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Luisa AchaerandioIgnacio CrespoJuan Carlos GilJosé EdelsteinFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetmutación y separación genéticarastreo del origen de un viruscambios en cepas de virusVirus de la viruela ovinaIgnacio CrespoEspañaHéctor SocasEuropaPoxviridaeCapri-Pox virusInteligencia ArtificialVirus de la viruela caprinaDermatosis nodular contagiosaVacasOvejasColágenoEurasiasiglo XXJuan Carlos Gil
Rastreo del origen de un virus
Con
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Ignacio Crespo reflexiona sobre cómo rastrear el origen y evolución de un virus, planteando preguntas sobre su mutación y separación genética entre diferentes cepas.
…hay un 97% de similitud. Es relativamente alto para estos casos donde el material genético no es como el nuestro, que es larguísimo y hace falta muchos cambios para obtener ese 3% de diferencia. Aquí tenemos 150 kilobases, entonces es muchísimo más asequible. ¿Cómo respondemos a esta pregunta? ¿Cómo podemos rastrear el origen de este virus que nos ha traído hasta aquí? ¿Cuánto ha mutado? Que eso es una cosa importante, ¿no? Si tenemos tres representantes emparentados, ¿cuándo se separaron? ¿Cómo de rápido han ido cambiando hasta tener el actual? ¿El virus que se describe históricamente como virus de la viruela ovina es el mismo que estamos teniendo ahora? ¿Podríamos esperar cambios? Porque aquí pasa otra cosa chula, y es que si vemos qué partes del genoma de este virus se relacionan con su capacidad para infectar unas especies u otras, parece que están localizados en los extremos, los extremos de su material genético, que son además los…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo reflexiona sobre cómo rastrear el origen y evolución de un virus, planteando preguntas sobre su mutación y separación genética entre diferentes cepas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1mutación y separación genéticarastreo del origen de un viruscambios en cepas de virus…hay un 97% de similitud. Es relativamente alto para estos casos donde el material genético no es como el nuestro, que es larguísimo y hace falta muchos cambios para obtener ese 3% de diferencia. Aquí tenemos 150 kilobases, entonces es muchísimo más asequible. ¿Cómo respondemos a esta pregunta? ¿Cómo podemos rastrear el origen de este virus que nos ha traído hasta aquí? ¿Cuánto ha mutado? Que eso es una cosa importante, ¿no? Si tenemos tres representantes emparentados, ¿cuándo se separaron? ¿Cómo de rápido han ido cambiando hasta tener el actual? ¿El virus que se describe históricamente como virus de la viruela ovina es el mismo que estamos teniendo ahora? ¿Podríamos esperar cambios? Porque aquí pasa otra cosa chula, y es que si vemos qué partes del genoma de este virus se relacionan con su capacidad para infectar unas especies u otras, parece que están localizados en los extremos, los extremos de su material genético, que son además los…
Ignacio Crespo explica cómo se buscan muestras de virus antiguos en restos óseos, especialmente de ovejas, para analizar su historia y evolución.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4virus antiguos en restos óseosanálisis de ovejas en europamuestras de virus prehistoriarestos de dientes asiáticos…que sabemos que está relacionado con la posibilidad de pasar alguna infección a humanos. El planteamiento yo creo que es bastante necesario; es un paper que en principio está muy justificada la pregunta y que para mí lo más bonito es cómo intentan resolverla. Porque lo que hacen es, lo que decías Héctor: vamos a encontrar muestras, muestras de estos virus en otros momentos de la historia, incluso de la prehistoria. ¿Y dónde puedes encontrarlos? Porque lo que te dice el cuerpo es vamos a ver si hay restos de ovejas y vamos a analizarlos. Y efectivamente lo hacen; y cogen dos restos de dientes, además de ovejas, que encuentran... todos son análisis del continente asiático, pero sobre todo Europa. Salvo estos dos. Estos dos dientes sí que son del continente asiático y tienen la mayor antigüedad de todos los restos que han estado analizando, que son unos 1800 años de antigüedad para uno, 1300 para otro. Es bastante. Perdón, de antigüedad no, antes de…
