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Luisa AchaerandioBorja TosarFrancis VillatoroHéctor SocasMaría Ribesbioinformática para secuencias de arnsecuencia de aminoácidos en base de datoshomologías entre proteínas y viroidesartículo cel del 2024CELARNLuisa AchaerandioHéctor SocasViroidesOpen frameCristinaVirusFrancis VillatoroPlantasMicrobiomas humanosProteínasRibocimasViroideOpen Frame ReadHarbor RibocimasObeliscos
Homologías entre Proteínas y Viroides
Con
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Luisa Achaerandio explica cómo las técnicas de laboratorio para analizar biomoléculas deben complementarse con bioinformática para comparar secuencias de ARN o proteínas con bases de datos existentes.
…estaríamos extrayendo ARN, ¿vale?, ácido ribonucleico de ese microbioma humano en concreto de las heces y de la saliva. Y para ello necesitan muchas técnicas de laboratorio, entre las que se encuentran pues Northern Plot y técnicas muy concretas, ¿vale? entonces una vez que ya lo tienes digamos estas técnicas de laboratorio se tienen que complementar con técnicas de bioinformática que básicamente es trasladar esa secuencia de aminoácidos partimos de la ARN o de las proteínas que encontremos en una muestra y esa secuencia de aminoácidos hay que pasarla a una base de datos y compararla pues con secuencias anteriores que tenemos tanto de nucleótidos como de proteínas y en ese proceso de comparación se pueden establecer lo que se llaman homologías por ejemplo con las proteínas o secuencias parecidas y se puede digamos que sacar un parecido o una diferencia entre este viroide que te digo y lo que se ha descubierto nuevo y se establece como nuevo. De hecho, en el artículo del CEL del 2024, Es el artículo en el que se le llama por primera vez obelisco. Y tiene que ser muy emocionante, realmente, ponerle el proceso ahora mismo en vivo de ponerle el nombre a una entidad biológica que realmente es nueva, pero que necesita todo este proceso tan…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio explica la diferencia entre viroides y un nuevo tipo de ARN circular, destacando que los viroides carecen de un 'open frame' o marco de lectura abierto.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #4 · Palabras #3concepto viroide agentes heredables arnestructura arn escalón pequeñoagente infeccioso plantas viroidemacromolécula biológica ajuste finoarn circular celmarco de lectura proteínaribocimas martillo harborenzimas ribocimas replicaciónviroides sin open framemarco de lectura abierto viroidesluisa achaerandio y viroides…se han encontrado unos colonizadores que se parecen, B-Joid-like, se parecen a unas entidades, por así llamarlo, o como lo llaman en este artículo del CEL de 2024, lo llaman elementos heredables de ARN, agentes o elementos genéticos. ¿Esto qué significa? Pues a lo mejor hay que empezar por el concepto de viroide, que digamos es un escalón un poco más pequeño de estructura de ARN. Ya te digo, aquí me he encontrado yo que no sabía bien si empezar desde el principio a principio o simplemente pues centrarme en este punto de lo que era un viroide en sí. Un viroide básicamente es un agente infeccioso para plantas, como se puede entender generalmente ¿vale? Es como se le conoce de manera general y digamos que su forma y comportamiento se parece mucho a este nuevo agente heredable, pero no del todo. Esto digamos que es un ajuste fino a la hora de poder diferenciar un agente biológico de otro en realidad una macromolécula biológica o una biomolécula de otra ¿vale? Estamos hablando de un ajuste fino. ¿En qué se diferencian? Pues como os decía en el artículo del CEL se ve clarísimo. Es un ARN circular, básicamente, que yo tengo aquí un dibujito que se ve muy claro, donde la diferencia con un viroide es que tiene un Open Frame Read, que es básicamente un marco de lectura, es decir, que se tiene en su interior la información para traducir una proteína muy concreta con la que se le pueda identificar y también porta ribocimas, ribocimas en forma de martillo que se le llama, ¿vale? Harbor Ribocimas, ¿vale? Son básicamente unas enzimas que en el momento en el que este agente infeccioso se introduce en su huésped utiliza esa maquinaria celular para crear estas ribocimas y poder replicarse. Entonces se diferencia precisamente en eso, en que si hablamos de viroides no estamos hablando de una biomolécula que tenga ese open frame, ese marco de lectura abierto. No tiene esa capacidad de identificarse con unas proteínas concretas y pues eso básicamente es como una diferencia como muy fundamental, pero ¿por qué digo yo que hay que ir al ajuste fino? Porque esto no es posible identificarlo con nuestros ojos, no es lo mismo diferenciar un perro de un pollo, por así decirlo, si estamos hablando de seres, que una biomolécula de otra y para eso, pues que me corrija evidentemente Francis, que es el que sabe…
