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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetandamiajes de adn atrapadosestimulación del sistema inmunitariovehículos hechos en proteínasnuevas versiones sandamio de adn60 antígenos en origami de dnaespaciamiento entre antígenos y eficaciaandamios proteicos vs andamios de dnaluisa achaerandio estructura de andamioslinfocitos t cooperadores y reacción inmunitariacentros germinales y expansión celularmodificación andamio por autoresproteína padre en andamios de adnlinfocitos t activados por péptidosorigami de adn y respuesta inmunitariareacción inmunitaria con proteínas pequeñaslinfocitos T cooperadoresandamio de ADNLuisa AchaerandioADNlinfocitos Torigami de ADNlinfocitos Bandamios de ADNIsabel CorderoJosé Edelsteinsandamio de ADN
Modificación andamio por autores
Ep545: 11F; Dinosaurios; Sag A*; Genes y Psiquiatría; AlphaGenome; ADN Origami
12 de febrero de 20265 momentos
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Luisa Achaerandio explica que, tras resolver problemas con la estructura del ADN, ahora se ha identificado un nuevo problema: la falta de activación de los linfocitos T cooperadores.
…como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso inmunitario. Y eso también, un poco en principio, los desanima porque las proteínas, hay punto para las proteínas, pero para el constructo de ADN a las proteínas, a los vehículos que están hechos en proteínas, eso no le pasaba; no se quedaban paradas en los ganglios sino que llegaban hasta el final. Entonces ellos hacen un nuevo intento, dicen bueno pues vamos a modificar la estructura, vamos a modificarla de forma que no se nos quede atascada en los primeros pasos. Entonces hacen un nuevo intento haciendo nuevas versiones de sandamio de ADN, haciéndolo más espaciado y aumentaron también no solamente el número. Total de antígenos sino la densidad por superficie y luego dicen que eso fue un factor clave en que el sistema, y hago spoiler, funcionara; y es que antes habían puesto 60 antígenos muy separados en la estructura, en el origami, unidos al ADN y ahora utilizan esos 60 antígenos pero los ponen muy juntos y no saben o yo no lo he entendido bien en el artículo; no se sabe por qué cuando los ponen juntos funciona perfectamente pero si están separados no es eficaz. De todas formas bueno lo vuelven a intentar y aunque la cosa mejora cuando lo comparan con los andamios proteicos otra vez siguen ganando los andamios proteicos. Conseguimos ahora que no se atasquen pero seguimos sin obtener esa respuesta inmunitaria que se esperaba; ¿Qué seguía fallando? Bueno, pues ahora resulta que ya si parece que esos complejos avanzan más llegan hasta los centros germinales pero ahora resulta que otro punto clave para que se lleve a cabo esa reacción inmunitaria son los linfocitos T cooperadores Este tipo celular por lo visto no se activaba bien con el andamio de ADN y si lo hace con el de proteínas. Si no conseguimos activar a esos linfocitos T, el centro germinal no se expande bien y no se llevan a cabo el resto de reacciones que necesitamos. Por tanto, aquí ¿qué hacen los autores? Pues vuelven a hacer otra modificación sobre su andamio de ADN y esta vez le incluyen una pequeña proteína que la llaman padre, ahí ya no he averiguado, no he entrado a averiguar qué significa cada letra, pero bueno, como además me servía para la explicación, es un péstido muy chiquitito que se lo unen de forma complementaria a ese origami de ADN esa proteína parece ser que les va a ayudar a activar esos linfocitos T pero no va a producir esa reacción inmunitaria que si provocan las proteínas grandes de los vehículos de proteínas es decir, es el punto exacto, un poquito de proteína pero no lo suficiente como para dar una respuesta que no queremos y ahora con ese pequeño cambio si lo consiguen, ahora ven que perfectamente el origami entra, Llega donde tiene que llegar y activa a las células T cooperadoras foliculares, que era el punto clave en el que se había parado la versión anterior. Logran activar los linfocitos T, se activa el linaje que ellos querían de linfocitos B y bueno pues ya parece…
Significado #1 · Palabras #1
Isabel Cordero explica por qué los autores proponen utilizar origami de ADN como vehículo para antígenos virales, destacando sus propiedades mínimamente inmunostimulantes y su capacidad para crear estructuras geométricas precisas.
