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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetorigami de adn contra proteínasrespuestas inmunitarias en ratonescompetencia clonal de anticuerposactivación temprana de anticuerpossoftware diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adnADNScienceJosé EdelsteinIgnacio CrespoIsabel Corderoorigami de ADNlinfocitos TLuisa AchaerandioEOD-GT8VIHlinfocitos B
Reacción click para unir antígeno
Ep545: 11F; Dinosaurios; Sag A*; Genes y Psiquiatría; AlphaGenome; ADN Origami
12 de febrero de 202611 momentos
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Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
…de proteínas y está optimizado para intentar estudiar el antígeno. Estimular al máximo nuestro sistema inmunitario y que se produzcan esos antígenos que son tan neutralizantes y que podrían pues como he dicho pues neutralizar al virus, valga la redundancia. Luego además dicen: bueno, nosotros hemos ideado este sistema pero queremos saber si es mejor a lo que ya existe, que es el sistema de proteínas. Entonces también compara y luego lo más importante quieren analizar cómo, o sea, no solamente conseguirlo, hacerlo a nivel estructural sino luego analizarlo: ¿cómo afecta esta nueva estructura a las respuestas inmunitarias? Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Significado #1 · Palabras #1
José Edelstein comenta sobre un artículo publicado la semana pasada en la revista Science, que describe vacunas basadas en origami de ADN.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #2vacunas basadas en origami de adnartículo ciencia sobre vacunas adnantígeno deseado en vacunas adn…pero es cierto que este artículo va a utilizar eso para un diseño en el futuro de nuevas vacunas. Entonces ahí está más la aplicación; la novedad está en la aplicación que en el origami, pero aún así de a pie a contarlo y aún así el simplemente nombrarlo. Origami de ADN ya es un anzuelo poético, poético. Se vende solo sí, totalmente, totalmente. Bueno, pues sí, este artículo además se publicó la semana pasada en la revista Science y bueno, intentando hacer una traducción del título, lo he traducido yo como las vacunas basadas en el origami de ADN programan centros germinales enfocados en el antígeno y yo pongo entre paréntesis: en el antígeno deseado porque queremos digamos unir un antígeno concreto. Ahora contaré el artículo. Bueno, la primera autora es una mujer, Ana Romanoff, del Departamento de Ingeniería Biológica del Instituto Tecnológico de Massachusetts. Esa era su vinculación en el momento del estudio, ahora me parece que está en el Harvard…
Ignacio Crespo explica la estrategia para mejorar la producción de anticuerpos, señalando que se basa en optimizar los sistemas existentes y que ya se ha intentado antes mediante el uso de nanopartículas proteicas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #7 · Palabras #6nanopartículas proteicas anticuerposantígenos sistema inmunitario reaccionavehiculizar antígenos proteínas…pero son minoritarias, entonces estamos hablando que queremos, bueno que quieren los autores que ese anticuerpo que es el capaz de neutralizar al 90% de las partículas víricas sea el que más se produzca y para eso pues tienen que tener una estrategia. ¿En qué se basa esta estrategia? Bueno, pues en este caso mejorar todos los sistemas que existen hoy en día para generar esa producción de anticuerpos. ¿Esto no se ha intentado antes? Sí, se ha hecho. ¿Con qué estrategia? Bueno, pues se han intentado metiendo antígenos, es decir, esa partícula frente a la cual nuestro sistema inmunitario reacciona, reconoce y empieza a sintetizar anticuerpos, pero en este caso lo que se ha hecho hasta el momento es vehiculizarlo en nanopartículas proteicas. Eso es lo que existía hasta el momento. Bueno, había un problema, se ha intentado solucionar en trabajos anteriores vehiculizando esos antígenos en proteínas y estos autores han visto que eso no funcionaba, de hecho seguimos sin disponer. Ni siquiera de prototipos eficientes de vacunas y ellos han querido ir un paso más allá, mejorando esa tecnología de transporte. Esas nanopartículas proteicas iban bien, no es algo que digamos que no ha funcionado nunca, pero tiene una serie de fallos y bueno…
