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Silvana TapiaJuan Carlos GilFrancis VillatoroHéctor SocasBorja Tosardispersión enorme en parámetros de grafosmáximo local mínimo local dispersióncurva sigmoide forma s horizontalajuste de curvas conectomas estructuralesmáximos mínimos en curvas promediocurvas entre 0 y 90 añostécnica de fitting de francis villatoroFrancis VillatoroUMAPparámetro 4parámetro 7parámetro 8parámetro 11parámetro 2parámetro 3
Estructura de grafos y edades
Con
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Francis Villatoro continúa la discusión sobre el análisis de conectomas estructurales, señalando que los autores del artículo muestran visualmente una gran dispersión en los datos para cada parámetro de grafo.
…lo que estás intentando decir es que estos resultados los que llegan de que hay ciertos cambios en diferentes etapas de la vida, digamos, esos cambios son menores que el sigma, la dispersión que hay entre individuo e individuo. Eso es lo que estás diciendo. Eso es lo que para cada uno de los parámetros de grafos ellos plantean, se ve en las figuras claramente, ocurre lo que tú dices, es decir, la dispersión es enorme y que la curva tenga estructuras de tipo un máximo local, un mínimo local o una que solo suba para arriba o que haga una sigmoide, que suba así en plan con una S puesta en horizontal o que tenga un... Eso es una cosa que bueno, o te lo crees O no te lo crees. Pero bueno, ellos dicen: yo he aplicado esta técnica de fitting, de ajuste y me das la curva, pero ¿qué tengo? Tengo 12 curvas; mira cómo analizo 12 curvas. Bueno, a veces parece que veo que hay unos máximos y unos mínimos en esas curvas promedio que más o menos parece que coinciden en edad, porque son curvas entre 0 y 90 años; parece que coinciden en edad, pues aplican una técnica que se llama de UMAAP, que es una técnica que te construye una estructura tridimensional, tres ejes, no es un análisis de componentes principales, pero se parece, te agrupa, cuando tienes muchos datos diferentes, te agrupa los datos por conjuntos en los que, aquí tenemos 12…
Significado #6 · Palabras #1
Francis Villatoro describe un conjunto de diagramas que representan la evolución del conectoma estructural con la edad en diferentes individuos, comparándolos con árboles sin hojas y estructuras muy distintas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #9 · Palabras #7diagramas conectoma estructural edadárboles sin hojas conectomas individualesanálisis información conectoma complicado…Y sí, comenta, por cierto, en las conclusiones que cuidado, que puede que alguna de las cosas que se han observado dependan de la técnica de armonización usada, porque ahí podría haber algún tipo de sesgo; se comenta en el artículo, supongo que eso lo habrán. Pedido los revisores que lo comenten. Tengo un conjunto de diagramas; son como, imaginaros, como un árbol sin hojas, como diferentes árboles con estructuras muy distintas, que van cambiando con la edad y que van en diferentes individuos. Y ahora tú dices: ¿Y cómo yo analizo eso? Porque es una información muy complicada. Si tú miras las imágenes de diferentes individuos, el resultado Final es que son como comparar dos árboles, es decir, este árbol y este árbol. Pero bueno, los botánicos son capaces de identificar el árbol por el tronco, no sé qué decir, pues este parece más naranjo, este parece más roble, ¿no? O sea, hay cosas que…
Francis Villatoro explica cómo la aplicación de parámetros estándar de teoría de grafos a imágenes del conectoma estructural resulta en una dispersión significativa de datos.