Ignacio Crespo explica que tras analizar varias muestras, los investigadores obtuvieron 41 resultados positivos para el virus de la viruela ovina.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #11análisis genético del colágenoseparación virus parientes genéticosárbol filogenético virus ovinamuestras positivas virusreconstrucciones completas genomagenomas únicos investigadores…esto y ahí tienen bastantes más muestras. De hecho, consiguen 754 muestras de Eurasia, de unos 14.000 años de antigüedad algunas de ellas. No hablamos de estos pergaminos, lógicamente, pero recogiendo ya todo, no solamente los dientes, tenemos todo esto. Y a partir de ahí empiezan a hacer criba, empiezan a analizar genéticamente y ver cuánto es utilizable, porque por mucho que tú encuentres efectivamente en el material genético que hay en este colágeno o en este cuero, por supuesto, material genético del ganado, pero también del virus, habrá que encontrar el virus que nos interesa, el virus de la viruela ovina y separarlo de otros, de esos otros dos parientes que sabemos que habrá que reconstruir el árbol, de cuándo se ramificaron, cuándo se encuentra esa división. De todo ello se quedan con 41 muestras positivas para el virus. 41 muestras genéticas que parece que sí que tienen información del virus, pero de nuevo no valen todas. Necesitan que sean reconstrucciones suficientemente completas del genoma de cada uno de ellos y además suficientemente distintas, que son esos genomas únicos. Consiguen 22 genomas únicos de este virus concreto y aún así hay que tener en cuenta qué le llamamos único. Único no es que tengan todo el material genético que tenía ese virus, es suficiente. Entonces aquí hablamos de que tenga una cobertura de más de 0,1…
Ignacio Crespo explica que, aunque los análisis de virus antiguos a menudo tienen fragmentos faltantes, es suficiente para obtener una idea general de la representatividad del virus en ese momento.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2virus antiguos fragmentos faltantesrepresentatividad del virus ignacio crespogenomas comparados ignacio crespo…de este virus concreto y aún así hay que tener en cuenta qué le llamamos único. Único no es que tengan todo el material genético que tenía ese virus, es suficiente. Entonces aquí hablamos de que tenga una cobertura de más de 0,1 por, que viene a ser que va A haber bastantes fragmentos que estén desaparecidos, fácilmente 9 de cada 10 en algunos casos, pues no vamos a tener esa información, pero es suficiente como para hacernos una idea de la representatividad de ese virus concreto en ese momento. Lo analizan y lo comparan con genomas que tenemos de. los otros dos, del de las cabras y del de las vacas. Y ven qué diferencias encuentran. De esta forma reconstruyen un árbol que ha sido bastante polémico porque en muchos otros textos, partiendo de otro tipo de estudios, tenían todas las combinaciones…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores han llegado a la conclusión de que el virus de la viruela ovina se separó primero, seguido por los virus de la viruela caprina y la dermatosis nodular contagiosa en las vacas.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #8dermatosis nodular contagiosa en vacasseparación virus ovejas…posibles. Primero se ramificó de este grupo de virus, de Capripox virus, se ramificó el de las ovejas y los otros dos, cabras y vacas, fueron por su lado; por otro lado la combinación de ovejas y cabras y vacas por el otro, entonces tenían todas las opciones. y aquí parece que concluyen que es más parsimonioso asumir que se separó en primer lugar el virus de las ovejas en sí y los otros dos fueron por su camino, tanto el virus de la virula caprina como, que no hemos puesto nombre hasta ahora porque no nos va a quedar, pero bueno, el virus de la dermatosis nodular contagiosa, que es el de las vacas, el de las vacas y punto. La cuestión es poner fechas, y aquí ya es cuando hay también un poquito más de discusión; lo que comentan es que en principio podríamos sospechar que lógicamente fue antes de estos 3.500 años de antigüedad, cuando se separaron, hacen una horquilla bastante…
Ignacio Crespo comenta una conclusión interesante sobre los restos más antiguos encontrados del virus de la viruela ovina.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #17restos más antiguos virus viruela ovinadistintos virus viruela ovina siglo xxanálisis restos viruela ovina ignacio crespo…lo que comentan es que en principio podríamos sospechar que lógicamente fue antes de estos 3.500 años de antigüedad, cuando se separaron, hacen una horquilla bastante grande, de hasta esos 14.000 en algunos casos, y en algún momento ahí debieron separarse. Pero llegan a otra conclusión que también me parece interesante y es que incluso estos restos que estamos encontrando, los más antiguos de los que se han analizado, del virus de la viruela ovina, son suficientemente distintos a los del virus de la viruela ovina que tenemos ahora o incluso de los restos más antiguos estudiados, de un caso que hubo a principios del siglo XX, que también habían incluido En este estudio. Eso significa que sí es el mismo, pero cambia y se puede esperar que cambie. La velocidad no parece muy grande comparado con otros virus; además, es un virus ADN, sabemos. Yo creo que nos quedó grabado por la pandemia, que los virus ARN en…
