Búsqueda · 22 momentos en 12 episodios
Luisa AchaerandioIsabel CorderoJuan Carlos GilIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor SocasGastón Giribetproteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y funciónplegamiento de proteínas problema décadasalphafold derivado de alphagoestructuras de 200 millones de proteínasalphafold jugó plegar proteínasalphafold y plegamiento de proteínasproteínas y bioquímica de la vidafunción de las proteínas tridimensionalesJuan Carlos GilLuisa AchaerandioAlphaGoAlphaFoldLisedolColley
Estructura tridimensional secuencia Aminoácidos
Ep551: Ryugu; Gravitondas; DeepMind y Debate IA; Criogenización; Consciencia
26 de marzo de 20263 momentos
Con
0:000:301:001:302:002:303:003:20
Juan Carlos Gil explica cómo la función de una proteína depende del plegamiento tridimensional de su cadena de aminoácidos, y cómo este plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos.
…transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un doctorado entero durante cuatro años, ¿vale? Entonces llegó AlphaFold, un derivado de alguna forma de AlphaGo, o por lo menos AlphaGo eran los cimientos, que no se entrenó para jugar al juego del Go, sino se entrenó para jugar al juego de Pleger Proteínas Y vamos, lo ganó, como con Lisedol predijo las estructuras de las 200 millones de proteínas que eran básicamente todas las que se conocían Así que no fue un avance incremental, pasaron de tardar cuatro años un equipo a hacerse todas de golpe O sea, claramente pues transformó un problema tremendamente difícil en algo prácticamente rutinario Y eso no... Un problema que tiene mucha utilidad práctica, o sea, no estamos hablando de un problema académico Eso decía, que es que la función de todas las proteínas, que a la postre es una fracción brutal de la bioquímica de la vida depende de esta forma concreta tridimensional. Claro que tiene un impacto tremendo. Y no es que Alfafol consiguiese eso sabiendo mucha química, ¿vale? Estoy convencido que Héctor y Gastón, lo digo bromeando porque siempre decís lo de la química, saben más química seguramente que Alfafol, pero el bicho... Ya te digo yo que yo no Pero el bicho…
Significado #1 · Palabras #5
Juan Carlos Gil explica cómo la función de una proteína depende del plegamiento tridimensional de su cadena de aminoácidos, y cómo este plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos.
Habla: Juan Carlos GilSignificado #1 · Palabras #5proteína plegamiento tridimensionalinteracciones entre aminoácidossecuencia de aminoácidos y funciónplegamiento de proteínas problema décadasalphafold derivado de alphagoestructuras de 200 millones de proteínasalphafold jugó plegar proteínasalphafold y plegamiento de proteínasproteínas y bioquímica de la vidafunción de las proteínas tridimensionales…transportan moléculas, en fin, hacen de todo. Y sin embargo, químicamente una proteína es una cosita muy sencilla, no es más una cadena de pequeños componentes. Antes hablamos de las bases nitrogenadas, aquellos son los componentes de los ácidos nucleicos. Pero aquí son aminoácidos y nada, hay apenas en la vida unos 20 distintos. Pero lo interesante es que la función para lo que sirve, acaba sirviendo al cuerpo, a la vida; una proteína no viene dada directamente por esta secuencia de aminoácidos sino cómo esta cadena se pliega en el espacio tridimensional y ese plegamiento a su vez depende de las interacciones entre los aminoácidos. Este de aquí se junta con el otro porque tienen afinidad y sí conocemos razonablemente bien estas interacciones individuales, pero de nuevo el problema, el número de formas posibles en el que una cadena razonablemente larga de aminoácidos se puede plegar en tres dimensiones pues es astronómico. ese es el problema del plegamiento de las proteínas que fue durante décadas abierto, pues explicar, dar con la estructura tridimensional de una sola proteína podía ser el trabajo de un doctorando, de un doctorado entero durante cuatro años, ¿vale? Entonces llegó AlphaFold, un derivado de alguna forma de AlphaGo, o por lo menos AlphaGo eran los cimientos, que no se entrenó para jugar al juego del Go, sino se entrenó para jugar al juego de Pleger Proteínas Y vamos, lo ganó, como con Lisedol predijo las estructuras de las 200 millones de proteínas que eran básicamente todas las que se conocían Así que no fue un avance incremental, pasaron de tardar cuatro años un equipo a hacerse todas de golpe O sea, claramente pues transformó un problema tremendamente difícil en algo prácticamente rutinario Y eso no... Un problema que tiene mucha utilidad práctica, o sea, no estamos hablando de un problema académico Eso decía, que es que la función de todas las proteínas, que a la postre es una fracción brutal de la bioquímica de la vida depende de esta forma concreta tridimensional. Claro que tiene un impacto tremendo. Y no es que Alfafol consiguiese eso sabiendo mucha química, ¿vale? Estoy convencido que Héctor y Gastón, lo digo bromeando porque siempre decís lo de la química, saben más química seguramente que Alfafol, pero el bicho... Ya te digo yo que yo no Pero el bicho…
Juan Carlos Gil compara la resolución de problemas científicos como el plegamiento de proteínas con otros, como el juego Go, destacando que AlphaFold se beneficia de tener información completa.