Habla: Isabel CorderoPalabras #6origami de adn vehículo antígenos viralespropiedades mínimamente inmunostimulantes origami adnestructuras geométricas precisas con adn investigador…variable, que genere una respuesta, pero no contra el vehículo, solamente frente al antígeno. que sea además la respuesta deseada, que sea mayor y que no quede enmascarada por ningún otro mecanismo y aquí es donde a los autores se le ocurre utilizar un Origami de ADN. ¿Por qué? Porque los origamis de ADN se ha visto que son mínimamente inmunostimulantes y no generan ningún tipo de respuesta por parte del sistema inmunitario pudiendo funcionar perfectamente como un andamio o un vehículo inerte. Además, visto como ya hemos dicho en artículos de todos estos años, se puede hacer, o sea no es algo de ciencia ficción, podemos hacer estructuras geométricas con el ADN de tamaño, de espacios totalmente exactos y según quiera el investigador. Por tanto, si conseguimos esto, que digamos es factible técnicamente, podemos hacer la molécula de ADN, sabemos que cuando se hacen esas moléculas el sistema inmunitario no va a reaccionar frente a ese origami de ADN, pues bueno, pues simplemente tenemos que ponerle el antígeno y ver cómo funciona tanto en sistema sin vitro como luego en sistema sin vivo Por tanto los autores se…
Luisa Achaerandio explica cómo los autores del estudio diseñaron un andamio utilizando software específico para crear partículas icosaédricas de origami de ADN.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #2software diseño partículas icosaédricasantígeno de seis letras raroreacción click para unir antígenooligonucleótidos en hebra larga adn…Viendo la composición celular en los centros germinales, por supuesto en ratones, la competencia clonal, es decir, se sintetiza ahora más un anticuerpo que otro, etc. Y la activación temprana precisamente de los anticuerpos que se desean: ¿cómo lo hacen? Pues lo primero en el artículo te explican cómo han hecho el andamio, cómo han diseñado el origami; que por lo visto, y eso no lo sabía yo, hay software específicos de diseño y diseñaron unas partículas icosaédricas. Han probado varios tamaños y varios sitios de anclaje para el antígeno; luego, una vez que lo han diseñado, lo construyen, cogen una hebra larga de ADN y luego le han añadido pequeños oligonucleótidos. Luego le han metido ese antígeno, el del nombre de seis letras raro, y luego la han unido con una reacción que si no recuerdo mal en el artículo ponía una reacción click; que no sé en qué consiste, pero bueno, la han conseguido añadir al origami. Bueno, el anticecrino, como he dicho, tampoco es modificado y luego han verificado la construcción por varias técnicas. Se han hecho electroforensis, se han hecho muchas técnicas para ver que estaba bien hecho el constructo. luego ya pasando ya que lo tienen…
Luisa Achaerandio explica que los autores del estudio lograron fabricar correctamente andamios de ADN, confirmando su estructura y estabilidad.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #2fitometría de flujo linfocitos blinfocitos c implicados procesoproducción de anticuerpos ratonesmicroscopía ganglios linfáticosinmunofluorescencia análisis ratonesandamios de adn con estructura eicosahedroestabilidad del adn en andamiosantígeno unido a adn según estudiopartícula de adn en ratoneslinfocitos b producen señales 9bensayos in vivo con ratonesmodificaciones sobre la marcha…y posteriormente ya pasan a estudios en animales además en varios grupos de ratones a estos ratones se les inmuniza con una inyección subcutánea y bueno después se analiza como esos ratones en su sistema inmunológico Unitario ha reaccionado a esa estructura. A los ratones se hace también un montón de análisis desde fitometría de flujo para analizar los linfocitos B, los linfocitos C, que ya tenemos que también están implicados en el proceso, producción de anticuerpos, se hace también microscopía de los ganglios linfáticos, inmunofluorescencia, etc. Hacen muchos ensayos. para ir ya un poquito concretando cuáles son los resultados más novedosos que encuentran estos autores lo primero que resaltan y demuestran que pueden fabricar correctamente estos andamios de ADN que lo consiguen porque vieron que se desplegaron correctamente de hecho en el material suplementario se ven las figuras perfectamente que tienen la forma que ellos esperaban, únicos eicosahedro y que el antígeno está unido donde se tenía que unir y lo más importante que son estables porque eso también y luego lo dicen en discusión el ADN es más inestable y hay más probabilidades que se degrade que las proteínas pero en principio ellos dicen que aquí en su trabajo eso no ha sido un factor importante. La partícula por tanto está bien construida y en cultivos celulares parece que también reaccionan bien los linfocitos B y empiezan a producir señales frente a ese 9B en vehículo, pero cuando lo pasan a los ensayos sin vivo en ratones es donde empiezan a tener problemas y luego tienen que ir haciendo modificaciones sobre la marcha, que eso claro te lo cuentan en el material y método y uno tiene que ir hilando otra vez la historia. Bueno, los resultados en el laboratorio pues parece ser que Al principio, con el primer prototipo que hicieron de constructo, no funcionó bien. En el cultivo celular sí, pero cuando llega a ensayarlo con los animales algo falla. Primero, bueno, resulta que ese constructo se queda depositado en las células dendríticas…
