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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasproyecto genoma humano públicosecuenciación con técnica estándarsecuenciar hemophilus influenzaeIgnacioNIH (Institutos Nacionales de la Salud)Proyecto Genoma Humanohospitales Carlos IIIFrancis VillatoroCraig VenterCelera GenomicsADNPCRCOVID-19Craig Venter InstituteIniciativa PúblicaWaxonCollinsAemófilos InfluenzalesLuisa Achaerandio
Secuenciación con técnica estándar
Con
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Francis Villatoro continúa explicando el contexto del Proyecto Genoma Humano, comparándolo con la técnica más innovadora desarrollada por Craig Venter para secuenciar genomas.
…decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran iniciativa, que es una iniciativa de principios de los 90, que era el Proyecto Genoma Humano, que desde la gran institución, el NIH, los Institutos Nacionales de Salud en Estados Unidos, que es la gran institución que financia la investigación biomédica, en España serían el Instituto, ¿cómo se llama? Los hospitales Carlos III, bueno, Carlos III, no me acuerdo de las siglas exactas, me acabo de olvidar. Este proyecto genoma humano proponía a nivel público secuenciar todo el genoma humano pero utilizando una técnica estándar, que es una técnica mucho más conservadora en la que secuencias grandes trozos primero; intentas localizar muy bien un trozo en un cromosoma, saber muy bien dónde está ese trozo, un trozo relativamente grande y ahora intentas secuenciar el trozo grande, lo que requiere una enorme cantidad, me aclara Ignacio, que son los institutos de salud Carlos III y si me permites hago otra aclaración porque cuando estabais hablando de hemófilos influenzae no quería interrumpir en ese. Momento, pero Héctor ha dicho el de la gripe; ojo, eso es el virus de la influenza. Estamos hablando aquí, aquí estamos hablando de una bacteria: bacterias respiratorias, sí.…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter desarrolló la tecnología de shotgun para secuenciación, comparándola con un disparo de perdigones en lugar de una bala.
Habla: Francis VillatoroSignificado #4 · Palabras #12shotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgun…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la...…
Francis Villatoro continúa explicando el contexto del Proyecto Genoma Humano, comparándolo con la técnica más innovadora desarrollada por Craig Venter para secuenciar genomas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1proyecto genoma humano públicosecuenciación con técnica estándarsecuenciar hemophilus influenzae…decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran iniciativa, que es una iniciativa de principios de los 90, que era el Proyecto Genoma Humano, que desde la gran institución, el NIH, los Institutos Nacionales de Salud en Estados Unidos, que es la gran institución que financia la investigación biomédica, en España serían el Instituto, ¿cómo se llama? Los hospitales Carlos III, bueno, Carlos III, no me acuerdo de las siglas exactas, me acabo de olvidar. Este proyecto genoma humano proponía a nivel público secuenciar todo el genoma humano pero utilizando una técnica estándar, que es una técnica mucho más conservadora en la que secuencias grandes trozos primero; intentas localizar muy bien un trozo en un cromosoma, saber muy bien dónde está ese trozo, un trozo relativamente grande y ahora intentas secuenciar el trozo grande, lo que requiere una enorme cantidad, me aclara Ignacio, que son los institutos de salud Carlos III y si me permites hago otra aclaración porque cuando estabais hablando de hemófilos influenzae no quería interrumpir en ese. Momento, pero Héctor ha dicho el de la gripe; ojo, eso es el virus de la influenza. Estamos hablando aquí, aquí estamos hablando de una bacteria: bacterias respiratorias, sí.…
Francis Villatoro explica el problema inherente a la técnica shotgun para la secuenciación de genomas, específicamente en relación con las zonas repetitivas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #5secuenciación de hemophilus influenzaeproyecto genoma humano waxon collinstécnicas lentas proyecto genoma humanogarantías secuenciación orden adecuadoshotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…como gripe, pero bacterial. Y ya está, solo aquí porque estoy estrenándome con interrupciones en el programa. Muchas gracias por la aclaración y los oyentes que perdonen la voz que tiene Ignacio, pero está un poco tocado. Luisa, ¿tú querías decir algo más? No, eso, lo mismo, lo mismo, que básicamente era eso, que era una gripe bacteriana. O sea, un tipo de infección respiratoria bacteriana de un microorganismo, microorganismo gran negativo que se llama Aemófilos Influenzales. El proyecto Genoma Humano era un proyecto garantizado; era un proyecto riguroso que inició el premio Nobel, Waxon, y que continuó Collins, su sucesor como director del proyecto Genoma Humano, y era saber muy bien dónde se encuentra un trozo que yo voy a secuenciar y después con técnicas extremadamente lentas y extremadamente bioquímicas, demasiado húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter se benefició de los avances publicados por la Iniciativa Pública del Proyecto Genoma Humano, aprovechando para colocar fragmentos de información y acelerar la secuenciación de genes.
Habla: Francis VillatoroSignificado #8 · Palabras #14avance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciación…Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido…
Francis Villatoro explica cómo la complejidad del genoma humano superó las expectativas iniciales tras su secuenciación completa.
Habla: Francis VillatoroSignificado #18genoma humano superó expectativassecuenciación completa del genoma humanoproblema tras secuenciación humana…genes a principio pensó que eran 24.000 hoy día son unos 21.000 tenemos otras cosas los pseudogenes, pero además tenemos una enorme cantidad de estructuras que se heredan porque están en el ADN y que influyen en toda la regulación, en todos los mecanismos. Es decir, todo se convirtió extremadamente complicado. Cuando vimos el genoma completo vimos que este asunto era muy complicado y que lo que se esperaba era publicar el genoma humano completo y en pocos años, por les cinco años, por les diez años, íbamos a resolver el problema de las Enfermedades. Enfermedades de origen genético, pues lo que resulta 25 años más tarde es que todavía estamos en pañales y nos queda todavía muchas décadas de investigación para resolver ese problema. Entonces, pero claro, Collins y la gente de la iniciativa…