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María RibesAlberto ApariciJuan Carlos GilIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasLuisa AchaerandioPushmeet Kohli · DeepMindThore Graepel · DeepMindlenguaje de la vida desafíoproteínas ingredientes biológicos alphafoldalphafold entiende los ingredienteslibro de recetas proteínasproteínas a 10 menos 9 metrosorganismos miden aproximadamente un metroignacio crespo escalas vidaproteínas y fenotipo humano complejidadfalta datos inferir conclusionesplegamiento de proteínas base sólidaAlphafoldFrancis VillatoroIgnacio CrespoAlphaGoADNHéctor SocasFAGOLAlphaZeroPremio Nobel de QuímicaAlphaFold 3Juan Carlos GilProtein Data BankPDB
Proteínas ingredientes biológicos AlphaFold
Con
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Francis Villatoro reflexiona sobre el desafío de descifrar el lenguaje de la vida y cómo AlphaFold ha abierto un camino para comprender mejor los ingredientes biológicos.
…que sea capaz de desarrollar un cerebro que pueda aprender de la misma manera que un ser humano y además crear sistemas o programas tan complejos como AlphaGo, que puede funcionar en sistemas y ordenadores que nosotros, que los humanos, desarrollamos? Entonces, ¿qué es ese fenómeno tan extraordinario que está codificado en el código genético? Es como el lenguaje más interesante que hemos aprendido a leer, pero no lo entendemos. Así que descifrar ese lenguaje de la vida es el gran desafío hacia el cual estamos trabajando. Alphafold nos mostró el camino diciendo: bueno, si las proteínas son los ingredientes, ahora entiendes los ingredientes, ahora tenemos que descifrar el libro de recetas. Me refiero a la forma en que esos ingredientes realmente hacen que las cosas funcionen en la vida. Y solo para añadir a eso, quiero decir, para demostrar. Lo difícil que es este problema, me gusta observar las diferentes escalas en las que se desarrolla la vida. Si lo piensas bien, la escala de relevancia a nivel de las proteínas es de aproximadamente 10 a la menos 9 metros, por lo que un nanómetro es más o menos el tamaño que realmente importa en ese nivel. Pero un organismo, o al menos a los ojos de un físico, un organismo mide aproximadamente un metro de altura, ¿verdad? Así que tenemos nueve órdenes de magnitud entre lo que sucede a nivel de las proteínas y lo que ocurre a nivel del fenotipo humano y cada uno de estos niveles está repleto de una gran complejidad, gran parte de la cual aún no se comprende del todo y sobre mucha de la cual tampoco disponemos de suficientes datos para poder inferir conclusiones todavía y así nos espera un gran camino por delante ahora, afortunadamente, sobre una base muy sólida en el ámbito del plegamiento de proteínas. Sí, absolutamente. Entonces, creo que tenemos que avanzar realmente a nivel de no solo entender las proteínas, entender otros tipos de moléculas biológicas como los ácidos nucleicos. Entonces tenemos que pensar en cómo operan las células e incluso dentro de las células cómo…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas explica cómo los sistemas de inteligencia artificial aprenden a jugar, no mediante programación humana directa, sino jugando partidas repetidamente. Menciona AlphaFold y su impacto en la bioquímica al recibir el Premio Nobel de Química en 2024.
Habla: Héctor SocasSignificado #11 · Palabras #10alphafold y el premio nobel químicaaprendizaje jugando partidas inteligencia artificialplegamiento de proteínas alphafold…juegos de guerra, como decían desde el principio de la película: que Whopper estaba continuamente jugando a la Tercera Guerra Mundial y ese fruto de estar 24 horas al día, 7 días a la semana jugando a la Tercera Guerra Mundial es como iba aprendiendo. pues la idea era hacer eso, un sistema que aprendiera a jugar a base de jugar partidas, no de ser programado por humanos como tenía que jugar y esa línea ha sido muy exitosa; de hecho, aquí hemos hablado muchísimo, no tanto de AlphaGo sino de AlphaFold, que fue un poco la secuela que hacía el plegamiento de proteínas y que recibió el premio Nobel de Química en 2024 por ese gran avance que supuso en la bioquímica: el poder predecir la estructura de proteínas. Entonces, volviendo al fagón, nosotros recuerdo que lo comentamos y recuerdo que Alberto nos hablaba en aquel momento del juego del go, las dificultades que tenía y tal. Entonces, se cumplían 10 años la semana pasada. De hecho, el día que grabamos la…
Francis Villatoro reflexiona sobre el significado del proyecto AlphaFold, destacando que, aunque resolvió un desafío importante, es solo un paso en la comprensión más amplia de la biología.
