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Ignacio CrespoBorja TosarJosé EdelsteinIsabel CorderoFrancis VillatoroHéctor Socasintrogresión genética homininos sapiensespecie fantasma fragmentos adngenes importantes incompatibles con la vidagenes neandertales incompatibilidad especiesrestos de especies genoma sapiensexpresión inmunitarias fragmentos problemáticoshallazgo restos regiones carentes neandertalIgnacio CrespoADNADN neandertalNeandertalDenisovanoHeidelbergensisPavoFrancis VillatoroHomo neandertalensisHomo sapiensADN sapiens*Homo sapiens neandertalensis*Héctor Socas
Genes Neandertales incompatibilidad Especies
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 20266 momentos
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Ignacio Crespo reflexiona sobre el hallazgo de restos de especies desconocidas en regiones del genoma sapiens previamente consideradas carentes de material genético neandertal.
…llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a nombrarla, sí que sospechan que puede ser Heidelbergensis o tal vez otro que conozcamos, pero no se atreven a ponerle un nombre. Y algo que es muy chulo, muy curioso, es que encuentran fragmentos de esta especie fantasma en lugares del genoma sapiens que creíamos que eran desiertos, desiertos neandertales. Me explico: si nosotros partimos de trabajos anteriores, vemos todo el genoma humano desplegado, el genoma sapiens desplegado, vemos que se concentran esos pequeños fragmentos neandertales que tenemos en determinados puntos del genoma y que hay otros donde por lo que sea no hay apenas rastro de esos neandertales. La explicación tradicional es que eran demasiado importantes esos genes como para toquetearlos a la ligera con lo que los neandertales traían, que cualquier introgresión ahí podía generar problemas incompatibles con la vida en los embriones y que por lo tanto limitó esa combinación posible. Pero claro, si ahora sí que encontramos restos de otras especies en esos aparentes desiertos, significa que tal vez no eran tan necesarios y simplemente había una incompatibilidad con los genes neandertales en ese caso. Además, lo encuentran esto en genes relacionados con expresión de cuestiones inmunitarias; vamos a dejarlo así un poco en el aire pero que es muy interesante porque sabemos que efectivamente son fragmentos que si tocamos a la ligera podemos tener problemas serios. Así que por ahí parece que encuentran algunos aspectos curiosos, pero lo llevan más allá. Ellos dicen: ¿qué pasaría si intentáramos buscar, tal vez, introgresión de otras especies desconocidas en el genoma de aquellos que ya tienen genes denisovanos? De esas poblaciones de Oceanía y de Asia que sabemos que tienen muestras de otra especie humana, que son esos…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica un fenómeno relacionado con la reproducción entre especies diferentes, utilizando ejemplos como caballos y burras (mulas) o tigres y leones (ligres/tigones), para ilustrar cómo el ADN neandertal ha llegado hasta los humanos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2adn neandertal en humanoshibridación caballo burra mulareproducción tigres leones ligresdescendencia sapiens y neandertalesintrogresión genética homininosdefinición de especie nominalismohomo sapiens y neandertal…Y por lo tanto las definiciones operacionales que se han dado de especie no han sido perfectas, nunca porque no pueden serlo. Y tenemos esa que es muy útil porque en realidad en términos generales es raro que dos especies distintas tengan descendencia fértil. ¿Qué suele ocurrir? Pues por ejemplo con el caballo y las burras que dan lugar a la mula o con el tigre y el león que da lugar al ligre o al tigón, y todos estos ejemplos suelen ser estériles. ¿Qué pasa? Que sabemos, como comentabas, porque ha salido en mil titulares que el ser humano tiene un porcentaje pequeño, un 1%, un 2%, 3% en algunas poblaciones de ADN neandertal. Eso significa que, vamos, a no ser que los neandertales hicieran ingeniería genética en algún momento, eso significa que ha habido sexo y que ese sexo ha dado lugar a descendientes de neandertales y sapiens que tenían la capacidad de reproducirse porque ha llegado hasta nosotros ese ADN. Así que, de facto, ya es evidente que la definición tiene problemas. ¿Qué pasa? Que hay algunos—esto es muy interesante—que plantean que tal vez debamos redefinir ese concepto de especie en el caso del Homo sapiens y considerar al Neandertal una subespecie del sapiens, algo así como *Homo sapiens neandertalensis*. Problema que esto es una opinión minoritaria, por lo general se tiende a hacer más laxa esa definición de especie para poder operar de esta forma, porque además, como decías. Sabemos que no ha sido el único caso de mezcla entre dos homininos que ha dejado restos en nuestro ADN. Por ejemplo, poblaciones de Oceanía y de Asia tienen un porcentaje muy pequeño, un 1% más o menos, de ADN denisovano, que es otra especie. ¿Qué pasa? ¿Son…