Tras analizar problemas con nanopartículas proteicas como vehículos de antígenos en vacunas, Ignacio Crespo y Isabel Cordero comentan una alternativa propuesta por los autores: presentar un antígeno viral poco variable para generar una respuesta específica.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2anticuerpos contra nanopartícula transportadoracentros germinales y linfocitos bdesplazamiento de anticuerpos deseadossistema inmunitario y proteínas del vehículoantígeno viral poco variableproteínas como vehículos de antígenosrespuesta específica contra antígenoignacio crespo e isabel cordero…al antígeno del virus, es lo que queremos destruir, sino que se estaban generando anticuerpos frente a la partícula que estaba iculizando el antígeno. Esto, pues claro, lo que hace es, digamos, dividir los recursos disponibles, no es lo mismo que todo el sistema inmunitario se centra en producir un tipo de anticuerpo o por lo menos que ese sea el mayoritario, que ahora se produzcan muchos anticuerpos diferentes Entonces bueno pues aparte esos linfocitos estimulados por esas proteínas del vehículo entraban en los centros germinales que son lugares de nuestro organismo donde pues ahí se desarrollan y se activan los linfocitos B y además bueno pues eso pues se veían los anticuerpos que nos interesaban se veían desplazados por esos anticuerpos que se habían generado frente a las proteínas de la partícula Por tanto, viendo esto, que tenemos un problema, que se ha intentado solucionar el problema, como hemos dicho, creando unos vehículos en forma de proteínas y que no funciona del todo bien, los autores plantean una alternativa. Ellos lo que quieren es presentar un antígeno, es decir, una molécula presente en el virus y que sea muy poquito variable, que genere una respuesta, pero no contra el vehículo, solamente frente al antígeno. que sea además la respuesta deseada, que sea mayor y que no quede enmascarada por ningún otro mecanismo y aquí es donde a los autores se le ocurre utilizar un Origami de ADN. ¿Por qué? Porque los origamis de ADN se ha visto que son mínimamente inmunostimulantes y no generan ningún tipo de respuesta por parte del sistema inmunitario pudiendo funcionar perfectamente como un andamio o un vehículo inerte. Además, visto…
José Edelstein explica la viabilidad técnica de crear estructuras geométricas con ADN mediante origami y cómo esto podría evitar una reacción del sistema inmunitario al transportar un antígeno.
Habla: José EdelsteinPalabras #3origami de dna transporta antígenoreacción inmune y origami de adndiseño de origami con antígenoeod-gt8 inmunógeno experimental vihingeniería de proteínas para inducir anticuerposorigami de adn antígeno concreto…ficción, podemos hacer estructuras geométricas con el ADN de tamaño, de espacios totalmente exactos y según quiera el investigador. Por tanto, si conseguimos esto, que digamos es factible técnicamente, podemos hacer la molécula de ADN, sabemos que cuando se hacen esas moléculas el sistema inmunitario no va a reaccionar frente a ese origami de ADN, pues bueno, pues simplemente tenemos que ponerle el antígeno y ver cómo funciona tanto en sistema sin vitro como luego en sistema sin vivo Por tanto los autores se plantean precisamente eso, diseñar un origami de ADN que en concreto porte el antígeno Frente al cual el sistema inmunitario tiene que reaccionar. Me ha hecho mucha gracia, yo no lo había escuchado mucho: el antígeno concreto que pone en el origami de ADN se llama EOD-GT8, que es un inmunógeno experimental contra el VIH y se ha diseñado mediante ingeniería de proteínas precisamente para inducir la producción de anticuerpos y además de este tipo inducir con mucha intensidad. Lo que me ha hecho más gracia es el nombre. que digo bueno pues como suele ser habitual en ciencia que ponemos ahí las primeras letras o números que se nos ocurren pero esas seis letras significan todo esto y lo he traducido al español Dominio externo de la proteína GP120 del VIH modificado en el…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1origami de adn contra proteínasrespuestas inmunitarias en ratonescompetencia clonal de anticuerposactivación temprana de anticuerpossoftware diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adn…de proteínas y está optimizado para intentar estudiar el antígeno. Estimular al máximo nuestro sistema inmunitario y que se produzcan esos antígenos que son tan neutralizantes y que podrían pues como he dicho pues neutralizar al virus, valga la redundancia. Luego además dicen: bueno, nosotros hemos ideado este sistema pero queremos saber si es mejor a lo que ya existe, que es el sistema de proteínas. Entonces también compara y luego lo más importante quieren analizar cómo, o sea, no solamente conseguirlo, hacerlo a nivel estructural sino luego analizarlo: ¿cómo afecta esta nueva estructura a las respuestas inmunitarias? Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Luisa Achaerandio explica que los autores del estudio lograron fabricar correctamente andamios de ADN, confirmando su estructura y estabilidad.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #12 · Palabras #4andamios de adn con estructura eicosahedroestabilidad del adn en andamiosantígeno unido a adn según estudio…linfáticos, inmunofluorescencia, etc. Hacen muchos ensayos. para ir ya un poquito concretando cuáles son los resultados más novedosos que encuentran estos autores lo primero que resaltan y demuestran que pueden fabricar correctamente estos andamios de ADN que lo consiguen porque vieron que se desplegaron correctamente de hecho en el material suplementario se ven las figuras perfectamente que tienen la forma que ellos esperaban, únicos eicosahedro y que el antígeno está unido donde se tenía que unir y lo más importante que son estables porque eso también y luego lo dicen en discusión el ADN es más inestable y hay más probabilidades que se degrade que las proteínas pero en principio ellos dicen que aquí en su trabajo eso no ha sido un factor importante. La partícula por tanto está bien construida y en cultivos celulares parece que también reaccionan bien los linfocitos B y empiezan a producir señales frente a ese 9B en vehículo, pero cuando lo pasan a los ensayos sin vivo en ratones es donde empiezan a tener…
Luisa Achaerandio describe los problemas encontrados al probar el primer prototipo de constructo en animales, después de haber funcionado bien en cultivos celulares.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #17constructo atascado en células dendríticasratones inoculados con constructosistema inmunitario y avance del constructoantígeno sin llegada al destino…es donde empiezan a tener problemas y luego tienen que ir haciendo modificaciones sobre la marcha, que eso claro te lo cuentan en el material y método y uno tiene que ir hilando otra vez la historia. Bueno, los resultados en el laboratorio pues parece ser que Al principio, con el primer prototipo que hicieron de constructo, no funcionó bien. En el cultivo celular sí, pero cuando llega a ensayarlo con los animales algo falla. Primero, bueno, resulta que ese constructo se queda depositado en las células dendríticas foliculares; es decir, como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso…
Luisa Achaerandio explica cómo los investigadores modificaron la estructura de los andamios de ADN para evitar que se quedaran atascados y mejoraron el espaciamiento entre los antígenos.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1160 antígenos en origami de dnaespaciamiento entre antígenos y eficaciaandamios proteicos vs andamios de dnaluisa achaerandio estructura de andamios…a modificar la estructura, vamos a modificarla de forma que no se nos quede atascada en los primeros pasos. Entonces hacen un nuevo intento haciendo nuevas versiones de sandamio de ADN, haciéndolo más espaciado y aumentaron también no solamente el número. Total de antígenos sino la densidad por superficie y luego dicen que eso fue un factor clave en que el sistema, y hago spoiler, funcionara; y es que antes habían puesto 60 antígenos muy separados en la estructura, en el origami, unidos al ADN y ahora utilizan esos 60 antígenos pero los ponen muy juntos y no saben o yo no lo he entendido bien en el artículo; no se sabe por qué cuando los ponen juntos funciona perfectamente pero si están separados no es eficaz. De todas formas bueno lo vuelven a intentar y aunque la cosa mejora cuando lo comparan con los andamios proteicos otra vez siguen ganando los andamios proteicos. Conseguimos ahora que no se atasquen pero seguimos sin obtener esa respuesta inmunitaria que se esperaba; ¿Qué seguía fallando? Bueno, pues ahora resulta que ya si parece que esos complejos avanzan más llegan hasta los centros germinales pero ahora resulta que otro punto clave para que se lleve a cabo esa reacción inmunitaria son los linfocitos T cooperadores Este tipo celular por lo…
