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Borja TosarIgnacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetlibro parálogos universales juan carlos gilfigura 2 panel a página 5esquema historia evolutiva parálogos universalesbacterias azules arqueas naranja eucariotaslinajes actuales desde el pasado abajoárbol filogenético bacterias arqueas eucariotasduplicación ideal genes bacterias arqueaspanel a esquema simplificado historia evolutivapreluca conservación copias genesParálogos UniversalesATP sin tasaJuan Carlos Gilfigura 2panel CLucafigura 1Cell Genomicspanel A
Figura 2 panel A página 5
Con
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Juan Carlos Gil se refiere al libro de Parálogos Universales y anuncia que va a mostrar una figura específica (figura 2 del panel A, página 5) relacionada con la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa.
…varias cosas, Regulinchi, su gen se duplica, tenemos dos copias de las proteínas que van evolucionando, de nuevo si me permitís la analogía, se van especializando, se van repartiendo el trabajo y así acabamos monos parlantes y pensantes, ¿no? Es la leche. El libro de Parálogos Universales, ¿no? Es el caso, y vamos a saltar a la figura 2 del panel A, está en la página 5, de la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa, que es así, del libro. En esta figura 2, que ya estaré un ratito hablando de ella, los que la veáis ahora o en el Futuro, tres pinceladas. En cada panel A, B y C el cuadrito de arriba es un esquema ultra simplificado de la historia. Está desde el pasado abajo hacia los linajes actuales arriba. Si la muestras exacto, muchas gracias. Los colores son azules bacterias, naranja arqueas y morado eucariotas; es la página 5. Ahí está ese figurón. Tres paneles A, B y C, el árbol vertical que os decía, súper simplificado, y abajo todo el árbol filogenético completo que sustenta el esquema de arriba; basta con mirar arriba, decía: azul, bacterias; naranja, arqueas; morado, eucariotas. Bueno, pues el caso: el panel A vemos que es un caso limpio de duplicación ideal, preluca, se conservan las copias de los dos genes, tanto en bacterias como en arqueas y por eso arriba hay cuatro pegotones, están pintados en forma de triángulos, cuatro dos a dos en arqueas y bacterias y dos colores correspondientes. Es el patrón que estamos hablando del principio, pero claro, no siempre se conserva el patrón perfecto. En el caso B, que es una familia de metiltransferasas de la RN, también sugiere una duplicación anterior a la copia, pero una de las copias se perdió. Arriba solo hay tres pirámides, tres grupos de genes. Esta pérdida ocurrió muy pronto; se ve abajo en el…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil resume la información presentada en la figura 1 del artículo sobre parálogos universales, destacando su representación idealizada y aplicada con un ejemplo de factores de iniciación y elongación de la traducción.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #18 · Palabras #18parálogos universales figura 1genes y proteínas traducciónfactores iniciación elongación traducciónramas bacterianas arqueanas lucadiagrama parálogos emparentados luca…qué hemos conseguido con ellos y sobre todo al final extrapolan que nos puede deparar el futuro con todas las herramientas filogenéticas y las capacidades de análisis nuevas que tenemos en torno a estas fantásticas herramientas de los parálogos universales. Para empezar, todo lo que os he contado se ve fenomenal en la figura 1 del artículo, de forma idealizada en el panel A de la izquierda y de forma aplicada en el panel B, donde se ilustra el caso real de unos genes y proteínas que son los factores de iniciación y elongación de la traducción. Bueno, quien tenga acceso al dibujo ahora o más tarde se ven las ramas bacterianas y arqueanas correspondientes a los distintos parálogos y como al retroceder vemos que nos llevan hacia Luca, pero como ambos parálogos están emparentados entre sí, resulta que ambas ramas terminan conectándose todavía más atrás, todavía antes a Luca. Ese es el diagrama para los que estéis viendo el YouTube. Es muy sencillo, prácticamente se entiende casi con lo que he dicho. Vale, pues si el 70% de nuestros genes son codificantes, son parálogos, pues debemos tener mogollón de parálogos universales para hacer estudios de todo tipo. Bueno, pues…
Juan Carlos Gil se refiere al libro de Parálogos Universales y anuncia que va a mostrar una figura específica (figura 2 del panel A, página 5) relacionada con la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1libro parálogos universales juan carlos gilfigura 2 panel a página 5esquema historia evolutiva parálogos universalesbacterias azules arqueas naranja eucariotaslinajes actuales desde el pasado abajoárbol filogenético bacterias arqueas eucariotasduplicación ideal genes bacterias arqueaspanel a esquema simplificado historia evolutivapreluca conservación copias genes…varias cosas, Regulinchi, su gen se duplica, tenemos dos copias de las proteínas que van evolucionando, de nuevo si me permitís la analogía, se van especializando, se van repartiendo el trabajo y así acabamos monos parlantes y pensantes, ¿no? Es la leche. El libro de Parálogos Universales, ¿no? Es el caso, y vamos a saltar a la figura 2 del panel A, está en la página 5, de la subunidad catalítica y no catalítica de la ATP sin tasa, que es así, del libro. En esta figura 2, que ya estaré un ratito hablando de ella, los que la veáis ahora o en el Futuro, tres pinceladas. En cada panel A, B y C el cuadrito de arriba es un esquema ultra simplificado de la historia. Está desde el pasado abajo hacia los linajes actuales arriba. Si la muestras exacto, muchas gracias. Los colores son azules bacterias, naranja arqueas y morado eucariotas; es la página 5. Ahí está ese figurón. Tres paneles A, B y C, el árbol vertical que os decía, súper simplificado, y abajo todo el árbol filogenético completo que sustenta el esquema de arriba; basta con mirar arriba, decía: azul, bacterias; naranja, arqueas; morado, eucariotas. Bueno, pues el caso: el panel A vemos que es un caso limpio de duplicación ideal, preluca, se conservan las copias de los dos genes, tanto en bacterias como en arqueas y por eso arriba hay cuatro pegotones, están pintados en forma de triángulos, cuatro dos a dos en arqueas y bacterias y dos colores correspondientes. Es el patrón que estamos hablando del principio, pero claro, no siempre se conserva el patrón perfecto. En el caso B, que es una familia de metiltransferasas de la RN, también sugiere una duplicación anterior a la copia, pero una de las copias se perdió. Arriba solo hay tres pirámides, tres grupos de genes. Esta pérdida ocurrió muy pronto; se ve abajo en el…
Juan Carlos Gil continúa explicando un aspecto relacionado con la figura 2 y la transferencia horizontal en el contexto de genes relacionados con la traducción.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #4 · Palabras #4transferencia horizontal genes traducciónfigura 2 panel cfamilias relacionadas con la traducción…Francis, porque el metabolismo de la mayor parte de los animales es casi idéntico, porque tenemos un mogollón de genes ortólogos, claro; este es un caso extremo que nos permite tener varias vías para retroceder hacia atrás y identificar estas convergencias. Decía en la figura 2 que el panel C ya es el más curioso porque recupera otro de nuestros problemas, el de la transferencia horizontal. En el cuadrito de las dos familias están relacionadas con la traducción, pero si se ve la figura no hace falta que la vuelvas a sacar. Hay una rama, hay una línea, una rama naranja inclinada que corresponde a una versión muy rara de la serila RNT, ARN de transferencia sintetasa, la ser RS, que encontramos en algunas arqueas y si se ve en el detalle de abajo es muy extraño porque esta rama…