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Luisa AchaerandioIsabel CorderoJuan Carlos GilIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetproteínas piezas fundamentales de la vidaenzimas catalizan reacciones bioquímicasfactores de regulación controlan actividad celularproteínas forman andamiaje de las célulasproteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y funciónJuan Carlos GilIgnacio CrespoLucaLuisa AchaerandioAlphaFold
Proteínas piezas fundamentales De la vida
Ep551: Ryugu; Gravitondas; DeepMind y Debate IA; Criogenización; Consciencia
26 de marzo de 20264 momentos
Con
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Juan Carlos Gil explica la importancia del plegamiento de proteínas como un problema combinatorialmente intratable y describe brevemente su función fundamental en la vida.
…combinatoriales gigantescos que a la postre aparecen en muchísimos problemas científicos en los que a veces entendemos las reglas del problema, pero son intratables o muy lentos de investigar, pues porque el número de posibilidades es enormísimo, ¿no? y uno de esos problemas combinatorialmente intratables es el famoso plegamiento de proteínas. Muy rápido, sí, las proteínas son las piezas fundamentales de la vida. Antes hablábamos de ácidos nucleicos que son los que llevan el mensaje para cómo codificar las proteínas, porque son estas que hacen prácticamente de todo en la vida. Las enzimas, un tipo de proteínas, catalizan reacciones bioquímicas; los factores de regulación controlan actividad celular. Hay otras proteínas que forman la estructura, el andamiaje de las células, otras que transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio resume cuatro conclusiones clave sobre la presencia de nucleobases en asteroides, descartando la contaminación como causa principal.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #11nucleobases en asteroidescontaminación descartada en asteroidesprocesos abióticos en asteroidesdistribución solar de nucleobasesevidencia de contaminación terrestre nula…sobre la mesa que si hay más amoníaco puede favorecer más las pirimidinas y si hay menos amoníaco pues más las purinas porque se ha encontrado urea, se ha encontrado aminoácidos, ¿vale? se han encontrado ácidos nicotínicos como la vitamina B3, casi nada. Con que la conclusión, bueno cuatro conclusiones fundamentales, las nucleobases están presentes en los asteroides de forma natural, me parece maravilloso, rotundo, no es simplemente una contaminación o una desaminación por el proceso de viaje interestelar, se han formado por procesos abióticos, están distribuidas por el sistema solar, es como si las piezas fueran por ahí a ver dónde pueden caer o no. y eso es que no hay ninguna evidencia de contaminación terrestre. Con lo cual, la reflexión final, que me parece muy potente, si uno piensa con calma, el resultado es muy sugerente, como decía al principio, porque durante mucho tiempo quizá hemos considerado que las biomoléculas eran algo casi exclusivo de nuestro planeta,…
Ignacio Crespo reflexiona sobre la probabilidad de formación espontánea de compuestos fundamentales para la vida en diversas condiciones, haciendo referencia a un paper científico.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #9formación espontánea de compuestospaper científico sobre vidacondiciones radicales para la vidaanálogos fundamentales para la vida…pudo haber surgido más veces y durante los primeros momentos convivir hasta que por contingencias o cuestiones que no conocemos ahora priorizara una de esos árboles, no voy a decir ramas porque sería un árbol propio, sería el de Luca, que sería el nuestro. y hasta que no podamos responder eso, que lo iremos haciendo a medida que conozcamos precisamente lo que dice este paper, que es cómo de probable es que de manera espontánea compuestos que consideramos fundamentales para la vida y análogos se formen en condiciones radicalmente distintas y puedan llegar aquí y propiciar que se desarrollen más. Y eso es lo que me parece bonito. Además has dicho una cosa, Francis, que me ha gustado, que es lo de... Es muy difícil saber lo que hay antes de Luca, pero no es imposible. De hecho, hace poquito salió un paper muy chulo intentando estudiar eso, viendo unas propiedades concretas del ADN de…
Juan Carlos Gil explica la importancia del plegamiento de proteínas como un problema combinatorialmente intratable y describe brevemente su función fundamental en la vida.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1proteínas piezas fundamentales de la vidaenzimas catalizan reacciones bioquímicasfactores de regulación controlan actividad celularproteínas forman andamiaje de las célulasproteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y función…combinatoriales gigantescos que a la postre aparecen en muchísimos problemas científicos en los que a veces entendemos las reglas del problema, pero son intratables o muy lentos de investigar, pues porque el número de posibilidades es enormísimo, ¿no? y uno de esos problemas combinatorialmente intratables es el famoso plegamiento de proteínas. Muy rápido, sí, las proteínas son las piezas fundamentales de la vida. Antes hablábamos de ácidos nucleicos que son los que llevan el mensaje para cómo codificar las proteínas, porque son estas que hacen prácticamente de todo en la vida. Las enzimas, un tipo de proteínas, catalizan reacciones bioquímicas; los factores de regulación controlan actividad celular. Hay otras proteínas que forman la estructura, el andamiaje de las células, otras que transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un…
Juan Carlos Gil describe cómo AlphaFold transformó el problema del plegamiento de proteínas, pasando de tardar años a resolverlo rápidamente y convirtiéndolo en una tarea rutinaria.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #20alphafold y plegamiento de proteínasproteínas y bioquímica de la vidafunción de las proteínas tridimensionales…se entrenó para jugar al juego del Go, sino se entrenó para jugar al juego de Pleger Proteínas Y vamos, lo ganó, como con Lisedol predijo las estructuras de las 200 millones de proteínas que eran básicamente todas las que se conocían Así que no fue un avance incremental, pasaron de tardar cuatro años un equipo a hacerse todas de golpe O sea, claramente pues transformó un problema tremendamente difícil en algo prácticamente rutinario Y eso no... Un problema que tiene mucha utilidad práctica, o sea, no estamos hablando de un problema académico Eso decía, que es que la función de todas las proteínas, que a la postre es una fracción brutal de la bioquímica de la vida depende de esta forma concreta tridimensional. Claro que tiene un impacto tremendo. Y no es que Alfafol consiguiese eso sabiendo mucha química, ¿vale? Estoy convencido que Héctor y Gastón, lo digo bromeando porque siempre decís lo de la química, saben más química seguramente que Alfafol, pero el bicho... Ya te digo yo que yo no Pero el bicho…