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Borja TosarIgnacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetluca hace unos 4200 millones añosgenoma de luca 27 millones paresproteínas en el genoma de lucamembrana funcional en lucacódigo genético canónico de lucametabolismo anaerobio acetogénico lucaatp sintasa y gradiente protonesnucleótidos aminoácidos azúcares lucaLucaMoodyADNJuan Carlos GilIgnacio CrespoATP sintasaFrancis VillatoroHéctor SocasCoffee BreakFacebookHéctorgen A
Membrana funcional en Luca
Con
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Juan Carlos Gil continúa explicando un trabajo de investigación de Moody y colaboradores publicado en 2024 sobre la reconstrucción del primer ancestro universal, Luca.
…que a su vez era de 2024 de Moody, donde Moody y otros colaboradores intentaban reconstruir cuándo vivió y cómo era el primer ancestro universal. Esto de ancestro universal significa que de ahí múltiples ramas evolucionaron y salieron todos los bichitos. todos los seres vivos que conocemos, incluidos nosotros, pero efectivamente habría otros con toda seguridad que no llegaron, su descendencia acabó extinguiéndose por distintos motivos y también había cosas antes que Luca y en eso se intenta adentrar lo que os voy a contar En ese trabajo de Moody en el 2024 databan a Luca en hace unos 4.200 millones de años con un genoma de 2,7 millones de pares que codificaba unas 2.700 proteínas, o sea que no, ya lo dije entonces, no era un bichito de andar por casa, era bastante complejo, tenía ya membrana funcional, tenía un genoma que con toda probabilidad era de ADN, un sistema de traducción a proteínas prácticamente completo con sus ribosomas, El código genético canónico, el de las cuatro Letras de hoy o la quinta en el ARN y las principales proteínas relacionadas, capacidad para sintetizar o al menos interconvertir nucleótidos, aminoácidos y azúcares y también tenía ATP sintasa, la que sirve para fabricar ATP y por tanto gradiente de protones de los que hablamos en el episodio anterior. Y bueno, se cree que tenía un metabolismo anaerobio acetogénico, que era capaz de metabolizar el ácido acético. O sea, la evolución ya había hecho bastantes cosas cuando llegó Luca, y a pesar de que fue 300 millones de años después de que esto fuese una bola de fuego, por simplificar, o sea, es fascinante lo rápido que surgió. Pero ¿qué había antes? Pues en general podemos acceder al origen de la vida de varias formas: estudios de química prebiótica, simulaciones, indicios geológicos, indicios geoquímicos y bueno, fósiles cuando ya los hay, que no es hasta muchísimo más tarde. Pero una herramienta que es…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas introduce un tema propuesto por Juan Carlos Gil relacionado con el entorno complejo donde vivió Luca, el último antepasado común de toda la vida en la Tierra.
Habla: Héctor SocasPalabras #15luca último antepasado comúnecosistema complejo de lucaclub de fans coffee break facebookprimer ser vivo en la tierra…3 y media Juan Carlos empieza a las 5 y media en Bilbao, hay llave, no sé, es cuestión de hacer los números, no está claro que no sean compatibles Depende del sistema de referencia Claro, pero Naukas empieza a las 10 de la mañana Sí, no hay que perderse nada Venga, pues Juan Carlos, ya que estamos hablando contigo, hay un tema que nos has propuesto; me parece chulísimo y que nos habla una vez más del entorno complejo en el que vivía Luca, nuestro último antepasado común de toda la vida en la Tierra, y que me gusta porque hay como algunas ideas equivocadas entre mucha gente. Hace poco había una discusión, una conversación—estoy usando el falso amigo del inglés, una conversación animada—en el club de fans de Coffee Break en Facebook en el que muchos de los participantes parecían pensar que Luca era una especie de primer ser vivo en la Tierra o algo así; y nada más lejos de la realidad. Luca vivía en un ecosistema complejo y había mucha vida anterior a Luca, pues ese es El resumen de lo que os voy a contar, aunque efectivamente sí, sí, obviamente, aunque hablé bastante largo y tendido en el episodio, lo tenía aquí apuntado: 475, sobre un trabajo que a su vez era de 2024 de Moody, donde Moody y otros colaboradores intentaban…
