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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosarerror potencial profundo dft-fetenestructuras complejas umbral energéticoentrenamiento potencial profundo red profundaaprendizaje activo estructuras mejorescálculo energía libre estructuras supervivientesdft refinamiento geometrías exactasdinámica molecular potencial porcentajesimulaciones energía libre estructurasmapa energía-densidad estructuras hielolínea cian envolvente convexaumbral filtrado línea punteada naranjafases del hielo conocidas métodoDFT-FETENJuan Carlos GilDFThielo 0hielo Q mayúsculahielo I latina minúsculaFrancis Fetenfigura 3
Estructuras complejas umbral energético
Con
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Juan Carlos Gil explica cómo se mejora el potencial profundo en el proceso iterativo para generar estructuras de hielo, utilizando estructuras complejas que exceden un umbral de error energético.
…que tenemos en estos momentos están describiendo bien las estructuras rarunas que van saliendo con el proceso. Se eligen unas cuantas de ellas, hay una técnica para elegirlas y se calcula su DFT, su estructura y su potencial, bien con un DFT bien hecho. Si el error del potencial profundo respecto del DFT-FETEN supera los 3 milielectronvoltios por molécula, entonces se cogen esas estructuras complicadas y se alimentan a la última fase del ciclo, el entrenamiento del potencial profundo que os mencionaba antes. Se calcula un DFT superbueno y se alimenta con estas estructuras a la red profunda para mejorar el potencial profundo, valga la redundancia de tanto profundo; era lo que antes llamábamos aprendizaje activo. Tenemos entonces estructuras mejores, potencial refinado y seguimos con el ciclo hasta que, después de dar las vueltas que sean necesarias, Convergen los dos puntos de decisión que hay en el diagrama y cuando es así nos salimos en el bloque final, abajo a la derecha de la figura, que pone cálculo de la energía libre con las estructuras supervivientes a todas estas perrerías, pues se relajan por última vez con un DFT ahora muy, muy, muy fino para obtener las geometrías exactas, perfectas y se calcula su energía libre mediante nuevas simulaciones por dinámica molecular con potencial porcentaje. No sé si habéis, bueno, montón de palabras; a mí es una belleza que me sublime ya lo que hacen aquí, cosa que yo desconocía; yo me salí de esto hace ya algunas décadas y he flipado. Resultados exploran 131.481 estructuras, más de 130.000. La figura 3 es el mapa de energía-densidad, energía-densidad que os comentaba antes y han puesto todos los puntitos de todas las estructuras; cada puntito azul clarito es una estructura. La línea Cian por debajo es la envolvente convexa de la que os hablaba y 18.000 eV por arriba, la línea punteada naranja, es el umbral de filtrado. Entre ambas líneas están las estructuras que diría Francis Feten, que incluyen, ojo, todas las fases del hielo conocidas a este rango de presiones y temperaturas que el método, sorprendentemente para mí, ha redescubierto sin ningún problema. Incluidas destacan los autores, los desafiantes hielos 4 y 5, que son puñeteros, y el esquivo hielo 17, que es metastable. Todas las estructuras del hielo las recaza el método este. También encuentran varias estructuras que han sido predichas por simulaciones…
Significado #1 · Palabras #1
Juan Carlos Gil describe el proceso de refinamiento de estructuras de hielo generadas por un algoritmo evolutivo, donde las estructuras iniciales se someten a una dinámica molecular para optimizar sus enlaces y configuraciones.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #12dinámica molecular y enlaces hidrógenoannealing para configuraciones establesoptimización geométrica mínima energíamapa energíadensidad figura 3envolvente convexa estructuras hielodiferencia energía corte 18 mevestructuras prometedoras poda filtrado…En la primera iteración esto se calcula con un DFT completo, pero en iteraciones sucesivas ya se va utilizando el potencial neuronal profundo, lo cuento luego, pues que es muchísimo, muchísimo más rápido. El segundo paso a la derecha de este en la figura. Se llama evolución de estructuras. Estas estructuras crudas que ha generado la etapa anterior pasan por una dinámica molecular con este potencial profundo, de tal forma que las estructuras se relajan, los enlaces de hidrógeno se reorganizan, se escapan de posiciones forzadas que han podido llegar, incluso se someten a un recocido, a annealing, para favorecer que encuentren configuraciones lo más estables posibles. Y al final de esta etapa se hace una pequeña optimización geométrica para garantizar que cada estructura llega a eso, a un mínimo de energía al menos local. La tercera etapa, más allá de la derecha, se llama. Filtración o filtrado de estructuras, que es donde empieza la poda. Aquí nos llegan un montón de estructuras, nos queremos quedar con las prometedoras. Lo que se hace es que se coloca cada una de estas estructuras que llegan en un mapa de energía-densidad, como el de la figura 3, que también quiero comentar luego rápidamente, y se calcula con todas las estructuras la envolvente convexa, la zona donde las estructuras son más estables y solo se conservan; las otras se desechan, las que están en esa frontera o ligeramente por encima. Utilizan una diferencia de energía de corte de 18 mili -electrónvoltios por molécula de agua. Aquí hablamos de milielectrónvoltios, Héctor; no pongas esa cara, no de giga ni teraelectrónvoltios como habláis. A ver, de física de altas energías. Vale, luego también miran estructuras posiblemente duplicadas y desechan una de ellas, mediante lo que llaman…