Luisa Achaerandio explica cómo las técnicas de laboratorio para analizar biomoléculas deben complementarse con bioinformática para comparar secuencias de ARN o proteínas con bases de datos existentes.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1bioinformática para secuencias de arnsecuencia de aminoácidos en base de datoshomologías entre proteínas y viroidesartículo cel del 2024…estaríamos extrayendo ARN, ¿vale?, ácido ribonucleico de ese microbioma humano en concreto de las heces y de la saliva. Y para ello necesitan muchas técnicas de laboratorio, entre las que se encuentran pues Northern Plot y técnicas muy concretas, ¿vale? entonces una vez que ya lo tienes digamos estas técnicas de laboratorio se tienen que complementar con técnicas de bioinformática que básicamente es trasladar esa secuencia de aminoácidos partimos de la ARN o de las proteínas que encontremos en una muestra y esa secuencia de aminoácidos hay que pasarla a una base de datos y compararla pues con secuencias anteriores que tenemos tanto de nucleótidos como de proteínas y en ese proceso de comparación se pueden establecer lo que se llaman homologías por ejemplo con las proteínas o secuencias parecidas y se puede digamos que sacar un parecido o una diferencia entre este viroide que te digo y lo que se ha descubierto nuevo y se establece como nuevo. De hecho, en el artículo del CEL del 2024, Es el artículo en el que se le llama por primera vez obelisco. Y tiene que ser muy emocionante, realmente, ponerle el proceso ahora mismo en vivo de ponerle el nombre a una entidad biológica que realmente es nueva, pero que necesita todo este proceso tan…
Héctor Socas interrumpe a Luisa Achaerandio para aclarar la naturaleza de los viroides, describiéndolos como cadenas pequeñas de ARN circulares.
Habla: Héctor SocasSignificado #2viroides cadenas pequeñas de arnnucleótidos en forma circularluisa achaerandio aclara viroidesviroides infectan plantasobeliscos evolución de la naturalezaluisa achaerandio explica viroidesobeliscos más grandes que viroidesproteínas propias en obeliscosribocimas en los obeliscosenzimas de obeliscos hospedadoresmicrobiomas humanos y obeliscos…sin encapsulado. O sea, el virus viene con una cápside proteica, ¿no? O sea, el virus es un virus tiene dos partes: tiene el ARN, que es lo que se replica, o el ADN, y una envoltura proteica que lo protege, ¿no? Una cápsula, digamos, dentro de una cápsula. Nada, a lo loco, al aire, es solamente una cadenita muy pequeña de ARN que pueden ser cientos de nucleótidos, además en forma circular, que no tiene extremos porque está todo conectado y eso lo hace un poquito más estable y que infecta células de plantas y dentro de las células se puede No, no, perdona, perdona Héctor No, no, los viroides son Los que infectan Plantas. Digamos plantas, pero los obeliscos es como si fuera una especie de evolución de la naturaleza. Los obeliscos ya se ha demostrado. Sí, pero yo soy los viroides. Ah, vale, los viroides en sí, vale, vale, ok. Sí, los viroides sí infectan plantas. Vale, vale, y luego los obeliscos son como un paso un poco más, son más grandes, ¿no? Eso es. Y ahí, ¿sigue entonces con la explicación ahí? Eso, son un poquito más grandes y no solo es que sea un poquito más grande, sino que además añaden proteínas propias y ribocimas; es decir, que tienen unas enzimas que una vez que entran en los hospedadores, que ya son diferentes a las plantas; ya no son plantas. Ya se han encontrado en microbiomas humanos y hemos dicho que hemos hablado de microbioma humano, entendiendo como microbioma humano, por ¿Concretar esto: heces o saliva? Y en concreto hay una bacteria concreta que sí se ha logrado discriminar, que ese sea su hospedador, que es el *Heces sanguinis*. Eso sí también lo pone en el artículo. Y luego me faltaría hablar del otro preprint, pero que…
Francis Villatoro responde a una pregunta de Cristina sobre si los viroides, entidades biológicas aún más simples que los virus, pueden considerarse vivos, aclarando que su definición depende del contexto y la perspectiva.
