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genomas de gato en ensamblefelix catus en bases de datosbúsqueda de genomas anatoliaAlberto ApariciEnsambleFelis CatusEuropaAnatoliaLuisa Achaerandio8.000 a.C.6.000 a.C.3.000 a.C.IsraelMarruecosTúnezEgiptoCerdeñaNorte de ÁfricaFelis silvestrisFélix LibicaPróximo OrienteHomo sapiensÁfricaFrancis VillatoroImperio RomanoDanubioRhin1 d.C.AgriculturaNeolíticoScienceFeliscatus9000 a.C.siglo XIXNCBIPRJEB 81815SRASecond Research ArchiveFelis DomesticusIgnacioMarco de Martino
Genomas de gato en ensamble
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Alberto Aparici y Luisa Achaerandio están buscando información sobre la disponibilidad de genomas de gato mencionados en un artículo científico, específicamente consultando bases de datos como Ensamble.
…porque de lo contrario un artículo que te parece que está cortado a mitad que cualquier Cualquier revisor les diría, pues vete a Egipto, vete a Egipto, saca unos genomas y me haces un artículo mejor, pero si no se lo han dicho, creo que es porque aportan muchísimos genomas de Europa y Anatolia que no estaban y eso de por sí ya es relevante Y Alberto, una preguntilla, ¿dice en algún lugar el artículo donde se pueden consultar esos genomas? Porque por ejemplo, he estado mirando en la base de datos Ensamble, o como se pronuncie, y básicamente simplemente está ensamblado un genoma de gato y es Avisinio, de Félix Catus. Pues la verdad es que te reconozco que no lo he mirado. Estoy ahora mirando los Materials and Methods a ver si sale en algún sitio donde pueden estar disponibles. Yo también lo estoy mirando. Ponen un enlace a las herramientas de secuenciación que han utilizado para tratar todo esto, pero no veo enlace a estas cosas. Por ejemplo, me resultaría precisamente eso, porque así ves o puedes dar la validación a la parte de conservación genética que has…
Significado #1 · Palabras #1
Alberto Aparici explica la controversia sobre el origen del gato doméstico (Feliscatus), señalando que se debe a la falta de datos hasta ahora, con la publicación de un artículo que presenta paleogenomas de gatos europeos y anatolianos.
Habla: Alberto ApariciSignificado #17 · Palabras #15paleogenomas de gatos europeos y anatolianosfeliscatus origen controvertido del gato doméstico…es que inicialmente querían hacer otra cosa y que se dieron cuenta de que tenían esta otra y que, porque esto a veces pasa, o sea, uno va siguiendo una pista, va tirando de un hilo y termina en otra cosa. Entonces, contexto para entender todas estas cosas. El gato doméstico es una especie que científicamente se llama Feliscatus, ¿vale? Entonces el origen del gato doméstico ha sido un poco controvertido durante años y mi sensación es que lo ha sido por falta de datos, básicamente porque este artículo por primera vez presenta un montón de paleogenomas de gatos del continente europeo y de Anatolia que los presentan ellos por primera vez. Que uno tendría la sensación de que todos esos genomas deberían llevar tiempo en el mercado, digamos, como si los hay, por ejemplo, paleogenomas de perros y de lobos bastante antiguos y de muchos lugares del mundo. Pues de gatos parece que no eran tan abundantes. Entonces, las diversas especies de gatos, o las más cercanas entre los félidos al gato doméstico, en realidad son bastante, bastante cercanas. En Europa hay un gato salvaje, los ingleses le llaman wildcat, nosotros en español supongo que le llamaríamos gato…
Alberto Aparici explica cómo un nuevo artículo presenta evidencia genética para cuestionar la hipótesis de que el gato montés europeo es el antepasado del gato doméstico.