Luisa Achaerandio describe cómo los investigadores observaron una proliferación de linfocitos B y una gran cantidad de anticuerpos tras optimizar la densidad del origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #14anticuerpos no deseados en andamios proteínasorigami de adn actuando correctamenteproblemas con antígenos transportadoslinfocitos b y anticuerposorigami de adn optimizadoantígeno en origami de adn…B por cada millón y después de utilizar este sistema eso incrementa absolutamente y ahí sí tienen una ventaja muchísimo mayor que cuando se utilizaba el andamiaje de proteínas aquí es cuando consiguen origami de ADN, un punto, andamiaje de proteínas, cero. Aquí es donde está el mayor cambio en cuanto a los distintos sistemas, y es que el portar el antígeno en ese vehículo de proteínas no solamente estimulaba el sistema inmunitario, se producían anticuerpos que no queríamos y enmascaraban a los que sí querían. Ahora, después de solventar todos los problemas y que ya el origami de ADN llegue a actuar donde tiene que. Llegar. Ahora sí, ellos encuentran una explosión de este linaje de linfocitos B y además también recuentan una gran cantidad de anticuerpos frente a ese antígeno que ellos estaban portando en ese origami de ADN. Por tanto, y además se hace un resumen muy chulo, que es que el origami cuando se optimiza la densidad. Y la geometría se activa el complemento. Cuando se activa el sistema del complemento, mejor depósito en células dendríticas; esto hace que el centro germinal se promueva, que luego los linfocitos T colaboradores cooperativos se activen. Esto llega a los…
Luisa Achaerandio discute una limitación del artículo científico sobre la activación de linfocitos T, mencionando la posible degradación del ADN utilizado.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #5degradación del adn en linfocitos tproteínas vs adn en vehículosorigami para antígenos complejos…que luego los linfocitos T colaboradores cooperativos se activen. Esto llega a los linfocitos B y al final el sistema funciona perfectamente. Así que ellos al final pues cierran el artículo y les ha quedado absolutamente redondo. Sin embargo, como en todo el artículo científico hay que ser también objetivo y ver las limitaciones del trabajo como he dicho una de las primeras limitaciones que ellos consideran aunque han hecho ensayos y parece que no ocurre es la degradación del ADN que es el ADN es mucho más sensible que las proteínas y por ahí puede ser otro punto para el vehículo de proteínas en vez de para el ADN pero en su trabajo parece ser que no hay degradación o por lo menos no tan alta como ellos esperaban y luego que también lo que estábamos diciendo que esto es complejo y que si nosotros queremos unir a ese origami antígenos más Complejos que el aumento en complejidad de la molécula que tenemos que diseñar de ADN se incrementa muchísimo; que ha funcionado este sistema simple para ese antígeno sencillo relativamente sencillo; que puede ser que la complejidad se haga muchísimo más…
José Edelstein reflexiona sobre el extenso trabajo requerido para un estudio experimental con origami de ADN, mencionando la gran cantidad de técnicas utilizadas para evaluar células y anticuerpos en animales.
Habla: José EdelsteinSignificado #13ingeniería de proteínas para vacunasevaluación de anticuerpos en animalestécnicas para evaluar células y anticuerpostrabajo extenso estudio origami adn…pero vamos, varias veces. Sí, las figuras más bonitas, que son figuras como que se ve con un microscopio, son de crío electromicroscopía Bueno, he contado el número de técnicas diferentes, pero si me pongo, yo creo que más de 25 técnicas han utilizado Sí, Sí, entre el diseño, bueno, no recuerdo si el antígeno lo han hecho ellos o no. Ponía que era de ingeniería de proteínas, pero no sé si era de ellos. Todos los ensayos en cultivo, en animales, todas las técnicas luego que se han estudiado para evaluar la cantidad de células y de anticuerpos en los animales. Este ha sido un trabajo que le ha tenido que llevar muchísimo tiempo. Es de muchos autores, ¿no? Sí, 25 creo que conté. Los contaste y todo. Sí, sí, sí. Te esperabas la pregunta, hombre; eso, pero está justificado, no me refiero o sea, esto que dice la gente a la hora de evaluar. A mí me hicieron una pregunta hace poco: oye,…