Juan Carlos Gil continúa explicando un trabajo de investigación de Moody y colaboradores publicado en 2024 sobre la reconstrucción del primer ancestro universal, Luca.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1luca hace unos 4200 millones añosgenoma de luca 27 millones paresproteínas en el genoma de lucamembrana funcional en lucacódigo genético canónico de lucametabolismo anaerobio acetogénico lucaatp sintasa y gradiente protonesnucleótidos aminoácidos azúcares luca…que a su vez era de 2024 de Moody, donde Moody y otros colaboradores intentaban reconstruir cuándo vivió y cómo era el primer ancestro universal. Esto de ancestro universal significa que de ahí múltiples ramas evolucionaron y salieron todos los bichitos. todos los seres vivos que conocemos, incluidos nosotros, pero efectivamente habría otros con toda seguridad que no llegaron, su descendencia acabó extinguiéndose por distintos motivos y también había cosas antes que Luca y en eso se intenta adentrar lo que os voy a contar En ese trabajo de Moody en el 2024 databan a Luca en hace unos 4.200 millones de años con un genoma de 2,7 millones de pares que codificaba unas 2.700 proteínas, o sea que no, ya lo dije entonces, no era un bichito de andar por casa, era bastante complejo, tenía ya membrana funcional, tenía un genoma que con toda probabilidad era de ADN, un sistema de traducción a proteínas prácticamente completo con sus ribosomas, El código genético canónico, el de las cuatro Letras de hoy o la quinta en el ARN y las principales proteínas relacionadas, capacidad para sintetizar o al menos interconvertir nucleótidos, aminoácidos y azúcares y también tenía ATP sintasa, la que sirve para fabricar ATP y por tanto gradiente de protones de los que hablamos en el episodio anterior. Y bueno, se cree que tenía un metabolismo anaerobio acetogénico, que era capaz de metabolizar el ácido acético. O sea, la evolución ya había hecho bastantes cosas cuando llegó Luca, y a pesar de que fue 300 millones de años después de que esto fuese una bola de fuego, por simplificar, o sea, es fascinante lo rápido que surgió. Pero ¿qué había antes? Pues en general podemos acceder al origen de la vida de varias formas: estudios de química prebiótica, simulaciones, indicios geológicos, indicios geoquímicos y bueno, fósiles cuando ya los hay, que no es hasta muchísimo más tarde. Pero una herramienta que es…
Juan Carlos Gil explica cómo Moody y sus colaboradores utilizaron pares de parálogos presentes en Luca para datar a este último antepasado común de toda la vida.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #20luca antepasado común vidaparálogos presentes en lucaárbol del gen a bacterias arqueasárboles filogenéticos convergiendo paralelomarcas especiación árbol filogenético…la hemoglobina. Pero es que se estima que el 70% de los genes codificantes, no del ADN mal llamado basura, el 70 % de los genes codificantes forman parte de alguna familia de parálogos en el ser humano. O sea que no es realmente algo así lateral o rarísimo. Pues para datar a Luca, para enraizar el árbol de la vida, Moody y colaboradores utilizaron 5 pares de parálogos que ya estaban presentes en Luca y que fueron obviamente posteriormente heredados por las dos primerísimas grandes linajes de la evolución, bacterias y arqueas. Así que podemos reconstruir el árbol del gen A hacia atrás que llega al gen A de Luca por dos caminos, bacterias y arqueas, y lo mismo para el otro gen B. Con lo cual tenemos dos árboles filogenéticos convergiendo en paralelo y como todos han evolucionado en el mismo contexto, en ellos quedan marcas de acontecimientos de especiación, lo que nos van poniendo mojones en la carretera, marcas de tiempo Bueno, pues con esos árboles hacia atrás y esas marcas de tiempo somos capaces de extrapolar. Es lo que hicieron Moody en colaboradores y llegaron a estos sorprendentes 4.200 millones de años. No he repasado si este estudio se ha revisado porque a mí me explota la…