Habla: Alberto ApariciSignificado #5 · Palabras #5genomas de gatos en anatoliagatos monteses de cerdeñaartículo cuestiona gato doméstico europeogatos monteses del norte de áfricagenomas del norte de áfricagatos domésticos origeninvestigación gatos próximos 5 años…Líbica, que es un poco el antepasado de Félix Catus, está más hibridado con el gato europeo en toda esa zona, esto es una indicación; no es una evidencia, pero sí quizá un indicio de que pudo haber entrado el gato doméstico por esa ruta. Bueno, pues este Artículo refuta esa hipótesis con los genomas que han conseguido; pueden, digamos, si no refutar, sí oponerse muy fuertemente a esto. Básicamente ellos que tienen lo que han hecho es coger muchos genomas de gatos de diversas épocas que han aparecido en entornos arqueológicos, sobre todo en Europa y en Anatolia, y aportan también genomas de gatos monteses de Cerdeña que tienen mucha importancia en el artículo pese a que no tienen nada que ver con la conclusión más importante del artículo, y aportan también dos genomas de gatos monteses del norte de África. Este será el problema: la falta de genomas del norte de África. Es lo que no va a permitir saber realmente de dónde salieron los gatos domésticos por ahora. Pero la verdad es que ya sabemos dónde mirar, entonces se sabrá a lo mejor en los próximos 5 años a lo sumo. Entonces, ¿qué hacen ellos con esta multiplicidad de genomas sobre? ¿Todo europeos? Pues lo que ven es que efectivamente hay más hibridación a medida que uno se acerca al este de Europa, entre el gato montes europeo y el gato montes del próximo oriente. Pero ellos hacen una estimación de cómo esos genes van fluyendo, y lo que…
Alberto Aparici explica cómo investigadores analizan genomas antiguos de gatos para determinar cuándo llegaron los gatos domésticos a Europa y Anatolia.
Habla: Alberto ApariciSignificado #2 · Palabras #2gatos monteses en israelgenoma de túnez y marruecosinvestigadores sacaron genomas israelíesanálisis genético felix catus y europagenomas antiguos de gatos en anatoliagatos monteses europeos modernosdomesticación de gatos hace 8000 acpoblaciones salvajes de gatos en europagenomas antiguos de gatosgato doméstico año 1 d cpaleogenética y poblaciones felinasromanos conquistan egipto y gatos…pero no es el objeto de este artículo. Entonces ellos lo que comprueban con su investigación es que de las diversas ramas del gato montesafricano que hay la más cercana al gato doméstico es la rama del norte de África. Lo que ocurre es que solo tienen dos. genomas del norte de África y eso no les permite decir de dónde han salido los gatos domésticos Tienen un genoma de Marruecos y un genoma de Túnez, no tienen más Luego trabajan también con tres genomas que sacaron otros investigadores de gatos monteses en Israel Entonces, de todo el norte de África y del próximo oriente, de gatos, los únicos genomas que tenemos son esos Pero antiguos o modernos, ya está, son cinco genomas modernos de gatos monteses Tres de Israel, uno de Marruecos y uno de Túnez Se acabó, además sorprendido en ese sentido la escasez de todo esto Entonces, una vez ellos con los datos que tienen Establecen esto de que el gato Félix Catus no viene de esta intromisión de genomas del Próximo Oriente en Europa, y esto lo saben porque si Félix Catus es más cercano a los genomas del norte de África y los gatos silvestres europeos lo que tienen es genes de las poblaciones que vivían en el Próximo Oriente, pues quiere decir que no pudo ser esa oleada la que trajo el gato doméstico a Europa. Porque la oleada que vemos en los genomas de gatos monteses europeos es del Próximo Oriente y la genética que vemos en los gatos domésticos son del norte de África, entonces tuvo que ser una oleada diferente. Entonces, ¿qué hacen ellos para identificar cuándo vino esa oleada? pues lo que hacen es tener varios genomas antiguos de diversas épocas. Tienen genomas antiguos en Europa, todo en Europa y Anatolia; tienen genomas antiguos de hace del 8.000 a.C., del 6.000 a.C., del 3.000 a.C., no sé cuántos, y todos esos genomas están junto con los gatos monteses europeos modernos, ¿vale? Por lo tanto, lo que ven es que si se van a hace 2000 años o antes de eso, los genomas antiguos coinciden todos con las poblaciones salvajes de gatos en Europa y en Anatolia. Por lo tanto, no habían entrado los gatos domésticos todavía. En cambio, cuando se van a genomas de gatos o bien domesticados o bien salvajes desde el 1 después de Cristo para aquí aproximadamente lo que ven es que la genética de esas poblaciones coincide con el gato doméstico. Por lo tanto, ellos concluyen que el gato doméstico debió de llegar aproximadamente alrededor del año 1 d.C. o algo por el estilo. Esto tiene mucho sentido históricamente porque precisamente ese momento en la historia coincide, un poquito después vamos, pero más o menos coincide con cuando los romanos conquistan Egipto y sabemos que el gato era muy popular en Egipto. De hecho, estoy hablando todo el rato de paleogenética, que Es lo que estudia este artículo, pero para tratar de entender la domesticación del gato, históricamente se han aportado muchos argumentos arqueológicos. Argumentos del tipo: hay un enterramiento en Chipre que es del 7000 a.C., en el que aparece un humano…
Alberto Aparici expresa su sorpresa por la ausencia de genomas de gatos egipcios, tanto antiguos como modernos salvajes, señalando que esta falta de información es notable y sugiere que dichos genomas podrían no existir.
