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Luisa AchaerandioJuan Carlos GilGastón GiribetIgnacio CrespoFrancis VillatoroHéctor Socasshotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privadaCelera GenomicsFrancis VillatoroProyecto Genoma HumanoADNCraig VenterPCRCOVID-19Craig Venter InstituteSAMSample Analysis at MarsMarterover Curiosity
Coincidencias shotgun repeticiones at
Con
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Francis Villatoro explica el problema inherente a la técnica shotgun para la secuenciación de genomas, específicamente en relación con las zonas repetitivas.
…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Significado #1 · Palabras #1
Francis Villatoro explica cómo Craig Venter desarrolló la tecnología de shotgun para secuenciación, comparándola con un disparo de perdigones en lugar de una bala.
Habla: Francis VillatoroSignificado #2 · Palabras #2shotgun para secuenciación de adntroceado de adn con shotgunbioinformática y ordenadores en shotguncraig venter y tecnología shotgun…revolucionaria porque permitió, aunque no se conocían todos los genes humanos, estamos hablando de los 80, permitió acelerar muchísimo la identificación de genes involucrados en ciertas enfermedades de base genética y ya a principio de la década de los 1990. pues realizó un avance muy importante a nivel biotecnológico, que fue el desarrollo de la tecnología de shotgun de secuenciación. Shotgun se suele traducir como perdigonazo. En lugar de hacer un disparo con una bala, lo haces un disparo con muchos perdigones. Entonces lo que haces es trocear un trozo de ADN en muchos trozos; son trozos muy pequeños, y después utilizas herramientas bioinformáticas, ordenadores, para ir pegando los trozos viendo los solapes. Vas poniendo todos los trozos y vas intentando ver qué zonas se solapan, y con eso vas construyendo una secuencia más larga a partir de esos solapes. Esta técnica de shotgun le permitió un enorme éxito en 1995, que fue el primer genoma completo de un organismo. Fue de hemophilius influenzae y la verdad es que fue todo un hito en 1995 lograr secuenciar de manera completa un organismo, aunque es un organismo obviamente muy sencillito. El influencer hemofílico es la...…
Francis Villatoro explica el problema inherente a la técnica shotgun para la secuenciación de genomas, específicamente en relación con las zonas repetitivas.
Habla: Francis VillatoroSignificado #1 · Palabras #1shotgun de venter y celera genomicssecuenciación del genoma humano por celerajcvi y técnica shotgun de ventercelera genomics frente al proyecto genomaproblema shotgun zonas repetitivassecuenciación shotgun trocitos cortitoscoincidencias shotgun repeticiones atcelera genomics iniciativa privada…húmedas, demasiado de laboratorio, ir secuenciando poco a poco ese gran trozo. Partirlo en trozos grandes y secuenciar esos trozos y tener garantías siempre de que lo estás haciendo en el orden adecuado y que tienes una muy buena localización de ese trozo. Eso, bueno, era un proyecto que en principio era lento, fue avanzándose en las tecnologías de secuenciación y fue acelerándose y ya alrededor del año 2000 ya estaba a buen ritmo e incluso llegó a utilizar las técnicas de shotgun de perdigonazos de Venter y Venter vio que podía, en paralelo a lo que estaba haciendo con su empresa, su instituto JCVI, podía crear una empresa bien financiada, la creo muy tarde, Celera Genomics, es del 98, con muy buena financiación para utilizar su técnica de secuenciación, de shock gun, para secuenciar el genoma humano. y hacer una iniciativa privada en paralelo a la iniciativa pública y que quizás pudiera vencer a la iniciativa pública. ¿Qué problema tenía la técnica shotgun? Pues la técnica shotgun tiene el problema de que realmente no sabe lo que está secuenciando ni dónde está, ¿vale? Hay una enorme cantidad, por ejemplo, las zonas repetitivas. Tú como una zona repetitiva AT, AT, AT, AT, 256 AT y utilizas trocitos cortitos, pongamos 32; con 32 no sabes, no puedes, es imposible literalmente saber si esa región tiene 255 o tiene 127 repeticiones porque no lo puedes saber porque te vas a tener muchísimas coincidencias y la técnica que utilizaba Celera Genomics, la iniciativa privada, requería que alguien te enseñara dónde están las cosas que estás viendo y eso era la iniciativa pública. Entonces, ya iniciada la iniciativa pública, que estaba publicando todos los resultados en abierto para que cualquier investigador lo pudiera hacer, en la iniciativa pública prácticamente colaboraron todos los especialistas de genómica del mundo; o sea, es…
Héctor Socas explica la función del instrumento SAM (Sample Analysis at Mars) en el rover Curiosity.
Habla: Héctor SocasPalabras #10instrumento sam en rover curiosityanálisis de gases marcianos por sam…químicas antiguas; y en Marte, donde la superficie es tan hostil, el encontrar orgánicos asociados a arcillas es justamente lo que uno esperaría si quiere maximizar las probabilidades de encontrar algo que se haya preservado durante miles de millones de años. Entonces el instrumento clave aquí, como digo, es SAM, que son las siglas de Sample Analysis at Mars. Lo que hace es tomar polvo de roca, ¿no? Se taladra una roca y el polvo se calienta y se analizan los gases que salen. Esto se hace con un conjunto de técnicas que hemos hablado aquí recientemente, además. Con cromatografía de gases, con espectrometría de masas. Creo que lo estuvimos comentando hace poco cuando hablábamos de esto del embalsamamiento de las momias egipcias y explicamos cómo usaban una técnica no invasiva para poder estudiar el aire de las…