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Ignacio CrespoBorja TosarJosé EdelsteinIsabel CorderoFrancis VillatoroHéctor Socasintrogresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovanaintrogresión genética linaje fantasmagenoma sapiens poblaciones africanasintrogresiones detectadas genoma sapiensdivergencia de linajes sapiens africareencuentro linajes antes 60000 añosexodo africano hace 80000 añosÁfricaIgnacio CrespoNeandertalADN sapiensADN neandertalTraceHomo sapiensFox P2Héctor SocasÁfrica subsahariana
Reencuentro linajes antes 60000 años
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 20266 momentos
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Ignacio Crespo explica cómo la detección de introgresiones genéticas del linaje 'fantasma' en el genoma *sapiens* permite acotar cuándo ocurrió la divergencia entre los dos linajes y datar su reencuentro.
…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en general, como del resto del mundo. Esto significa que probablemente fuera una introgresión previa al momento en el que abandonamos África; y esto les ayuda a acotarlo. Es el motivo por el que, en este caso, no solamente saben cuándo posiblemente ocurrió la divergencia entre los dos linajes que después se reencontraron, sino que pueden datar más o menos cuándo se reencontraron; y te dicen que tuvo que ser antes de hace 60.000-80.000 años, que es cuando ocurrió este éxodo. De esa forma lo acotan entre esos dos puntos; y te plantean que tal vez hace 80.000, hace 100.000 años ocurrió esa introgresión. Eso es un poco el resumen, yo creo que más o menos entendido pero abierto a preguntas. Yo quería decir que me hace mucha gracia el comentario que hiciste de que no se atreven a ponerle nombre y lo llaman especies fantasmas; es como muy de físico eso, de decir: tengo aquí algo que lo voy a llamar fantasma. Como la energía fantasma o el campo…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica un fenómeno relacionado con la reproducción entre especies diferentes, utilizando ejemplos como caballos y burras (mulas) o tigres y leones (ligres/tigones), para ilustrar cómo el ADN neandertal ha llegado hasta los humanos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3adn neandertal en humanoshibridación caballo burra mulareproducción tigres leones ligresdescendencia sapiens y neandertales…Y por lo tanto las definiciones operacionales que se han dado de especie no han sido perfectas, nunca porque no pueden serlo. Y tenemos esa que es muy útil porque en realidad en términos generales es raro que dos especies distintas tengan descendencia fértil. ¿Qué suele ocurrir? Pues por ejemplo con el caballo y las burras que dan lugar a la mula o con el tigre y el león que da lugar al ligre o al tigón, y todos estos ejemplos suelen ser estériles. ¿Qué pasa? Que sabemos, como comentabas, porque ha salido en mil titulares que el ser humano tiene un porcentaje pequeño, un 1%, un 2%, 3% en algunas poblaciones de ADN neandertal. Eso significa que, vamos, a no ser que los neandertales hicieran ingeniería genética en algún momento, eso significa que ha habido sexo y que ese sexo ha dado lugar a descendientes de neandertales y sapiens que tenían la capacidad de reproducirse porque ha llegado hasta nosotros ese ADN. Así que, de facto, ya es evidente que la definición tiene problemas. ¿Qué pasa? Que hay algunos—esto es muy interesante—que plantean que tal vez debamos redefinir ese concepto de especie en el caso del Homo sapiens y considerar al Neandertal una subespecie…
Ignacio Crespo explica cómo los genes provenientes de especies de homininos desconocidos y los genes sapiens pueden coincidir en árboles genealógicos, planteando preguntas sobre cuándo divergieron sus caminos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #9coalescencia genética sapiens paleogenomasárbol genealógico del genoma ancestro comúngenes compartidos individuo abuelohistoria genealógica homininos sapiensgenes homininos desconocidos sapiensárbol genealógico antepasado comúncoalescencia gen héctórdivergencia caminos sapiens hominino…y de su tatarabuela; no puedes hacer eso, tienes que hacerlo con cada gen y esto es muy complicado. Es verdad que cuanto más próximos están los genes, más difícil es que la recombinación los haya mezclado, pero siguiendo estas reglas lo que podemos es Construir un montón de árboles genealógicos del genoma de estos sapiens y estos paleogenomas que tenemos en la muestra. Y de esa forma podemos ver hacia atrás, retrotrayéndonos en las ramas de ese árbol genealógico, cuándo coincidieron. Por ejemplo, en qué momento ese gen que tengo yo y el mismo gen en el mismo lugar que tiene mi primo partieron del mismo individuo y me remonto a mi abuelo de esa forma. Aquí estaba, tal y como lo tenemos nosotros, así que podemos ir reconstruyendo hacia atrás. Eso es lo que llaman coalescencia. Ese punto en el que tirando hacia atrás veo que coinciden exactamente. Y ellos plantean lo siguiente: si tenemos genes en nuestro genoma que provienen de otras especies de homininos, su historia genealógica estará muy separada de la nuestra. Esa coalescencia entre ese gen que tengo yo en una ubicación que proviene tal vez de un hominino desconocido y esa misma ubicación en, por ejemplo, en ti Héctor, que tal vez no tiene ese gen, que tiene un gen sapiens, ¿en qué momento coincidieron hacia atrás en ese árbol genealógico? ¿En qué momento empezaron a divergir su camino? Y supuestamente esas ramas tienen que ser muy largas, tan largas como que tiene que ser el último antepasado común de ese gen que no era ni sapiens ni de esa otra especie de hominino y por lo tanto se remonta decenas o cientos de miles de años. Es un poco la idea, ramas largas en ese árbol genealógico, es el primer paso. Y suman después otro, que es que precisamente sabiendo que actúa esa recombinación en el genoma, si consiguen encontrar, porque de nuevo comparan un montón de genomas sapiens actuales, si consiguen encontrar que esos fragmentos aparentemente antiguos son…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores rastrean la historia genética humana analizando árboles genealógicos del genoma para determinar cuándo genes compartidos provienen de un ancestro común.