Ignacio Crespo explica las razones por las cuales los resultados obtenidos al comparar ADN viral deben ser interpretados con precaución, señalando una divergencia en la presencia de inactivaciones genómicas entre el virus de la viruela ovina y otros relacionados.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #10inactivaciones genómicas virus viruela ovinavirus viruela caprina comparte inactivacionescomparación adn viral requiere precauciónramificación virus viruela ovina…Ignacio, me ha recordado el hecho de que hay muchos libros antiguos que se encuadernaban con piel, típicamente de cerdo. Y se me ha ocurrido que podría ser una fuente, vete tú a saber, de ADN antiguo. Aquí hay un problema, bueno hay muchos problemas que no He nombrado, de por qué estos resultados hay que cogerlos con cuidado. Por un lado, cuando comparaban el ADN de dos de estos tres virus, veían que a pesar de que parece que de esa familia se ramificó primero el del virus de la viruela ovina, este comparte con el virus de la viruela caprina ocho inactivaciones en su genoma que están presentes en ambos casos pero no están presentes en el. bovino y esto es un poco extraño para reconstruir el árbol. Ellos sospechan que siendo solo ocho puede que haya sido una convergencia evolutiva adaptándose a la presión del medio pero que haya sido independiente. entonces esto yo aprovecho para decir que…
Ignacio Crespo reflexiona sobre el origen del virus de la viruela ovina, planteando la posibilidad de que su historia esté ligada a la industria ganadera y considerando la polisemia de la palabra 'vida' en este contexto.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #13 · Palabras #3virus viruela ovina infección cruzadacontaminación laboratorio virus viruela ovinamaterial genético virus viruela ovinaindustria ganadera y viruspolisemia de la palabra vidahistoria vital del virusclasificación taxonómica habitualgrupo de virus sin familiapoxviridae y sus géneroscapri pox virus como ejemploanalogías en clasificación de virusinteligencia artificial y denominación…no debería ocurrir porque es bastante específico en ese caso. El virus de la viruela ovina, por lo que está oviendo, ocurre solo en esos casos. El de la caprina puede ocurrir en la ovina y el de la ovina en la caprina, pero suele estar bastante estanco. Y en este caso sospechan que, por un lado, puede haber sido una infección cruzada entre ellos; esa posibilidad está, por supuesto, pero también que haya habido contaminación por el taller. Así que, por mucho que tengamos material genético, no sabemos exactamente cuál había sido la vida de ese virus. Si tal vez había vivido de forma natural los ganados que se habían estado utilizando o si estaba mucho más vinculado a la propia industria. La vida de ese virus, la frase esa me ha hecho... Sí, es verdad, es verdad. Es gracioso. Sí, ahí desde toda la polisemia de vida me quedo con lo que es historia vital, ¿no? Como historia del recorrido, igual que puedes hablar de la vida de una estrella, pero no que haya ahí un bios La existencia decente. Antes también te has referido al grupo de estos virus, ¿no? Sin mencionar familia o género, porque no están dentro del árbol taxonómico habitual. Aunque tienen su propia clasificación que yo desconozco completamente. Sí, es verdad que es conflictivo y es una cosa en la que nunca me he adentrado mucho. Sí que se suele hablar del grupo, la familia Poxviridae y dentro de ellos están géneros, aunque es análogo. Porque, claro, hablar de que es lo mismo como si fuera algo esencial. El género de un virus es con el que se identifique, no vamos a estar aquí poniendo etiquetas. Ahí tendríamos en principio géneros dentro de los cuales encontramos el Capri-Pox virus y dentro de ese los tres de los que hemos estado hablando hoy. Se han usado las mismas palabras, quizás no sea buena idea; pero lo hacemos todo el rato, si es que pensamos con analogías, vamos a hablar luego de la inteligencia artificial, pues dime tú si no estamos ahí haciendo licencias de cómo llamarle a las cosas. Bueno, pues vamos a ir pasando de tema y Juan Carlos, llevamos ya varias semanas posponiendo el tema que nos habías propuesto que te parecía muy interesante sobre el transporte de protones en el ácido fosfórico tengo mucha curiosidad realmente por qué es lo…