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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgunsecuenciación hemophilus influenzae 1995primer genoma completo craig venterhitos secuenciación organismo sencillitocraig venter instituto jcvihito genómica secuenciación primer genomaCraig VenterFrancis VillatoroPCRCOVID-19IgnacioNIH (Institutos Nacionales de la Salud)Proyecto Genoma Humanohospitales Carlos IIICraig Venter InstituteJohn Craig Ventersiglo XXIWaxonCollinsAemófilos InfluenzalesLuisa AchaerandioADNCelera GenomicsIniciativa Pública
Hitos secuenciación organismo sencillito
Con
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Francis Villatoro explica que la tecnología desarrollada por Craig Venter permitió secuenciar el primer genoma completo de un organismo en 1995, específicamente *hemophilus influenzae*.
…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la... Básicamente, influenza viene de gripe. Aemophilus influenzae. La influenza se conoce. La gripe. Entonces, este hito fue un hito que, digamos, entre comillas, lo coloca en la historia de la genómica; pero realmente lo que le hizo muy, muy famoso fue desarrollar con una empresa privada, que era básicamente el... Craig Venter Institute, el instituto de Craig Venter, ¿no? Se suele conocer por las siglas porque él era John Craig Venter, o JCVI. Esto actuaba como un instituto privado, es decir, básicamente como Una empresa, si queréis una empresa sin ánimo de lucro, pero básicamente no era una institución científica per se. Y con este instituto decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica que la tecnología desarrollada por Craig Venter permitió secuenciar el primer genoma completo de un organismo en 1995, específicamente *hemophilus influenzae*.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgunsecuenciación hemophilus influenzae 1995primer genoma completo craig venterhitos secuenciación organismo sencillitocraig venter instituto jcvihito genómica secuenciación primer genoma…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la... Básicamente, influenza viene de gripe. Aemophilus influenzae. La influenza se conoce. La gripe. Entonces, este hito fue un hito que, digamos, entre comillas, lo coloca en la historia de la genómica; pero realmente lo que le hizo muy, muy famoso fue desarrollar con una empresa privada, que era básicamente el... Craig Venter Institute, el instituto de Craig Venter, ¿no? Se suele conocer por las siglas porque él era John Craig Venter, o JCVI. Esto actuaba como un instituto privado, es decir, básicamente como Una empresa, si queréis una empresa sin ánimo de lucro, pero básicamente no era una institución científica per se. Y con este instituto decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran…
Francis Villatoro continúa explicando el contexto del Proyecto Genoma Humano, comparándolo con la técnica más innovadora desarrollada por Craig Venter para secuenciar genomas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2proyecto genoma humano públicosecuenciación con técnica estándarsecuenciar hemophilus influenzae…decidió, digamos, poder empezar a, entre comillas, comercializar el secuenciar cosas. Pero claro, en los 90 había una gran iniciativa, que es una iniciativa de principios de los 90, que era el Proyecto Genoma Humano, que desde la gran institución, el NIH, los Institutos Nacionales de Salud en Estados Unidos, que es la gran institución que financia la investigación biomédica, en España serían el Instituto, ¿cómo se llama? Los hospitales Carlos III, bueno, Carlos III, no me acuerdo de las siglas exactas, me acabo de olvidar. Este proyecto genoma humano proponía a nivel público secuenciar todo el genoma humano pero utilizando una técnica estándar, que es una técnica mucho más conservadora en la que secuencias grandes trozos primero; intentas localizar muy bien un trozo en un cromosoma, saber muy bien dónde está ese trozo, un trozo relativamente grande y ahora intentas secuenciar el trozo grande, lo que requiere una enorme cantidad, me aclara Ignacio, que son los institutos de salud Carlos III y si me permites hago otra aclaración porque cuando estabais hablando de hemófilos influenzae no quería interrumpir en ese. Momento, pero Héctor ha dicho el de la gripe; ojo, eso es el virus de la influenza. Estamos hablando aquí, aquí estamos hablando de una bacteria: bacterias respiratorias, sí.…
Francis Villatoro explica las características de *Aemófilos Influenzales*, una bacteria que causa infecciones respiratorias, y contrasta su secuenciación con la metodología del Proyecto Genoma Humano.