Ignacio Crespo explica la dificultad para confirmar la introgresión genética debido a la limitada cantidad de muestras de ADN bien conservadas de otras especies de homininos, como neandertales y denisobanos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #3denisovano clasificación especieparentesco denisovano neandertalesseparación denisovano neandertal 400000 añosdefinición especie excepciones denisovanointrogresión genética poblaciones sapiensadn neandertal denisovano en sapiensestabilidad adn durante cientos mil añosintrogresión genética homininosmuestras adn neandertal limitadasespecies homininos denisobanos muestras…el único caso de mezcla entre dos homininos que ha dejado restos en nuestro ADN. Por ejemplo, poblaciones de Oceanía y de Asia tienen un porcentaje muy pequeño, un 1% más o menos, de ADN denisovano, que es otra especie. ¿Qué pasa? ¿Son todas la misma especie? Bueno, es verdad que con el Denisovano hay mucha polémica sobre cómo clasificarlo, pero yo creo que lo más parsimonioso es aceptar que posiblemente esa definición nuestra tiene excepciones y que estaban todavía suficientemente emparentados. Pensemos que son especies que se separaron hace unos, más o menos unos, creo recordar que 400.000 años; sí, mira, 420.000 años para el caso neandertal y para el caso del Denisovano con los neandertales, que sería lo más normal compararlo, es también entre 380.000 y 473.000 años. No es mucho, pero no es tantísimo. ¿Qué pasa? Que siempre se ha hablado de estos dos casos; de estos casos donde hay esa introgresión de genes neandertales o genes denisovanos en el ADN de las poblaciones sapiens. Importante, introgresión no solamente que esté ese ADN, es que esté de forma estable, que evidentemente, si se ha quedado durante cientos de miles de años, es estable. Pero lo hemos visto como una excepción porque tenemos una Ventana muy limitada. Para encontrar estos fragmentos y confirmar que efectivamente ha habido introgresión de otras especies, tenemos que tener en principio el ADN de esas especies. Para decir, ah, mira, es que compartimos justo este gen, qué curioso; y tenemos muy pocos genes de estos homininos, bueno, muy pocas muestras de ADN. Tenemos cuatro de neandertal suficientemente bien conservadas, un par de denisobanos según como lo contemos y cuántos estemos dispuestos a aceptar, pero es una muestra muy, muy limitada; y no tenemos más. Esto es lo importante: no tenemos más muestras suficientemente bien conservadas de otras especies de homininos. Así que, ¿es una excepción que tengamos genes neandertales y denisobanos o esta cruce entre distintas especies de homininos ha sido más una norma y nos podríamos encontrar más casos de introgresión en nuestro ADN de especies que tal vez ni siquiera conocemos? Y este grupo de científicos que ha publicado el paper en Science, entre ellos está Yulin Zhang, no confundir con Zhang, el otro genetista conocido de CRISPR. Esta investigadora lo que ha planteado es: ¿y si sí pudiéramos confirmar si tenemos o no introgresión…
Ignacio Crespo explica cómo los genes provenientes de especies de homininos desconocidos y los genes sapiens pueden coincidir en árboles genealógicos, planteando preguntas sobre cuándo divergieron sus caminos.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #20genes homininos desconocidos sapiensárbol genealógico antepasado comúncoalescencia gen héctórdivergencia caminos sapiens hominino…coalescencia. Ese punto en el que tirando hacia atrás veo que coinciden exactamente. Y ellos plantean lo siguiente: si tenemos genes en nuestro genoma que provienen de otras especies de homininos, su historia genealógica estará muy separada de la nuestra. Esa coalescencia entre ese gen que tengo yo en una ubicación que proviene tal vez de un hominino desconocido y esa misma ubicación en, por ejemplo, en ti Héctor, que tal vez no tiene ese gen, que tiene un gen sapiens, ¿en qué momento coincidieron hacia atrás en ese árbol genealógico? ¿En qué momento empezaron a divergir su camino? Y supuestamente esas ramas tienen que ser muy largas, tan largas como que tiene que ser el último antepasado común de ese gen que no era ni sapiens ni de esa otra especie de hominino y por lo tanto se remonta decenas o cientos de miles de años. Es un poco la idea, ramas largas en ese árbol genealógico, es el primer paso. Y suman después otro, que es que precisamente sabiendo que actúa esa recombinación en el genoma, si consiguen encontrar, porque de nuevo comparan un montón de genomas sapiens actuales, si consiguen encontrar que esos fragmentos aparentemente antiguos son…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores buscan fragmentos de ADN sapiens que podrían provenir de especies anteriores a la división del Neandertal, estableciendo un límite superior de 420.000 años para las ramas largas del árbol genealógico.