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Luisa AchaerandioFrancis VillatoroHéctor SocasBorja TosarGastón Giribetproteínas lsrb y ssua en escherichia colibioinformática para encontrar proteínasinvestigación cisf sobre escherichia coliEscherichia coliLSRBSSUALuisa AchaerandioAlfaFol
Bioinformática para encontrar Proteínas
Con
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Luisa Achaerandio explica que los investigadores buscan proteínas específicas, LSRB y SSUA, en el genoma de Escherichia coli para degradar plásticos.
…cepa K12 y a partir de ahí lo que hacemos es buscar en esta bacteria: ¿Cómo? ¿Qué puedo hacer yo con esta bacteria? ¿Qué lugar de esta bacteria, porque ya os digo que hay que hilar bastante fino, puedo utilizar para que me sirva para degradar este plástico? Entonces, los investigadores lo que hacen lo primero es buscar en el genoma de la E. coli dos proteínas en concreto, que son la LSRB y la SSUA. Para encontrar estas proteínas tienen que utilizar bioinformática; es decir, tú necesitas saber, lo primero que quería decir, porque es verdad que si no, no se entiende, que esta investigación, los investigadores del CSIF que la llevan a cabo, el investigador, digamos, ¿Qué se puede llamar los autores corresponsales del artículo, que son Víctor Guayar del BSC y Manuel Ferrer? Manuel Ferrer es coordinador del estudio y pertenece al Instituto de Catálisis Petroleoquímica del CSIC. ¿Cuál es su especialidad? Pues básicamente…
Significado #1 · Palabras #2
Luisa Achaerandio explica que los investigadores buscan proteínas específicas, LSRB y SSUA, en el genoma de Escherichia coli para degradar plásticos.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #1 · Palabras #2proteínas lsrb y ssua en escherichia colibioinformática para encontrar proteínasinvestigación cisf sobre escherichia coli…cepa K12 y a partir de ahí lo que hacemos es buscar en esta bacteria: ¿Cómo? ¿Qué puedo hacer yo con esta bacteria? ¿Qué lugar de esta bacteria, porque ya os digo que hay que hilar bastante fino, puedo utilizar para que me sirva para degradar este plástico? Entonces, los investigadores lo que hacen lo primero es buscar en el genoma de la E. coli dos proteínas en concreto, que son la LSRB y la SSUA. Para encontrar estas proteínas tienen que utilizar bioinformática; es decir, tú necesitas saber, lo primero que quería decir, porque es verdad que si no, no se entiende, que esta investigación, los investigadores del CSIF que la llevan a cabo, el investigador, digamos, ¿Qué se puede llamar los autores corresponsales del artículo, que son Víctor Guayar del BSC y Manuel Ferrer? Manuel Ferrer es coordinador del estudio y pertenece al Instituto de Catálisis Petroleoquímica del CSIC. ¿Cuál es su especialidad? Pues básicamente…
Luisa Achaerandio explica que las bacterias también necesitan aminoácidos debido a su ubicación, forma y sitios de unión, y cómo la bioinformática permite resolver estructuras.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #3 · Palabras #4aminoácidos en bacterias ubicaciónbioinformática resuelve estructuras bacterianassitios de unión bacteriasestructura proteica alfa folinteligencia artificial estructura proteicaparámetros estructura final inteligencia artificialmodelar estructura predecir proteína…Entonces justamente por ser así, esta proteína y la siguiente que sirve para transportar determinados alimentos, en concreto determinados compuestos de azufre hacia la célula, ¿para qué queremos el azufre? El azufre lo necesitamos para formar aminoácidos. También las bacterias necesitan aminoácidos, precisamente por el lugar en el que están, por la forma en la que tienen y por el tipo de sitio de unión que tienen. Gracias a la bioinformática, partiendo de esa idea de que tiene que tener algo parecido, se encuentra, se resuelve la estructura y es muy importante diferenciar una cosa en bioinformática, que no es. Lo mismo modelar una estructura que predecir. Predecir una estructura proteica es a raíz de unas determinadas parámetros que tú quieras, digamos, que cumpla esa estructura final utilizando una inteligencia artificial o inteligencia artificial con un programa informático; en concreto se puede utilizar AlfaFol. Tú puedes predecir una estructura, eso es predecir, pero en el momento en el que haces esto que han hecho estos autores, todos estos autores, que es añadirle en un lugar concreto una cosa muy concreta que te voy a contar, ¿vale? Que se llama triada catalítica. Esto significa ya modelar, es decir, ya estamos pasándonos el juego un poquito; estamos utilizando todas las posibilidades de nuestro entorno que todavía no te las he contado todas porque todavía te faltan datos para entender…
Luisa Achaerandio explica cómo se pueden rediseñar proteínas nativamente mediante métodos computacionales para obtener nuevas funcionalidades en Escherichia coli.
Habla: Luisa AchaerandioSignificado #14rediseño proteínas nativas escherichia colisuperpoder en escherichia colimétodos computacionales luisa achaerandio…juego un poquito; estamos utilizando todas las posibilidades de nuestro entorno que todavía no te las he contado todas porque todavía te faltan datos para entender cómo se llega a esto, pero estamos utilizando todo lo que se sabe para ir un poquito más allá. De hecho, una de las cosas que dice una de las autoras, dice que si las proteínas nativas pueden ser rediseñadas computacionalmente para hacer algo nuevo, no necesitamos alterar el equilibrio genético de la célula con elementos externos, sino que dotamos a nuestra querida E. coli de un nuevo superpoder. es así un poquito como pensar en, lo ves, no como ser humano, pero con el adamantium. O sea, no solo puedo ser un ser humano, o en este caso una bacteria, sino tener como algo adicional, ¿no? Que efectivamente me puede alterar un poquito... Perdón, dime,…