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Ignacio CrespoBorja TosarJosé EdelsteinIsabel CorderoFrancis VillatoroHéctor Socascoalescencia genética sapiens paleogenomasárbol genealógico del genoma ancestro comúngenes compartidos individuo abuelohistoria genealógica homininos sapiensgenes homininos desconocidos sapiensárbol genealógico antepasado comúncoalescencia gen héctórdivergencia caminos sapiens homininoHéctor SocasIgnacio CrespoHomo sapiensYulin ZhangScienceCRISPRÁfricaHeidelbergensisAlbertoFrancis VillatoroCoffee BreakNeandertal*Homo sapiens neandertalensis*Trace
Divergencia caminos sapiens hominino
Ep565: Introgresión; Eclipse; Inestabilidad Kelvin-Helmholtz; Piezoquiralidad
6 de agosto de 202611 momentos
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Ignacio Crespo explica cómo los genes provenientes de especies de homininos desconocidos y los genes sapiens pueden coincidir en árboles genealógicos, planteando preguntas sobre cuándo divergieron sus caminos.
…y de su tatarabuela; no puedes hacer eso, tienes que hacerlo con cada gen y esto es muy complicado. Es verdad que cuanto más próximos están los genes, más difícil es que la recombinación los haya mezclado, pero siguiendo estas reglas lo que podemos es Construir un montón de árboles genealógicos del genoma de estos sapiens y estos paleogenomas que tenemos en la muestra. Y de esa forma podemos ver hacia atrás, retrotrayéndonos en las ramas de ese árbol genealógico, cuándo coincidieron. Por ejemplo, en qué momento ese gen que tengo yo y el mismo gen en el mismo lugar que tiene mi primo partieron del mismo individuo y me remonto a mi abuelo de esa forma. Aquí estaba, tal y como lo tenemos nosotros, así que podemos ir reconstruyendo hacia atrás. Eso es lo que llaman coalescencia. Ese punto en el que tirando hacia atrás veo que coinciden exactamente. Y ellos plantean lo siguiente: si tenemos genes en nuestro genoma que provienen de otras especies de homininos, su historia genealógica estará muy separada de la nuestra. Esa coalescencia entre ese gen que tengo yo en una ubicación que proviene tal vez de un hominino desconocido y esa misma ubicación en, por ejemplo, en ti Héctor, que tal vez no tiene ese gen, que tiene un gen sapiens, ¿en qué momento coincidieron hacia atrás en ese árbol genealógico? ¿En qué momento empezaron a divergir su camino? Y supuestamente esas ramas tienen que ser muy largas, tan largas como que tiene que ser el último antepasado común de ese gen que no era ni sapiens ni de esa otra especie de hominino y por lo tanto se remonta decenas o cientos de miles de años. Es un poco la idea, ramas largas en ese árbol genealógico, es el primer paso. Y suman después otro, que es que precisamente sabiendo que actúa esa recombinación en el genoma, si consiguen encontrar, porque de nuevo comparan un montón de genomas sapiens actuales, si consiguen encontrar que esos fragmentos aparentemente antiguos son…
Significado #1 · Palabras #1
Ignacio Crespo explica las implicaciones de la introgresión genética en la definición de especies, sugiriendo una posible redefinición del Homo sapiens y el Neandertal.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #17introgresión genética homininosdefinición de especie nominalismohomo sapiens y neandertal…ser que los neandertales hicieran ingeniería genética en algún momento, eso significa que ha habido sexo y que ese sexo ha dado lugar a descendientes de neandertales y sapiens que tenían la capacidad de reproducirse porque ha llegado hasta nosotros ese ADN. Así que, de facto, ya es evidente que la definición tiene problemas. ¿Qué pasa? Que hay algunos—esto es muy interesante—que plantean que tal vez debamos redefinir ese concepto de especie en el caso del Homo sapiens y considerar al Neandertal una subespecie del sapiens, algo así como *Homo sapiens neandertalensis*. Problema que esto es una opinión minoritaria, por lo general se tiende a hacer más laxa esa definición de especie para poder operar de esta forma, porque además, como decías. Sabemos que no ha sido el único caso de mezcla entre dos homininos que ha dejado restos en nuestro ADN. Por ejemplo, poblaciones de Oceanía y de Asia tienen un porcentaje muy pequeño, un 1% más o menos, de ADN denisovano, que es otra especie. ¿Qué pasa? ¿Son…