Juan Carlos Gil explica un proceso iterativo para generar estructuras de hielo, describiendo un punto de decisión clave: si se siguen encontrando nuevas estructuras o estructuras energéticamente relevantes, el ciclo continúa.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #5 · Palabras #3estructuras energéticamente relevantesciclo iterativo y nuevas estructuraspunto de decisión exploración convergida…cubo del hash, pues los desechan. Y tras esa criba solo sobreviven las estructuras candidatas realmente interesantes, que en la figura aparecen como un cilindro; representa una base de datos que está etiquetado: estructuras candidatas, Candidate Structures. Más abajo hay un primer punto de decisión donde se pregunta: ¿Esta exploración ha convergido ya? De tal forma que si siguen apareciendo a lo largo de los ciclos nuevas estructuras o estructuras energéticamente relevantes, pues la respuesta a esta pregunta es no y el ciclo sigue. Pero si en algún momento el método encuentra que ya ha convergido, pues se saldría por la esquina inferior derecha del diagrama que os cuento luego. Si no, sigue en el sentido horario hacia el siguiente punto de decisión. ¿Ha convergido la red neuronal? Donde aquí lo que hacen es comprobar si el potencial profundo que tenemos en estos momentos están describiendo bien las estructuras rarunas que van saliendo con el proceso. Se eligen unas cuantas de ellas, hay una técnica para…
Juan Carlos Gil explica cómo se mejora el potencial profundo en el proceso iterativo para generar estructuras de hielo, utilizando estructuras complejas que exceden un umbral de error energético.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #1error potencial profundo dft-fetenestructuras complejas umbral energéticoentrenamiento potencial profundo red profundaaprendizaje activo estructuras mejorescálculo energía libre estructuras supervivientesdft refinamiento geometrías exactasdinámica molecular potencial porcentajesimulaciones energía libre estructurasmapa energía-densidad estructuras hielolínea cian envolvente convexaumbral filtrado línea punteada naranjafases del hielo conocidas método…que tenemos en estos momentos están describiendo bien las estructuras rarunas que van saliendo con el proceso. Se eligen unas cuantas de ellas, hay una técnica para elegirlas y se calcula su DFT, su estructura y su potencial, bien con un DFT bien hecho. Si el error del potencial profundo respecto del DFT-FETEN supera los 3 milielectronvoltios por molécula, entonces se cogen esas estructuras complicadas y se alimentan a la última fase del ciclo, el entrenamiento del potencial profundo que os mencionaba antes. Se calcula un DFT superbueno y se alimenta con estas estructuras a la red profunda para mejorar el potencial profundo, valga la redundancia de tanto profundo; era lo que antes llamábamos aprendizaje activo. Tenemos entonces estructuras mejores, potencial refinado y seguimos con el ciclo hasta que, después de dar las vueltas que sean necesarias, Convergen los dos puntos de decisión que hay en el diagrama y cuando es así nos salimos en el bloque final, abajo a la derecha de la figura, que pone cálculo de la energía libre con las estructuras supervivientes a todas estas perrerías, pues se relajan por última vez con un DFT ahora muy, muy, muy fino para obtener las geometrías exactas, perfectas y se calcula su energía libre mediante nuevas simulaciones por dinámica molecular con potencial porcentaje. No sé si habéis, bueno, montón de palabras; a mí es una belleza que me sublime ya lo que hacen aquí, cosa que yo desconocía; yo me salí de esto hace ya algunas décadas y he flipado. Resultados exploran 131.481 estructuras, más de 130.000. La figura 3 es el mapa de energía-densidad, energía-densidad que os comentaba antes y han puesto todos los puntitos de todas las estructuras; cada puntito azul clarito es una estructura. La línea Cian por debajo es la envolvente convexa de la que os hablaba y 18.000 eV por arriba, la línea punteada naranja, es el umbral de filtrado. Entre ambas líneas están las estructuras que diría Francis Feten, que incluyen, ojo, todas las fases del hielo conocidas a este rango de presiones y temperaturas que el método, sorprendentemente para mí, ha redescubierto sin ningún problema. Incluidas destacan los autores, los desafiantes hielos 4 y 5, que son puñeteros, y el esquivo hielo 17, que es metastable. Todas las estructuras del hielo las recaza el método este. También encuentran varias estructuras que han sido predichas por simulaciones…
Juan Carlos Gil comenta sobre la validación del método utilizado para generar estructuras de hielo. El éxito se demuestra al redescubrir fases conocidas y encontrar nuevas estructuras con alta probabilidad de ser sintetizables.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #5redescubrimiento de hielos naturalesnuevas estructuras de hielo y síntesismétodo para generar estructuras de hielo34 hielos nuevos dentro del umbral energético…varias estructuras que han sido predichas por simulaciones de otros autores como los hielos i latina minúscula, hielo 0, hielo Q mayúscula y hielo c minúscula. Alucinas con los nombres, que no se han identificado todavía experimentalmente. Pero bueno, tanto redescubriendo los hielos naturales como los todavía no descubiertos en la naturaleza, pues les da una enorme confianza que su método está funcionando fenomenal. Vale, pues además de todos los reportados previamente, encuentran 34 hielos nuevos dentro de este umbral de energías posibles que, dicen ellos, tienen una alta probabilidad de que puedan sintetizarse o existan En algún sitio del universo, alguno de ellos aventuran, podría ser el famoso, famoso para los que estamos un poco ahí, el hielo amarillo, una fase que se determinó experimentalmente en 2019, pero que aún no se ha caracterizado. Se llama hielo amarillo, me…