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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarmapa energía-densidad estructuras hielolínea cian envolvente convexaumbral filtrado línea punteada naranjafases del hielo conocidas métodoFrancis Fetenfigura 3Juan Carlos GilSCANSPCSPCETIP 4P 2005AbascalVega
Línea cian envolvente convexa
Con
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Juan Carlos Gil describe la visualización de los resultados obtenidos en la generación de estructuras de hielo, mostrando un mapa de energía-densidad donde cada punto representa una estructura y explicando el significado de las líneas Cian y naranja.
…mediante nuevas simulaciones por dinámica molecular con potencial porcentaje. No sé si habéis, bueno, montón de palabras; a mí es una belleza que me sublime ya lo que hacen aquí, cosa que yo desconocía; yo me salí de esto hace ya algunas décadas y he flipado. Resultados exploran 131.481 estructuras, más de 130.000. La figura 3 es el mapa de energía-densidad, energía-densidad que os comentaba antes y han puesto todos los puntitos de todas las estructuras; cada puntito azul clarito es una estructura. La línea Cian por debajo es la envolvente convexa de la que os hablaba y 18.000 eV por arriba, la línea punteada naranja, es el umbral de filtrado. Entre ambas líneas están las estructuras que diría Francis Feten, que incluyen, ojo, todas las fases del hielo conocidas a este rango de presiones y temperaturas que el método, sorprendentemente para mí, ha redescubierto sin ningún problema. Incluidas destacan los autores, los desafiantes hielos 4 y 5, que son puñeteros, y el esquivo hielo 17, que es metastable. Todas las estructuras del hielo las recaza el método este. También encuentran varias estructuras que han sido predichas por simulaciones…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil continúa explicando la evolución de los modelos utilizados para simular el agua, mencionando el modelo SPC y sus variantes.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #9modelo spc para macromoléculastip 4p modelo abascal vegasimulación de agua e hielo rígido…para la simulación? Pues el primer modelo moderno se llama ST2 de 1974, una molécula de agua rígida con un centro Leonard Jones y cuatro cargas en disposición tetraédrica; es bastante natural para reproducir la tendencia tetraédrica de las moléculas de agua. En los años 80 llega el modelo SPC, Simple Point Charge, y su variante SPCE, que son muy sencillos, muy simples, muy robustos y todavía a día de hoy se siguen utilizando sobre todo para la envolvente acuosa de macromoléculas, en biología molecular y demás. En 1983 aparece un nuevo modelo llamado TIP 4P; el 4P viene de cuatro points, de cuatro centros de interacción que dio lugar a toda una familia de variantes con cuatro centros, cuyo campeón absoluto es el TIP 4P 2005, publicado por Abascal y Vega en 2005 y que sigue siendo a día de hoy el estándar de oro para simular agua y hielo con modelos rígidos. Pero todos estos modelos tienen una limitación grave y es que obviamente los enlaces, cada oxígeno tiene sus dos hidrógenos apareados de por vida, son sus hidrógenos y esos enlaces no se rompen, no capturan los fenómenos que ocurren en el agua natural como la…
Juan Carlos Gil describe un proceso de filtrado y poda de estructuras de hielo generadas previamente, utilizando un mapa de energía-densidad para identificar las más estables.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #3mapa energíadensidad figura 3envolvente convexa estructuras hielodiferencia energía corte 18 mevestructuras prometedoras poda filtrado…configuraciones lo más estables posibles. Y al final de esta etapa se hace una pequeña optimización geométrica para garantizar que cada estructura llega a eso, a un mínimo de energía al menos local. La tercera etapa, más allá de la derecha, se llama. Filtración o filtrado de estructuras, que es donde empieza la poda. Aquí nos llegan un montón de estructuras, nos queremos quedar con las prometedoras. Lo que se hace es que se coloca cada una de estas estructuras que llegan en un mapa de energía-densidad, como el de la figura 3, que también quiero comentar luego rápidamente, y se calcula con todas las estructuras la envolvente convexa, la zona donde las estructuras son más estables y solo se conservan; las otras se desechan, las que están en esa frontera o ligeramente por encima. Utilizan una diferencia de energía de corte de 18 mili -electrónvoltios por molécula de agua. Aquí hablamos de milielectrónvoltios, Héctor; no pongas esa cara, no de giga ni teraelectrónvoltios como habláis. A ver, de física de altas energías. Vale, luego también miran estructuras posiblemente duplicadas y desechan una de ellas, mediante lo que llaman…
