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Diseño bacterias mejorar no cortar
Con
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Luisa Achaerandio utiliza una metáfora para explicar cómo se están rediseñando proteínas en Escherichia coli, comparándolo con dotar a un personaje de adamantium, como en los cómics.
…juego un poquito; estamos utilizando todas las posibilidades de nuestro entorno que todavía no te las he contado todas porque todavía te faltan datos para entender cómo se llega a esto, pero estamos utilizando todo lo que se sabe para ir un poquito más allá. De hecho, una de las cosas que dice una de las autoras, dice que si las proteínas nativas pueden ser rediseñadas computacionalmente para hacer algo nuevo, no necesitamos alterar el equilibrio genético de la célula con elementos externos, sino que dotamos a nuestra querida E. coli de un nuevo superpoder. es así un poquito como pensar en, lo ves, no como ser humano, pero con el adamantium. O sea, no solo puedo ser un ser humano, o en este caso una bacteria, sino tener como algo adicional, ¿no? Que efectivamente me puede alterar un poquito... Perdón, dime, dime. Estas metáforas de bacterias con superpoderes y superbacterias, no sé si escuchaste el programa con Juan Carlos en el que hacía este tipo de... Sí, de asimilar bacterias con superhéroes y tal Es que pega muchísimo, sobre todo en esta, justamente en este diseño que hacen, porque tú es como, lo que haces es mejorar, no estás cambiando, no estás cortando, no es el CRISPR -Cas, la tecnología de CRISPR-Cas con guía tradicional No es edición genética, ¿no? Efectivamente Genes que están ahí Exactamente, es una zona concreta que está ahí, que me puede servir para añadir lo que os digo de la triada catalítica, que se compone de tres aminoácidos, que son serina, histidina y aspartato, no…
Significado #1 · Palabras #1
Luisa Achaerandio explica que la cepa K12 de Escherichia coli es el punto de partida para sus investigaciones y se utiliza como base para buscar formas de degradar plásticos.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #19reprogramación genética escherichia colidegradación plástica bacteria e colicepa k12 punto de partida…que en Málaga no mataremos a nadie desde el laboratorio; o sea, cuando estamos allí. Pero es verdad que es una conocida muy común en todos los experimentos tanto a nivel de instituto como a nivel de formación profesional como a nivel de investigación en General y es la cepa K12, pero claro, desde la cepa K12 no podemos hacer nada, sino que ese es el punto de partida. Utilizamos nuestra E. coli, nuestra cepa K12 y a partir de ahí lo que hacemos es buscar en esta bacteria: ¿Cómo? ¿Qué puedo hacer yo con esta bacteria? ¿Qué lugar de esta bacteria, porque ya os digo que hay que hilar bastante fino, puedo utilizar para que me sirva para degradar este plástico? Entonces, los investigadores lo que hacen lo primero es buscar en el genoma de la E. coli dos proteínas en concreto, que son la LSRB y la SSUA. Para encontrar estas proteínas tienen que utilizar bioinformática; es decir, tú necesitas saber, lo primero que…
Luisa Achaerandio utiliza una metáfora para explicar cómo se están rediseñando proteínas en Escherichia coli, comparándolo con dotar a un personaje de adamantium, como en los cómics.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #1rediseño proteínas nativas escherichia colisuperpoder en escherichia colimétodos computacionales luisa achaerandioproteínas en escherichia coli adamantiumbacterias con superpoderes juan carlosdiseño bacterias mejorar no cortartecnología crispr cas guia tradicional…juego un poquito; estamos utilizando todas las posibilidades de nuestro entorno que todavía no te las he contado todas porque todavía te faltan datos para entender cómo se llega a esto, pero estamos utilizando todo lo que se sabe para ir un poquito más allá. De hecho, una de las cosas que dice una de las autoras, dice que si las proteínas nativas pueden ser rediseñadas computacionalmente para hacer algo nuevo, no necesitamos alterar el equilibrio genético de la célula con elementos externos, sino que dotamos a nuestra querida E. coli de un nuevo superpoder. es así un poquito como pensar en, lo ves, no como ser humano, pero con el adamantium. O sea, no solo puedo ser un ser humano, o en este caso una bacteria, sino tener como algo adicional, ¿no? Que efectivamente me puede alterar un poquito... Perdón, dime, dime. Estas metáforas de bacterias con superpoderes y superbacterias, no sé si escuchaste el programa con Juan Carlos en el que hacía este tipo de... Sí, de asimilar bacterias con superhéroes y tal Es que pega muchísimo, sobre todo en esta, justamente en este diseño que hacen, porque tú es como, lo que haces es mejorar, no estás cambiando, no estás cortando, no es el CRISPR -Cas, la tecnología de CRISPR-Cas con guía tradicional No es edición genética, ¿no? Efectivamente Genes que están ahí Exactamente, es una zona concreta que está ahí, que me puede servir para añadir lo que os digo de la triada catalítica, que se compone de tres aminoácidos, que son serina, histidina y aspartato, no…