Luisa Achaerandio explica que, tras resolver problemas con la estructura del ADN, ahora se ha identificado un nuevo problema: la falta de activación de los linfocitos T cooperadores.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1andamiajes de adn atrapadosestimulación del sistema inmunitariovehículos hechos en proteínasnuevas versiones sandamio de adn60 antígenos en origami de dnaespaciamiento entre antígenos y eficaciaandamios proteicos vs andamios de dnaluisa achaerandio estructura de andamioslinfocitos t cooperadores y reacción inmunitariacentros germinales y expansión celularmodificación andamio por autoresproteína padre en andamios de adnlinfocitos t activados por péptidosorigami de adn y respuesta inmunitariareacción inmunitaria con proteínas pequeñas…como que es, por decirlo de alguna manera, se atasca. Como hemos dicho, los ratones se inoculan, tienen que llegar hasta el sistema inmunitario y llega un momento que, por lo que sea, eso no avanza. Entonces, si el antígeno no llega donde tiene que llegar, pues no tenemos una inmunostimulación correcta. Resulta, y ya un poco por ir más al grano, que esos andamios habían quedado atrapados y por tanto no llegaban a esas células dendríticas foliculares que tenían que llegar para estimular luego todo el proceso inmunitario. Y eso también, un poco en principio, los desanima porque las proteínas, hay punto para las proteínas, pero para el constructo de ADN a las proteínas, a los vehículos que están hechos en proteínas, eso no le pasaba; no se quedaban paradas en los ganglios sino que llegaban hasta el final. Entonces ellos hacen un nuevo intento, dicen bueno pues vamos a modificar la estructura, vamos a modificarla de forma que no se nos quede atascada en los primeros pasos. Entonces hacen un nuevo intento haciendo nuevas versiones de sandamio de ADN, haciéndolo más espaciado y aumentaron también no solamente el número. Total de antígenos sino la densidad por superficie y luego dicen que eso fue un factor clave en que el sistema, y hago spoiler, funcionara; y es que antes habían puesto 60 antígenos muy separados en la estructura, en el origami, unidos al ADN y ahora utilizan esos 60 antígenos pero los ponen muy juntos y no saben o yo no lo he entendido bien en el artículo; no se sabe por qué cuando los ponen juntos funciona perfectamente pero si están separados no es eficaz. De todas formas bueno lo vuelven a intentar y aunque la cosa mejora cuando lo comparan con los andamios proteicos otra vez siguen ganando los andamios proteicos. Conseguimos ahora que no se atasquen pero seguimos sin obtener esa respuesta inmunitaria que se esperaba; ¿Qué seguía fallando? Bueno, pues ahora resulta que ya si parece que esos complejos avanzan más llegan hasta los centros germinales pero ahora resulta que otro punto clave para que se lleve a cabo esa reacción inmunitaria son los linfocitos T cooperadores Este tipo celular por lo visto no se activaba bien con el andamio de ADN y si lo hace con el de proteínas. Si no conseguimos activar a esos linfocitos T, el centro germinal no se expande bien y no se llevan a cabo el resto de reacciones que necesitamos. Por tanto, aquí ¿qué hacen los autores? Pues vuelven a hacer otra modificación sobre su andamio de ADN y esta vez le incluyen una pequeña proteína que la llaman padre, ahí ya no he averiguado, no he entrado a averiguar qué significa cada letra, pero bueno, como además me servía para la explicación, es un péstido muy chiquitito que se lo unen de forma complementaria a ese origami de ADN esa proteína parece ser que les va a ayudar a activar esos linfocitos T pero no va a producir esa reacción inmunitaria que si provocan las proteínas grandes de los vehículos de proteínas es decir, es el punto exacto, un poquito de proteína pero no lo suficiente como para dar una respuesta que no queremos y ahora con ese pequeño cambio si lo consiguen, ahora ven que perfectamente el origami entra, Llega donde tiene que llegar y activa a las células T cooperadoras foliculares, que era el punto clave en el que se había parado la versión anterior. Logran activar los linfocitos T, se activa el linaje que ellos querían de linfocitos B y bueno pues ya parece…
Luisa Achaerandio y José Edelstein continúan la discusión sobre la evaluación de artículos científicos, comparando enfoques basados en estructuras de proteína con modificaciones posteriores basadas en ADN.
Habla: Luisa AchaerandioPalabras #18estructura de proteína como basemodificaciones basadas en adnproteínas mejores que adnluisa achaerandio y jose edelstein…han hecho entre 17 personas, además con el mismo conocimiento, entonces bueno, eso ya puede chirriar. Claro, no, pero súper bonito y súper, lo que decían, ¿no? Como parecía que, ay, y me he encontrado la piedra, pero venga, vamos a levantarnos y a ver si... Además, ellos tenían como base la estructura de proteína; digamos que el vehículo de proteínas era como: esto es nuestra línea base y tenemos que ser mejor que eso. Entonces, cuando ellos hacían una modificación decían: no, las proteínas siguen siendo mejores, a ver qué es lo que pasa, qué puedo modificar para que sea mejor. Y vas leyendo el artículo y venga: punto para las proteínas, cero para el ADN. Otra vez, punto para las proteínas, cero para el ADN, hasta que ya consiguen sobrepasar las propiedades que da el vehículo proteico. Estaba pensando, creo que esto es la primera vez que pasa en Coffee Break, que hay un cambio de día durante la grabación. Yo…