Habla: Francis VillatoroSignificado #5secuenciación de hemophilus influenzaeproyecto genoma humano waxon collinstécnicas lentas proyecto genoma humanogarantías secuenciación orden adecuado…como gripe, pero bacterial. Y ya está, solo aquí porque estoy estrenándome con interrupciones en el programa. Muchas gracias por la aclaración y los oyentes que perdonen la voz que tiene Ignacio, pero está un poco tocado. Luisa, ¿tú querías decir algo más? No, eso, lo mismo, lo mismo, que básicamente era eso, que era una gripe bacteriana. O sea, un tipo de infección respiratoria bacteriana de un microorganismo, microorganismo gran negativo que se llama Aemófilos Influenzales. El proyecto Genoma Humano era un proyecto garantizado; era un proyecto riguroso que inició el premio Nobel, Waxon, y que continuó Collins, su sucesor como director del proyecto Genoma Humano, y era saber muy bien dónde se encuentra un trozo que yo voy a secuenciar y después con técnicas extremadamente lentas y extremadamente bioquímicas, demasiado húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y…
Francis Villatoro explica el problema inherente a la técnica shotgun para la secuenciación de genomas, específicamente en relación con las zonas repetitivas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #14problema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter se benefició de los avances publicados por la Iniciativa Pública del Proyecto Genoma Humano, aprovechando para colocar fragmentos de información y acelerar la secuenciación de genes.
Habla: Francis VillatoroSignificado #16avance iniciativa pública proyecto genomasecuenciación genes zonas sin repeticionesfragmentos información craig ventergenes y técnica de secuenciación…Famoso en este programa, por ejemplo, Carlos López Jotín. Son gente que estuvo en esa iniciativa, pero es que había que estar, no te quedaba otro remedio para hacer a alguien en los 90. Bien, pues la ventaja que tenía Craig Venter es que usando como, digamos, Esqueleto, como lo que estaba siendo publicado por la Iniciativa Pública él podía ir a colocar sus trocitos y entonces las zonas realmente interesantes que son los genes son zonas en las que no hay repeticiones y la técnica chocan rápidamente esta secuencia de los genes. ¿Pero dónde está este gen? Pues había que esperar a que la Iniciativa Pública encontrara parte de ese gen porque en el momento en el que encontrara parte del gen tú ya rápidamente colocabas tu gen en su sitio; eso desde el punto de vista de la Iniciativa Pública. fue digamos muy criticado había mucha gente diciendo es que este señor nos está pisando es que este señor si no existiéramos nosotros él no podría hacer nada y lo está haciendo gracias a nosotros entonces eso generó cierto resquemor y como ahí estaba metido…
Francis Villatoro explica cómo la complejidad del genoma humano superó las expectativas iniciales tras su secuenciación completa.
Habla: Francis VillatoroSignificado #7genoma humano superó expectativassecuenciación completa del genoma humanoproblema tras secuenciación humana…genes a principio pensó que eran 24.000 hoy día son unos 21.000 tenemos otras cosas los pseudogenes, pero además tenemos una enorme cantidad de estructuras que se heredan porque están en el ADN y que influyen en toda la regulación, en todos los mecanismos. Es decir, todo se convirtió extremadamente complicado. Cuando vimos el genoma completo vimos que este asunto era muy complicado y que lo que se esperaba era publicar el genoma humano completo y en pocos años, por les cinco años, por les diez años, íbamos a resolver el problema de las Enfermedades. Enfermedades de origen genético, pues lo que resulta 25 años más tarde es que todavía estamos en pañales y nos queda todavía muchas décadas de investigación para resolver ese problema. Entonces, pero claro, Collins y la gente de la iniciativa…
Francis Villatoro explica la estrategia de utilizar bacterias muy sencillas para fines de biología sintética, destacando la necesidad de controlarlas para evitar problemas sanitarios y éticos.