Ignacio Crespo plantea la posibilidad de confirmar la introgresión genética en humanos incluso sin tener ADN de las especies con las que se cruzaron, planteando un desafío científico considerable.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #5introgresión genética homininos sin adnpaper sobre estrella de tabi scienceinvestigación yulin zhang genetista crísprfragmento adn homo sapiens especies desconocidas…Así que, ¿es una excepción que tengamos genes neandertales y denisobanos o esta cruce entre distintas especies de homininos ha sido más una norma y nos podríamos encontrar más casos de introgresión en nuestro ADN de especies que tal vez ni siquiera conocemos? Y este grupo de científicos que ha publicado el paper en Science, entre ellos está Yulin Zhang, no confundir con Zhang, el otro genetista conocido de CRISPR. Esta investigadora lo que ha planteado es: ¿y si sí pudiéramos confirmar si tenemos o no introgresión de otras especies de homininos incluso sin tener el ADN de esos homininos? Es más, incluso sin saber si existe tal especie de hominino. Esto parece magia, es lo que comentaba al principio. Si no tienes nada con qué compararlo, ¿cómo puedes saber que ese fragmento del ADN de los Homo sapiens actuales viene de otra especie con la que tal vez se cruzaron hace cientos de miles de años o decenas de miles de años y que no le hemos puesto ni nombre, no tenemos ni un hueso que hayamos identificado como tal? En principio suena imposible, lo intentan y salen cosas interesantes. Ellos lo que plantean es el uso de una herramienta que han creado llamada Trace, que lo que hace es, para intentarlo explicar, utiliza a la vez herramientas previas, primero para construir un árbol genealógico de los genomas de Homo sapiens, cerca de unos 500…
Ignacio Crespo explica cómo los genes provenientes de especies de homininos desconocidos y los genes sapiens pueden coincidir en árboles genealógicos, planteando preguntas sobre cuándo divergieron sus caminos.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #1 · Palabras #1coalescencia genética sapiens paleogenomasárbol genealógico del genoma ancestro comúngenes compartidos individuo abuelohistoria genealógica homininos sapiensgenes homininos desconocidos sapiensárbol genealógico antepasado comúncoalescencia gen héctórdivergencia caminos sapiens hominino…y de su tatarabuela; no puedes hacer eso, tienes que hacerlo con cada gen y esto es muy complicado. Es verdad que cuanto más próximos están los genes, más difícil es que la recombinación los haya mezclado, pero siguiendo estas reglas lo que podemos es Construir un montón de árboles genealógicos del genoma de estos sapiens y estos paleogenomas que tenemos en la muestra. Y de esa forma podemos ver hacia atrás, retrotrayéndonos en las ramas de ese árbol genealógico, cuándo coincidieron. Por ejemplo, en qué momento ese gen que tengo yo y el mismo gen en el mismo lugar que tiene mi primo partieron del mismo individuo y me remonto a mi abuelo de esa forma. Aquí estaba, tal y como lo tenemos nosotros, así que podemos ir reconstruyendo hacia atrás. Eso es lo que llaman coalescencia. Ese punto en el que tirando hacia atrás veo que coinciden exactamente. Y ellos plantean lo siguiente: si tenemos genes en nuestro genoma que provienen de otras especies de homininos, su historia genealógica estará muy separada de la nuestra. Esa coalescencia entre ese gen que tengo yo en una ubicación que proviene tal vez de un hominino desconocido y esa misma ubicación en, por ejemplo, en ti Héctor, que tal vez no tiene ese gen, que tiene un gen sapiens, ¿en qué momento coincidieron hacia atrás en ese árbol genealógico? ¿En qué momento empezaron a divergir su camino? Y supuestamente esas ramas tienen que ser muy largas, tan largas como que tiene que ser el último antepasado común de ese gen que no era ni sapiens ni de esa otra especie de hominino y por lo tanto se remonta decenas o cientos de miles de años. Es un poco la idea, ramas largas en ese árbol genealógico, es el primer paso. Y suman después otro, que es que precisamente sabiendo que actúa esa recombinación en el genoma, si consiguen encontrar, porque de nuevo comparan un montón de genomas sapiens actuales, si consiguen encontrar que esos fragmentos aparentemente antiguos son…
