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José EdelsteinIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarrevolución genética con bioinformáticaanuncio antropic sin fundamentocrispr opinan investigadoresherramientas personalizables crispensautomatización creciente investigación científicamétodos tradicionales lápiz y papellaboratorios húmedos manipulación física objetosantropica automatiza la investigacióninteligencia artificial bacteriófagospreprints sin revisión científicaantropic crea laboratorios unoautomatización investigación científica antropiclaboratorio físico máquinas antropicproceso autónomo laboratorios unointeligencias artificiales antropic humanidadpreocupación presente sociopolítico legislaciónautomatización futuro inteligencias artificialeslaboratorio antropic nivel bioseguridad 2microorganismos bajo riesgo tratamientos disponiblesinfecciones menores laboratorio antropiclimitaciones antropic tuberculosis covidedición genética microorganismos manipulaciónbioseguridad laboratorio antropicAntropicIgnacio CrespoLaboratorios UnoCOVIDCRISPRfago SA1StaphylococcusOpenAIFrancis VillatoroJosé EdelsteinNavier StokesHéctor SocasOpusMitosSonnetEvo2GLM2Antonio Martínez RonNew York Times
Laboratorio Antropic nivel bioseguridad 2
Con
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Ignacio Crespo comenta sobre un laboratorio de Antropic y su nivel de bioseguridad, explicando que este permite trabajar con microorganismos de bajo riesgo debido a la disponibilidad de tratamientos.
…por supuesto, que luego no llegan a término en el caso de los humanos, pero que se hacen experimentos y todas las posibles aplicaciones que hay para enfermedades monogénicas que están causadas por un solo gen y que, por lo tanto, la edición genética. Crespo es la gran revolución genética de nuestra época junto con la bioinformática, podríamos decir. Son las dos grandes herramientas que hay. Así que encontrar algo de esta escala es para echarnos las manos a la cabeza. Y a Antropic le interesa, así que Antropic lo anunció así. Ahora bien, spoiler: no han encontrado eso. Todos los investigadores que están relacionados con CRISPR y que han podido opinar lo tienen claro, y es que no podemos afirmar tal cosa. Comparte algunas características pero no las suficientes para que consideremos primero que sea suficientemente cercano y desde luego que podamos aplicarlo tanto. No parece que sea tan personalizable para que nosotros le indiquemos dónde cortar y cómo cortar, que es al final lo que necesitamos en este tipo de herramientas. pero creo que es interesante que sigamos un poco el proceso porque aparte de esto lo que Antropica ha planteado es estamos intentando cada vez automatizar más la investigación ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para entender esa diferencia con el mundo del laboratorio húmedo donde hay que manipular físicamente objetos placas de petri microscopios pipetas hay un buen salto bueno pues lo que ha decidido es acortar parte del proceso. Ellos mismos han declarado que en estas investigaciones este preprint que han publicado, porque no ha pasado ningún tipo de revisión, que es de unas 40 páginas, es larguito. El humano solamente ha planteado el prompt y luego llevado a cabo experimentos físicos de lo que sugería la inteligencia artificial, que había detectado estos patrones en el genoma de unos bacteriófagos. Luego entraremos en este caso claro; esto ya corta un poquito la escala, sobre todo teniendo en cuenta que Precisamente Antropic está creando Laboratorios Uno, en concreto, que además se ha anunciado hace relativamente poco, con el propósito de que poco a poco se vuelvan totalmente autónomos. Ellos pretenden acortar totalmente ese gap, que incluso la labor física la realicen máquinas. Están entrenando esto; no es nada del mundo, ya hay algunos procesos concretos que se pueden hacer así, que están implementados así en laboratorios y por supuesto esto llegará a farmacéuticas. Que por cierto, como detalle, hace unas semanas precisamente de Antropic venía este anuncio de en unos años podrían acabar con nosotros las inteligencias artificiales. Y la gente decía: bueno, pero que no tiene manitas, ¿no? ¿Qué va a hacer para sintetizar ahí el virus? Que a mí ya he dicho que no me preocupa ese futuro, me preocupa el presente sociopolítico