Luisa Achaerandio explica cómo se incorporan enzimas de otras bacterias a Escherichia coli para dotarla de una nueva capacidad, permitiéndole degradar plástico sin perder sus funciones originales.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #3enzimas bacterias degradan plásticoescherichia coli degrada petpolietileno tereftalato nanométrico pet…que os digo de la triada catalítica, que se compone de tres aminoácidos, que son serina, histidina y aspartato, no confundir con aspartamo, que es un edulcorante, ¿vale? Es importante decir todo. y básicamente esta triada catalítica tú la identificas en otras Enzimas de otras bacterias que suelen que ya de manera natural pueden degradar plástico pero se la incorporas a esta bacteria en estos lugares. Con lo cual la dotas de una nueva capacidad sin que pierda sus capacidades anteriores, es decir, esta bacteria puede seguir alimentándose de manera normal o, que eso es lo chulo, puede coger el polietileno tereftalato nanométrico, es decir, nuestro conocido PET; sabía que ibas a poner esa cara porque ya os digo que lo más difícil de esta edición no es mi apellido. Y básicamente con este PET que todos conocemos pero es verdad que no lo conocemos por el nombre extendido de la molécula, pues hace capaz esta nueva capacidad, hace capaz de degradar esta molécula y llegar a obtener el protocatecuato, es decir, el PCA. PCA es…
Luisa Achaerandio explica cómo los investigadores demuestran que la modificación de bacterias no implica maltrato, sino una colaboración basada en la cooperación y no en la sustitución o el abuso, haciendo referencia a su uso en la producción de insulina.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #2bacterias colaboran producción insulinamodificación bacterias no implica maltratoescherichia coli producción insulinacolaboración en lugar de abuso e coli…reutilizar, o sea que básicamente, y además una cosa muy chula también ocurre aquí, que los investigadores, ya os digo, el artículo es una maravilla, a mí me parece que está súper bien presentado, súper bien organizado y súper bien planteado y muy digamos que Te hace muy fácil su comprensión tal y como está expuesto, narrado. Entonces una cosa muy chula que te pone para que te demuestre que digamos estas bacterias no las estás maltratando, te basas en la colaboración y no en la sustitución o el abuso porque acordaros que la E. coli sirve por ejemplo para hacer insulina. Tú, utilizando un plásmido, que es una molécula de ADN circular, puedes meter un trozo de insulina, digamos, la codificación para la insulina, por así decirlo, ese gen, ¿vale? Lo metes en la bacteria con determinadas técnicas, que hay muchas técnicas para…
Luisa Achaerandio explica cómo se modifica a Escherichia coli para degradar plástico, comparándolo con un 'toquecito molecular' en lugar de una alteración genética.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #12degradación plástica bacteria e colivariante s1 cepa k12toquecito molecular escherichia coli…con la maquinaria molecular, tú obtienes insulina que hasta ahora teníamos otras maneras de obtenerla un poquito más agresiva. Pues, en este caso, ¿pero qué es lo que pasa? Que esas bacterias, digamos, ya las estás alterando y de ahí viene lo del ADN externo. Pero aquí no, aquí es darle un toquecito a la bacteria, como si fuera eso, un toquecito molecular. Entonces, ¿cómo te demuestran que la variante S1 de la cepa K12, que es la que tiene esta modificación, va bien? Pues porque te la comparan con la que no le has hecho la modificación y entonces la cultivas. Aquí tenemos una investigación donde están mezclando un montón de tecnologías y de técnicas de laboratorio. La cultivan para aquellos que seáis de laboratorio y que estéis escuchando el podcast; seguro que os suena el medio de cultivo Luria, Broz, Agar, que…
