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Ignacio CrespoJuan Carlos GilFrancis VillatoroJosé EdelsteinHéctor SocasSilvana TapiaIsabel CorderoLuisa AchaerandioGastón Giribetsoftware para bioquímicos jóvenesevaluación de software doctoralresultados agregados por softwareutilidad doctoral y 14 softwareFrancis VillatoroDeepMindAlpha GenomeAlfaFol 2
Evaluación de software doctoral
Con
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Francis Villatoro explica cómo una herramienta de software está simplificando el trabajo de los bioquímicos jóvenes al eliminar la necesidad de evaluar múltiples programas para obtener resultados.
…pues puede ahí dejar sus comentarios, preguntarle al equipo de desarrollo por dudas, etc. y te lees un poco, es larguísimo, yo me he leído unos poquitos, te lo lees y ves que la gente tiene mucha ilusión y muchas ganas de utilizar este tipo de herramientas Y le está ahorrando muchas cosas porque, ¿que un bioquímico joven en su utilidad doctoral tenga que estudiarse 14 software para poder evaluar cuál es el mejor para él? Y resulta que al final se decide por cinco de ellos y obtiene resultados que después tiene que agregar con su propia inteligencia. Y ahora se encuentra con un único software que le sirve por los 14 y que le da la información ya agregada, pues eso es una maravilla porque te ahorra muchísimo trabajo, ¿no? Entonces, el impacto que va a tener esto no sabemos cuál va a ser; yo no soy capaz de poner la mano en el fuego y decir: Alfa Genome versión 3 va a ser tan revolucionado como Alfa Fold, pero lo mismo sí, o lo mismo no. Pero en cualquier caso es un trabajo muy…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro comenta sobre la portada de un trabajo relacionado con Alpha Genome, destacando su alusión al tema a tratar y recordando el premio Nobel otorgado a AlfaFol 2, así como la evolución del software AlphaFold de DeepMind.
Habla: Francis VillatoroPalabras #3premio nobel a alfafol 2impacto de alpha genome…a Alpha Genome ahí dando caña, ¿no? Esto parece algo muy, no sé, que puede ser muy revolucionario para la medicina, ¿no? Eso esperamos, a ver cómo lo cuento. Por cierto, esto simplemente me encanta la portada; ya está, simplemente tenía que decirlo. Bueno. La portada realmente es alusiva al tema que viene después. Sí, pero me encanta, pero me encanta. Voy a intentar ser breve; hay que recordar el premio Nobel a AlfaFol 2, no fue a AlfaFol y hoy ya tenemos AlfaFol 3. Cuando salió AlphaFall, que es el software de DeepMind para estimar la conformación tridimensional, el pegamento de proteínas y que hoy en día ya usa todo el mundo, es algo absolutamente increíble lo rapidísimo que se ha introducido en el mundo. AlphaFall realmente no era tan prometedor; es una cosa que parecía que había dado un salto grande, pero uno no sabía realmente cómo evaluar realmente el impacto que iba a tener. Podía tener un gran impacto, menos impacto, había dificultades en cómo usarlo por mucho bioquímico, por mucho biólogos y eso algo parecido con lo que nos ocurre con Alpha Genome. Alpha Genome es un software que ahora mismo lo que realmente ofrece en este trabajo, que obviamente, como todos los trabajos importantes de DeepMind, se está publicando en la revista Nature. El penúltimo coautor es Dennis Sadavis, ¿cómo era que yo? Tengo que…
Francis Villatoro lamenta que el artículo reciente no haya traído consigo un descubrimiento significativo, a diferencia de otros casos donde se ha utilizado software para resolver problemas complejos como el plegado de proteínas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #17software para el planteamiento de proteínasplegado de proteínas más difícilartículo sin descubrimiento significativo…validar: es en un trozo muy concreto de ADN se comprueba lo que dan todas las herramientas actualmente disponibles y se comprueba que Alpha Genome da prácticamente el mismo resultado, con lo que podemos confiar en el resultado y aporta muy poquito más nuevo. Esa es la pena; es decir, este artículo no nos viene acompañado de un descubrimiento. No es como: tengo un software para el planteamiento de proteínas, voy a plegar la proteína más difícil de plegar. Aquí tenéis una estructura; esto es súper difícil, pero bueno, aquí todo tenéis. A ver si es bueno o es malo; aquí lo que Se ha querido es validar la metodología y lo que para mí me parece interesante, más interesante de este artículo es lo que promete. Lo que promete es que DigMind se lo está tomando en serio y va a seguir trabajando en esto. Y cuando tengamos una ventana que…
Francis Villatoro explica cómo una herramienta de software está simplificando el trabajo de los bioquímicos jóvenes al eliminar la necesidad de evaluar múltiples programas para obtener resultados.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1software para bioquímicos jóvenesevaluación de software doctoralresultados agregados por softwareutilidad doctoral y 14 software…pues puede ahí dejar sus comentarios, preguntarle al equipo de desarrollo por dudas, etc. y te lees un poco, es larguísimo, yo me he leído unos poquitos, te lo lees y ves que la gente tiene mucha ilusión y muchas ganas de utilizar este tipo de herramientas Y le está ahorrando muchas cosas porque, ¿que un bioquímico joven en su utilidad doctoral tenga que estudiarse 14 software para poder evaluar cuál es el mejor para él? Y resulta que al final se decide por cinco de ellos y obtiene resultados que después tiene que agregar con su propia inteligencia. Y ahora se encuentra con un único software que le sirve por los 14 y que le da la información ya agregada, pues eso es una maravilla porque te ahorra muchísimo trabajo, ¿no? Entonces, el impacto que va a tener esto no sabemos cuál va a ser; yo no soy capaz de poner la mano en el fuego y decir: Alfa Genome versión 3 va a ser tan revolucionado como Alfa Fold, pero lo mismo sí, o lo mismo no. Pero en cualquier caso es un trabajo muy…
Francis Villatoro plantea la cuestión del impacto medioambiental de los estudios sobre plegamiento de proteínas y análisis genómico, señalando el alto consumo energético de estos softwares.
Habla: Isabel CorderoSignificado #7software plegamiento proteínas consumo energéticoimpacto medioambiental análisis genómicoconsumo de máquina software científicodeclaración sostenibilidad estudios científicos…viendo qué cosas tiene desreguladas. Eso es lo que cuando habla de microbiota, Silvana habla de disbiosis, ese patofenotipo específico de ese paciente, tratar de entenderlo; ahora mismo no lo entendemos y lo mismo lo que es patofenomónico. Una pregunta. ¿qué impacto en sostenibilidad tienen estos estudios? Porque esto quemará mucho, ¿no? ¿De máquina te refiere? Sí, esto crea mucha máquina, o sea, ese tipo de software están consumiendo una barbaridad, yo no lo pone, eso no se pone en un artículo, eso no se declara públicamente, pero están consumiendo una barbaridad, ¿vale? O sea, no digo que no se tenga que hacer, digo que estaría bien también tenerlo en cuenta para utilizar las herramientas que necesitamos en cada momento, ¿no? Sí, O sea, uno de los negocios de Google es vender TPUs, vender horas de cómputo con este tipo de procesadores tensoriales que se usan en inteligencia artificial y obviamente para sostener eso pues va a tener que poner una pequeña central nuclear de fisión al…