Habla: Francis VillatoroSignificado #5 · Palabras #2alphafold 3 próximos pasosinvestigación biológica aspectos fundamentalesconocimiento humano alpha goalphagol impulsó alphafoldalphafold 1 proceso dos pasosred neuronal proteínas cercanasmódulo predice estructura tridimensionalalphafold ii red neuronalestructura tridimensional secuencia aminoácidosarquitectura red neuronal conocimiento científicoproyecto alphafold desafío biologíaproteínas pilares de la vidareceta de la vida biología…el plegamiento de proteínas me parecía completamente intratable. Así que finalmente AlfaFold logró resolver este problema, transformando lo que había sido un gran desafío de 50 años en una nueva base fundamental para la investigación biológica. Entonces, Dr. Colley, mi pregunta es: ¿qué viene ahora con AlphaFold 3 y qué aspectos fundamentales quedan aún sin resolver en este campo? Sí, yo creo que lo que AlphaGo nos demostró es que podemos ir mucho más allá de lo que el conocimiento humano nos permite y así ser capaces de generar nuevas y muy valiosas perspectivas. Y en cierto sentido comenzamos el proyecto de AlphaFold inmediatamente después del partido de Lissedol porque aquello nos dio la confianza necesaria para explorar a fondo toda esta área. La primera iteración de AlphaFold, AlphaFold 1, fue construida como un proceso de dos pasos: en primer lugar, había una red neuronal que nos proporcionaba algunas ideas o pistas sobre qué proteínas podrían estar próximas entre sí; y luego, en segundo lugar, había un módulo más clásico que se encargaba de intentar predecir la estructura tridimensional. Para AlphaFold II comenzamos completamente desde cero y lo abordamos de principio a fin, con una única red neuronal, partiendo exclusivamente de la secuencia de aminoácidos para predecir la estructura tridimensional. Y esa elegancia y la simplicidad de aquella solución, con una gran cantidad de conocimiento científico muy interesante integrado en la arquitectura de la red neuronal, fue la clave para lograr ese asombroso éxito. Así que si lo piensas, AlphaFault resolvió ese gran desafío, pero más ampliamente es solo un paso en nuestra comprensión de la biología; así que las proteínas son los pilares de la vida y hacen que todos los fenómenos biológicos ocurran. Pero si observamos la receta de la vida y Pensamos en nuestro ADN, en cómo podemos entender la semántica de nuestro propio ADN, en descifrar lo que realmente está codificado en todo el genoma. ¿Cómo es posible que un embrión sepa cómo desarrollarse completamente, que sea capaz de desarrollar un…
Francis Villatoro reflexiona sobre el desafío de descifrar el lenguaje de la vida y cómo AlphaFold ha abierto un camino para comprender mejor los ingredientes biológicos.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1lenguaje de la vida desafíoproteínas ingredientes biológicos alphafoldalphafold entiende los ingredienteslibro de recetas proteínasproteínas a 10 menos 9 metrosorganismos miden aproximadamente un metroignacio crespo escalas vidaproteínas y fenotipo humano complejidadfalta datos inferir conclusionesplegamiento de proteínas base sólida…que sea capaz de desarrollar un cerebro que pueda aprender de la misma manera que un ser humano y además crear sistemas o programas tan complejos como AlphaGo, que puede funcionar en sistemas y ordenadores que nosotros, que los humanos, desarrollamos? Entonces, ¿qué es ese fenómeno tan extraordinario que está codificado en el código genético? Es como el lenguaje más interesante que hemos aprendido a leer, pero no lo entendemos. Así que descifrar ese lenguaje de la vida es el gran desafío hacia el cual estamos trabajando. Alphafold nos mostró el camino diciendo: bueno, si las proteínas son los ingredientes, ahora entiendes los ingredientes, ahora tenemos que descifrar el libro de recetas. Me refiero a la forma en que esos ingredientes realmente hacen que las cosas funcionen en la vida. Y solo para añadir a eso, quiero decir, para demostrar. Lo difícil que es este problema, me gusta observar las diferentes escalas en las que se desarrolla la vida. Si lo piensas bien, la escala de relevancia a nivel de las proteínas es de aproximadamente 10 a la menos 9 metros, por lo que un nanómetro es más o menos el tamaño que realmente importa en ese nivel. Pero un