publicado en alguna web, pero tú dices: pero ¿cómo, cómo? Es que para calcular el UMAP tienes que ajustar básicamente dos parámetros; ellos dicen en el artículo: dos parámetros y han cogido rangos de esos parámetros y han visto todos los diagramas y han elegido el que mejor se ajusta a los que ellos esperan obtener, o sea. Ya os digo, es un artículo que está repleto de trampas de análisis estadístico. Es un análisis estadístico precioso, muy complicado, muy, muy complejo, tan complejo que los propios autores no saben lo que están haciendo, pero yo creo que no lo sabe nadie en…
Significado #2 · Palabras #1
Francis Villatoro describe un conjunto de diagramas que representan la evolución del conectoma estructural con la edad en diferentes individuos, comparándolos con árboles sin hojas y estructuras muy distintas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #19diagramas conectoma estructural edadárboles sin hojas conectomas individualesanálisis información conectoma complicado…Y sí, comenta, por cierto, en las conclusiones que cuidado, que puede que alguna de las cosas que se han observado dependan de la técnica de armonización usada, porque ahí podría haber algún tipo de sesgo; se comenta en el artículo, supongo que eso lo habrán. Pedido los revisores que lo comenten. Tengo un conjunto de diagramas; son como, imaginaros, como un árbol sin hojas, como diferentes árboles con estructuras muy distintas, que van cambiando con la edad y que van en diferentes individuos. Y ahora tú dices: ¿Y cómo yo analizo eso? Porque es una información muy complicada. Si tú miras las imágenes de diferentes individuos, el resultado Final es que son como comparar dos árboles, es decir, este árbol y este árbol. Pero bueno, los botánicos son capaces de identificar el árbol por el tronco, no sé qué decir, pues este parece más naranjo, este parece más roble, ¿no? O sea, hay cosas que…
Francis Villatoro explica cómo los autores del artículo utilizan una técnica llamada UMAAP para analizar las curvas obtenidas al estudiar conectomas estructurales.
Habla: Francis VillatoroSignificado #5técnica umaap para conectomas estructuralesanálisis de componentes principales y umaapagrupación de curvas con técnica umaap12 curvas agrupadas en tres grupos…12 curvas. Bueno, a veces parece que veo que hay unos máximos y unos mínimos en esas curvas promedio que más o menos parece que coinciden en edad, porque son curvas entre 0 y 90 años; parece que coinciden en edad, pues aplican una técnica que se llama de UMAAP, que es una técnica que te construye una estructura tridimensional, tres ejes, no es un análisis de componentes principales, pero se parece, te agrupa, cuando tienes muchos datos diferentes, te agrupa los datos por conjuntos en los que, aquí tenemos 12 curvas, Agrupa las curvas, en este caso en tres grupos de curvas, que se supone que tienen un comportamiento aparentemente equivalente, no linealmente equivalente. La técnica de análisis de componentes principales es una técnica que se usó en el artículo que ha dicho Juan Carlos; es una técnica de análisis lineal. Pero aquí no, aquí es una técnica de análisis no lineal y que lo hace es construir una menifor, construir…
Francis Villatoro describe cómo los autores del artículo construyen una única curva tridimensional a partir de tres curvas representativas para analizar la evolución de conectomas estructurales entre los 0 y los 90 años.
Habla: Francis VillatoroPalabras #8conectomas estructurales entre 0 y 90 añoscurva umap con topología curiosapuntos de transición en la curva umapedades 9 32 66 y 83 años…no ves que sean parecidas, pero es que el algoritmo, esto es un algoritmo que ellos dicen, yo he usado este algoritmo, y esto es lo que me da, este algoritmo viene en Python, es público, así que el que lo aplique va a obtener el mejor resultado que yo, y me Dice que tengo tres curvas representativas de esos grupitos de curvas, que cuando tú lo miras, ya les digo, hay dudas, pero bueno, es opinión visual; y entonces ahora con esas tres curvas construyen una única curva en 3D como si fuera cada una de esas, entre 0 y 90 años. Pues construyen una curva que en 3D que tiene una topología bastante curiosa y bastante llamativa; y ahora de esa curva es la que extraen los que llaman puntos de transición, puntos de cambio, turning points, puntos en los que cambia, digamos, la curva, pero cambia esa curva obtenida por la técnica UMAP y ahí identifican esas edades de 9, 32, 66 y 83 años como edades en las que esta curva UMAP cambia. Fijaros lo que hemos hecho, nos hemos ido, de tener Una serie de árboles de conectividad estructural entre nervios en diferentes partes del encéfalo para diferentes edades en diferentes individuos, que es una cosa extremadamente complicada de entender, a construir un objeto abstracto, que es una curva en tres…
Francis Villatoro explica las dificultades para interpretar los resultados del análisis de componentes principales en el estudio de conectomas estructurales y propone usar la curva UMAP como referencia.