que hay al respecto y la falta de legislación, pero que no es tan raro; que precisamente estamos yendo en la dirección de automatizar los laboratorios y ponerlos en sus manos. Habría que ver cómo funciona. De todos modos, este laboratorio de Antropic tiene un nivel de bioseguridad 2, que significa que no hay nada, ningún microorganismo con el que puedan trabajar que sea realmente peligroso, porque son infecciones menores para las cuales tenemos tratamiento. No vamos a ver nada raro. Y por poner un caso para hacernos una idea, simplemente de lo que estamos hablando, pues no pueden trabajar con tuberculosis, no pueden trabajar con COVID; es bastante, por ahora. Cabal eso sí que están buscando, estamos buscando edición genética, que igual en el momento en el que esto se desarrolle lo suficiente, me da igual qué tipo de microorganismo puedas estar manipulando, lo que me importa es la capacidad que tengas de manipular ese microorganismo. Entonces, con este contexto, recordemos que hay motivaciones. Finas no es empresas farmacéuticas en la producción. De hecho, insisten mucho que no quieren presentarse como una competencia para las farmacéuticas, sino que lo que ellos quieren es aplicar esta tecnología que podría ser más rápida, más eficiente y, por lo…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas introduce un nuevo tema tras la discusión sobre el Telescopio Muy Grande (TMT), pasando a hablar de los avances recientes de Antropic en la resolución de problemas científicos.
Habla: Héctor SocasSignificado #18 · Palabras #7antropic resuelve problemas científicosscattering de seis partículas nueve lazosproblema navier stokes openai antropicnúmeros demasiado grandes gasto…su controversia también, depende de cómo lo tratemos, Borja Como tú eres un tipo amable, seguramente harás una exposición amable del tema y entonces quedará todo muy benevolente, pero tiene sus aristas también Pero bueno, vamos por partes, no nos adelantemos Y vamos al siguiente tema, que en este caso es una nueva. Si hasta hace poco estábamos revolucionados con la solución de OpenAI del problema del milenio de Navier Stokes, pues ahora es la competencia Antropic la que está en el disparadero por no uno sino dos problemas científicos importantes que parece haber resuelto. Uno de ellos es un problema como muy teórico que quizás Francis y José nos pueden acercar a este problema de la amplitud de scattering de seis partículas de nueve lazos y 14 derivadas en cuatro dimensiones con 28 pares de zapatos. Empieza a aparecer como números demasiado grandes para que a mí esto me parezca relevante, entonces no sé, seguro que me van a explicar por qué esto es relevante, pero yo estoy con gasto; una teoría no puede tener el número 17, o sea, los números tienen que ser 2. 3, pi, e, no mucho más. Bueno, de todos los que nombraste las cuatro dimensiones, diría que no es un número grande, sino es el número que pareciera que nuestro espacio-tiempo tiene. Sí, ese puede estar bien, sí, efectivamente. Bueno, ¿qué hacemos?…
Ignacio Crespo menciona el anuncio de Antropic sobre la identificación autónoma de un sistema similar a CRISPR por parte de sus inteligencias artificiales.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4 · Palabras #3antropic identifica sistema crisprcrispr sistema inmunitario adaptativobiotecnología busca herramientas vida…y tiene sentido: o sea, es que no les podemos pedir otra cosa a las empresas que eso, es evidente, y han dado un paso que han vendido de esta forma. Hace apenas unos días, la semana pasada, que como no hicimos programa la misma semana, pues lo hemos traído a Esta Antropic anunció que sus inteligencias artificiales habían conseguido de forma casi autónoma identificar un sistema parecido a CRISPR. Recordemos que CRISPR es un sistema por el cual las arqueas son capaces de reconocer a los bacteriófagos, los virus que las infectan y atacarles. Una especie de sistema inmunitario adaptativo, pero mucho más sencillo. Que hayan descubierto algo parecido sería muy llamativo; sería muy revolucionario, entre otras cosas, porque en general, en este tipo de ciencias, en biotecnología, se está buscando constantemente herramientas en otras formas de vida que podamos llevar al laboratorio. Porque tenemos ahí una caja de herramientas que la evolución ha ido preparando, afinando y no tenemos por qué diseñarlas desde cero, es como si nacieran llaves inglesas, taladros, por ahí adelante y nosotros pudiéramos aplicarlos, por poner algunos casos, las…