Habla: Alberto ApariciSignificado #3 · Palabras #6ausencia genomas gatos egipciosgenomas modernos salvajes egiptoartículo científico sin genomasgato egipcio sin genomainvestigación de aparici sobre gatosgenomas antiguos y modernos de gatosgatos domésticos genéticamente distintos en egiptogenomas africanos dispersión gatos domésticosinvestigación europea anatolia gatos domésticosartículo científico contradice conclusiones anterioresgatos entrada con el neolíticogenomas antiguos 9000 ac europa anatoliahipótesis original sobre gatosgenética de gatos africanos ruta agrícolagatos domésticos origen distintoestudio genomas antiguos de gatosgatos monteses de cerdeñagenomas de gatos montes en cerdeñaintroducciones de gatos africanos en europapoblaciones salvajes en cerdeña…mundo de verdad es esta que salió hace dos mil años, coincidiendo casualmente con el dominio romano de Egipto, lo cual nos indica o de alguna forma apunta a que a lo mejor en Egipto es donde está la clave de todo esto. Y de ahí la pena que da que no tengamos. Ningún genoma de gato egipcio. Literalmente cero genomas de gatos egipcios, tanto antiguos como modernos salvajes. Es bastante sorprendente en ese sentido. A mí me llama la atención sobre todo porque creo que si los hubiera lo citarían en el artículo y no lo citan, de lo cual deduzco que no los Hay. Yo no soy un experto en genomas de gatos, esto vamos a dejarlo claro; yo sé lo que he leído en este artículo, pero es que en un momento dado del artículo dicen: solo hay 5 genomas de Félix líbica, los dos que hemos aportado nosotros y tres de Israel. Por lo tanto, deduzco que no hay un solo genoma de un gato egipcio, lo cual es muy sorprendente. Entonces, mi sensación es que sabido esto, descubierto que los gatos domésticos vienen; los gatos domésticos en Europa vienen de esta oleada de hace 2000 años. Ahora, la siguiente pregunta es: ¿vale? ¿Y de dónde salieron esos gatos domésticos? ¿Dónde se domesticó en el norte de África? Y esos sin datos africanos no se puede saber. Con lo que yo entiendo que estos mismos equipos probablemente estarán ahora mismo intentando encontrar genomas tanto antiguos como modernos de gatos en Egipto. Porque a lo mejor lo que encontramos es lo mismo que tenemos con Homo sapiens Que la variedad genética de Homo sapiens es muy grande en África y es muy baja fuera de África Porque todos descendemos de unos poquitos Pues igual te vas a Egipto a mirar los gatos domésticos de allí Y te das cuenta de que genéticamente son muy distintos a los del resto del mundo Porque tiene más variedad genética en el lugar donde se doméstico Esto es hipótesis mía, esto es pura especulación por mi parte No puedo apoyarlo de ninguna de las maneras Pero Por eso os digo que este artículo es peculiar, porque la conclusión que tienen incluso ellos en el título: Esto no es que los que lo hemos contado hemos resaltado que los gatos domésticos se dispersaron hace dos mil años, es que lo ponen ellos en el título del artículo. Pero claro, si tú quisieras investigar eso, lo que deberías tener es genomas africanos y tienen dos genomas africanos, tres que aportaron otros investigadores y el resto de sus investigaciones es de Europa y Anatolia. Entonces, es muy peculiar la investigación porque mi sensación es que ellos no querían descubrir esto, querían descubrir otra cosa. El hecho de que tengan tantos genomas europeos y anatolios. Me sugiere que a lo mejor