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Ignacio CrespoBorja TosarJosé EdelsteinIsabel CorderoFrancis VillatoroHéctor Socasherramienta trace calcula antigüedad ramascoalescencia hasta el presente tracegeneraciones con trace unos 28 años15000 generaciones trace 420000 añosTraceIgnacio CrespoHomo sapiensNeandertal
Herramienta Trace calcula antigüedad ramas
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 20263 momentos
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Ignacio Crespo explica cómo los investigadores utilizan la herramienta Trace para determinar la antigüedad de las ramas largas en el árbol genealógico del genoma y calcular cuántas generaciones han transcurrido desde la coalescencia hasta el presente.
…en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas generaciones calculas que pueden haber pasado desde la coalescencia hasta el presente y entonces pues están trabajando, teniendo en cuenta que una generación sean unos 28 años, normalmente es lo que calculan aquí, con unas 15.000 generaciones por ejemplo, unos 420.000 años, ¿por qué? Neandertales y humanos, o al menos sus antepasados. Y a partir de eso dicen: vale, busquemos fragmentos en el ADN sapiens que puedan venir de especies anteriores a la división del neandertal. Vamos a poner esa cota por encima de 420.000 años en esas ramas…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica cómo investigadores están utilizando una herramienta llamada Trace para reconstruir la historia genética de los humanos modernos, neandertales y denisovanos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2 · Palabras #3árbol genealógico genomas homo sapiensherramienta trace reconstruye historia genética…especie con la que tal vez se cruzaron hace cientos de miles de años o decenas de miles de años y que no le hemos puesto ni nombre, no tenemos ni un hueso que hayamos identificado como tal? En principio suena imposible, lo intentan y salen cosas interesantes. Ellos lo que plantean es el uso de una herramienta que han creado llamada Trace, que lo que hace es, para intentarlo explicar, utiliza a la vez herramientas previas, primero para construir un árbol genealógico de los genomas de Homo sapiens, cerca de unos 500 utilizan, y de los paleogenomas de Neandertal y de Nisobano. Pero los árboles genealógicos, en este caso, vamos a llamarle. Así para hacernos una idea, como esos árboles que podemos construir de nuestras familias, no son tan simples en el caso de los genes, porque nosotros no heredamos de forma directa dos juegos de cromosomas, sino que los cromosomas se cruzan entre sí. Esa…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores utilizan la herramienta Trace para determinar la antigüedad de las ramas largas en el árbol genealógico del genoma y calcular cuántas generaciones han transcurrido desde la coalescencia hasta el presente.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1herramienta trace calcula antigüedad ramascoalescencia hasta el presente tracegeneraciones con trace unos 28 años15000 generaciones trace 420000 años…en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas generaciones calculas que pueden haber pasado desde la coalescencia hasta el presente y entonces pues están trabajando, teniendo en cuenta que una generación sean unos 28 años, normalmente es lo que calculan aquí, con unas 15.000 generaciones por ejemplo, unos 420.000 años, ¿por qué? Neandertales y humanos, o al menos sus antepasados. Y a partir de eso dicen: vale, busquemos fragmentos en el ADN sapiens que puedan venir de especies anteriores a la división del neandertal. Vamos a poner esa cota por encima de 420.000 años en esas ramas…
Ignacio Crespo explica cómo se analiza la introgresión genética en genomas denisovanos utilizando la herramienta Trace para rastrear generaciones y detectar posibles introgresiones de especies arcaicas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3 · Palabras #2introgresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovana…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en…