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Especies arcaicas introgresiones denisovana
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 20267 momentos
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Ignacio Crespo explica cómo se analiza la introgresión genética en genomas denisovanos utilizando la herramienta Trace para rastrear generaciones y detectar posibles introgresiones de especies arcaicas.
…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en…
Significado #1 · Palabras #1
Héctor Socas anuncia que pospondrá la explicación sobre un paper relacionado con una estrella de Tabi para más adelante, y luego introduce un artículo enviado por Ignacio sobre introgresión genética.
Habla: Héctor SocasPalabras #6introgresión genética homininosartículo science introgresión genesgenes de neandertales y nisobanosintrogresión genética en especies distintasdescendencia fértil entre especiesmargen de error considerable ignacio crespogenes pasan a descendientes introgresióndefinición de especie nominalismoespecies y descendencia fértil colegio…adicionales sobre por qué yo tenía una visión un poco diferente a lo que se contaba en ese paper y tenía otras ideas, pero lo vamos a deferir para un poco más tarde porque me gustaría empezar ahora con otras cosas; pero no me he olvidado de ese compromiso. Así que más tarde probablemente en la cara B seguramente espero dedicar cinco minutillos a hablar de ese tema y cumplir mi compromiso. Pero vamos a empezar, si les parece, si te parece Ignacio, con un artículo que nos enviaste que ha salido en Science relacionado con un proceso que se llama introgresión, que no tiene que ver con la psicología de la gente tímida e introvertida sino que tiene que ver con la introducción de genes, si yo he entendido esto, de homininos arcaicos en el genoma del humano moderno, ¿no? Como ya sabemos que hay genes, hemos dicho otras veces, de neandertales y de nisobanos, ¿no? Pero este proceso en general yo no lo sabía. Esto se llama introgresión. Justo. Yo diría que la mejor manera de resumir el paper es decir que han intentado hacer magia los científicos; han intentado conseguir lo que en principio parecería imposible y eso lleva a una conclusión evidente, que es que parece que tiene razón, pero con un margen de error bastante grande. Así que se queda en ese aspecto de magia. Para explicarlo poco a poco, la introgresión, Dios mío, ya empezamos duro; la introgresión es el concepto principal, como comentabas. Porque podemos imaginar que dos especies distintas tienen relaciones sexuales, dan lugar a una descendencia fértil, cosa que ocurre en algunas ocasiones, y por lo tanto, algunos de los genes de las dos especies pasan a sus descendientes, lógicamente. Imaginemos que esos descendientes... Te interrumpo, pero esto puede parecer sorprendente a muchos. Sobre todo a lo mejor que tenemos cierta edad y en el colegio nos explicaron que especies se definen como aquellas que pueden aparearse y tener descendencia fértil. Entonces, tú no estás hablando ahora de que eso ocurre entre dos especies diferentes y parece que eso es una contradicción con la definición de especies. Es que es una contradicción con esa definición de especie. Efectivamente, pero ahí tenemos un concepto que es el nominalismo. Has sido tú que has entrado ya con cuestiones de filosofías del principio, pero consiste en plantear que tal vez aquellas categorías del mundo natural que nosotros utilizamos e interpretamos…
Ignacio Crespo continúa la discusión sobre la introgresión genética en poblaciones sapiens, explicando que la presencia de ADN neandertal o denisovano es un fenómeno conocido y estable debido a su persistencia durante cientos de miles de años.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #6 · Palabras #4introgresión genética homininosdefinición de especie nominalismohomo sapiens y neandertaladn denisovano en oceanía y asiaespecie denisovano poblaciones oceanía asiaadn denisovano de poblacióndenisovano clasificación especieparentesco denisovano neandertalesseparación denisovano neandertal 400000 añosdefinición especie excepciones denisovanointrogresión genética poblaciones sapiensadn neandertal denisovano en sapiensestabilidad adn durante cientos mil añosmuestras adn neandertal limitadasespecies homininos denisobanos muestrasintrogresión genética homininos sin adnpaper sobre estrella de tabi scienceinvestigación yulin zhang genetista crísprfragmento adn homo sapiens especies desconocidas…ser que los neandertales hicieran ingeniería genética en algún momento, eso significa que ha habido sexo y que ese sexo ha dado lugar a descendientes de neandertales y sapiens que tenían