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Maquinaria molecular con Historia evolutiva
Con
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Juan Carlos Gil concluye sobre la importancia del artículo, argumentando que demuestra que 'Luca' (el último ancestro común universal) no es el inicio de la vida, sino que ya existía maquinaria molecular con una historia evolutiva previa.
…parálogos universales no nos llevan hasta el origen químico, si queréis, de la vida. Hasta los coacervados de Oparín, ¿no es así? Se queda en el código genético, claro, pero sí nos permite empujar la filogenia un poquito más allá de Luca y eso ha sido brutal. Concluyendo, ¿por qué me ha parecido importante lo que cuenta este artículo? Héctor, como te decía, porque demuestra o aclara o deja claro que Luca no es el principio de la vida. Cuando apareció ya había una maquinaria molecular que llevaba una razonablemente larga historia evolutiva a sus espaldas. A menudo se Piensa en Luca como una especie de horizonte de sucesos: más allá del cual la filogenia no puede decirnos nada. Una especie de fondo cósmico de microondas para la cosmología. Pero ocurre eso, algunos genes ya estaban duplicados en Luca y podemos tirar un…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil describe una figura del libro 'Parálogos Universales' que ilustra de forma simplificada la historia evolutiva a través de diferentes linajes.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #6esquema historia evolutiva parálogos universalesbacterias azules arqueas naranja eucariotaslinajes actuales desde el pasado abajo…¿no? Es el caso, y vamos a saltar a la figura 2 del panel A, está en la página 5, de la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa, que es así, del libro. En esta figura 2, que ya estaré un ratito hablando de ella, los que la veáis ahora o en el Futuro, tres pinceladas. En cada panel A, B y C el cuadrito de arriba es un esquema ultra simplificado de la historia. Está desde el pasado abajo hacia los linajes actuales arriba. Si la muestras exacto, muchas gracias. Los colores son azules bacterias, naranja arqueas y morado eucariotas; es la página 5. Ahí está ese figurón. Tres paneles A, B y C, el árbol vertical que os decía, súper simplificado, y abajo todo el árbol filogenético completo que sustenta el esquema de arriba; basta con mirar arriba, decía: azul, bacterias; naranja, arqueas; morado,…
Francis Villatoro y Juan Carlos Gil discuten el uso de ordenadores cuánticos en filogenia molecular, específicamente refiriéndose a la empresa D-Wave Systems.
Habla: Francis VillatoroSignificado #10filogenia molecular ordenadores cuánticostopología qubits problema filogenéticoventaja cuántica no demostradasuperposición qubits no garantizadad wave systems filogenia…siempre que tu problema se pueda mapear en esa topología, digamos que es una especie de ordenador cuántico analógico, se llama D-Wave Systems Pues esta compañía es la que ha publicado varias cosas relacionadas con este tipo de, lo que acabas de comentar, ¿no? El uso en filogenia molecular de ordenadores cuánticos. Pero básicamente es que logras mapear en esa topología de qubits el problema y optimizas con si es un ordenador cuántico analógico. Realmente no hay, no está demostrado, por ejemplo, que haya logrado la ventaja cuántica. De hecho no hay garantía de que todos los qubits estén en superposición ni mucho menos, pero bueno, oye, que han hecho cosas bastante interesantes, obviamente, bueno, ya lo hemos comentado otras veces. Y otra faceta de todo esto, también. Podemos reconstruir cómo eran y cómo funcionaban, o sea, primer peldaño: reconstruimos la secuencia ancestral como podamos. Con ello predecimos la estructura tridimensional y con la estructura podemos simular su comportamiento, por ejemplo, dinámica…
Juan Carlos Gil explica cómo la extrapolación de información sobre proteínas ancestrales podría llevar al descubrimiento de nuevos catalizadores y motivos moleculares con aplicaciones en biotecnología.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #17proteínas ancestrales y biotecnologíacatalizadores desde proteínas ancestralesdominios proteicos en extrapolación gil…Estoy estirando de nuevo el chicle, pero es una vía posible. Podemos así averiguar qué forma tenía la proteína, qué molécula reconocía o incluso qué reacciones catalizaba, o sea, hasta llegar a función. Y dicen los autores que esto puede llegar a tener Aplicación práctica. Es posible que algunas proteínas ancestrales tuvieran funciones que ya no existen exactamente en esa forma en los organismos actuales. Así que, eventualmente, de nuevo extrapolando mucho el chicle, pues eso nos podría proporcionar nuevos catalizadores, dominios proteicos o motivos moleculares que pudieran ser útiles para biotecnología. Siempre hay que lanzar una posible aplicación de los descubrimientos. Entonces, de nuevo, es bastante chulo cómo rebuscando en el ajuar de la vida primitiva podemos descubrir algunas piezas, un mecanismo de Anticitera que nos pudiese ser útil miles de millones de años después. Obviamente, no podemos ir para atrás hasta los…