Habla: Francis VillatoroSignificado #18 · Palabras #3métricas estándar teoría de grafoseficiencia global conectoma estructuralhipótesis mundo pequeño villatorodispersión significativa conectoma estructuralimágenes del conectoma parámetros grafosedad treinta años dispersión datosajuste polinómico a las líneasdiversidad entre individuos conectomas estructuralesparámetros de grafos habitualmente utilizadosartículo no justifica parámetros específicos…comparar dos árboles, es decir, este árbol y este árbol. Pero bueno, los botánicos son capaces de identificar el árbol por el tronco, no sé qué decir, pues este parece más naranjo, este parece más roble, ¿no? O sea, hay cosas que diferencian esas imágenes. Entonces lo que han decidido es utilizar técnicas de grafos, han dicho vamos a simplificar toda la información que tienen estas imágenes, es extremadamente complicada y vamos a utilizar métricas que se utilizan en teoría de grafos y han utilizado 12 métricas de teoría de grafos, son métricas entre comillas estándares, eficiencia global, longitud promedio característica, si se cumple la hipótesis de mundo pequeño, etc. o sea, modularidad, son una serie de parámetros estándares del mundo de la teoría de grafos y claro, cuando tú Aplicas esos parámetros a todas las imágenes que tienen; lo que te encuentras es una nube de puntos con una dispersión terrible, terrible, terrible; o sea, te encuentras para una cierta edad, 30 años, pues te encuentras un valor que está pues aquí abajo y otro que está pues aquí arriba y tienes toda una distribución y entonces promedian todos esos números y obtienen una curva que más o menos sigue, más o menos, es un ajuste polinómico a esas líneas. Esto es un punto importante que hay que tener en cuenta, es decir, hay una enorme diversidad entre los individuos para estos parámetros de grafos. Claro, tú dices, pero ¿han elegido bien estos 12 parámetros? ¿Por qué estos 12 parámetros y no otros? Bueno, ellos prácticamente no lo justifican en detalle, el artículo no lo justifica bien, viene a decir que son parámetros habitualmente utilizados en este tipo de estudios, ¿vale? Habitualmente utilizados, pero ¿por qué? Bueno, porque son parámetros típicos de analizar árboles de estructura y topología complicada, bueno, no te aclara, no te aclara realmente el trabajo Y Cuando ves los resultados, ya os digo, hay una enorme dispersión y a veces dices: me creo que la curva ajustada a datos con esa enorme dispersión es que no pone ni el coeficiente R2 de correlación, porque si lo pusieran, le saldría una porquería, le saldría…
Francis Villatoro continúa la discusión sobre el análisis de conectomas estructurales, señalando que los autores del artículo muestran visualmente una gran dispersión en los datos para cada parámetro de grafo.
Habla: Francis VillatoroSignificado #6 · Palabras #1dispersión enorme en parámetros de grafosmáximo local mínimo local dispersióncurva sigmoide forma s horizontalajuste de curvas conectomas estructuralesmáximos mínimos en curvas promediocurvas entre 0 y 90 añostécnica de fitting de francis villatoro…lo que estás intentando decir es que estos resultados los que llegan de que hay ciertos cambios en diferentes etapas de la vida, digamos, esos cambios son menores que el sigma, la dispersión que hay entre individuo e individuo. Eso es lo que estás diciendo. Eso es lo que para cada uno de los parámetros de grafos ellos plantean, se ve en las figuras claramente, ocurre lo que tú dices, es decir, la dispersión es enorme y que la curva tenga estructuras de tipo un máximo local, un mínimo local o una que solo suba para arriba o que haga una sigmoide, que suba así en plan con una S puesta en horizontal o que tenga un... Eso es una cosa que bueno, o te lo crees O no te lo crees. Pero bueno, ellos dicen: yo he aplicado esta técnica de fitting, de ajuste y me das la curva, pero ¿qué tengo? Tengo 12 curvas; mira cómo analizo 12 curvas. Bueno, a veces parece que veo que hay unos máximos y unos mínimos en esas curvas promedio que más o menos parece que coinciden en edad, porque son curvas entre 0 y 90 años; parece que coinciden en edad, pues aplican una técnica que se llama de UMAAP, que es una técnica que te construye una estructura tridimensional, tres ejes, no es un análisis de componentes principales, pero se parece, te agrupa, cuando tienes muchos datos diferentes, te agrupa los datos por conjuntos en los que, aquí tenemos 12…
Francis Villatoro explica las dificultades para interpretar los resultados del análisis de componentes principales en el estudio de conectomas estructurales y propone usar la curva UMAP como referencia.