Ignacio Crespo explica cómo los investigadores rastrean la historia genética humana analizando árboles genealógicos del genoma para determinar cuándo genes compartidos provienen de un ancestro común.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #9introgresión genética homininossapiens de aquel momentogenes compartidos ancestro comúnlinajes se vuelven especies distintas…recientes; porque la recombinación es un proceso estocástico que va ocurriendo a lo largo del tiempo. Cuanto más fragmentado esté, más tiempo ha estado en el genoma sapiens, y por lo tanto, hace más tiempo que ocurrió esa introgresión, que es la vuelta. Es ir hacia atrás en las ramas del árbol genealógico para ver dónde tenéis ese antepasado común de cada uno de los genes, el momento en el que esos dos linajes se vuelven a unir, tiempo después ya como dos especies distintas, como ese hominino arcaico y como el sapiens de aquel momento. Esa es el momento de la introgresión. Entonces de esa forma pueden más o menos intentar calcular ambas. Y aquí es lo que encuentran curioso. Ellos empiezan a decir: vale, vamos a plantearnos cuánto queremos buscar, porque con este trace, este sistema que han hecho, tienes que indicarle la antigüedad a la que esperas encontrar esas ramas largas, cuántas…
Ignacio Crespo explica cómo se han encontrado fragmentos de ADN de una especie hominina desconocida, a la que denomina 'especie fantasma', en regiones del genoma sapiens que antes se consideraban carentes de material genético neandertal.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #6introgresión genética homininos sapiensespecie fantasma fragmentos adngenes importantes incompatibles con la vida…llaman simplemente, en este caso, Hominio fantasma, una especie fantasma; no llegan a nombrarla, sí que sospechan que puede ser Heidelbergensis o tal vez otro que conozcamos, pero no se atreven a ponerle un nombre. Y algo que es muy chulo, muy curioso, es que encuentran fragmentos de esta especie fantasma en lugares del genoma sapiens que creíamos que eran desiertos, desiertos neandertales. Me explico: si nosotros partimos de trabajos anteriores, vemos todo el genoma humano desplegado, el genoma sapiens desplegado, vemos que se concentran esos pequeños fragmentos neandertales que tenemos en determinados puntos del genoma y que hay otros donde por lo que sea no hay apenas rastro de esos neandertales. La explicación tradicional es que eran demasiado importantes esos genes como para toquetearlos a la ligera con lo que los neandertales traían, que cualquier introgresión ahí podía generar problemas incompatibles con la vida en los embriones y que por lo tanto limitó esa combinación posible. Pero claro, si ahora sí que encontramos restos de otras especies en esos aparentes desiertos, significa que tal vez no eran tan necesarios y simplemente había una incompatibilidad con los genes neandertales en ese caso. Además, lo encuentran esto en genes…
Ignacio Crespo explica cómo se analiza la introgresión genética en genomas denisovanos utilizando la herramienta Trace para rastrear generaciones y detectar posibles introgresiones de especies arcaicas.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #19introgresión genética denisovanos traceherramienta trace rastreo generacionescoalescencia linajes sapiens denisovanosespecies arcaicas introgresiones denisovana…perdón, una introgresión, es cierto, la hay, pero se dejan muchas por el camino. Esto es lo que puede pasar: que haya muchos falsos negativos. Que haya zonas donde no las esté encontrando y también haya. Pero bueno, es un punto del que partir, ¿no? Y cuando se lo aplican a los denisovanos, lo hacen por duplicado. Primero dicen: vale, vamos a ver cuántos de estos genomas sapiens donde sabemos que hay genes denisovanos tienen efectivamente, gracias a mi herramienta