la capacidad de reproducirse porque ha llegado hasta nosotros ese ADN. Así que, de facto, ya es evidente que la definición tiene problemas. ¿Qué pasa? Que hay algunos—esto es muy interesante—que plantean que tal vez debamos redefinir ese concepto de especie en el caso del Homo sapiens y considerar al Neandertal una subespecie del sapiens, algo así como *Homo sapiens neandertalensis*. Problema que esto es una opinión minoritaria, por lo general se tiende a hacer más laxa esa definición de especie para poder operar de esta forma, porque además, como decías. Sabemos que no ha sido el único caso de mezcla entre dos homininos que ha dejado restos en nuestro ADN. Por ejemplo, poblaciones de Oceanía y de Asia tienen un porcentaje muy pequeño, un 1% más o menos, de ADN denisovano, que es otra especie. ¿Qué pasa? ¿Son todas la misma especie? Bueno, es verdad que con el Denisovano hay mucha polémica sobre cómo clasificarlo, pero yo creo que lo más parsimonioso es aceptar que posiblemente esa definición nuestra tiene excepciones y que estaban todavía suficientemente emparentados. Pensemos que son especies que se separaron hace unos, más o menos unos, creo recordar que 400.000 años; sí, mira, 420.000 años para el caso neandertal y para el caso del Denisovano con los neandertales, que sería lo más normal compararlo, es también entre 380.000 y 473.000 años. No es mucho, pero no es tantísimo. ¿Qué pasa? Que siempre se ha hablado de estos dos casos; de estos casos donde hay esa introgresión de genes neandertales o genes denisovanos en el ADN de las poblaciones sapiens. Importante, introgresión no solamente que esté ese ADN, es que esté de forma estable, que evidentemente, si se ha quedado durante cientos de miles de años, es estable. Pero lo hemos visto como una excepción porque tenemos una Ventana muy limitada. Para encontrar estos fragmentos y confirmar que efectivamente ha habido introgresión de otras especies, tenemos que tener en principio el ADN de esas especies. Para decir, ah, mira, es que compartimos justo este gen, qué curioso; y tenemos muy pocos genes de estos homininos, bueno, muy pocas muestras de ADN. Tenemos cuatro de neandertal suficientemente bien conservadas, un par de denisobanos según como lo contemos y cuántos estemos dispuestos a aceptar, pero es una muestra muy, muy limitada; y no tenemos más. Esto es lo importante: no tenemos más muestras suficientemente bien conservadas de otras especies de homininos. Así que, ¿es una excepción que tengamos genes neandertales y denisobanos o esta cruce entre distintas especies de homininos ha sido más una norma y nos podríamos encontrar más casos de introgresión en nuestro ADN de especies que tal vez ni siquiera conocemos? Y este grupo de científicos que ha publicado el paper en Science, entre ellos está Yulin Zhang, no confundir con Zhang, el otro genetista conocido de CRISPR. Esta investigadora lo que ha planteado es: ¿y si sí pudiéramos confirmar si tenemos o no introgresión de otras especies de homininos incluso sin tener el ADN de esos homininos? Es más, incluso sin saber si existe tal especie de hominino. Esto parece magia, es lo que comentaba al principio. Si no tienes nada con qué compararlo, ¿cómo puedes saber que ese fragmento del ADN de los Homo sapiens actuales viene de otra especie con la que tal vez se cruzaron hace cientos de miles de años o decenas de miles de años y que no le hemos puesto ni nombre, no tenemos ni un hueso que hayamos identificado como tal? En principio suena imposible, lo intentan y salen cosas interesantes. Ellos lo que plantean es el uso de una herramienta que han creado llamada Trace, que lo que hace es, para intentarlo explicar, utiliza a la vez herramientas previas, primero para construir un árbol genealógico de los genomas de Homo sapiens, cerca de unos 500…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores rastrean la historia genética humana analizando árboles genealógicos del genoma para determinar cuándo genes compartidos provienen de un ancestro común.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #5introgresión genética homininossapiens de aquel momentogenes compartidos ancestro comúnlinajes se vuelven especies distintas…recientes; porque la recombinación es un proceso estocástico que va ocurriendo a lo largo del tiempo. Cuanto más fragmentado esté, más tiempo ha estado en el genoma sapiens, y por lo tanto, hace más tiempo que ocurrió esa introgresión, que es la vuelta. Es ir hacia atrás en las ramas del árbol genealógico para ver dónde tenéis ese antepasado común de cada uno de los genes, el momento en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas…