Ignacio Crespo comenta sobre un laboratorio de Antropic y su nivel de bioseguridad, explicando que este permite trabajar con microorganismos de bajo riesgo debido a la disponibilidad de tratamientos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1revolución genética con bioinformáticaanuncio antropic sin fundamentocrispr opinan investigadoresherramientas personalizables crispensautomatización creciente investigación científicamétodos tradicionales lápiz y papellaboratorios húmedos manipulación física objetosantropica automatiza la investigacióninteligencia artificial bacteriófagospreprints sin revisión científicaantropic crea laboratorios unoautomatización investigación científica antropiclaboratorio físico máquinas antropicproceso autónomo laboratorios unointeligencias artificiales antropic humanidadpreocupación presente sociopolítico legislaciónautomatización futuro inteligencias artificialeslaboratorio antropic nivel bioseguridad 2microorganismos bajo riesgo tratamientos disponiblesinfecciones menores laboratorio antropiclimitaciones antropic tuberculosis covidedición genética microorganismos manipulaciónbioseguridad laboratorio antropic…por supuesto, que luego no llegan a término en el caso de los humanos, pero que se hacen experimentos y todas las posibles aplicaciones que hay para enfermedades monogénicas que están causadas por un solo gen y que, por lo tanto, la edición genética. Crespo es la gran revolución genética de nuestra época junto con la bioinformática, podríamos decir. Son las dos grandes herramientas que hay. Así que encontrar algo de esta escala es para echarnos las manos a la cabeza. Y a Antropic le interesa, así que Antropic lo anunció así. Ahora bien, spoiler: no han encontrado eso. Todos los investigadores que están relacionados con CRISPR y que han podido opinar lo tienen claro, y es que no podemos afirmar tal cosa. Comparte algunas características pero no las suficientes para que consideremos primero que sea suficientemente cercano y desde luego que podamos aplicarlo tanto. No parece que sea tan personalizable para que nosotros le indiquemos dónde cortar y cómo cortar, que es al final lo que necesitamos en este tipo de herramientas. pero creo que es interesante que sigamos un poco el proceso porque aparte de esto lo que Antropica ha planteado es estamos intentando cada vez automatizar más la investigación ya no matemáticas que es lápiz y papel muy entre comillas sabemos que no pero para entender esa diferencia con el mundo del laboratorio húmedo donde hay que manipular físicamente objetos placas de petri microscopios pipetas hay un buen salto bueno pues lo que ha decidido es acortar parte del proceso. Ellos mismos han declarado que en estas investigaciones este preprint que han publicado, porque no ha pasado ningún tipo de revisión, que es de unas 40 páginas, es larguito. El humano solamente ha planteado el prompt y luego llevado a cabo experimentos físicos de lo que sugería la inteligencia artificial, que había detectado estos patrones en el genoma de unos bacteriófagos. Luego entraremos en este caso claro; esto ya corta un poquito la escala, sobre todo teniendo en cuenta que Precisamente Antropic está creando Laboratorios Uno, en concreto, que además se ha anunciado hace relativamente poco, con el propósito de que poco a poco se vuelvan totalmente autónomos. Ellos pretenden acortar totalmente ese gap, que incluso la labor física la realicen máquinas. Están entrenando esto; no es nada del mundo, ya hay algunos procesos concretos que se pueden hacer así, que están implementados así en laboratorios y por supuesto esto llegará a farmacéuticas. Que por cierto, como detalle, hace unas semanas precisamente de Antropic venía este anuncio de en unos años podrían acabar con nosotros las inteligencias artificiales. Y la gente decía: bueno, pero que no tiene manitas, ¿no? ¿Qué va a hacer para sintetizar ahí el virus? Que a mí ya he dicho que no me preocupa ese futuro, me preocupa el presente sociopolítico que hay al respecto y la falta de legislación, pero que no es tan raro; que precisamente estamos yendo en la dirección de automatizar los laboratorios y