ellos lo que querían era comprobar la hipótesis original. La hipótesis de los gatos entraron con el neolítico, entraron con la agricultura y esto lo vamos a ver viendo todos estos genomas antiguos desde el 9000 a.C. hasta el siglo XIX en Europa y en Anatolia, que Es la ruta que siguió la agricultura. Y resulta que cuando vieron eso se encontraron que la genética de gatos africanos en esa ruta no es la genética de los gatos domésticos, es otra y tuvieron que buscar los gatos domésticos en otro sitio y entonces es cuando el artículo se convierte en esta cosa tan peculiar. porque por ejemplo el artículo pone mucho énfasis, no lo he mencionado hasta ahora, en los gatos monteses en Cerdeña, ¿vale? Los gatos montes en Cerdeña no juegan ningún papel en la dispersión del gato doméstico, pero ellos han secuenciado unos cuantos genomas de gatos montes en Cerdeña y han llegado a la conclusión de que son descendientes de un primo lejano del gato doméstico, es decir, de entre los gatos salvajes que tenemos secuenciados es uno de los más cercanos al gato doméstico y que entró en Cerdeña esa estirpe de gatos desde África aproximadamente en el 700 antes de Cristo, entre el 700 y el 1000 antes de Cristo aproximadamente. Entonces ellos están como diseñando un caso en la dirección de ha habido varias introducciones de gatos africanos en Europa. Una de ellas fue la de Cerdeña que ha dado lugar a unas poblaciones salvajes, no han sido domesticados, pero Otra que vino unos cuantos siglos después fue la de los gatos domésticos. Entonces hay que seguir indagando en el norte de África para ver realmente de dónde ha salido todo esto. A mí, ya os digo, creo que es un artículo bien interesante, pero te quedas un…
Alberto Aparici, junto con Francis Villatoro, discuten el contenido de un artículo científico sobre genomas de gatos y reconocen que este artículo admite la falta de datos genómicos disponibles, especialmente en Egipto, a pesar de su importancia arqueológica.
Habla: Alberto ApariciPalabras #19genomas de gatos en egiptofalta de datos genómicosdomesticación reciente en europaarqueología y genomas de gatos…ver realmente de dónde ha salido todo esto. A mí, ya os digo, creo que es un artículo bien interesante, pero te quedas un poco con la sensación de Jope, pero me faltan datos, ¿no? Pero por favor, más puntitos en el norte de África para poder saber más cosas. El artículo no comenta nada de esa carencia de genomas, ¿no? Bueno, la señala; quiero decir, ellos lo reconocen. La exponen. Sí, la exponen: esto no se tiene, habrá que buscar. Señalan Egipto como un lugar especialmente interesante donde buscar, que es bastante lógico, dada la evidencia arqueológica y todo esto, pero ya está, nada más que eso. Claro, claro; esto es un punto, esa, entre comillas, domesticación tan reciente, al menos en Europa, es uno de los puntos clave por lo que el gato en general está menos socializado en las comunidades humanas el perro es como un niño, se comporta como un niño, es súper obediente, hace una serie de cosas que digamos no parece que tenga una individualidad más allá de lo que es el colectivo…
Alberto Aparici señala una carencia en un artículo científico: este responde a la pregunta sobre cuándo el gato doméstico llegó a Europa, refutando una hipótesis anterior y estableciendo una fecha de hace unos 2000 años, pero sin responder a la pregunta fundamental de cuándo se domesticó el gato.