Luisa Achaerandio explica cómo las bacterias modificadas para degradar plástico atraen a otras bacterias, aprovechándose de la degradación inicial.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #16degradación plástica bacteria e colimicro nanoplásticos escala nanométricabacterias corum sensi degradación plásticabacteria modificada atrae otras bacterias…ese microscopio y el microscopio, digamos el SEM, que es el microscopio electrónico de escáner, que eso lo tenemos en Málaga, Francis seguro que también lo conoce, en el CIMES, en el Sky, lo tenemos allí y básicamente tú compruebas que eso está muy chulo. ¿Por qué claro, tú necesitas ver esto a escalas nanométricas? Estamos hablando de NPET, no estamos hablando de cualquier tipo de PET, estamos hablando de microplásticos, no, micro nanoplásticos en este caso. Una cosa muy chula que ocurre es que las bacterias son muy guays y resulta que, no sé si gracias a su corum sensi o no sé por qué, pero se ha comprobado que, claro, donde empieza esta bacteria a degradar el plástico, pues como que se añaden otras, es como que se acuden a la fiesta, por así decirlo. ¿Qué es lo que pasa? Que esas bacterias tienen en comparación, como que se aprovechan un poco de la degradación que hace esta bacteria modificada y entonces pues está también simpático esta parte del artículo. ¿Cómo? Porque ya simplemente me quedaría que se supiera, porque tú te lo estarás preguntando. ¿Pero cómo meto yo esa triada catalítica en ese binding pocket? A lo mejor se lo pregunta alguien, ¿vale? No sé si se lo pregunta alguien, pero es una cosa que…
Luisa Achaerandio explica cómo una tecnología CRISPR-Cas y una guía de ARN se integran en el genético de las bacterias modificadas para degradar plástico, permitiendo a estas producir proteínas con una triada lista para la degradación.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #7crpr-cas guía arn bacteriasproteínas triada degradación plásticabacteria modifica genético plásticogen tecnología degradación bacteriadegradación plástica bacteria escherichia coliprueba de concepto bacterias modificadastécnica escalable a otros organismos…poco la temperatura, que por su porosidad va a entrar; quiero decir, es muy fácil que entre, sobre todo los que están modificados en el laboratorio y entonces básicamente al entrar eso ya en el citoplasma celular, pasa a través de su membrana, pues gracias a. Esa tecnología de CRISPR-Cas y la guía de ARN va a ese lugar concreto de esas proteínas, bueno, en este caso iría a nivel genético, digamos se integraría y ya después de que la célula pueda utilizar esa parte que ya está introducido como una adición a esa codificación genética, pues ya sí que esas proteínas tienen a la hora de crearse en la bacteria esa triada lista para poder degradar esos pequeños trocitos de plástico que les estamos poniendo a degustar a nuestra bacteria. Pues ya os digo, eso sería a grandes rasgos toda la técnica y lo que ellos han propuesto de Gen. Rewire y lo que ya para terminar simplemente, pues me gustaría decir que en este caso digamos que es una prueba de concepto. Es verdad que tú no puedes ya utilizar estas bacterias; no se trata de que tú cojas estas bacterias y ya las pongas en el medio y nos arreglen ya todos los problemas y tal, sino que pues la puedes utilizar quizá pues a nivel, bueno se propone, ¿no? Se propone como una técnica que se puede utilizar en escalable a otros organismos, pero claro habría que probarlo y. Sobre todo pues que puedes hacer bioreactores concretos que te sirvan en un momento dado para hacer esto, y bueno pues ese es el objetivo realmente, pero no es que ya directamente se nos haya terminado el problema del microplástico sino que bueno es una forma…
Francis Villatoro explica cómo se puede modificar una bacteria para que realice dos funciones: su función original para sobrevivir y una nueva función impuesta por el investigador para consumir nanoplásticos.
Habla: Francis VillatoroSignificado #10proteína bacteria funciones supervivenciabacteria consume nanoplásticos bioreactorreprogramación genética escherichia coli…especiales para que se pueda alterar y en el sitio activo, en el lugar en el que se produce la catálisis, la función bioquímica básica de esa proteína le añado un pequeño cambio que permite que en ese sitio también se pueda hacer otra función diferente. Y entonces consigo que una proteína de la bacteria haga dos funciones: la función que hace en la bacteria para la supervivencia de la bacteria y una nueva función que es la que yo le he impuesto para que me sirva como bioreactor y haga lo que yo quiero, que en este caso es consumir nanopets, consumir nanoplásticos. Entonces esta es un poco la idea de esta nueva técnica de rewire, de recableado de la función; es algo de la biología sintética el tratar de modificar funciones que tiene la propia maquinaria celular tratando de afectar lo mínimo al funcionamiento de la propia célula para evitar que con el cambio que yo he hecho pues se crezca más lentamente o crezca peor o…