ponerlos en sus manos. Habría que ver cómo funciona. De todos modos, este laboratorio de Antropic tiene un nivel de bioseguridad 2, que significa que no hay nada, ningún microorganismo con el que puedan trabajar que sea realmente peligroso, porque son infecciones menores para las cuales tenemos tratamiento. No vamos a ver nada raro. Y por poner un caso para hacernos una idea, simplemente de lo que estamos hablando, pues no pueden trabajar con tuberculosis, no pueden trabajar con COVID; es bastante, por ahora. Cabal eso sí que están buscando, estamos buscando edición genética, que igual en el momento en el que esto se desarrolle lo suficiente, me da igual qué tipo de microorganismo puedas estar manipulando, lo que me importa es la capacidad que tengas de manipular ese microorganismo. Entonces, con este contexto, recordemos que hay motivaciones. Finas no es empresas farmacéuticas en la producción. De hecho, insisten mucho que no quieren presentarse como una competencia para las farmacéuticas, sino que lo que ellos quieren es aplicar esta tecnología que podría ser más rápida, más eficiente y, por lo…
Ignacio Crespo explica cómo Antropic planea buscar herramientas en la naturaleza utilizando grandes bases de datos metagenómicas para identificar genes con efectos específicos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #14antropic busca genes metagenómicosretrotranscriptasa asociada proteínas efectobases de datos metagenómicas microorganismos…complacer la inteligencia artificial y eso es uno de los grandes problemas que tenemos pero bueno sabiendo que quieren buscar estas herramientas en la naturaleza y sabiendo qué es lo que tienen en mente y cómo quieren hacerlo pues ellos los que plantearon. Fue utilicemos grandes bases de datos metagenómicas; significa que no son bases de organismos concretos. Muchas veces son recogidas del ambiente, por lo tanto tienen ahí una representación de distintos microorganismos, virus, etc. Y vamos a intentar cribar esa grandísima cantidad de genes para encontrar una retrotranscriptasa que esté asociada a alguna proteína que pueda tener un efecto: que pueda cortar, que pueda empalmar, que pueda hacer algo. Esa combinación es interesante porque sabemos que está relacionada en algunos casos con sistemas que podrían ser útiles como herramientas para detectar y actuar, digamos, sobre otro material genético. Recordemos que retrotranscriptasa, en este caso, bueno,…
Ignacio Crespo describe cómo Antropic identificó un caso particular durante su proceso de cribado genético, destacando que la inteligencia artificial involucrada pudo identificar detalles relevantes dentro de una cadena de razonamientos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #8 · Palabras #19análisis genético antropic filtrosinteligencias artificiales harness trabajadoresproceso análisis menos diez casoscribado genético antropicinteligencia artificial cadena razonamientosdetalle relevante antropic…algún otro fragmento de ese genoma cercano que parezca heredarse junto, que parezca estar correlacionado y que pueda tener una función que evidentemente pues se convierta en proteínas en principio. De esto lo dividieron en 17 familias, pasaron varios filtros. Y al final aquello se quedó prácticamente en unos poquitos casos, en menos de 10 casos posibles que investigaron. Unas 21 horas y media duró todo este proceso; proceso en el cual utilizaron muchas inteligencias artificiales, como decíamos, a través de lo que llaman un harness, para actuar como trabajadores, como supervisores, otras que actuaban con una memoria. compartida de trabajo sobre la cual ir haciendo este cribado. Y se quedaron con este caso, se quedaron con uno que llamaba la atención y me parece muy interesante porque Antropic ha compartido la línea en la cual la inteligencia artificial en esta cadena de razonamientos que tiene, porque todavía son legibles en principio, se dio cuenta del detalle y ellos lo cuentan como si fuera maravilloso. Dicen que aquí la inteligencia artificial dijo, es espectacular, puedo ver a simple vista, que eso ya tiene su gracia, ¿no? Una repetición en tándem que es como CRISPR, puntos suspensivos, una repetición en tándem, ¿no? O sea, algo así dice, Repet the Ray,…