Habla: Francis VillatoroSignificado #3definir vida como organismo individualestructuras bioquímicas sencillas y vidaviroides y la definición de vidaespecies que evolucionan y vidadefinición de vida viroidescristal de ácidos nucleicos viroideperspectiva sobre la vida viroides…Pero no me dice si yo estoy vivo o muerto, porque yo, por ejemplo, no tengo capacidad de evolucionar yo como individuo. Entonces, podría decir que mi especie tiene la capacidad de evolucionar, aunque puede que no. Pero Héctor, no te confundas, una cosa. muy distinta es definir vida o decir que algo está vivo o está muerto, como organismo, como individuo. Bueno, pero es que la pregunta era esa, la pregunta era si al final. No, la pregunta era si una cosa abstracta basada en una serie de codones, una serie de estructuras bioquímicas muy sencillas. No estaba hablando de un ejemplo concreto, cuando hablamos de un individuo concreto, tú estás vivo porque perteneces a una especie que evoluciona. ¿Y llamar vida a un viroide entonces? Claro, está la idea de... Cristina preguntaba: ¿los viroides, que son menos que los virus, que no es nada, una cosa de ridícula, se pueden considerar vivos? ¿Un ser vivo? De hecho, es eso. Hablando, partiendo del concepto de vida. No estamos hablando de coger un viroide concreto y decir esto está vivo, porque cogemos un viroide concreto y lo que es un cristal, ¿vale? Es un cristal, no es nada más, es un cristal de ácidos nucleicos. Yo entiendo lo que dice Héctor; yo creo que Héctor un poco lo que dice es, ¿cómo sabes? Si es vida algo que encuentras, por ejemplo, en Marte, porque no tienes todo el contexto, solo encuentras unas moléculas entrelazadas Entonces, claro, si quieres detectar, por ejemplo, vida en Marte, necesitarías un contexto mucho mayor que…
Luisa Achaerandio continúa la discusión sobre la definición de vida, destacando la complejidad de los sistemas biológicos y la interacción entre ribocimas, proteínas y el entorno.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #12interacción ribocimas proteínas entornoproteínas desconocidas en sistemas biológicosevolución de las ribocimas…concepto de vida, ¿no? Lo que significa autorreplicable es justo la definición que diferencia un viroide de un obelisco que contiene la información dentro de sí mismo, es verdad que no lo puede hacer de manera independiente para, si está en el medio adecuado. Digamos que puedan surgir esas ribocimas que hacen que se pueda replicar y encima evolucionar y encima crear esas proteínas en el entorno y encima hacer algo que no sabemos, porque ahí hay unas proteínas que no sabemos qué están haciendo. O sea, que hay una interacción implícita ahí. O sea, que justamente ese es el tema. A mí lo que me gusta, y creo que es lo que tú decías al principio, que vemos una transición. gradual de no vivo a vivo. O sea, que no es que de repente hay un momento y aparece la vida, sino hay algo gradual, ¿no? Como casi todo siempre en la naturaleza, de roca a chimpancé, hay toda una gradación. Es claro: antes era como muy tosco, solamente somos…