Habla: Francis VillatoroSignificado #12bacterias sencillas para biología sintéticacontrol de bacterias evita problemas sanitariosgenes esenciales en bacterias muy sencillassecuenciación de bacterias más sencillas…que viva para fabricar penicilina, que viva, que sobreviva, que no se me muera, que se reproduzca para que los que se mueran sean sustituidas; que tenga lo mínimo imprescindible para estar viva, pero que solamente se dedique a fabricar lo que yo quiero. entonces la idea es, pues coge una bacteria muy sencilla, una bacteria tan sencilla que solo en un entorno muy controlado Eso sí, hay que evitar que se te escape, o se me escapa, problema sanitario, ética, científica, aquí vamos a matar a la gente, no, no, esto tiene que ser una cosa tan sencilla que vive en un entorno en el que si yo la saco de ese entorno, automáticamente muere O sea, usar una bacteria muy sencilla era clave, entonces se dedicó a secuenciar las bacterias más sencillas y empezó a trabajar con esas bacterias y una vez que tenía controlado más o menos Esto también se pensaba que era muy fácil, ¿vale? Que iba a ser muy fácil determinar los genes esenciales. Básicamente se utilizaba la técnica que se utilizaba de toda la vida desde poco después del ADN, que es ir apagando y encendiendo genes. Claro, pensaban que una bacteria mínima tendría 200 genes. Resulta que no, que tiene del orden de 500; y apagar y…
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter buscó llamar la atención de los medios a través de pequeños hitos en su investigación, como la creación de la primera bacteria sintética.
Habla: Francis VillatoroPalabras #5bacteria sintética craig ventersíntesis química de nucleótidosprimer adn completamente sintéticocraig venter busca atención medios…de 500; y apagar y encender, pues es una barbaridad: son 2 elevado a 500, eso son, no hay átomos en el universo para cada una de las opciones; el universo tiene 10 a 80 átomos, 2 elevado a 500 es una barbaridad, no os hago el cálculo para que no os asustéis. entonces un problema que parecía súper sencillo se convirtió tremendamente complicado y requería cada vez más inversión; y como requería cada vez más inversión decidió empezar a plantearse llamarle mucho la atención de los medios con pequeños hitos: vamos a hacer la primera bacteria sintética, y la primera bacteria sintética sí, vamos a sintetizar átomo a átomo pues cada uno de los aminoácidos de los nucleótidos del ADN de esta bacteria y vamos a meterle un ADN completamente sintético. Así, pero el resto de la bacteria es normal; ya, ya, sí, es normal. Cogemos una bacteria sencillita, le quitamos su ADN, fabricamos en laboratorio con síntesis química una molécula de ADN suficientemente larga y se la colocamos: primera bacteria sintética. En esa bacteria sintética, ¿cómo se sabe que es sintética? Bueno, pues porque le hemos puesto una dirección de una página web, porque le hemos puesto mi nombre; a Venter le encantó. Uno de los genomas que secuenció varios en la iniciativa privada fue el…
Francis Villatoro afirma que la secuenciación del genoma humano fue un hito fundamental en biología al inicio del siglo XXI y considera que sentó las bases para la medicina personalizada.
Significado #15 · Palabras #4secuenciación del genoma humanomedicina personalizada siglo xxitratamiento de cánceres con secuenciaciónexpresión génica en células cancerosas…digo eso, para los que saben, ya saben por dónde van los tiros. Yo creo que puede ser un buen candidato a premio Nobel el año que viene y quizás el año siguiente. Ya si no se lo dan el año que viene y el siguiente, ya probablemente no se lo den nunca, ¿no? Algo absolutamente fue el inicio del siglo XXI en biología, o sea, el gran hito del siglo XXI en biología fue el protógeno humano, eso fuera de toda duda Y yo añadiría que además construimos la forma que entendemos el mundo sobre narrativas y esta es la narrativa fundacional de toda la medicina personalizada que con suerte se seguirá desarrollando durante este siglo y que será el gran avance de la medicina de este siglo, ya no como promesa lejana, sino como que estamos poco a poco aproximándonos ya en el presente, sobre todo en el tratamiento de algunos cánceres, que se puede hacer una secuenciación bastante interesante para ver cómo se expresan los genes en esas células, qué terapia específica, por ejemplo, cómo desensibles son a determinadas hormonas o a determinado fármaco, ahí se está avanzando muy bien. y sobre lo que decías hay dos cosas que quería apuntar, una la de Collins que por supuesto pasaré por encima y muy muy rápido pero sí quería apuntarlo y la otra sobre el malo que preguntaba Héctor de las opciones que has dado Francis yo estaba pensando…