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #5introgresión genética homininossapiens de aquel momentogenes compartidos ancestro comúnlinajes se vuelven especies distintas…recientes; porque la recombinación es un proceso estocástico que va ocurriendo a lo largo del tiempo. Cuanto más fragmentado esté, más tiempo ha estado en el genoma sapiens, y por lo tanto, hace más tiempo que ocurrió esa introgresión, que es la vuelta. Es ir hacia atrás en las ramas del árbol genealógico para ver dónde tenéis ese antepasado común de cada uno de los genes, el momento en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores buscan fragmentos de ADN sapiens que podrían provenir de especies anteriores a la división del Neandertal, estableciendo un límite superior de 420.000 años para las ramas largas del árbol genealógico.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2adn sapiens antepasados neandertalfragmentos adn sapiens especies anterioreslímite superior 420000 años genealógico…pueden haber pasado desde la coalescencia hasta el presente y entonces pues están trabajando, teniendo en cuenta que una generación sean unos 28 años, normalmente es lo que calculan aquí, con unas 15.000 generaciones por ejemplo, unos 420.000 años, ¿por qué? Neandertales y humanos, o al menos sus antepasados. Y a partir de eso dicen: vale, busquemos fragmentos en el ADN sapiens que puedan venir de especies anteriores a la división del neandertal. Vamos a poner esa cota por encima de 420.000 años en esas ramas largas que podamos hacer del árbol. genealógico. Y ahí es donde encuentran efectivamente ciertos fragmentos, un porcentaje no desdeñable, que puede venir de una especie desconocida, de una especie que ellos llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a…
Ignacio Crespo explica cómo la detección de introgresiones genéticas del linaje 'fantasma' en el genoma *sapiens* permite acotar cuándo ocurrió la divergencia entre los dos linajes y datar su reencuentro.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1introgresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovanaintrogresión genética linaje fantasmagenoma sapiens poblaciones africanasintrogresiones detectadas genoma sapiensdivergencia de linajes sapiens africareencuentro linajes antes 60000 añosexodo africano hace 80000 años…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en general, como del resto del mundo. Esto significa que probablemente fuera una introgresión previa al momento en el que abandonamos África; y esto les ayuda a acotarlo. Es el motivo por el que, en este caso, no solamente saben cuándo posiblemente ocurrió la divergencia entre los dos linajes que después se reencontraron, sino que pueden datar más o menos cuándo se reencontraron; y te dicen que tuvo que ser antes de hace 60.000-80.000 años, que es cuando ocurrió este éxodo. De esa forma lo acotan entre esos dos puntos; y te plantean que tal vez hace 80.000, hace 100.000 años ocurrió esa introgresión. Eso es un poco el resumen, yo creo que más o menos entendido pero abierto a preguntas. Yo quería decir que me hace mucha gracia el comentario que hiciste de que no se atreven a ponerle nombre y lo llaman especies fantasmas; es como muy de físico eso, de decir: tengo aquí algo que lo voy a llamar fantasma. Como la energía fantasma o el campo…
Ignacio Crespo menciona un hallazgo interesante relacionado con fragmentos del genoma de los sapiens que contienen restos de linajes arcaicos, específicamente en zonas asociadas al lenguaje como el gen Fox P2.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #7 · Palabras #9gen fox p2 y lenguaje sapienslinaje arcaico en genoma sapienscapacidades lingüísticas de otras especies…porque hay mucha información genética que nos apunta que es razonable hablar de una especie distinta y no sabemos cómo de fructíferos serán los encuentros sexuales en cuanto a la capacidad de reproducirse de la descendencia, pero bueno, está ahí. Hay una cosa que no añadí antes, que me pareció muy interesante, y es que esos fragmentos que encontraron del genoma de los sapiens, donde había restos de este linaje arcaico, bueno, el linaje fantasma, algunos de ellos se encontraban en zonas relacionadas con el lenguaje, como genes Fox P2, que precisamente se consideraba que estaban en el desierto sapiens por algo, porque tocarlos era quedarte sin lenguaje. Curioso porque esto puede significar que esas otras especies también tenían capacidades lingüísticas, no sé si comparables, pero más razonables de las que podíamos llegar a pensar. Así que, bueno, todo esto nos invita a replantearnos lo que decíamos antes: ¿Quiénes somos? ¿Qué implican estas divisiones entre especies? ¿Están bien situadas o no? Bueno, muy bien, pues interesante. Seguiremos con este debate. Yo creo que efectivamente, a medida que el humanismo se amplíe, iremos aboliendo estas diferencias y este racismo hacia los humanos que ya no existen. Este estudio recuerda mucho a ese estudio que…