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #2conectomas estructurales entre 0 y 90 añoscurva umap con topología curiosapuntos de transición en la curva umapedades 9 32 66 y 83 añosconectividad estructural nervios edadescurva tridimensional conectividad estructuralalgoritmo comportamiento raro doctoresturning points edades específicasconectomas estructurales curva tridimensionalfrancis villatoro interpretación turning pointscurva umap como referenciaanálisis componentes principales resultados diferentesestructura de grafos y edades…no ves que sean parecidas, pero es que el algoritmo, esto es un algoritmo que ellos dicen, yo he usado este algoritmo, y esto es lo que me da, este algoritmo viene en Python, es público, así que el que lo aplique va a obtener el mejor resultado que yo, y me Dice que tengo tres curvas representativas de esos grupitos de curvas, que cuando tú lo miras, ya les digo, hay dudas, pero bueno, es opinión visual; y entonces ahora con esas tres curvas construyen una única curva en 3D como si fuera cada una de esas, entre 0 y 90 años. Pues construyen una curva que en 3D que tiene una topología bastante curiosa y bastante llamativa; y ahora de esa curva es la que extraen los que llaman puntos de transición, puntos de cambio, turning points, puntos en los que cambia, digamos, la curva, pero cambia esa curva obtenida por la técnica UMAP y ahí identifican esas edades de 9, 32, 66 y 83 años como edades en las que esta curva UMAP cambia. Fijaros lo que hemos hecho, nos hemos ido, de tener Una serie de árboles de conectividad estructural entre nervios en diferentes partes del encéfalo para diferentes edades en diferentes individuos, que es una cosa extremadamente complicada de entender, a construir un objeto abstracto, que es una curva en tres dimensiones, que tiene un comportamiento muy raro, que proviene de un algoritmo que realmente ni los doctores parecen entender, ni parece fácilmente entendible. Que me construye una cierta curva y en la que yo veo una serie de cambios en los que sube, baja, sube, baja y digo: si este mínimo pues es un turning point, este es una edad, este máximo es otra edad y lo voy colocando. Claro, ahora tú dices: si yo ahora miro esos puntos, esos turning points, los miro a esas edades, digamos, miro los diferentes grupos de imágenes por separado, pues resulta que una dimensión, son tres dimensiones, esta dimensión pues incluye estas edades pero no las otras, esta otra dimensión incluye estas otras pero no aquellas, o sea, y bueno, y a veces, pues hombre, lo que aquí es 9, aquí es 10, aquí es 12, bueno, hemos puesto 9 porque no salía la curvita esa 3D, UMAP, no salía el 9, entonces, hacen también un análisis de componentes principales y análisis de componentes principales también da resultados diferentes, pero ellos concluyen que esto es muy complicado, muy complicado, así que interpretemos la curva UMAD como curva de referencia, ¿vale? Y entonces ya, pues esa curva te da esos cambios en las pendientes de la curva asociados a 9, 32, 66 y 83 años y ahora interpretan que eso significa que hay una evolución de los parámetros de cada, de estos parámetros asociados a la estructura de grafos, ¿eh? En cada una de estas etapas y dicen, pues, entre 0 y 9 años, ¿qué parámetros crecen o decrecen? De manera monótona. Pues esos parámetros son parámetros que me permiten identificar un individuo, qué edad tiene a nivel de conectoma estructural entre 0 y 9 años.…
Francis Villatoro explica cómo diferentes parámetros reflejan la evolución del conectoma estructural en distintas etapas de la vida, identificando grupos específicos para el rango de edad entre los 9 y los 32 años.
Habla: Francis VillatoroSignificado #16 · Palabras #20conectoma estructural y edad entre 9 y 32parámetro 4 en el conectoma estructuralparámetro 11 y evolución del conectoma…¿qué parámetros crecen o decrecen? De manera monótona. Pues esos parámetros son parámetros que me permiten identificar un individuo, qué edad tiene a nivel de conectoma estructural entre 0 y 9 años. Entre 9 y 32, ahora son otros parámetros distintos, los Que representan bien la asociación entre la edad entre 9 y 32 con otros parámetros. Aquí el parámetro 4, el 7 y el 8; aquí el 11, el 2 y el 3. En cada trozo de edad se obtienen qué parámetros son los que mejor reflejan la evolución de esa edad. Y ahora empiezan a decir: vale, da la casualidad de Que como estos parámetros de grafo también han sido estudiados en estudios anteriores, más limitados, con una cohorte mucho más limitada, las conclusiones que yo estoy sacando son las mismas que sacaban ellos. Ah, es que también he usado los datos de ellos.…
Francis Villatoro explica cómo se espera que los parámetros de los grafos relacionados con la conectividad cerebral se comporten en la etapa adulta, indicando que deberían mostrar valores constantes o crecientes.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #9parámetros de grafos en etapa adultavalores constantes conectividad cerebralvalor creciente parámetros grafos…es decir, tú dices: ¿qué es lo que yo sé que le pasa a una persona? Bueno, pues voy a lo que yo sé o el conocimiento populi sobre lo que le pasa a una persona y lo voy a contar en cada una de estas etapas de la vida. Y ahí te lo cuentan, y tú dices: claro. la etapa adulta, pues ya están consolidadas las diferentes conexiones y por lo tanto, pues el parámetro de, tal parámetro de los grafos, pues debe de tener un valor más o menos constante y este otro parámetro pues tiene que tener un valor creciente y este otro parámetro tiene que tener un pequeño máximo. Y te lo cuentan así de claro. Es decir, es un artículo muy curioso porque es un artículo de construcción de un artículo en el que aparentemente, en mi opinión, desde fuera, visto desde fuera, ahora me dan todos los científicos diciéndome, pero Francis, ¿qué estás diciendo? Eso no es así.…