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Luisa AchaerandioIsabel CorderoJuan Carlos GilIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetproteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y funciónJuan Carlos GilAlphaFoldColleyUri Millerplaca de PetriLuisa Achaerandio
Secuencia de Aminoácidos y función
Ep551: Ryugu; Gravitondas; DeepMind y Debate IA; Criogenización; Consciencia
26 de marzo de 20263 momentos
Con
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Juan Carlos Gil explica cómo la función de una proteína depende del plegamiento tridimensional de su cadena de aminoácidos, y cómo este plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos.
…transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio describe un experimento realizado en una placa de Petri donde se combinan moléculas y electricidad para generar aminoácidos, haciendo referencia al experimento de Urey-Miller.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #19moléculas y electricidad en petriexperimento de urey millergeneración de aminoácidos…llegar a esa conclusión por estadística porque ya tenemos varios asteroides y varios meteoritos muy bien preservados, lo decía Luisa. Ya tenemos unos cuantos puntitos. Esto es una ruta a experimentalmente en laboratorio tratar de reproducir esto. Claro, es que imaginaros en la placa de Petri, en una placa donde hicieron esos experimentos donde pones algunas moléculas, le pones electricidad y al final se generan aminoácidos Ese es el experimento, ahora mismo no me acuerdo cómo se llamaba El de Uri Miller Exactamente, bueno pues imagínate que esto Es una roca ahí, una roca ahí, donde no solo es que hubiera amoníaco, sino que es que había cianuros; es que había cadenas de hidrógeno, oxígeno y carbono, ¿vale? Había una roca con mucho tiempo con un sustrato carbonáceo que le permite seleccionar isomerías…
Juan Carlos Gil explica cómo la función de una proteína depende del plegamiento tridimensional de su cadena de aminoácidos, y cómo este plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1proteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y función…transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un…
Juan Carlos Gil compara la resolución de problemas científicos como el plegamiento de proteínas con otros, como el juego Go, destacando que AlphaFold se beneficia de tener información completa.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #13alphafold y secuencia completa de aminoácidosproblemas información completa como alphafoldclima sistema con información incompletavalidación del trabajo de alphafold…y de esta forma navegar el gigantesco espacio de posibilidades de la forma en la que se puede plegar una proteína de forma no tan diferente a como Alfago navegaba el tablero este de 19 por 19 casillas pero no todos los problemas en ciencia son iguales. AlphaFold funciona en un entorno relativamente sencillo porque tenemos la secuencia completa de los aminoácidos y además tenemos una base de datos de estructuras previamente resueltas contra las que podíamos validar el trabajo de AlphaFold. En ese sentido, es de alguna forma o al menos semejante a los problemas que se llaman de información completa. Sabemos que estamos buscando y sabemos cómo validarlo. El Go es otro ejemplo de problema de información completa. Pero en otros sistemas de interés científico, como el clima, claramente trabajamos con información incompleta. Hay datos ruidosos, hay dinámicas caóticas y así, aún así, y pregunté sobre ello explícitamente a Colley. En la entrevista, DeepMind también ha desarrollado otro nieto de AlphaGo que se llama GraphCast, que en lugar de resolver las ecuaciones de la atmósfera con enormes supercomputadores y simulaciones es capaz de aprender sus dinámicas a partir de datos previos,…