Ignacio Crespo plantea la posibilidad de buscar introgresión de especies desconocidas en el genoma de poblaciones con genes denisovanos, originarias de Oceanía y Asia.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #2 · Palabras #2introgresión de especies desconocidas denisovanosgenes denisovanos poblaciones oceanía asiadenisovanos sexo fértil otras especies…poco en el aire pero que es muy interesante porque sabemos que efectivamente son fragmentos que si tocamos a la ligera podemos tener problemas serios. Así que por ahí parece que encuentran algunos aspectos curiosos, pero lo llevan más allá. Ellos dicen: ¿qué pasaría si intentáramos buscar, tal vez, introgresión de otras especies desconocidas en el genoma de aquellos que ya tienen genes denisovanos? De esas poblaciones de Oceanía y de Asia que sabemos que tienen muestras de otra especie humana, que son esos denisovanos. que habría la posibilidad de que tal vez los denisovanos, esto rizando el rizo, los denisovanos a su vez hubieran tenido sexo fértil con otras especies previamente a mezclarse con nosotros y efectivamente parece que lo encuentran. Utilizan esta herramienta que la han calibrado a través de pruebas donde ya saben lo que tendría que dar y bueno, más o menos acierta. A cierta quiere decir que cuando te dice que hay un fragmento, una introyección, perdón, una introgresión, es cierto, la…
Ignacio Crespo explica cómo se analiza la introgresión genética en genomas denisovanos utilizando la herramienta Trace para rastrear generaciones y detectar posibles introgresiones de especies arcaicas.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1introgresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovana…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en…
Ignacio Crespo comenta sobre la utilidad preliminar de una herramienta para detectar introgresión genética, destacando su coincidencia con un estudio previo sobre los denisovanos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3introgresión genética denisovanoscoincidencia estudio denisovanosevidencia introgresión previa…verdad que ellos se vienen arriba y te dicen: no solamente funciona para esto, sino que podría ser la forma de aplicarle esto a todas las especies que tengamos en nuestro haber y que consigamos reconstruir sus árboles genealógicos con muchísimo más detalle. como preliminar es interesante porque tenemos las limitaciones que tenemos pero hará falta algo más. Sí que por ejemplo es interesante en el caso de los denisovanos porque encaja con un paper previo que ellos mismos citan que ya intuía que podía haber ahí algo. Entonces claro, si esto es una evidencia, una prueba que coincide con sospechas previas que se han obtenido por otro tipo de caminos, pues como caso acumulativo algo suma. que utilicen una técnica de modelos marcovianos ocultos con solo dos estados, ¿no? El estado humano moderno, humano arcaico. Es una técnica, yo que sé, con tan poca resolución de estados, muy poco creíble, entre comillas, ¿no? Eso en cualquier otro contexto…
Ignacio Crespo menciona un hallazgo interesante relacionado con fragmentos del genoma de los sapiens que contienen restos de linajes arcaicos, específicamente en zonas asociadas al lenguaje como el gen Fox P2.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #16gen fox p2 y lenguaje sapienslinaje arcaico en genoma sapienscapacidades lingüísticas de otras especies…porque hay mucha información genética que nos apunta que es razonable hablar de una especie distinta y no sabemos cómo de fructíferos serán los encuentros sexuales en cuanto a la capacidad de reproducirse de la descendencia, pero bueno, está ahí. Hay una cosa que no añadí antes, que me pareció muy interesante, y es que esos fragmentos que encontraron del genoma de los sapiens, donde había restos de este linaje arcaico, bueno, el linaje fantasma, algunos de ellos se encontraban en zonas relacionadas con el lenguaje, como genes Fox P2, que precisamente se consideraba que estaban en el desierto sapiens por algo, porque tocarlos era quedarte sin lenguaje. Curioso porque esto puede significar que esas otras especies también tenían capacidades lingüísticas, no sé si comparables, pero más razonables de las que podíamos llegar a pensar. Así que, bueno, todo esto nos invita a replantearnos lo que decíamos antes: ¿Quiénes somos? ¿Qué implican estas divisiones entre especies? ¿Están bien situadas o no? Bueno, muy bien, pues interesante. Seguiremos con este debate. Yo creo que efectivamente, a medida que el humanismo se amplíe, iremos aboliendo estas diferencias y este racismo hacia los humanos que ya no existen. Este estudio recuerda mucho a ese estudio que…