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #19 · Palabras #11adn sapiens antepasados neandertalfragmentos adn sapiens especies anterioreslímite superior 420000 años genealógico…pueden haber pasado desde la coalescencia hasta el presente y entonces pues están trabajando, teniendo en cuenta que una generación sean unos 28 años, normalmente es lo que calculan aquí, con unas 15.000 generaciones por ejemplo, unos 420.000 años, ¿por qué? Neandertales y humanos, o al menos sus antepasados. Y a partir de eso dicen: vale, busquemos fragmentos en el ADN sapiens que puedan venir de especies anteriores a la división del neandertal. Vamos a poner esa cota por encima de 420.000 años en esas ramas largas que podamos hacer del árbol. genealógico. Y ahí es donde encuentran efectivamente ciertos fragmentos, un porcentaje no desdeñable, que puede venir de una especie desconocida, de una especie que ellos llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a…
Ignacio Crespo reflexiona sobre el hallazgo de restos de especies desconocidas en regiones del genoma sapiens previamente consideradas carentes de material genético neandertal.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1introgresión genética homininos sapiensespecie fantasma fragmentos adngenes importantes incompatibles con la vidagenes neandertales incompatibilidad especiesrestos de especies genoma sapiensexpresión inmunitarias fragmentos problemáticoshallazgo restos regiones carentes neandertal…llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a nombrarla, sí que sospechan que puede ser Heidelbergensis o tal vez otro que conozcamos, pero no se atreven a ponerle un nombre. Y algo que es muy chulo, muy curioso, es que encuentran fragmentos de esta especie fantasma en lugares del genoma sapiens que creíamos que eran desiertos, desiertos neandertales. Me explico: si nosotros partimos de trabajos anteriores, vemos todo el genoma humano desplegado, el genoma sapiens desplegado, vemos que se concentran esos pequeños fragmentos neandertales que tenemos en determinados puntos del genoma y que hay otros donde por lo que sea no hay apenas rastro de esos neandertales. La explicación tradicional es que eran demasiado importantes esos genes como para toquetearlos a la ligera con lo que los neandertales traían, que cualquier introgresión ahí podía generar problemas incompatibles con la vida en los embriones y que por lo tanto limitó esa combinación posible. Pero claro, si ahora sí que encontramos restos de otras especies en esos aparentes desiertos, significa que tal vez no eran tan necesarios y simplemente había una incompatibilidad con los genes neandertales en ese caso. Además, lo encuentran esto en genes relacionados con expresión de cuestiones inmunitarias; vamos a dejarlo así un poco en el aire pero que es muy interesante porque sabemos que efectivamente son fragmentos que si tocamos a la ligera podemos tener problemas serios. Así que por ahí parece que encuentran algunos aspectos curiosos, pero lo llevan más allá. Ellos dicen: ¿qué pasaría si intentáramos buscar, tal vez, introgresión de otras especies desconocidas en el genoma de aquellos que ya tienen genes denisovanos? De esas poblaciones de Oceanía y de Asia que sabemos que tienen muestras de otra especie humana, que son esos…
Ignacio Crespo, junto con Francis Villatoro, discute el debate sobre si los neandertales son una especie distinta o una subespecie del Homo sapiens, basándose en la palogenómica y el premio Nobel recibido por Pavo.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #4 · Palabras #15palogenómica y premio nobel pavoneandertales especie distinta homo sapiensencuentros sexuales neandertal descendencia…que tenemos y creo que sí que partimos de un sesgo exclusivista. Sí, en muchos libros ya hace años se hablaba de, en lugar de Homo neandertalensis, se hablaba de Homo sapiens neandertalensis, ¿no? Y se planteaba como una subespecie más que como una especie. La palogenómica ha sido clave, y eso recibió Pavo el premio Nobel por ello, en decidir que realmente es una especie distinta ¿no? Pero ahí los límites yo creo que un neandertal es una cuestión abierta, efectivamente, porque hay mucha información genética que nos apunta que es razonable hablar de una especie distinta y no sabemos cómo de fructíferos serán los encuentros sexuales en cuanto a la capacidad de reproducirse de la descendencia, pero bueno, está ahí. Hay una cosa que no añadí antes, que me pareció muy interesante, y es que esos fragmentos que encontraron del genoma de los sapiens, donde había restos de este linaje arcaico, bueno, el linaje fantasma, algunos de ellos se encontraban en zonas relacionadas…