Ignacio Crespo explica que Antropic utilizó varias inteligencias artificiales como Opus, Mitos y Sonnet para diferentes tareas, además de herramientas especializadas en modelos genómicos como Evo2 y GLM2.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #15antropic opus mitos sonnetevo2 glm2 modelos genómicosarquitectura automatiza flujo trabajo antropicprompt genérico retrotranscriptas genes…este momento. y compartir con júbilo la sorpresa y la emoción que imita una inteligencia artificial en un proceso de filtrado de datos como este, que es masivo, que es claro que vas a encontrar algo, seguro que vas a encontrar algo, bueno, pues tiene su tela. Detallar que, aparte de utilizar las propias inteligencias artificiales de Antropic, porque utilizaron Opus, Mitos, Sonnet también lo utilizaron, pero bueno, para otro tipo de funciones menos exigentes, utilizaron algunas que están hechas precisamente para trabajar con modelos genómicos como puede ser Evo2, GLM2; era un ecosistema complejo. Hay que reconocer que eso está bien montado, es una arquitectura interesante que automatiza partes de ese flujo de trabajo, que parte de ese prompt genérico que no tenemos muy claro, más allá de identificar sistemas de retrotranscriptas nuevos sobre bases asociadas con genes acompañados; eso es un poco lo que yo he podido sintetizar que parece que han dicho, y nos lleva a esta conclusión. Ahora bien, ¿qué han encontrado exactamente? Han encontrado un sistema de tres componentes; por un lado tenemos la retrotranscriptasa, eso es lo que buscábamos, tiene que estar ahí presente, que tiene además una cola muy larga que indica que cuando obtenemos…
Ignacio Crespo describe cómo Antropic observó que la retrotranscriptasa se activaba durante infecciones bacterianas específicas, concretamente cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #5retrotranscriptasa activada por fago sa1infección de staphylococcus por fagosestructura conocida en infecciones bacterianasinvestigación retrotranscriptasa antropic…Y luego que no hemos visto la función. Hemos visto una estructura que más o menos remeda. Y que sabemos que estadísticamente esa proteína, ese gen acompañante va junto con la retrotranscriptasa, pero no está claro cómo actúa en la urgencia una con la otra. Y además luego sí que vieron en húmedo, investigando ya con las manos en la masa, que la retrotranscriptasa se activaba. Se activaba cuando había infecciones; bueno, en concreto, cuando un fago SA1 infectaba Staphylococcus, bacterias en este caso. Entonces, sí, había una reacción aparentemente llamativa, pero estamos todavía muy en el inicio. Quedan muchas cosas abiertas al respecto porque, como digo, no encuentran la función; no pueden confirmarla, ellos mismos insisten; solamente hemos encontrado esta estructura que más o menos se parece, y esto también es importante; no es algo único, es algo que conocemos. Estas retrotranscriptasas se comportan como retrones, que precisamente tienen esta actividad: convertir ARN, bueno, retrotranscribir ARN en ADN, asociarlo a una enzima, una proteína, mantenerlo inactivo y que ante determinados estímulos del entorno se active,…
Ignacio Crespo menciona un artículo publicado por Antonio Martínez Ron en el diario, que resume las mismas conclusiones comentadas previamente por el New York Times sobre el anuncio de Antropic.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #20artículo antonio martínez ron diarioconclusiones antropic new york timesinvestigador conclusiones antropic…que estos son retrones y ya está y no tiene mucho más por mucho que le llaméis ART, que es como le han llamado a este sistema por Array Retro Transcriptase. Pero está la otra vuelta que recomiendo a todo el mundo que le eche un ojo porque además ayer por La noche Antonio Martínez Ron publicó en el diario un artículo que está muy bien. También resumiendo lo que ya el New York Times comentó prácticamente, creo que fue el día siguiente al anuncio de Antropic. Y es que hay un investigador, una vez más, que había llegado a estas conclusiones. Y además, sin tener que decir que esto era CRISPR ni nada parecido, es, mira, lo he encontrado; ya veremos cuándo publicamos. Y ese investigador, una vez más, es español. Estoy diciendo que se hicieron eco en The New York Times, ¿vale? Para intentar ponerlo un poco en contexto, no es, bueno, en cada país debe de haber alguien, por pura estadística, y justo yo estoy haciendo…