Habla: Alberto ApariciSignificado #15 · Palabras #13domesticación canina vs felinagenomas de gatos en europahipótesis agrícola y gatos anatoliosgato doméstico hace 2000 años…Y luego tenemos el gato que aparece en nuestros registros en el cero, digamos, en el año cero, en el uno después de Cristo, si queréis ser estrictos. Entonces, para mí, una de las cosas, una de las carencias que tiene este artículo es que no responde a La pregunta de cuándo se doméstico el gato. Responde a la pregunta de cuándo entró el gato doméstico en Europa. Y que yo creo que era la pregunta que ellos querían responder. Ellos recogen todos estos genomas europeos y anatolios, consiguen refutar la hipótesis de que entró con la agricultura y consiguen establecer que entró hace 2000 años pero claro, no sabemos. Si en Egipto llevaba 4000 años domesticado o 2 años domesticado, eso no se puede saber con los datos que aporta este artículo y entiendo que no los hay porque de lo contrario lo habrían citado, no les habrían dejado publicar este artículo sin citar. Existen…
Alberto Aparici y Luisa Achaerandio están buscando información sobre la disponibilidad de genomas de gato mencionados en un artículo científico, específicamente consultando bases de datos como Ensamble.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1genomas de gato en ensamblefelix catus en bases de datosbúsqueda de genomas anatolia…porque de lo contrario un artículo que te parece que está cortado a mitad que cualquier Cualquier revisor les diría, pues vete a Egipto, vete a Egipto, saca unos genomas y me haces un artículo mejor, pero si no se lo han dicho, creo que es porque aportan muchísimos genomas de Europa y Anatolia que no estaban y eso de por sí ya es relevante Y Alberto, una preguntilla, ¿dice en algún lugar el artículo donde se pueden consultar esos genomas? Porque por ejemplo, he estado mirando en la base de datos Ensamble, o como se pronuncie, y básicamente simplemente está ensamblado un genoma de gato y es Avisinio, de Félix Catus. Pues la verdad es que te reconozco que no lo he mirado. Estoy ahora mirando los Materials and Methods a ver si sale en algún sitio donde pueden estar disponibles. Yo también lo estoy mirando. Ponen un enlace a las herramientas de secuenciación que han utilizado para tratar todo esto, pero no veo enlace a estas cosas. Por ejemplo, me resultaría precisamente eso, porque así ves o puedes dar la validación a la parte de conservación genética que has…
Alberto Aparici continúa la discusión sobre un artículo científico relacionado con la domesticación felina, mencionando que los genomas de gatos encontrados en campamentos romanos del Danubio son cercanos a otros de la misma época.
Habla: Alberto ApariciSignificado #8 · Palabras #9genomas felinos en prjeb 81815secuencias genómicas ncbi srafelix catus y felix domesticusdomesticación felina e hipótesis ignaciogatos domésticos y neolítico europeoimperio romano y migraciones felinasgenomas de gatos en campamentos romanosexpansión felina por imperio romanopoblación pequeña de individuos desde egiptodomesticación felina y utilidad romana…eso, porque así ves o puedes dar la validación a la parte de conservación genética que has mirado, exactamente lo que has mirado, para sacar esas conclusiones. Claro, estoy ahora mirando en la web los suplementarios. Por lo cual, lo comentan al final, es que La parte de disponibilidad de datos y materiales, todos los genomas, todas las secuencias genómicas están en un proyecto el PRJEB 81815, que se encuentra en la base de datos de NCBI, en la SRA, en la Second Research Archive. Es decir, ellos tienen, digamos, la versión emborrador de todos esos genomas, la tienen en ese marco que es ese proyecto y ahora hay que hacer un proceso de filtrado y de recolocación de cada uno de los genomas en diferentes entradas en la base de datos de genomas y eso lo tendrán que hacer a posteriori. Supongo que lo harán en algún artículo específico, pero ese artículo lo han dejado solamente en ese proyecto. Entonces no lo vas a encontrar buscando por Félix Catus o por Félix Domesticus; lo tienes que encontrar buscando por ese proyecto de secuenciación. Ok, gracias. Vamos, un artículo muy interesante por lo que cuenta. Y por los agujeros que quedan, o sea, te permite un