Juan Carlos Gil concluye sobre la importancia del artículo, argumentando que demuestra que 'Luca' (el último ancestro común universal) no es el inicio de la vida, sino que ya existía maquinaria molecular con una historia evolutiva previa.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1maquinaria molecular con historia evolutivaartículo aclara historia evolutiva luca…parálogos universales no nos llevan hasta el origen químico, si queréis, de la vida. Hasta los coacervados de Oparín, ¿no es así? Se queda en el código genético, claro, pero sí nos permite empujar la filogenia un poquito más allá de Luca y eso ha sido brutal. Concluyendo, ¿por qué me ha parecido importante lo que cuenta este artículo? Héctor, como te decía, porque demuestra o aclara o deja claro que Luca no es el principio de la vida. Cuando apareció ya había una maquinaria molecular que llevaba una razonablemente larga historia evolutiva a sus espaldas. A menudo se Piensa en Luca como una especie de horizonte de sucesos: más allá del cual la filogenia no puede decirnos nada. Una especie de fondo cósmico de microondas para la cosmología. Pero ocurre eso, algunos genes ya estaban duplicados en Luca y podemos tirar un…
Cristina Hernández García pregunta sobre cómo se miden las relaciones de parentesco entre seres vivos utilizando genes y moléculas. Héctor Socas explica que se emplean diferentes métodos según el grado de parentesco que se busca determinar.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #16genes y moléculas miden parentescoadn mitocondrial parientes cercanosribosomas conservados parentescos antiguoscristina hernández garcía pregunta genes…Bien. De las de hoy, pregunta Cristina Hernández García: ¿se podría explicar cómo se manejan tipos de genes iguales y moléculas para medir el parentesco entre seres vivos y con esto si la distinción entre micro y macroevolución tiene sentido? De forma muy compacta, no usamos las mismas cosas para medir; para parientes cercanos podemos usar regiones que evolucionan bastante rápido o cosas cercanas en el tiempo evolutivo como el ADN mitocondrial, que es un evento relativamente cercano. Si queremos irnos a parentescos muy antiguos, necesitamos cosas que estén muy bien conservadas como las que describía yo hoy, por ejemplo, los ribosomas, que son realmente antiquísimos y la relación entre micro y macroevolución, de la que se ha escrito mucho, puede ser útil para hablar de escalas distintas, pero obviamente no son fenómenos objetivamente distintos. No hay una frontera donde se pase de micro a macro, es simplemente que la macro emerge de muchas micros…
Francis Villatoro explica que la construcción de árboles filogenéticos es un proceso aleatorio y dependiente de los datos genéticos o fósiles seleccionados.
Habla: Francis VillatoroPalabras #9árboles filogenéticos proceso aleatoriogenes seleccionados distribución de árbolesexploración paleontológica caracteres huesosfilogenia molecular depende genes proteínas…no son fenómenos objetivamente distintos. No hay una frontera donde se pase de micro a macro, es simplemente que la macro emerge de muchas micros cuando se acumulan durante muchísimo tiempo. Evolución atendida de forma micro, muchos linajes a la vez. La gracia es: tenemos que mirar señales genéticas distintas y nos queremos ir muy atrás en el tiempo, que estén muy bien conservadas. Y un punto clave que a veces se olvida: esto de los árboles filogenéticos es completamente una cosa torcástica y aleatoria. Depende de qué genes elijas, tienes una distribución de árboles diferente. Y esa distribución de árboles es evolutivamente significativa, semánticamente relevante a nivel evolutivo o no. Entonces tú tienes que elegir adecuadamente los genes o las proteínas o los caracteres de los huesos que has obtenido en una exploración paleontológica porque en función de los caracteres o de los genes o de las proteínas que tú elijas, los árboles son distintos y la filogenia molecular que reconstruyes es completamente distinta. ¿Es creíble o no es creíble? Y eso hace que muchos artículos de filogenia molecular te presentan en el paper principal uno o dos árboles y en la información suplementaria te presentan unos cientos de árboles. Luego han calculado decenas de miles de árboles.…