Habla: Juan Carlos GilPalabras #17alphafold y secuencia completa de aminoácidosproblemas información completa como alphafoldclima sistema con información incompletavalidación del trabajo de alphafold…y de esta forma navegar el gigantesco espacio de posibilidades de la forma en la que se puede plegar una proteína de forma no tan diferente a como Alfago navegaba el tablero este de 19 por 19 casillas pero no todos los problemas en ciencia son iguales. AlphaFold funciona en un entorno relativamente sencillo porque tenemos la secuencia completa de los aminoácidos y además tenemos una base de datos de estructuras previamente resueltas contra las que podíamos validar el trabajo de AlphaFold. En ese sentido, es de alguna forma o al menos semejante a los problemas que se llaman de información completa. Sabemos que estamos buscando y sabemos cómo validarlo. El Go es otro ejemplo de problema de información completa. Pero en otros sistemas de interés científico, como el clima, claramente trabajamos con información incompleta. Hay datos ruidosos, hay dinámicas caóticas y así, aún así, y pregunté sobre ello explícitamente a Colley. En la entrevista, DeepMind también ha desarrollado otro nieto de AlphaGo que se llama GraphCast, que en lugar de resolver las ecuaciones de la atmósfera con enormes supercomputadores y simulaciones es capaz de aprender sus dinámicas a partir de datos previos,…
Luisa Achaerandio explica cómo conectar la biología molecular con la estructura de las proteínas y su representación en ordenador, introduciendo el concepto de ángulos dihidros.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #3 · Palabras #10ángulos dihidros conectan grupos aminosestructura tridimensional proteína alineación aminoácidoshojas beta y hélices alfa proteínas…la biología, es decir, la biología estructural con la genómica computacional, es decir, el cómo llegas ahí, ¿vale? ¿Cómo es realmente que se pliega esa proteína? Con tres frases lo digo cuando tú quieras. Venga, porque lo diga ya. Ah, vale, pues ahora, claro. Claro, sí, sí. Pues básicamente, si tú quieres conectar biología molecular con la estructura de esas proteínas, con realmente pasarlas a un ordenador, hay una regla básica. Una regla básica de estructura, es decir, de ángulos, en este caso son los ángulos dihidros que conectan los grupos aminos, ¿vale? Esos ángulos tienen una, digamos, una orientación que solamente pueden estar en un sentido y en otro no; y luego a nivel molecular tú puedes montar la estructura tridimensional de la proteína como con una alineación de esos aminoácidos, uno al lado del otro, formando hojas beta o uno enfrente de otro de alguna manera para formar hélices alfa. Y solamente una estructura concreta funciona como si fuera una llave a una cerradura, no otra. Por eso hay reglas básicas. Por lo tanto, podemos trasladar esos ángulos, esas posiciones, esas apetencias nucleares a nivel atómicas para decir: esta estructura lo…