Juan Carlos Gil describe la visualización de los resultados obtenidos en la generación de estructuras de hielo, mostrando un mapa de energía-densidad donde cada punto representa una estructura y explicando el significado de las líneas Cian y naranja.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1mapa energía-densidad estructuras hielolínea cian envolvente convexaumbral filtrado línea punteada naranjafases del hielo conocidas método…mediante nuevas simulaciones por dinámica molecular con potencial porcentaje. No sé si habéis, bueno, montón de palabras; a mí es una belleza que me sublime ya lo que hacen aquí, cosa que yo desconocía; yo me salí de esto hace ya algunas décadas y he flipado. Resultados exploran 131.481 estructuras, más de 130.000. La figura 3 es el mapa de energía-densidad, energía-densidad que os comentaba antes y han puesto todos los puntitos de todas las estructuras; cada puntito azul clarito es una estructura. La línea Cian por debajo es la envolvente convexa de la que os hablaba y 18.000 eV por arriba, la línea punteada naranja, es el umbral de filtrado. Entre ambas líneas están las estructuras que diría Francis Feten, que incluyen, ojo, todas las fases del hielo conocidas a este rango de presiones y temperaturas que el método, sorprendentemente para mí, ha redescubierto sin ningún problema. Incluidas destacan los autores, los desafiantes hielos 4 y 5, que son puñeteros, y el esquivo hielo 17, que es metastable. Todas las estructuras del hielo las recaza el método este. También encuentran varias estructuras que han sido predichas por simulaciones…
Juan Carlos Gil reflexiona sobre un resultado clave en un diagrama de fases, específicamente una región de estabilidad nombrada 'hielo L' por los autores.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #4diagrama de fases y estabilidad hielo lhielo l nomenclatura poco acertadahielo celeste oportunidad perdida…siempre con comillas, pero oye, es que si no sería imposible, pues a la quedaría una DFT de cada punto de ese diagrama de fases. Y lo comparan con el experimental, que está en la figura 6. Las líneas grises son el experimento y las rojas este trabajo. Y es en este diagrama de fases donde aparece el otro resultado fundamental de este trabajo: una región de estabilidad, encuentran en la línea. En la figura está coloreado de cian, una región de estabilidad que los autores llaman hielo L, que jolín, qué oportunidad perdida para haberlo llamado hielo cian y haber seguido jugando, haciendo ese jueguecillo del hielo amarillo o hielo celeste. Mira, hielo celeste, bueno, como se dice eso, bueno, el hielo L y realmente, ahora que lo pienso, no sé a qué viene la L. Hielo del cielo, más que celeste, hielo del cielo hubiera quedado. Vamos, que había, bueno. El caso es que está rodeado, si veis la figura pues lo ves, está rodeado de 4, del 1H, el hielo de la Coca-Cola. El 2, el 5 y el mismo agua líquida por debajo, porque está a presiones, está a temperaturas decentes dando lugar, por tanto, si existe a cuatro…
Juan Carlos Gil explica cómo se están utilizando diferentes funcionales en cálculos relacionados con el hielo y el diagrama de fases del agua.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #16 · Palabras #2funcional scan y diagrama fases aguaenvolvente convexa de funcionalesrecalculo envolvente convexa juan carlos gil…un montón de palabras, pero es la clave del DFT; de hecho, a menudo nos llamamos a las distintas DFTs por qué término de intercambio de correlación se utiliza. Y no existe hoy en día un buen término de FT para el hielo, para que desquiva todas las fases. Ellos han utilizado un funcional que se llama SCAN, pero al menos hay otros dos. Así que han cogido esos otros dos funcionales y han recalculado la envolvente convexa de la que hablábamos antes con esos dos funcionales a ver si salen cosas muy distintas, con lo cual perderíamos confianza. Y bueno, hay discrepancias entre los tres, pero argumentan que precisamente en la zona alrededor de su hielo L, bueno pues los tres funcionales dan cosas bastante parecidas, así que su diagnóstico es que el hielo L es un candidato prometedor a un nuevo…
Juan Carlos Gil explica por qué considera importante el artículo que están discutiendo, destacando un método metodológico innovador para explorar estructuras de materia condensada.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #5algoritmo evolutivo materia condensadadinámica molecular potencial profundoenvolvente convexa energía de densidadfunción de huella dactilar aprendizaje automático…pero argumentan que precisamente en la zona alrededor de su hielo L, bueno pues los tres funcionales dan cosas bastante parecidas, así que su diagnóstico es que el hielo L es un candidato prometedor a un nuevo polimorfo estable del hielo. Voy concluyendo. ¿Por qué creo yo que es importante lo que cuenta este artículo? Primero, por el fantástico resultado metodológico: han puesto a punto un método de exploración de estructuras de materia condensada que combina un algoritmo evolutivo para generar estructuras, una dinámica molecular con potencial profundo para relajarlas, unos criterios de filtrado por envolvente convexa energía de densidad y una función de huella dactilar, un proceso de aprendizaje automático para reentrenar la red neuronal profunda, todo ello salpimentado con cálculos de la teoría del funcional de la densidad. En fin, no sé si alguien da más, pero es apabullante. Segundo resultado, al aplicar este método al agua, a bajas y medias presiones, han redescubierto todo lo que había por redescubrir. Los hielos reales, los sospechosos, propuestos anteriormente, lo que demuestra que el potencial profundo, hombre, describe la…