organismo, o al menos a los ojos de un físico, un organismo mide aproximadamente un metro de altura, ¿verdad? Así que tenemos nueve órdenes de magnitud entre lo que sucede a nivel de las proteínas y lo que ocurre a nivel del fenotipo humano y cada uno de estos niveles está repleto de una gran complejidad, gran parte de la cual aún no se comprende del todo y sobre mucha de la cual tampoco disponemos de suficientes datos para poder inferir conclusiones todavía y así nos espera un gran camino por delante ahora, afortunadamente, sobre una base muy sólida en el ámbito del plegamiento de proteínas. Sí, absolutamente. Entonces, creo que tenemos que avanzar realmente a nivel de no solo entender las proteínas, entender otros tipos de moléculas biológicas como los ácidos nucleicos. Entonces tenemos que pensar en cómo operan las células e incluso dentro de las células cómo…
Juan Carlos Gil, junto con Héctor Socas, reflexiona sobre el desarrollo de AlphaGo y su capacidad para evaluar el progreso en una partida de Go. Se plantea la pregunta de por qué AlphaFold se aplicó al plegamiento de proteínas.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #13alphago evaluación progreso partida goalfafol plegamiento proteínas criterio fundamentalimpacto humanidad alfafol problema científicopdb protein data bankestructuras proteínas difracción rayos xproteínas target conocidas alphafoldsecuencia aminoácidos posición red átomos…que tiene más piezas y el que tiene más o menos el centro del tablero tiene mayor densidad de piezas por el centro del tablero va ganando, salvo que veas que uno tiene el rey acorralado; hay como un par de cositas que te hacen ver quién va ganando la partida. Y claro, en Go debe ser mucho más complicado eso. Y yo creo que uno de los grandes éxitos para poder desarrollar AlphaGo fue poder desarrollar algo que te permite evaluar cuánto de bien lo estás haciendo. Pero llevando la conversación, saliendo un poco del go, que es muy interesante, pero esto es un podcast de ciencia, ¿por qué abordaron con alfafol el plegamiento de proteínas? Pues uno de los criterios fundamentales, no solo por el absurdo impacto que puede tener en la humanidad, que si queréis lo discutimos, obviamente, sino porque tenían contra qué comparar, y eso no se da en muchos problemas científicos existían decenas de miles de Proteínas cuya estructura había sido ya determinada con mucho dolor mediante técnicas que a menudo llevaban decenas de años y que estaban disponibles en una base de datos accesible, el PDB, el Protein Data Bank, donde pone la secuencia de aminoácidos y la posición exacta de la red de átomos en el cristal sólido, que es como se calculan esas estructuras mediante difracción de rayos X. Entonces tenían un target para cada proteína de las conocidas, sabían cómo se iba a plegar y eso les sirvió obviamente para el entrenamiento. También en el caso de la Predicción meteorológica, ¿sabes qué ocurrió hace dos días y el tiempo que ha acabado haciendo hoy? Por lo tanto tienes puntos en el pasado y forecast a futuro, pero muchísimos otros problemas. Eso no es así y ese es el primer tipo de los problemas, es los…
Juan Carlos Gil expresa su asombro ante la capacidad de pasar del ADN a las proteínas, luego a los embriones y finalmente a las personas que desarrollan AlphaFold para describir el mismo proceso.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #7 · Palabras #9adn proteínas embriones alfafoldproceso alfafold descrito por personasconocimiento hector socas…me llamó la intención de la entrevista, conecta de alguna forma con tu decepción que has dicho de que al fagol habían enseñado con conocimiento humano y que era necesario incluso en alfacero y es que, pues Metcoli dijo, me fascina, en su cabeza, dice, me fascina cómo se pasa del ADN a las proteínas, de las proteínas a los embriones y de los embriones a las propias personas que van luego y se ponen y desarrollan alfafold para describir el propio proceso que acabo de determinar. Es decir, Héctor, bueno, de alguna forma todo es conocimiento Humano y todo es conocimiento que parte del ADN al que se suma la experiencia, ¿no? Quizá siendo reduccionista de nuevo. Y sí, me tengo que ir, amigos. Venga pues, un placer haber contado contigo. Hasta la próxima, Juan Carlos. Adiós, Juan Carlos, chao.…