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Repeticiones palindrómicas ordenadores
Con
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Francis Mojica recuerda cómo, al principio, el análisis genético era mucho más limitado y requería leer fragmentos uno a uno en un gel de electroforesis, incluso dictando los resultados a su alumno.
…artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno leyendo en tu gel de electroforesis cómo se habían ido desplazando los fragmentos de ese material genético y lo reconstruías. Y entonces se los estaba dictando su alumno. Le estaba diciendo, bueno, pues aquí guanina, timina, citoseína, un poco así de básico. Y Mojica dijo, te estás confundiendo, te estás repitiendo lo que ya has dicho, no puede ser. Y así es como se dieron cuenta. Es muy interesante comparar eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones de estos virus que atacaban a los microorganismos. Los lo almacenaban ahí, quedaba fijo, era como el DNI del microorganismo patógeno. Y se quedaba. Esto es importante porque si después, con la reproducción de microorganismos que tienen sistemas CRISTER, generación tras generación, alteramos estos espaciadores, ya no coinciden. Como si yo voy cambiando los números de tu DNI generación tras generación, pues no van a coincidir para reconocer al individuo cuando pasemos dos, tres generaciones. Así que en este caso tenían que quedarse fijos. Esto veremos luego por qué es importante. Pero hay una diferencia que se subraya, y creo que la subrayan en el mismo paper; creo que incluso ahí ya lo decían, y es que son mucho más largas. Estos espaciadores que han encontrado son mucho más largos, lo cual no encaja del todo, y aquí viene la segunda…
Significado #1 · Palabras #1
José Edelstein explica cómo Anastasia Bolovich y su grupo desarrollaron hace unos 15 años un lenguaje para calcular diagramas, comparándolo con la construcción de frases usando letras que recuerdan a las bases del genoma.
Habla: José EdelsteinSignificado #15lenguaje bolovich diagramas cálculoanalogía genoma bases lenguajecálculo reversible letras diagrama…que está ocurriendo de un modo distinto, según cómo lo cortes. Pero el diagrama es el mismo, tiene que darte lo mismo. Entonces ese tipo de simetrías son muy, muy buenas para... aparecen, a veces aparecen de manera incomprensible, una simetría que se usa acá. Hay un lenguaje también para este tipo de diagramas que fue desarrollado hace unos 15 años por el grupo de Anastasia Bolovich, que convierte el cálculo, lo traduce de alguna manera en la construcción de frases con letras que son como si fueran de hecho hacen la analogía al genoma porque son cuatro bases que tú las vas alternando y te dicen qué estás calculando y en un momento se dieron cuenta que da igual si calculas con las letras en un orden o al revés. Da lo mismo, pero es que puestas al revés, las mismas letras que correspondían a cuatro gluones que van a dos gluones, puestas al revés son dos gluones yendo a gluón y Higgs, por ejemplo Y entonces debe dar lo mismo esas dos amplitudes y la gente encontró, quizás estoy…
Ignacio Crespo comenta sobre la forma en que Antropic comparte sus descubrimientos, destacando una reacción de entusiasmo por parte de la inteligencia artificial durante un proceso de filtrado masivo de datos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #10entusiasmo ia filtrado datosreacción inteligencia artificial rayproceso filtrado masivo datos antropicimitación emoción inteligencia artificial…me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de razonamientos que tiene, porque todavía son legibles en principio, se dio cuenta del detalle y ellos lo cuentan como si fuera maravilloso. Dicen que aquí la inteligencia artificial dijo, es espectacular, puedo ver a simple vista, que eso ya tiene su gracia, ¿no? Una repetición en tándem que es como CRISPR, puntos suspensivos, una repetición en tándem, ¿no? O sea, algo así dice, Repet the Ray, vamos a ver, es de todo, de todo, menos calmado, menos meditado este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para…
Ignacio Crespo explica los hallazgos concretos del análisis realizado por Antropic, detallando un sistema compuesto por tres componentes clave: una retrotranscriptasa con una cola larga, un gen compañero y repeticiones.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4 · Palabras #3retrotranscriptasa con cola largaproteína acopla gen compañerogen compañero aguas abajo del genomarepeticiones antes retrotranscriptasa…de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos la proteína puede acoplarse a un gen compañero, que es ese que estábamos buscando, ese gen que en principio tiene capacidad de actuar, que está en este caso aguas abajo del genoma, o sea, si continúas el orden normal en el que se va transformando en proteínas, después de la retrotranscriptasa. Y antes, que esto es lo llamativo, están esas repeticiones. En CRISPR, esto también parece bonito para comparar; lo comentamos antes, como la inteligencia artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en…
Francis Mojica recuerda cómo, al principio, el análisis genético era mucho más limitado y requería leer fragmentos uno a uno en un gel de electroforesis, incluso dictando los resultados a su alumno.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1análisis genético gel electroforesisfragmentos material genético mojicarepeticiones palindrómicas ordenadoresguanina timina citoseína alumnocrpr repeticiones tándem material genéticoespaciadores crpr reconocimiento infecciones viralesdni microorganismo patógeno crpralteración espaciadores crpr reproducción microorganismos…artificial, y además Luis Montoliu tiene un artículo muy chulo en su blog en el que insiste en esto, cumple funciones que hasta ahora se delegaban muchas veces en estudiantes. Y que es lo que han estado haciendo. Mojica, ¿no? Ahora sí, Mojica, perfecto. Francis Mojica comenta que cuando él encontró esto, al final el uso de ordenadores era mucho más limitado. No te indicaba, oye, en esta secuencia que has hecho he encontrado unas repeticiones palindrómicas regularmente espaciadas. No, no. Ibas uno a uno leyendo en tu gel de electroforesis cómo se habían ido desplazando los fragmentos de ese material genético y lo reconstruías. Y entonces se los estaba dictando su alumno. Le estaba diciendo, bueno, pues aquí guanina, timina, citoseína, un poco así de básico. Y Mojica dijo, te estás confundiendo, te estás repitiendo lo que ya has dicho, no puede ser. Y así es como se dieron cuenta. Es muy interesante comparar eso con que aquí de repente directamente ya puedes buscarlo. Puedes decir, mira, aquí tenemos esas repeticiones palindrómicas. No son igual ese aspecto de palindrómicas en este caso, pero lo dejamos en el aire. Pero las han encontrado. Esto es importante. En CRISPR, esas repeticiones que decimos en tándem, lo que permitían era almacenar dentro de lo que se llaman espaciadores, que están entre repetición y repetición, en esos espaciadores se almacenaba material genético que ayudaba a reconocer las infecciones de estos virus que atacaban a los microorganismos. Los lo almacenaban ahí, quedaba fijo, era como el DNI del microorganismo patógeno. Y se quedaba. Esto es importante porque si después, con la reproducción de microorganismos que tienen sistemas CRISTER, generación tras generación, alteramos estos espaciadores, ya no coinciden. Como si yo voy cambiando los números de tu DNI generación tras generación, pues no van a coincidir para reconocer al individuo cuando pasemos dos, tres generaciones. Así que en este caso tenían que quedarse fijos. Esto veremos luego por qué es importante. Pero hay una diferencia que se subraya, y creo que la subrayan en el mismo paper; creo que incluso ahí ya lo decían, y es que son mucho más largas. Estos espaciadores que han encontrado son mucho más largos, lo cual no encaja del todo, y aquí viene la segunda…