Juan Carlos Gil explica que aunque Luca representa el límite actual para reconstruir árboles filogenéticos, su herencia contiene elementos más antiguos que él mismo.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #14 · Palabras #8luca límite árboles filogenéticosherencia de luca elementos más antiguosparálogos de luca duplicación pre-lucadiferencias parálogos luca territorio pre-luca…estudio se ha revisado porque a mí me explota la cabeza que la Tierra se formase hace 4.540; creo que es la cifra actual, y 340 millones de años después ya estuviese el UCA este que no era nada sencillo. Vale, por lo que os he contado, esta convergencia hacia Un antepasado común parecería que hasta ahí podemos llegar, ¿no? Si todo converge en Luca, no parece que podamos llegar antes a Luca, ¿no? Porque Luca es obviamente el límite de los árboles de especies que podemos reconstruir mediante inferencia filogenética. Nos quedamos sin método, ¿no? Bueno, pues no estemos tan seguros, porque efectivamente Luca es nuestro tátara, tátara abuelo, pero en su ajuar, en su herencia, nos dejó cosas más antiguas que él mismo. Él ya tenía parejas o familias de parálogos, si Luca ya atesoraba dos de estos manuscritos, obviamente la duplicación ocurrió antes de Luca. Así que comparando las diferencias que fueron acumulando estos parálogos ya presentes en Luca, nos podemos avistar ligeramente en territorio pre-Luca y es a esto. A lo que se llama Parálogos Universales y es más o menos de lo que va a hablar el artículo que aparece en este contexto titulado: Los parálogos universales ofrecen una ventana a la evolución anterior al último ancestro común universal. Se publicó en Cell…
Juan Carlos Gil resume los hallazgos del artículo sobre parálogos universales, indicando que existen solo tres categorías funcionales principales relacionadas con el metabolismo, la traducción y las membranas.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #12 · Palabras #2parálogos universales metabolismo aminoácidostraducción proteínas parálogos universalesfuncionamiento membranas parálogos universalesmaquinaria vida piezas antiguas…Bueno, pues desafortunadamente resulta que no es así. Sorprendentemente hay bastantes pocos y eso se muestra en la tabla 1 del artículo. Es muy compacto, no sé si tiene seis páginas el artículo, es perfectamente leíble. Y en esta tabla, en la página 3, se ve. Que hay solo tres grandes categorías funcionales de parálogos universales relacionados con el metabolismo de aminoácidos, con su traducción a proteínas, como ya adelantábamos en el panel B de la figura 1, y también con el funcionamiento de las membranas; que obviamente son cosas muy básicas, piezas muy antiguas de la maquinaria de la vida como no podría ser de otra forma. Bueno, ¿por qué encontramos entonces tan poquitos? Si hay tantos ahora, ¿por qué somos capaces de trazar la pista a tan poquitos? Jolín, chicos, porque han pasado 4.000 millones de añazos y durante todo ese tiempo la señal se ha ido deteriorando.…
Juan Carlos Gil explica la dificultad para detectar duplicaciones genéticas antiguas, tanto antes como después de Luca (Last Universal Common Ancestor), que se ocultan en nuestros genes.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #11 · Palabras #13duplicación genética pre lucaproteínas en luca moodyparálogos identificados por moodyfamilias de parálogos no siempre parejas…los que estoy viendo la figura no aparece nada naranja arriba a la derecha. Como os digo, la explicación más probable es una duplicación preluca y pérdida posterior de una de las copias. Esto indica que esto puede estar ocurriendo decenas de miles de veces. Es muy posible que hubo duplicación, Luca; post Luca y también pre Luca escondidas ahí en nuestros genes, que con cosas como estas no somos capaces de ver. De hecho, Moody estimaba esas 2700 proteínas en Luca, que os contaba antes, pero solo podía identificar con alta verosimilitud 400 familias: 400 familias de parálogos. Digo familias a veces porque no son siempre parejas, pueden ser tríos e incluso Más, y el panel C... Perdona un momento Juan Carlos porque estoy viendo en el chat que hay quien pregunta si puedes repetir el concepto de lo que son parálogos. Porque es un concepto que es muy importante aquí, que lo está usando mucho en la explicación y…