poco emitir hipótesis sobre lo que ha dicho Ignacio sobre la sociología de la ciencia, sobre cómo funciona esto y tal y cual. En cualquier caso, creo que es un buen artículo porque por lo menos aporta conocimiento, ¿no? Aporta pruebas sólidas en contra de la hipótesis de que el gato doméstico entró con el neolítico en Europa y pruebas sólidas a favor de que entró en época histórica, con una de las migraciones históricas que seguramente tuvo que ver con el Imperio Romano. Pero eso habrá que verlo. De hecho mencionan ellos en varios sitios que los genomas de gatos que aparecen en campamentos romanos del Danubio, creo. Que del Rhin no, creo que eso lo miran el Danubio; efectivamente son cercanos a otros genomas de gatos y esto sugiere, de gatos de esa misma época y esto sugiere que a partir de solo una población pequeña de individuos que entró desde donde fuese, desde Egipto o desde donde fuera se expandió por todo el Imperio Romano muy rápidamente porque les era útil. Y antes me he dejado una cosa por decir al comentario de Francis. es verdad que los gatos son razonablemente recientes sin poder responder cuándo se domesticaron en el norte de África es difícil ubicarlos porque a lo mejor se domesticaron 200 años antes de entrar en Europa o a lo mejor se domesticaron 5000 años antes de…
Ignacio Crespo y Alberto Aparici continúan la discusión sobre la domesticación felina, planteando la posibilidad de que se haya producido en Túnez basándose en los datos genéticos disponibles.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #20genomas de gatos en túnezpaper del doctorado marco de martinodomesticación felina en túnez…Muy bien. Todo esto y yo deseando que lleguen los datos de Egipto, sinceramente. Porque en mi cabeza yo ya estoy viendo que, buah, veremos que Egipto es una especie de mosaico genético con un montón de cosas porque en realidad lo domesticaron en 5000 a.C. Y luego igual, pues no es así, igual se domesticó en Túnez. De hecho, de sus genomas el más cercano es el de Túnez. O sea que, si digo yo, teniendo localizado a Marco de Martino, el autor de este paper que acaba de terminar el doctorado, tendrá que plantearse qué quiere hacer: ¿por qué no ¿Le manda su correo? Y le preguntas si no va a hacer eso y si no va a hacerlo, ¿por qué? Porque es que a mí me parece muy interesante. Ostras, la verdad es que sí que debería, vale, vale, lo voy a hacer; no se me había ocurrido para este programa, en fin, no…
Alberto Aparici responde a una afirmación anterior sobre la domesticación felina, refiriéndose a un estudio que identifica haplotipos en Félix Libica y su relación con el gato doméstico moderno.
Habla: Alberto ApariciSignificado #6 · Palabras #18haplotipos en felix líbicagato doméstico moderno y haplotiposgenomas híbridos gato montes europeoruta de domesticación felina alternativa70 genomas antiguos de baja cobertura17 genomas actuales de museosgenomas de baja a media cobertura…no se ha producido. Es como que han evolucionado con nosotros, pero como evolucionan, como tú dices, los gorriones, no necesariamente como algo que nosotros hemos relacionado porque nosotros queremos, sino como que ellos han decidido realmente estar aquí. Pues a ver, te contesto, sí que dicen algo en ese sentido, ellos identifican varios haplotipos en Félix Líbica y uno de ellos es el que está más cerca del gato doméstico moderno y los otros lo que ven es que los genomas que hibridan con el gato montes europeo son de otros haplotipos y de ahí es de donde sacan, no vino por esta ruta, tuvo que venir por otra. Pero creo recordar que mencionan 3 o 4, ya sabes que con humanos se conocen, creo que son decenas, ¿no? Y todo esto. Y fíjate, por esto que has dicho, ellos dicen explícitamente: hemos generado 70 genomas antiguos de baja cobertura. Y tenemos también, a ver cuánto han dicho, y 17 de la actualidad y de museos, ¿vale? Que también son relativamente recientes y son de museos, de baja a media cobertura; o sea que no estamos hablando de genomas súper detallados en ningún caso. Vale, pues si más o menos acabamos con este tema quizás sería buen momento para pasarle a Alberto algunas de las preguntas que han hecho sobre gatos en el chat de YouTube que la verdad es que no sé si las he recopilado todas o no hay un par de bromas de…