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María RibesSara RobiscoJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor Socasproteínas metamórficas conformación establecomplejos proteicos piezas puzzleconformaciones distintas ligadura proteínasFrancis VillatoroAlphafoldNatureAlpha FoldAlpha Cluster
Francis Villatoro estructura proteica
Ep500: Petaneutrino; Escribas; Primeras Ciudades; Trilobites; Einstein Ring; Ganimedismo
21 de febrero de 20252 momentos
Con
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Francis Villatoro explica cómo la predicción de la forma de las proteínas es crucial para construir complejos proteicos, comparando el proceso con armar piezas de un puzzle.
…se lo Alphafol 3, uno de los artículos que publicó en Nature, que lo mencionamos cuando hablamos de Alphafol 3, era un artículo para la predicción de la conformación de la estructura tridimensional de proteínas que forman complejos. Se llamaba Alpha Cluster. Y entonces, cuando tú construyes el complejo, pues tú tienes que predecir la forma de cada una de las proteínas y después pegarlas, digamos, construir, pegarlas como si fueran piezas de un puzzle y construir la forma del complejo. Hay una serie de proteínas que se llaman metamórficas que tienen más de una conformación estable y se conocen algunos complejos en los que estas proteínas, varias unidades de una misma proteína se ligan en el complejo con conformaciones ligeramente distintas. esos géneros a ciertas dudas en su momento cuando se publicó el artículo porque, bueno, no estaba claro que para este tipo de proteínas funcionara y ahora se ha publicado esta semana un Matters Arising, aquí no han contestado los autores, no sé si es porque…
Significado #1
Francis Villatoro explica cómo la predicción de la forma de las proteínas es crucial para construir complejos proteicos, comparando el proceso con armar piezas de un puzzle.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1proteínas metamórficas conformación establecomplejos proteicos piezas puzzleconformaciones distintas ligadura proteínas…se lo Alphafol 3, uno de los artículos que publicó en Nature, que lo mencionamos cuando hablamos de Alphafol 3, era un artículo para la predicción de la conformación de la estructura tridimensional de proteínas que forman complejos. Se llamaba Alpha Cluster. Y entonces, cuando tú construyes el complejo, pues tú tienes que predecir la forma de cada una de las proteínas y después pegarlas, digamos, construir, pegarlas como si fueran piezas de un puzzle y construir la forma del complejo. Hay una serie de proteínas que se llaman metamórficas que tienen más de una conformación estable y se conocen algunos complejos en los que estas proteínas, varias unidades de una misma proteína se ligan en el complejo con conformaciones ligeramente distintas. esos géneros a ciertas dudas en su momento cuando se publicó el artículo porque, bueno, no estaba claro que para este tipo de proteínas funcionara y ahora se ha publicado esta semana un Matters Arising, aquí no han contestado los autores, no sé si es porque…
Francis Villatoro explica cómo existen métodos que utilizan perturbaciones aleatorias para reconstruir configuraciones alternativas de proteínas metamórficas, obteniendo resultados superiores a los de Alpha Cluster.
Habla: Francis VillatoroSignificado #14proteínas metamórficas perturbaciones aleatoriasalpha fol predicción estructura proteínasmétodo de juguete configuraciones alternativasresultados superiores a alpha cluster…no lo sé, no sé por qué razón no han contestado los autores, que deberían haber contestado y es un material que pone un ejemplo de una proteína en concreto, de una proteína metamórfica, en la que la predicción de alfa clúster del complejo es mucho peor Que la predicción de un algoritmo que lo que hace es tomar la estructura que predice alfa fol y modificarla con perturbaciones aleatorias. Hay métodos que con perturbaciones aleatorias reconstruyen las posibles configuraciones alternativas de las proteínas metamórficas y entonces con un método, digamos, muy de juguete, muy sencillo, se obtiene un resultado mucho mejor que el resultado de Alpha Cluster Lo que. Nos vuelve a recordar que los avances en AlfaFold, etcétera, son muy importantes; han recibido el premio Nobel, pero no destruyen el campo. El campo todavía sigue vivo y hay muchas cosas que todavía no entendemos bien y hay que seguir investigando. Que la…