Juan Carlos Gil concluye sobre la importancia del artículo, argumentando que demuestra que 'Luca' (el último ancestro común universal) no es el inicio de la vida, sino que ya existía maquinaria molecular con una historia evolutiva previa.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #15maquinaria molecular con historia evolutivaartículo aclara historia evolutiva luca…parálogos universales no nos llevan hasta el origen químico, si queréis, de la vida. Hasta los coacervados de Oparín, ¿no es así? Se queda en el código genético, claro, pero sí nos permite empujar la filogenia un poquito más allá de Luca y eso ha sido brutal. Concluyendo, ¿por qué me ha parecido importante lo que cuenta este artículo? Héctor, como te decía, porque demuestra o aclara o deja claro que Luca no es el principio de la vida. Cuando apareció ya había una maquinaria molecular que llevaba una razonablemente larga historia evolutiva a sus espaldas. A menudo se Piensa en Luca como una especie de horizonte de sucesos: más allá del cual la filogenia no puede decirnos nada. Una especie de fondo cósmico de microondas para la cosmología. Pero ocurre eso, algunos genes ya estaban duplicados en Luca y podemos tirar un…
Ignacio Crespo plantea la posibilidad de que 'Luca', el último ancestro común universal, no fuera una célula o un sistema vivo completo, sino un metabolismo complejo autorreplicable en fumarolas hidrotermales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4luca metabolismo complejo autorreplicableintercambio horizontal genes orígenes indistinguiblesfumarolas hidrotermales fondo oceánicoalcalinas cavidades frontera espacioluca ancestro común universalgenes parálogos funciones celulareslínea filogenética único origencélula antes de lucaafirmaciones sobre luca con cautelacampo científico avanza y modifica lucafrancis villatoro recuerda contexto luca…¿Qué podemos sacar de ella y qué no? ¿Y qué podemos deducir que había antes? Porque has comentado lo de la transferencia horizontal de genes. Muy importante tener en cuenta que ha habido especulaciones sobre que la vida puede haber aparecido no una sino tal vez dos veces, pero que en estadios muy iniciales hubiera un intercambio horizontal de genes que hiciera que fueran indistinguibles esos orígenes. Y hay también especulaciones sobre, oye, Luca tal vez como concepto, ¿no? Aquella frontera de la que estamos hablando, que ahora vemos que podemos ver más allá, podía ser no una célula, no un sistema vivo como entendemos ahora, sino un metabolismo complejo, autorreplicable, que se encontraba en fumarolas hidrotermales, en el fondo de los océanos, en las alcalinas, que tienen como cavidades pequeñitas que pueden hacer también de frontera con el espacio. O sea, había muchas preguntas ahí no tan antiguas abiertas y este tipo de estudios nos da buenas pistas porque si realmente estos genes parálogos nos dicen esas funciones que estás comentando apuntan a que bueno al menos durante un tiempo previo a esa frontera sí que hablamos de una única línea filogenética por decirlo así un único origen y que ya había una célula como tal. Entonces todo eso son como aportes extras que ayudan a podar esas ramas de las especulaciones en torno al origen de la vida. Vale, pues muchas gracias Juan Carlos. Y después eso, que recordar a todos los oyentes que todo lo que digamos sobre Luca y más lo que digamos de antes de Luca, que hay que cogerlo muy entre comillas, ¿vale? Que estamos hablando de cosas que conforme avance el campo pueden echarse para atrás, ¿no? No sé, ¿acuerdas del estudio que tú contaste en 2024, Juan Carlos? ¿Ha sobrevivido más o menos? ¿Se mantiene? Porque ha sido muy poco estudiado, a pesar de que ha sido muy citado. Se mantiene casi todo, pero una de las cosas que se han perdido es que hablaba…