Habla: Francis VillatoroSignificado #8 · Palabras #6curva umap como referenciaanálisis componentes principales resultados diferentesestructura de grafos y edades…un turning point, este es una edad, este máximo es otra edad y lo voy colocando. Claro, ahora tú dices: si yo ahora miro esos puntos, esos turning points, los miro a esas edades, digamos, miro los diferentes grupos de imágenes por separado, pues resulta que una dimensión, son tres dimensiones, esta dimensión pues incluye estas edades pero no las otras, esta otra dimensión incluye estas otras pero no aquellas, o sea, y bueno, y a veces, pues hombre, lo que aquí es 9, aquí es 10, aquí es 12, bueno, hemos puesto 9 porque no salía la curvita esa 3D, UMAP, no salía el 9, entonces, hacen también un análisis de componentes principales y análisis de componentes principales también da resultados diferentes, pero ellos concluyen que esto es muy complicado, muy complicado, así que interpretemos la curva UMAD como curva de referencia, ¿vale? Y entonces ya, pues esa curva te da esos cambios en las pendientes de la curva asociados a 9, 32, 66 y 83 años y ahora interpretan que eso significa que hay una evolución de los parámetros de cada, de estos parámetros asociados a la estructura de grafos, ¿eh? En cada una de estas etapas y dicen, pues, entre 0 y 9 años, ¿qué parámetros crecen o decrecen? De manera monótona. Pues esos parámetros son parámetros que me permiten identificar un individuo, qué edad tiene a nivel de conectoma estructural entre 0 y 9 años.…
Francis Villatoro continúa criticando un artículo científico sobre conectomas estructurales, expresando su sorpresa ante la metodología utilizada para generar un diagrama UMAP.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #1diagrama umap con 910 iteracionesmétodo umap para conectomas estructuralesajuste de parámetros en diagrama umapfrancis villatoro critica metodología umap…son. ¿Crees que hay como una nube muy grande de puntos con mucha variabilidad individual y tal y que eso se ajusta un poco al relato, a un cierto relato social, psicológico, de lo que entendemos, de lo que es la evolución de nuestra capacidad cognitiva? Y voy a más, Inri, en el artículo ponen un diagrama UMAP. El más me ha encantado el UMAP, porque es muy bonito, de gran belleza, pero dicen: hemos calculado como 900 y este es el mejor; este es el que mejor refleja lo que sabemos, ¿cómo? ¿910 es el mejor? O sea, ¿qué se ve en los otros? Pero no te lo comentan, entonces tú dices: pues pongo que estará en algún sitio por ahí publicado en alguna web, pero tú dices: pero ¿cómo, cómo? Es que para calcular el UMAP tienes que ajustar básicamente dos parámetros; ellos dicen en el artículo: dos parámetros y han cogido rangos de esos parámetros y han visto todos los diagramas y han elegido el que mejor se ajusta a los que ellos esperan obtener, o sea. Ya os digo, es un artículo que está repleto de trampas de análisis estadístico. Es un análisis estadístico precioso, muy complicado, muy, muy complejo, tan complejo que los propios autores no saben lo que están haciendo, pero yo creo que no lo sabe nadie en…
Francis Villatoro continúa su crítica a un artículo científico sobre conectomas estructurales, señalando la creación de 968 diagramas UMAP, pero analizando solo uno para extraer conclusiones.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #2diagramas umap para conectoma estructuralconfiguración topológica del conectoma estructuralsesgos en la elección de diagramas umap…efectivamente es como que hay muchas dimensiones aquí, o sea, hay mucha complejidad intrínseca, ¿no? ¿Y en qué te tienes que fijar para poder sacar conclusiones limpias y claras de algo tan... bueno, no lo sé, es complejo la verdad. Sí, es muy complejo. Yo os digo: ellos han creado ahora estoy viendo el número, 968 UMAPs. Pero solo te enseñan uno y solo te analizan uno y la conclusión fundamental del artículo, que son esas edades en las que hay un cambio en, te comillas, la configuración topológica del conectoma estructural, he extraído de uno de ellos. Y en la parte de métodos te aclaran que, bueno, es que es muy complicado saber cuál es el bueno. Y entonces, pues, hay que elegir uno, pues, han elegido el que, pues, probablemente, cuando tienes que elegir entre 968 y 1 y todos son distintos, pues, eliges el que mejor se adapta a tus sesgos. Vale. ¿Y qué te permite escribir mejor el relato y escribir un artículo que parezca más razonable y que esté más de acuerdo con lo que se ha publicado en artículos previos? Aquí hay mucho trabajo en el que constantemente están diciéndote, y seguro que no te crees…
Héctor Socas reflexiona sobre la subjetividad en la selección de artículos científicos, reconociendo que diferentes personas podrían haber realizado una elección distinta y que la selección actual está influenciada por las preferencias personales.
Habla: Héctor SocasPalabras #4selección de artículos científicos borjasesgo en la selección francisautores españoles en la selección…que me parecía que reflejan un poco desde diferentes puntos de vista, más observacional, más y diferentes tipos de observaciones, un poco lo que vamos aprendiendo de este objeto que nos está sorprendiendo muchas cosas y del que estamos aprendiendo mucho. Pero no sé, a lo mejor Borja hubiera hecho otra selección diferente; Francis probablemente hubiera hecho otra diferente. Así que esta está también un poco sesgada por los amiguetes, así que de los cinco hay dos que son de autores españoles, sí, sí, muy buenos. Pero bueno, ya digo que cada uno podría haber hecho su propia selección, ¿no? pero por poner un poco eso, dar un poco una actualización de qué vamos aprendiendo Pues son el primero de los artículos, voy a hacer primero un resumen de con qué tipo de datos trabaja cada uno El primero es un artículo con fotometría e imagen invisible…