Trace, indicadores de que hay introgresión denisovana. Vale, los encuentran. Y dicen: ahora vamos, en vez de remontarnos estas generaciones, vamos a remontarnos más. Vamos a remontarnos hasta 1,7 millones de años más o menos, a esa divergencia que encontramos entre los linajes que nos interesan y efectivamente encuentran ahí introgresiones de otra especie que consideran súper arcaica. Que ojo, no saben exactamente cuándo volvieron a unirse con nosotros, saben en qué momento hubo esa coalescencia, o sea, cuando tirando hacia atrás en las ramas del árbol se unen, pero no saben exactamente cuándo volvieron a encontrarse. Y esto también es curioso. Por cierto, hay una cosa que me he dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en…
Ignacio Crespo explica cómo la detección de introgresiones genéticas del linaje 'fantasma' en el genoma *sapiens* permite acotar cuándo ocurrió la divergencia entre los dos linajes y datar su reencuentro.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #5 · Palabras #7introgresión genética linaje fantasmadivergencia de linajes sapiens africareencuentro linajes antes 60000 añosexodo africano hace 80000 años…dejado que es bastante interesante, al menos a mi parecer, y es que las introgresiones que han detectado del linaje fantasma en el genoma sapiens están presentes en *sapiens* tanto del África subsahariana como de África en general, como del resto del mundo. Esto significa que probablemente fuera una introgresión previa al momento en el que abandonamos África; y esto les ayuda a acotarlo. Es el motivo por el que, en este caso, no solamente saben cuándo posiblemente ocurrió la divergencia entre los dos linajes que después se reencontraron, sino que pueden datar más o menos cuándo se reencontraron; y te dicen que tuvo que ser antes de hace 60.000-80.000 años, que es cuando ocurrió este éxodo. De esa forma lo acotan entre esos dos puntos; y te plantean que tal vez hace 80.000, hace 100.000 años ocurrió esa introgresión. Eso es un poco el resumen, yo creo que más o menos entendido pero abierto a preguntas. Yo quería decir que me hace mucha gracia el comentario que hiciste de que no se atreven a ponerle nombre y lo llaman especies fantasmas; es como muy de físico eso, de decir: tengo aquí algo que lo voy a llamar fantasma. Como la energía fantasma o el campo…
Ignacio Crespo explica cómo se han realizado simulaciones con poblaciones de *sapiens* y neandertales para validar la herramienta de detección de introgresión genética.
Habla: Ignacio CrespoPalabras #8introgresión genética homininossimulaciones poblaciones sapiens neandertalesherramienta detección introgresión ignacio crespo…fantasma, phantom, bueno es diferente; los físicos hablamos de phantom, no de ghost; este phantom como el de la amenaza fantasma de la película, no, no, estos son ghosts, perdona, estos son especies fantasma pero ghost, bueno, nada, me parece un poco curioso. Yo, Ignacio, te voy a preguntar un poco si habían probado con alguna excepción un poquito más conocida por ver si el método funcionaba o no, pero os comentaba ahí un poco que habían ya probado con cosas. Han hecho simulaciones, han creado un modelo donde hay poblaciones de sapiens, de neandertales, se mezclan durante unas generaciones y luego le aplican esta herramienta para ver si son capaces de deducir cuando han ocurrido las divergencias y las introgresiones. Pero claro, esto tiene sus limitaciones, es verdad que ellos se vienen arriba y te dicen: no solamente funciona para esto, sino que podría ser la forma de aplicarle esto a todas las especies que tengamos en nuestro haber y que consigamos reconstruir sus árboles genealógicos con muchísimo más detalle. como preliminar es interesante porque tenemos las limitaciones que tenemos pero hará falta algo más. Sí que por ejemplo es interesante en el caso de los denisovanos porque encaja con un paper previo que ellos mismos citan que ya intuía que podía haber ahí…
Héctor Socas reflexiona sobre la posibilidad de encontrar introgresiones genéticas con frecuencia en la historia de los homininos y cuestiona si se están dejando pasar demasiadas instancias.
Habla: Héctor SocasPalabras #10introgresiones genéticas homininosdefinición de especies nominalismoreiterativo coffee break…Y dicen, efectivamente, confirmamos que pasó algo antes de esto. Sí, pero hay ahí un poco de pensamiento circular, en cierto modo. Encuentras lo que buscas. Y si esto es algo que ha ocurrido con una gran frecuencia en la historia de los homininos, pues claro ¿Que lo vas a encontrar? La cosa es como de significativo es. ¿Y cuántas te estás dejando por el camino? No sé, yo al final no quisiera ser reiterativo y esto además ya lo hemos comentado otras veces en Coffee Break, pero creo que tenemos como, bueno, por volver a lo de la definición de especies, igual creo que estamos. De acuerdo en esto, el criterio que usamos para definir la especie humana como humano moderno seguramente es mucho más restrictivo de lo que aplicamos a otras especies; tenemos un poco ese sesgo de que nos auto percibimos de forma que somos más exquisitos a…
Ignacio Crespo reflexiona sobre la dificultad de definir la especie humana a lo largo de la historia, señalando una tendencia a ser restrictivos en cuanto a quién pertenece a ella.
Habla: Ignacio CrespoSignificado #3especie humana restrictiva historiasesgo turbio especie humanahomogeneidad especie humana actual…sé, yo también tengo una tía que es un poco peculiar. Y si vemos perros que son súper diferentes, me dice: un chihuahua y un pastor alemán son la misma especie, y este señor y yo no somos la misma especie. Es como que hay un poco de hipocresía ahí, me parece. Es una situación difícil porque, por un lado, evidentemente a lo largo de la historia se ha sido muy restrictivo con qué es la especie humana y quién no pertenecía a ella. Entonces ahí teníamos un sesgo muy turbio. Casi prefiero pecar de esto, donde al menos aceptamos esa homogeneidad de la especie humana actual; y es verdad que si lo pensamos... Fíjate, creo que sigue siendo el mismo sesgo, el sesgo de ser restrictivo con a quien admitimos en nuestro círculo. Pero por eso digo que al menos hemos hecho un poquito laxo eso, para llevarnos bien, pero sí que creo que hay más pasos, porque si pensamos,…
Francis Villatoro, junto con Héctor Socas, continúa el debate sobre las divisiones entre especies y cómo el humanismo podría abolir el 'racismo' hacia los humanos extintos. Menciona un estudio previo que sugiere una reducción de la población humana moderna a unas mil familias hace unos 700.000 o 800.000 años, aunque reconoce que este dato ha sido cuestionado por Alberto.
Habla: Francis VillatoroSignificado #9racismo hacia humanos extintoshumanismo aboliendo diferenciasestudio población humana modernacifra familias cuestionada alberto…lingüísticas, no sé si comparables, pero más razonables de las que podíamos llegar a pensar. Así que, bueno, todo esto nos invita a replantearnos lo que decíamos antes: ¿Quiénes somos? ¿Qué implican estas divisiones entre especies? ¿Están bien situadas o no? Bueno, muy bien, pues interesante. Seguiremos con este debate. Yo creo que efectivamente, a medida que el humanismo se amplíe, iremos aboliendo estas diferencias y este racismo hacia los humanos que ya no existen. Este estudio recuerda mucho a ese estudio que hubo; que hubo una especie de, no me acuerdo el término que usaban; toda la población de humanos modernos colapsó a, como no recuerdo, mil familias o algo por el estilo, y después ya se expandió. Eso ocurrió hace 700.000 o 800.000 años, no recuerdo la cifra exacta. Eso lo comentamos, lo comentó Alberto; lo comentamos, pero eso ha sido cuestionado, ¿eh? Exactamente, lo que te quería decir: ahí donde quería ir, que ese estudio que en principio lo contamos nosotros como algo posible, después ha sido muy, muy cuestionado por mucha gente; entonces es posible que este nuevo 3 también sea bastante cuestionado en…